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# Pipeline used in:
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# "Gene expression profiling across ontogenetic stages in wood white (Leptidea sinapis) reveals pathways linked to butterfly diapause regulation."
# Luis Leal, Venkat Talla, Thomas Källman, Magne Friberg, Christer Wiklund, Vlad Dincă, Roger Vila, Niclas Backström
# Mol. Eco. (2018)
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# Luis Leal
# Uppsala University, Uppsala, Sweden, 2017
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# Transcript quantification using kallisto, v. 0.43.0 (Bray et al., 2016)
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kallisto quant \
--index $TRANSDIR/index_kallisto/index.idx \
-o ./kallisto \
--bootstrap-samples 100 \
--rf-stranded \
--threads 1 \
$READ1_fqs_filtered_adjusted \
$READ2_fqs_filtered_adjusted