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Julia Version 1.5.0-DEV.431
Commit 4085873ec6 (2020-03-10 23:48 UTC)
Platform Info:
OS: Linux (x86_64-pc-linux-gnu)
CPU: Intel(R) Xeon(R) Silver 4114 CPU @ 2.20GHz
WORD_SIZE: 64
LIBM: libopenlibm
LLVM: libLLVM-9.0.1 (ORCJIT, skylake)
Environment:
JULIA_DEPOT_PATH = ::/usr/local/share/julia
JULIA_NUM_THREADS = 2
Resolving package versions...
Installed Opus_jll ───────────────────── v1.3.1+0
Installed PositiveFactorizations ─────── v0.2.3
Installed AxisAlgorithms ─────────────── v1.0.0
Installed AbstractFFTs ───────────────── v0.5.0
Installed Observables ────────────────── v0.3.1
Installed DiffRules ──────────────────── v1.0.1
Installed Colors ─────────────────────── v0.11.2
Installed Jags ───────────────────────── v3.0.0
Installed CommonSubexpressions ───────── v0.2.0
Installed OpenSpecFun_jll ────────────── v0.5.3+3
Installed TableTraits ────────────────── v1.0.0
Installed Arpack ─────────────────────── v0.4.0
Installed FillArrays ─────────────────── v0.8.5
Installed SpecialFunctions ───────────── v0.10.0
Installed ColorTypes ─────────────────── v0.9.1
Installed Contour ────────────────────── v0.5.2
Installed DataValues ─────────────────── v0.4.13
Installed TableOperations ────────────── v0.2.1
Installed Measures ───────────────────── v0.3.1
Installed Widgets ────────────────────── v0.6.2
Installed Requires ───────────────────── v1.0.1
Installed Rmath_jll ──────────────────── v0.2.2+0
Installed CompilerSupportLibraries_jll ─ v0.2.0+1
Installed libass_jll ─────────────────── v0.14.0+0
Installed Reexport ───────────────────── v0.2.0
Installed StaticArrays ───────────────── v0.12.1
Installed Optim ──────────────────────── v0.20.3
Installed SortingAlgorithms ──────────── v0.3.1
Installed x265_jll ───────────────────── v3.0.0+0
Installed MKL_jll ────────────────────── v2019.0.117+2
Installed ConsoleProgressMonitor ─────── v0.1.2
Installed LAME_jll ───────────────────── v3.100.0+0
Installed Bzip2_jll ──────────────────── v1.0.6+1
Installed WoodburyMatrices ───────────── v0.5.1
Installed QuadGK ─────────────────────── v2.3.1
Installed Tables ─────────────────────── v1.0.3
Installed Plots ──────────────────────── v0.29.6
Installed TerminalLoggers ────────────── v0.1.1
Installed DataStructures ─────────────── v0.17.10
Installed LibVPX_jll ─────────────────── v1.8.1+1
Installed KernelDensity ──────────────── v0.5.1
Installed FreeType2_jll ──────────────── v2.10.1+1
Installed IntervalSets ───────────────── v0.4.0
Installed libvorbis_jll ──────────────── v1.3.6+2
Installed Ratios ─────────────────────── v0.4.0
Installed JSON ───────────────────────── v0.21.0
Installed Compat ─────────────────────── v3.8.0
Installed ProgressMeter ──────────────── v1.2.0
Installed PDMats ─────────────────────── v0.9.11
Installed DataAPI ────────────────────── v1.1.0
Installed Parsers ────────────────────── v0.3.12
Installed StatsFuns ──────────────────── v0.9.4
Installed OffsetArrays ───────────────── v1.0.3
Installed EllipsisNotation ───────────── v0.4.0
Installed RangeArrays ────────────────── v0.3.2
Installed FFMPEG ─────────────────────── v0.3.0
Installed MCMCChains ─────────────────── v3.0.4
Installed Parameters ─────────────────── v0.12.0
Installed AbstractTrees ──────────────── v0.3.2
Installed Distributions ──────────────── v0.22.5
Installed Interpolations ─────────────── v0.12.5
Installed AbstractMCMC ───────────────── v0.5.3
Installed x264_jll ───────────────────── v2019.5.25+1
Installed OpenSSL_jll ────────────────── v1.1.1+1
Installed Showoff ────────────────────── v0.3.1
Installed FFMPEG_jll ─────────────────── v4.1.0+2
Installed RecipesBase ────────────────── v0.8.0
Installed AxisArrays ─────────────────── v0.4.2
Installed FFTW ───────────────────────── v1.2.0
Installed Formatting ─────────────────── v0.4.1
Installed Ogg_jll ────────────────────── v1.3.3+0
Installed OpenBLAS_jll ───────────────── v0.3.7+7
Installed Arpack_jll ─────────────────── v3.5.0+2
Installed Missings ───────────────────── v0.4.3
Installed FFTW_jll ───────────────────── v3.3.9+4
Installed OrderedCollections ─────────── v1.1.0
Installed StatsPlots ─────────────────── v0.14.1
Installed DocStringExtensions ────────── v0.8.1
Installed DataValueInterfaces ────────── v1.0.0
Installed libfdk_aac_jll ─────────────── v0.1.6+1
Installed LoggingExtras ──────────────── v0.4.0
Installed FiniteDiff ─────────────────── v2.2.1
Installed FriBidi_jll ────────────────── v1.0.5+2
Installed Distances ──────────────────── v0.8.2
Installed DiffResults ────────────────── v1.0.2
Installed Zlib_jll ───────────────────── v1.2.11+8
Installed Documenter ─────────────────── v0.24.5
Installed IntelOpenMP_jll ────────────── v2018.0.3+0
Installed ArrayInterface ─────────────── v2.5.1
Installed IteratorInterfaceExtensions ── v1.0.0
Installed FixedPointNumbers ──────────── v0.7.1
Installed NearestNeighbors ───────────── v0.4.4
Installed StatsBase ──────────────────── v0.32.2
Installed NaNMath ────────────────────── v0.3.3
Installed PlotThemes ─────────────────── v1.0.1
Installed Clustering ─────────────────── v0.13.5
Installed ProgressLogging ────────────── v0.1.1
Installed PlotUtils ──────────────────── v0.6.3
Installed GeometryTypes ──────────────── v0.8.1
Installed LeftChildRightSiblingTrees ─── v0.1.2
Installed LineSearches ───────────────── v7.0.1
Installed Rmath ──────────────────────── v0.6.1
Installed ForwardDiff ────────────────── v0.10.9
Installed IterTools ──────────────────── v1.3.0
Installed MultivariateStats ──────────── v0.7.0
Installed NLSolversBase ──────────────── v7.6.1
Installed GR ─────────────────────────── v0.47.0
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Updating `~/.julia/environments/v1.5/Project.toml`
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Updating `~/.julia/environments/v1.5/Manifest.toml`
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80f14c24 + AbstractMCMC v0.5.3
1520ce14 + AbstractTrees v0.3.2
7d9fca2a + Arpack v0.4.0
68821587 + Arpack_jll v3.5.0+2
4fba245c + ArrayInterface v2.5.1
13072b0f + AxisAlgorithms v1.0.0
39de3d68 + AxisArrays v0.4.2
6e34b625 + Bzip2_jll v1.0.6+1
aaaa29a8 + Clustering v0.13.5
3da002f7 + ColorTypes v0.9.1
5ae59095 + Colors v0.11.2
bbf7d656 + CommonSubexpressions v0.2.0
34da2185 + Compat v3.8.0
e66e0078 + CompilerSupportLibraries_jll v0.2.0+1
88cd18e8 + ConsoleProgressMonitor v0.1.2
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9a962f9c + DataAPI v1.1.0
864edb3b + DataStructures v0.17.10
e2d170a0 + DataValueInterfaces v1.0.0
e7dc6d0d + DataValues v0.4.13
163ba53b + DiffResults v1.0.2
b552c78f + DiffRules v1.0.1
b4f34e82 + Distances v0.8.2
31c24e10 + Distributions v0.22.5
ffbed154 + DocStringExtensions v0.8.1
e30172f5 + Documenter v0.24.5
da5c29d0 + EllipsisNotation v0.4.0
c87230d0 + FFMPEG v0.3.0
b22a6f82 + FFMPEG_jll v4.1.0+2
7a1cc6ca + FFTW v1.2.0
f5851436 + FFTW_jll v3.3.9+4
1a297f60 + FillArrays v0.8.5
6a86dc24 + FiniteDiff v2.2.1
53c48c17 + FixedPointNumbers v0.7.1
59287772 + Formatting v0.4.1
f6369f11 + ForwardDiff v0.10.9
d7e528f0 + FreeType2_jll v2.10.1+1
559328eb + FriBidi_jll v1.0.5+2
28b8d3ca + GR v0.47.0
4d00f742 + GeometryTypes v0.8.1
1d5cc7b8 + IntelOpenMP_jll v2018.0.3+0
a98d9a8b + Interpolations v0.12.5
8197267c + IntervalSets v0.4.0
c8e1da08 + IterTools v1.3.0
82899510 + IteratorInterfaceExtensions v1.0.0
682c06a0 + JSON v0.21.0
7de783dc + Jags v3.0.0
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1d6d02ad + LeftChildRightSiblingTrees v0.1.2
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856f044c + MKL_jll v2019.0.117+2
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6f286f6a + MultivariateStats v0.7.0
d41bc354 + NLSolversBase v7.6.1
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b8a86587 + NearestNeighbors v0.4.4
510215fc + Observables v0.3.1
6fe1bfb0 + OffsetArrays v1.0.3
e7412a2a + Ogg_jll v1.3.3+0
4536629a + OpenBLAS_jll v0.3.7+7
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efe28fd5 + OpenSpecFun_jll v0.5.3+3
429524aa + Optim v0.20.3
91d4177d + Opus_jll v1.3.1+0
bac558e1 + OrderedCollections v1.1.0
90014a1f + PDMats v0.9.11
d96e819e + Parameters v0.12.0
69de0a69 + Parsers v0.3.12
ccf2f8ad + PlotThemes v1.0.1
995b91a9 + PlotUtils v0.6.3
91a5bcdd + Plots v0.29.6
85a6dd25 + PositiveFactorizations v0.2.3
33c8b6b6 + ProgressLogging v0.1.1
92933f4c + ProgressMeter v1.2.0
1fd47b50 + QuadGK v2.3.1
b3c3ace0 + RangeArrays v0.3.2
c84ed2f1 + Ratios v0.4.0
3cdcf5f2 + RecipesBase v0.8.0
189a3867 + Reexport v0.2.0
ae029012 + Requires v1.0.1
79098fc4 + Rmath v0.6.1
f50d1b31 + Rmath_jll v0.2.2+0
992d4aef + Showoff v0.3.1
a2af1166 + SortingAlgorithms v0.3.1
276daf66 + SpecialFunctions v0.10.0
90137ffa + StaticArrays v0.12.1
2913bbd2 + StatsBase v0.32.2
4c63d2b9 + StatsFuns v0.9.4
f3b207a7 + StatsPlots v0.14.1
ab02a1b2 + TableOperations v0.2.1
3783bdb8 + TableTraits v1.0.0
bd369af6 + Tables v1.0.3
5d786b92 + TerminalLoggers v0.1.1
cc8bc4a8 + Widgets v0.6.2
efce3f68 + WoodburyMatrices v0.5.1
83775a58 + Zlib_jll v1.2.11+8
0ac62f75 + libass_jll v0.14.0+0
f638f0a6 + libfdk_aac_jll v0.1.6+1
f27f6e37 + libvorbis_jll v1.3.6+2
1270edf5 + x264_jll v2019.5.25+1
dfaa095f + x265_jll v3.0.0+0
2a0f44e3 + Base64
ade2ca70 + Dates
8bb1440f + DelimitedFiles
8ba89e20 + Distributed
b77e0a4c + InteractiveUtils
76f85450 + LibGit2
8f399da3 + Libdl
37e2e46d + LinearAlgebra
56ddb016 + Logging
d6f4376e + Markdown
a63ad114 + Mmap
44cfe95a + Pkg
de0858da + Printf
3fa0cd96 + REPL
9a3f8284 + Random
ea8e919c + SHA
9e88b42a + Serialization
1a1011a3 + SharedArrays
6462fe0b + Sockets
2f01184e + SparseArrays
10745b16 + Statistics
4607b0f0 + SuiteSparse
8dfed614 + Test
cf7118a7 + UUIDs
4ec0a83e + Unicode
Building GR ───→ `~/.julia/packages/GR/tPkHV/deps/build.log`
Building Plots → `~/.julia/packages/Plots/rNwM4/deps/build.log`
Building FFTW ─→ `~/.julia/packages/FFTW/qqcBj/deps/build.log`
Testing Jags
Status `/tmp/jl_R36OHI/Project.toml`
34da2185 Compat v3.8.0
e30172f5 Documenter v0.24.5
7de783dc Jags v3.0.0
c7f686f2 MCMCChains v3.0.4
f3b207a7 StatsPlots v0.14.1
8bb1440f DelimitedFiles
44cfe95a Pkg
10745b16 Statistics
8dfed614 Test
4ec0a83e Unicode
Status `/tmp/jl_R36OHI/Manifest.toml`
621f4979 AbstractFFTs v0.5.0
80f14c24 AbstractMCMC v0.5.3
1520ce14 AbstractTrees v0.3.2
7d9fca2a Arpack v0.4.0
68821587 Arpack_jll v3.5.0+2
4fba245c ArrayInterface v2.5.1
13072b0f AxisAlgorithms v1.0.0
39de3d68 AxisArrays v0.4.2
6e34b625 Bzip2_jll v1.0.6+1
aaaa29a8 Clustering v0.13.5
3da002f7 ColorTypes v0.9.1
5ae59095 Colors v0.11.2
bbf7d656 CommonSubexpressions v0.2.0
34da2185 Compat v3.8.0
e66e0078 CompilerSupportLibraries_jll v0.2.0+1
88cd18e8 ConsoleProgressMonitor v0.1.2
d38c429a Contour v0.5.2
9a962f9c DataAPI v1.1.0
864edb3b DataStructures v0.17.10
e2d170a0 DataValueInterfaces v1.0.0
e7dc6d0d DataValues v0.4.13
163ba53b DiffResults v1.0.2
b552c78f DiffRules v1.0.1
b4f34e82 Distances v0.8.2
31c24e10 Distributions v0.22.5
ffbed154 DocStringExtensions v0.8.1
e30172f5 Documenter v0.24.5
da5c29d0 EllipsisNotation v0.4.0
c87230d0 FFMPEG v0.3.0
b22a6f82 FFMPEG_jll v4.1.0+2
7a1cc6ca FFTW v1.2.0
f5851436 FFTW_jll v3.3.9+4
1a297f60 FillArrays v0.8.5
6a86dc24 FiniteDiff v2.2.1
53c48c17 FixedPointNumbers v0.7.1
59287772 Formatting v0.4.1
f6369f11 ForwardDiff v0.10.9
d7e528f0 FreeType2_jll v2.10.1+1
559328eb FriBidi_jll v1.0.5+2
28b8d3ca GR v0.47.0
4d00f742 GeometryTypes v0.8.1
1d5cc7b8 IntelOpenMP_jll v2018.0.3+0
a98d9a8b Interpolations v0.12.5
8197267c IntervalSets v0.4.0
c8e1da08 IterTools v1.3.0
82899510 IteratorInterfaceExtensions v1.0.0
682c06a0 JSON v0.21.0
7de783dc Jags v3.0.0
5ab0869b KernelDensity v0.5.1
c1c5ebd0 LAME_jll v3.100.0+0
1d6d02ad LeftChildRightSiblingTrees v0.1.2
dd192d2f LibVPX_jll v1.8.1+1
d3d80556 LineSearches v7.0.1
e6f89c97 LoggingExtras v0.4.0
c7f686f2 MCMCChains v3.0.4
856f044c MKL_jll v2019.0.117+2
442fdcdd Measures v0.3.1
e1d29d7a Missings v0.4.3
6f286f6a MultivariateStats v0.7.0
d41bc354 NLSolversBase v7.6.1
77ba4419 NaNMath v0.3.3
b8a86587 NearestNeighbors v0.4.4
510215fc Observables v0.3.1
6fe1bfb0 OffsetArrays v1.0.3
e7412a2a Ogg_jll v1.3.3+0
4536629a OpenBLAS_jll v0.3.7+7
458c3c95 OpenSSL_jll v1.1.1+1
efe28fd5 OpenSpecFun_jll v0.5.3+3
429524aa Optim v0.20.3
91d4177d Opus_jll v1.3.1+0
bac558e1 OrderedCollections v1.1.0
90014a1f PDMats v0.9.11
d96e819e Parameters v0.12.0
69de0a69 Parsers v0.3.12
ccf2f8ad PlotThemes v1.0.1
995b91a9 PlotUtils v0.6.3
91a5bcdd Plots v0.29.6
85a6dd25 PositiveFactorizations v0.2.3
33c8b6b6 ProgressLogging v0.1.1
92933f4c ProgressMeter v1.2.0
1fd47b50 QuadGK v2.3.1
b3c3ace0 RangeArrays v0.3.2
c84ed2f1 Ratios v0.4.0
3cdcf5f2 RecipesBase v0.8.0
189a3867 Reexport v0.2.0
ae029012 Requires v1.0.1
79098fc4 Rmath v0.6.1
f50d1b31 Rmath_jll v0.2.2+0
992d4aef Showoff v0.3.1
a2af1166 SortingAlgorithms v0.3.1
276daf66 SpecialFunctions v0.10.0
90137ffa StaticArrays v0.12.1
2913bbd2 StatsBase v0.32.2
4c63d2b9 StatsFuns v0.9.4
f3b207a7 StatsPlots v0.14.1
ab02a1b2 TableOperations v0.2.1
3783bdb8 TableTraits v1.0.0
bd369af6 Tables v1.0.3
5d786b92 TerminalLoggers v0.1.1
cc8bc4a8 Widgets v0.6.2
efce3f68 WoodburyMatrices v0.5.1
83775a58 Zlib_jll v1.2.11+8
0ac62f75 libass_jll v0.14.0+0
f638f0a6 libfdk_aac_jll v0.1.6+1
f27f6e37 libvorbis_jll v1.3.6+2
1270edf5 x264_jll v2019.5.25+1
dfaa095f x265_jll v3.0.0+0
2a0f44e3 Base64
ade2ca70 Dates
8bb1440f DelimitedFiles
8ba89e20 Distributed
b77e0a4c InteractiveUtils
76f85450 LibGit2
8f399da3 Libdl
37e2e46d LinearAlgebra
56ddb016 Logging
d6f4376e Markdown
a63ad114 Mmap
44cfe95a Pkg
de0858da Printf
3fa0cd96 REPL
9a3f8284 Random
ea8e919c SHA
9e88b42a Serialization
1a1011a3 SharedArrays
6462fe0b Sockets
2f01184e SparseArrays
10745b16 Statistics
4607b0f0 SuiteSparse
8dfed614 Test
cf7118a7 UUIDs
4ec0a83e Unicode
Running tests for Jags-j1.2-v3.0.0:
Environment variable JULIA_SVG_BROWSER not found.
Environment variable JAGS_HOME not found. Use set_JAGS_HOME!.
Run execution_tests only if Jags is available
* test_cmd.jl *
tmpdir = "/home/pkgeval/.julia/packages/Jags/NLdF6/test/tmp"
File /home/pkgeval/.julia/packages/Jags/NLdF6/test/tmp/line1.bugs will be updated.
File /home/pkgeval/.julia/packages/Jags/NLdF6/test/tmp/line1-cmd1.jags will be updated.
Jagsmodel that will be used:
name = "line1"
ncommands = 1
nchains = 4
adapt = 1000
update = 10000
thin = 1
jagsthin = 1
monitor = Dict{String,Bool}("sigma" => 1,"alpha" => 1,"tau" => 1,"beta" => 1)
deviance = true
dic = true
popt = true
model_file = line1.bugs
data_file = line1-data.R
tmpdir = /home/pkgeval/.julia/packages/Jags/NLdF6/test/tmp
Input observed data dictionary:
Dict{String,Any} with 3 entries:
"n" => 5
"x" => [1, 2, 3, 4, 5]
"y" => [1, 3, 3, 3, 5]
Input initial values dictionary:
4-element Array{Dict{String,Any},1}:
Dict("alpha" => 0,"tau" => 1,"beta" => 0)
Dict("alpha" => 1,"tau" => 1,"beta" => 2)
Dict("alpha" => 3,"tau" => 2,"beta" => 3)
Dict("alpha" => 5,"tau" => 5,"beta" => 2)
JAGS_HOME not found.
Skipping all tests that depend on the Jags executable!
Testing Jags tests passed