02_trinity_transcriptome_assembly.sh

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# Pipeline used in:
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# "Gene expression profiling across ontogenetic stages in wood white (Leptidea sinapis) reveals pathways linked to butterfly diapause regulation."
# Luis Leal, Venkat Talla, Thomas Källman, Magne Friberg, Christer Wiklund, Vlad Dincă, Roger Vila, Niclas Backström
# Mol. Eco. (2018)
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# Luis Leal
# Uppsala University, Uppsala, Sweden, 2017
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# Transcriptome assembly using Trinity, v. 2.3.2 (Grabherr et al. 2011)
# Dependencies: sample_list.txt (adjust as required)
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Trinity --seqType fq \
        --samples_file $SAMPLE_LIST \
        --SS_lib_type RF \
        --min_contig_length 126 \
        --CPU 8 \
        --max_memory 50G \
        --output ./