README.md

10ème école de bioinformatique AVIESAN - IFB - INSERM (EBAII 2021)

Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit

Du 21-11-2021 au 26-11-2021 à la Station biologique de Roscoff

Web site

• Web pages: https://ifb-elixirfr.github.io/EBAII/2021/ebaiin1

From there, you can also find a link to download the whole repository with git.

---

Supports de cours

Linux

Cours	Intervenants	Supports
Introduction à Linux + arborescence	Denis Puthier, Gildas Le Corguillé, Claire Toffano-Nioche	pdf gslides
Qualités et alignement	Denis Puthier, Gildas Le Corguillé, Claire Toffano-Nioche	pdf gslides

(Re)découverte de R

Cours	Intervenants	Supports
Introduction à R	Thomas Denecker, Jacques van Helden, Stevenn Volant	[pdf]
Données		[expression.txt] [annotation.csv]
Serveur RStudio IFB		https://rstudio.cluster.france-bioinformatique.fr/
Serveur Jupyter IFB		https://jupyterhub.cluster.france-bioinformatique.fr/

Exposés d'ouverture

Cours	Intervenants	Supports
Single-cell	Bastien Job	pdf gslides vidéo µfluidique La présentation sur YouTube (2021/01)
Long reads	Claude Thermes	pdf

Visualisation

Cours	Intervenants	Supports
Visualization of NGS Data using IGV (v2.4+) -- Documentation	Olivier Quenez , Rachel Legendre, Bastien Job	Intro Practical data

RNA-seq

Cours	Intervenants	Supports
Programme de l'atelier RNA-seq		Program
Bioinformatics	Emilie Drouineau	pdf TP TP corrigé
General statistics	Stevenn Volant	pdf
Practice SARTools	Stevenn Volant	ZIP archive
Gene set analysis	Thibault Dayris	pdf R script
De novo assembly	Erwan Corre	pdf
Workflow	Rachel Legendre, Emilie Drouineau	pdf

Variants

Cours	Intervenants	Supports
Programme de l'atelier Variant		Program
Introduction	Elodie Girard	pdf gslides
Processing Post-Alignement	Odile Rogier	pdf gslides
Variant calling	Nadia Bessoltane	pdf gslides
Filtrage et annotation	Mathieu Charles	pdf gslides
Variants structuraux	Olivier Quenez	pdf gslides
Applications sous R	Elodie Girard	html
Workflow et conclusion	Odile Rogier	pdf gslides

ChIP-seq

Support	Lien
Partie théorique	gslides
Partie pratique	TD

Cours	Intervenants
Programme de l'atelier ChIP-seq	Program
Design expérimental, Contrôle qualité	Stéphanie Le Gras
Alignement	Stéphanie Le Gras
Contrôle qualité des alignements, visualisation	Tao Ye
Peak-calling	Tao Ye
Analyse des motifs	Morgane Thomas-Chollier
Annotation des pics	Elodie Darbo

Croisement et intégration des données

Cours	Intervenants	Supports
Croisement de données	Bastien Job, Claire Toffano-Nioche, Matthias Zytnicki	gslides soluce soluce_v2

Initiation Slurm

Cours	Intervenants	Supports
IFB Core Cluster - Introduction slides	Thomas Denecker, Gildas Le Corguillé, Julien Seiler	html