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minimization_2.txt
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## JOB DESCRIPTION ##
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# Minimization of original structure
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## ADJUSTABLE PARAMETERS ##
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structure solvated_ions.psf
coordinates solvated_ions.pdb
set temperature 0
set outputname min/Antibody_min1
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## SIMULATION PARAMETERS ##
#############################################################
# Input
paraTypeCharmm on
parameters ../../../../toppar/par_all36_prot.prm
parameters ../../../../toppar/par_all36_na.prm
parameters ../../../../toppar/par_all36_carb.prm
parameters ../../../../toppar/par_all36_cgenff.prm
parameters ../../../../toppar/par_all36_lipid.prm
parameters ../../../../toppar/param19.inp
parameters ../../../../toppar/par_hbond.inp
parameters ../../../../toppar/par_all36m_prot.prm
parameters ../../../../toppar/toppar_water_ions_namd.str
temperature $temperature
# Force-Field Parameters
exclude scaled1-4
1-4scaling 1.0
cutoff 12.0
switching on
switchdist 10.0
pairlistdist 13.5
# Periodic Boundary Conditions
cellBasisVector1 107.0 0.0 0.0
cellBasisVector2 0.0 107.0 0.0
cellBasisVector3 0.0 0.0 95.0
PME on
PMEGridSpacing 1.0
outputname $outputname
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## EXECUTION SCRIPT ##
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# Minimization
minimize 200