From ebfe93eca2e7f9944849ad8abcfc0bcea1a229a1 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Henry R. Winterbottom" <49202169+HenryWinterbottom-NOAA@users.noreply.github.com> Date: Tue, 30 Aug 2022 18:30:19 -0600 Subject: [PATCH] Feature/version2.0 reconfig (#3) * Removed no-longer necessary files. * Removed no-longer necessary files. * README update. * README update. * README update. * README update. * README update. * Removed no-longer necessary files. * Reorganization of configurations. --- .../3dvar => C96L127/coupled/gsi}/convinfo | 0 .../3dvar => C96L127/coupled/gsi}/gsiparm.anl | 0 .../3dvar => C96L127/coupled/gsi}/ozinfo | 0 .../3dvar => C96L127/coupled/gsi}/satinfo | 0 .../coupled/soca}/INPUT/MOM_input | 0 .../coupled/soca}/INPUT/MOM_override | 0 .../coupled/soca}/INPUT/MOM_resolution | 0 .../coupled/soca}/checkpoint_model.yaml | 0 .../coupled/soca}/staticbinit.yaml | 0 .../3dvar => C96L127/coupled/soca}/var.yaml | 0 .../coupled/ufs.cold_start}/INPUT/MOM_input | 0 .../ufs.cold_start}/INPUT/MOM_override | 0 .../ufs.cold_start}/INPUT/MOM_resolution | 0 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ufsrnr.v2.0/C96L127/uncoupled/cold-start/forecast/cntrl/field_table rename to C96L127/uncoupled/ufs.cold_start/field_table diff --git a/ufsrnr.v2.0/C96L127/uncoupled/cold-start/forecast/cntrl/input.nml b/C96L127/uncoupled/ufs.cold_start/input.nml similarity index 100% rename from ufsrnr.v2.0/C96L127/uncoupled/cold-start/forecast/cntrl/input.nml rename to C96L127/uncoupled/ufs.cold_start/input.nml diff --git a/ufsrnr.v1.0/C96L64/coupled/warm-start/forecast/cntrl/med_modelio.nml b/C96L127/uncoupled/ufs.cold_start/med_modelio.nml similarity index 100% rename from ufsrnr.v1.0/C96L64/coupled/warm-start/forecast/cntrl/med_modelio.nml rename to C96L127/uncoupled/ufs.cold_start/med_modelio.nml diff --git a/ufsrnr.v2.0/C96L127/uncoupled/cold-start/forecast/cntrl/model_configure b/C96L127/uncoupled/ufs.cold_start/model_configure similarity index 100% rename from ufsrnr.v2.0/C96L127/uncoupled/cold-start/forecast/cntrl/model_configure rename to C96L127/uncoupled/ufs.cold_start/model_configure diff --git a/ufsrnr.v2.0/C96L127/uncoupled/cold-start/forecast/cntrl/nems.configure b/C96L127/uncoupled/ufs.cold_start/nems.configure similarity index 100% rename from ufsrnr.v2.0/C96L127/uncoupled/cold-start/forecast/cntrl/nems.configure rename to C96L127/uncoupled/ufs.cold_start/nems.configure diff --git a/ufsrnr.v2.0/C96L127/uncoupled/cold-start/forecast/cntrl/data_table b/C96L127/uncoupled/ufs.warm_start/data_table similarity index 100% rename from ufsrnr.v2.0/C96L127/uncoupled/cold-start/forecast/cntrl/data_table rename to C96L127/uncoupled/ufs.warm_start/data_table diff --git a/ufsrnr.v1.0/C96L64/uncoupled/warm-start/forecast/cntrl/diag_table b/C96L127/uncoupled/ufs.warm_start/diag_table similarity index 100% rename from ufsrnr.v1.0/C96L64/uncoupled/warm-start/forecast/cntrl/diag_table rename to C96L127/uncoupled/ufs.warm_start/diag_table diff --git a/ufsrnr.v2.0/C96L127/uncoupled/warm-start/forecast/cntrl/field_table b/C96L127/uncoupled/ufs.warm_start/field_table similarity index 100% rename from ufsrnr.v2.0/C96L127/uncoupled/warm-start/forecast/cntrl/field_table rename to C96L127/uncoupled/ufs.warm_start/field_table diff --git a/ufsrnr.v2.0/C96L127/uncoupled/warm-start/forecast/cntrl/input.nml b/C96L127/uncoupled/ufs.warm_start/input.nml similarity index 100% rename from ufsrnr.v2.0/C96L127/uncoupled/warm-start/forecast/cntrl/input.nml rename to C96L127/uncoupled/ufs.warm_start/input.nml diff --git a/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/warm-start/forecast/cntrl/med_modelio.nml b/C96L127/uncoupled/ufs.warm_start/med_modelio.nml similarity index 100% rename from ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/warm-start/forecast/cntrl/med_modelio.nml rename to C96L127/uncoupled/ufs.warm_start/med_modelio.nml diff --git a/ufsrnr.v2.0/C96L127/uncoupled/warm-start/forecast/cntrl/model_configure b/C96L127/uncoupled/ufs.warm_start/model_configure similarity index 100% rename from ufsrnr.v2.0/C96L127/uncoupled/warm-start/forecast/cntrl/model_configure rename to C96L127/uncoupled/ufs.warm_start/model_configure diff --git a/ufsrnr.v2.0/C96L127/uncoupled/warm-start/forecast/cntrl/nems.configure b/C96L127/uncoupled/ufs.warm_start/nems.configure similarity index 100% rename from ufsrnr.v2.0/C96L127/uncoupled/warm-start/forecast/cntrl/nems.configure rename to C96L127/uncoupled/ufs.warm_start/nems.configure diff --git a/README.md b/README.md index 49dbf95..fc9f1ed 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -19,46 +19,47 @@ States Government. This repository contains configurations for each release of the Unified Forecast System (UFS) Reanalysis and Reforecasting (RNR) -system which can be found [here](https://github.com/noaa-psd/UFS-RNR). -To obtain the entire UFS-RNR configuration archive, do: +system which can be found here. To obtain the UFS-RNR configuration +archive for a specific UFS-RNR release, do: ~~~ -user@host:$ git clone --recursive https://github.com/noaa-psd/UFS-RNR-configurations +user@host:$ git clone --branch release/ufsrnr.v### https://github.com/noaa-psd/UFS-RNR-configurations ~~~ +where `release/ufsrnr.v###` is the respective UFS-RNR release against +which to compare. Note that the latest UFS-RNR `develop` branch +configuration will be that contained in the `develop` branch of this +repository. + # Configuration Archives -The directory tree for each respective UFS-RNR release configurations -follows that of the UFS-RNR workflow directory tree. For example, a -given directory tree for a single cycle of a 3DVAR weakly-coupled -UFS-RNR experiment would have the following structure. +The archives are paritioned according to the forecast model resolution +and UFS forecast configuration (e.g., `coupled` or `uncoupled`). For +example, a coupled UFS-RNR experiment of cubed-sphere resolution C96 +and using 127 unstaggered vertical levels would be denoted as +`C96L127/coupled`. The archive is then further partitioned according to +the UFS forecast type (i.e., `cold-start` or `warm-start`). All +cold-start dates for the respective configuration examples are +relative to 0000 UTC 01 January 2016 while the warm-start dates are +relative to 0600 UTC 01 January 2016. Each component of the UFS-RNR +contains the respective configuration files used to the respective +release baseline experiments. This includes the input files, the YAML +files (where relevant), and other necessary input files required by +the various UFS-RNR system applications. -~~~ -├── forecast -│   └── cntrl -│   ├── history -│   ├── INPUT -│   ├── INPUT_NODA -│   ├── MOM6_OUTPUT -│   ├── RESTART -├── gsi -│   └── 3dvar -├── jedi -│   ├── soca -│   │   └── 3dvar -~~~ +# UFS-RNR Application Branches and Tags + +The following table specifies the respective applications and the +corresponding tags/hashes valid for the UFS-RNR v2.0 configurations. + +
+ +| Application | Tag/Hash | +| :-------------: | :-----------: | +|
[GSI](https://github.com/jswhit/GSI)
| `750de32` | +|
[UFS](https://github.com/ufs-community/ufs-weather-model)
| `b26a896` | +|
[UFS-RNR](https://github.com/noaa-psd/UFS-RNR)
| `06747e5` | +|
[SOCA-science](https://github.com/JCSDA-internal/soca-science)
| `9dce8a7` | + +
-The configuration archives for the respective UFS-RNR releases follows -this similar logic. The archives are paritioned according to the -forecast model resolution and UFS forecast configuration (e.g., -`coupled` or `uncoupled`). For example, a coupled UFS-RNR experiment -of cubed-sphere resolution C96 and using 64 unstaggered vertical -levels would be denoted as `C96L64/coupled`. The archive is then -further partitioned according to the UFS forecast type (i.e., -`cold-start` or `warm-start`). All cold-start dates for the respective -configuration examples are relative to 0000 UTC 01 January 2016 while -the warm-start dates are relative to 0600 UTC 01 January 2016. Each -component of the UFS-RNR contains the respective configurtion files -used to the respective release baseline experiments. This includes the -input files, the YAML files (where relevant), and other necessary -input files required by the various UFS-RNR system applications. \ No newline at end of file diff --git a/ufsrnr.v1.0/C96L64/coupled/cold-start/forecast/cntrl/field_table b/ufsrnr.v1.0/C96L64/coupled/cold-start/forecast/cntrl/field_table deleted file mode 100644 index 29c192b..0000000 --- a/ufsrnr.v1.0/C96L64/coupled/cold-start/forecast/cntrl/field_table +++ /dev/null @@ -1,36 +0,0 @@ -# specific humidity for moist runs - "TRACER", "atmos_mod", "sphum" - "longname", "specific humidity" - "units", "kg/kg" - "profile_type", "fixed", "surface_value=1.e30" / -# prognostic cloud water mixing ratio - "TRACER", "atmos_mod", "liq_wat" - "longname", "cloud water mixing ratio" - "units", "kg/kg" - "profile_type", "fixed", "surface_value=1.e30" / - "TRACER", "atmos_mod", "rainwat" - "longname", "rain mixing ratio" - "units", "kg/kg" - "profile_type", "fixed", "surface_value=1.e30" / - "TRACER", "atmos_mod", "ice_wat" - "longname", "cloud ice mixing ratio" - "units", "kg/kg" - "profile_type", "fixed", "surface_value=1.e30" / - "TRACER", "atmos_mod", "snowwat" - "longname", "snow mixing ratio" - "units", "kg/kg" - "profile_type", "fixed", "surface_value=1.e30" / - "TRACER", "atmos_mod", "graupel" - "longname", "graupel mixing ratio" - "units", "kg/kg" - "profile_type", "fixed", "surface_value=1.e30" / -# prognostic ozone mixing ratio tracer - "TRACER", "atmos_mod", "o3mr" - "longname", "ozone mixing ratio" - "units", "kg/kg" - "profile_type", "fixed", "surface_value=1.e30" / -# non-prognostic cloud amount - "TRACER", "atmos_mod", "cld_amt" - "longname", "cloud amount" - "units", "1" - "profile_type", "fixed", "surface_value=1.e30" / diff --git a/ufsrnr.v1.0/C96L64/coupled/cold-start/forecast/cntrl/ice_in b/ufsrnr.v1.0/C96L64/coupled/cold-start/forecast/cntrl/ice_in deleted file mode 100644 index f5f91d6..0000000 --- a/ufsrnr.v1.0/C96L64/coupled/cold-start/forecast/cntrl/ice_in +++ /dev/null @@ -1,573 +0,0 @@ -&setup_nml - days_per_year = 365 - use_leap_years = T - year_init = 2016 - dt = 900 - npt = 999 - ndtd = 1 - runtype = "startup" - runid = "unknown" - ice_ic = "CICE.ic.nc" - restart = F - restart_ext = F - use_restart_time = F - restart_format = "nc" - lcdf64 = F - numin = 21 - numax = 89 - restart_dir = "./RESTART/" - restart_file = "iced" - pointer_file = "./ice.restart_file" - dumpfreq = "d" - dumpfreq_n = 2 - dump_last = F - bfbflag = "off" - diagfreq = 6 - diag_type = "file" - diag_file = "ice_diag.d" - print_global = T - print_points = T - latpnt(1) = 90. - lonpnt(1) = 0. - latpnt(2) = -65. - lonpnt(2) = -45. - dbug = F - histfreq = "m","d","h","x","x" - histfreq_n = 0 , 0 , 6 , 1 , 1 - hist_avg = T - history_dir = "./history/" - history_file = "iceh" - write_ic = T - incond_dir = "./history/" - incond_file = "iceh_ic" - version_name = "CICE_6.0.2" -/ -&grid_nml - grid_format = "nc" - grid_type = "tripole" - grid_file = "CICE_grid.nc" - kmt_file = "CICE_kmt.nc" - use_bathymetry = F - kcatbound = 0 - ncat = 5 - nfsd = 1 - nilyr = 7 - nslyr = 1 - nblyr = 1 - nfsd = 1 -/ -&tracer_nml - n_aero = 1 - n_zaero = 0 - n_algae = 0 - n_doc = 0 - n_dic = 0 - n_don = 0 - n_fed = 0 - n_fep = 0 - tr_iage = T - restart_age = F - tr_FY = T - restart_FY = F - tr_lvl = T - restart_lvl = F - tr_pond_cesm = F - restart_pond_cesm = F - tr_pond_topo = F - restart_pond_topo = F - tr_pond_lvl = T - restart_pond_lvl = F - tr_aero = F - restart_aero = F - tr_fsd = F - restart_fsd = F -/ -&thermo_nml - kitd = 1 - ktherm = 1 - conduct = "MU71" - a_rapid_mode = 0.5e-3 - Rac_rapid_mode = 10.0 - aspect_rapid_mode = 1.0 - dSdt_slow_mode = -5.0e-8 - phi_c_slow_mode = 0.05 - phi_i_mushy = 0.85 - sw_redist = T -/ -&dynamics_nml - kdyn = 1 - ndte = 120 - revised_evp = F - kevp_kernel = 0 - brlx = 300.0 - arlx = 300.0 - ssh_stress = "coupled" - advection = "remap" - kstrength = 1 - krdg_partic = 1 - krdg_redist = 1 - mu_rdg = 3 - Cf = 17. - Ktens = 0. - e_ratio = 2. - basalstress = F - k1 = 8. - coriolis = "latitude" - kridge = 1 - ktransport = 1 -/ -&shortwave_nml - shortwave = "dEdd" - albedo_type = "default" - albicev = 0.78 - albicei = 0.36 - albsnowv = 0.98 - albsnowi = 0.70 - ahmax = 0.3 - R_ice = 0. - R_pnd = 0. - R_snw = 1.5 - dT_mlt = 1.5 - rsnw_mlt = 1500. - kalg = 0.0 -/ -&ponds_nml - hp1 = 0.01 - hs0 = 0. - hs1 = 0.03 - dpscale = 1.e-3 - frzpnd = "hlid" - rfracmin = 0.15 - rfracmax = 1. - pndaspect = 0.8 -/ -&forcing_nml - formdrag = F - atmbndy = "default" - calc_strair = T - calc_Tsfc = T - highfreq = F - natmiter = 5 - ustar_min = 0.0005 - emissivity = 0.95 - fbot_xfer_type = "constant" - update_ocn_f = T - l_mpond_fresh = F - tfrz_option = "linear_salt" - restart_coszen = T - oceanmixed_ice = F - wave_spec_type = "none" - wave_spec_file = "unknown_wave_spec_file" - nfreq = 25 - restore_ice = F - restore_ocn = F - trestore = 90 - precip_units = "mm_per_month" - default_season = "winter" - atm_data_type = "ncar" - ocn_data_type = "default" - bgc_data_type = "default" - fe_data_type = "default" - ice_data_type = "default" - fyear_init = 1997 - ycycle = 1 - atm_data_format = "nc" - atm_data_dir = "./INPUT/gx3_forcing_fields.nc" - bgc_data_dir = "unknown_bgc_data_dir" - ocn_data_format = "bin" - ocn_data_dir = "/unknown_ocn_data_dir" - oceanmixed_file = "unknown_oceanmixed_file" -/ -&domain_nml - nprocs = 8 - nx_global = 360 - ny_global = 320 - block_size_x = 90 - block_size_y = 160 - max_blocks = -1 - processor_shape = "slenderX2" - distribution_type = "cartesian" - distribution_wght = "latitude" - ew_boundary_type = "cyclic" - ns_boundary_type = "tripole" - maskhalo_dyn = F - maskhalo_remap = F - maskhalo_bound = F -/ -&zbgc_nml - tr_brine = F - restart_hbrine = F - tr_zaero = F - modal_aero = F - skl_bgc = F - z_tracers = F - dEdd_algae = F - solve_zbgc = F - bgc_flux_type = "Jin2006" - restore_bgc = F - restart_bgc = F - scale_bgc = F - solve_zsal = F - restart_zsal = F - tr_bgc_Nit = T - tr_bgc_C = T - tr_bgc_chl = F - tr_bgc_Am = T - tr_bgc_Sil = T - tr_bgc_DMS = F - tr_bgc_PON = T - tr_bgc_hum = T - tr_bgc_DON = F - tr_bgc_Fe = T - grid_o = 0.006 - grid_o_t = 0.006 - l_sk = 0.024 - grid_oS = 0.0 - l_skS = 0.028 - phi_snow = -0.3 - initbio_frac = 0.8 - frazil_scav = 0.8 - ratio_Si2N_diatoms = 1.8 - ratio_Si2N_sp = 0.0 - ratio_Si2N_phaeo = 0.0 - ratio_S2N_diatoms = 0.03 - ratio_S2N_sp = 0.03 - ratio_S2N_phaeo = 0.03 - ratio_Fe2C_diatoms = 0.0033 - ratio_Fe2C_sp = 0.0033 - ratio_Fe2C_phaeo = 0.1 - ratio_Fe2N_diatoms = 0.023 - ratio_Fe2N_sp = 0.023 - ratio_Fe2N_phaeo = 0.7 - ratio_Fe2DON = 0.023 - ratio_Fe2DOC_s = 0.1 - ratio_Fe2DOC_l = 0.033 - fr_resp = 0.05 - tau_min = 5200.0 - tau_max = 173000.0 - algal_vel = 0.0000000111 - R_dFe2dust = 0.035 - dustFe_sol = 0.005 - chlabs_diatoms = 0.03 - chlabs_sp = 0.01 - chlabs_phaeo = 0.05 - alpha2max_low_diatoms = 0.8 - alpha2max_low_sp = 0.67 - alpha2max_low_phaeo = 0.67 - beta2max_diatoms = 0.018 - beta2max_sp = 0.0025 - beta2max_phaeo = 0.01 - mu_max_diatoms = 1.44 - mu_max_sp = 0.851 - mu_max_phaeo = 0.851 - grow_Tdep_diatoms = 0.06 - grow_Tdep_sp = 0.06 - grow_Tdep_phaeo = 0.06 - fr_graze_diatoms = 0.0 - fr_graze_sp = 0.1 - fr_graze_phaeo = 0.1 - mort_pre_diatoms = 0.007 - mort_pre_sp = 0.007 - mort_pre_phaeo = 0.007 - mort_Tdep_diatoms = 0.03 - mort_Tdep_sp = 0.03 - mort_Tdep_phaeo = 0.03 - k_exude_diatoms = 0.0 - k_exude_sp = 0.0 - k_exude_phaeo = 0.0 - K_Nit_diatoms = 1.0 - K_Nit_sp = 1.0 - K_Nit_phaeo = 1.0 - K_Am_diatoms = 0.3 - K_Am_sp = 0.3 - K_Am_phaeo = 0.3 - K_Sil_diatoms = 4.0 - K_Sil_sp = 0.0 - K_Sil_phaeo = 0.0 - K_Fe_diatoms = 1.0 - K_Fe_sp = 0.2 - K_Fe_phaeo = 0.1 - f_don_protein = 0.6 - kn_bac_protein = 0.03 - f_don_Am_protein = 0.25 - f_doc_s = 0.4 - f_doc_l = 0.4 - f_exude_s = 1.0 - f_exude_l = 1.0 - k_bac_s = 0.03 - k_bac_l = 0.03 - T_max = 0.0 - fsal = 1.0 - op_dep_min = 0.1 - fr_graze_s = 0.5 - fr_graze_e = 0.5 - fr_mort2min = 0.5 - fr_dFe = 0.3 - k_nitrif = 0.0 - t_iron_conv = 3065.0 - max_loss = 0.9 - max_dfe_doc1 = 0.2 - fr_resp_s = 0.75 - y_sk_DMS = 0.5 - t_sk_conv = 3.0 - t_sk_ox = 10.0 - algaltype_diatoms = 0.0 - algaltype_sp = 0.5 - algaltype_phaeo = 0.5 - nitratetype = -1.0 - ammoniumtype = 1.0 - silicatetype = -1.0 - dmspptype = 0.5 - dmspdtype = -1.0 - humtype = 1.0 - doctype_s = 0.5 - doctype_l = 0.5 - dontype_protein = 0.5 - fedtype_1 = 0.5 - feptype_1 = 0.5 - zaerotype_bc1 = 1.0 - zaerotype_bc2 = 1.0 - zaerotype_dust1 = 1.0 - zaerotype_dust2 = 1.0 - zaerotype_dust3 = 1.0 - zaerotype_dust4 = 1.0 - ratio_C2N_diatoms = 7.0 - ratio_C2N_sp = 7.0 - ratio_C2N_phaeo = 7.0 - ratio_chl2N_diatoms = 2.1 - ratio_chl2N_sp = 1.1 - ratio_chl2N_phaeo = 0.84 - F_abs_chl_diatoms = 2.0 - F_abs_chl_sp = 4.0 - F_abs_chl_phaeo = 5.0 - ratio_C2N_proteins = 7.0 -/ -&icefields_nml - f_tmask = T - f_blkmask = T - f_tarea = T - f_uarea = T - f_dxt = F - f_dyt = F - f_dxu = F - f_dyu = F - f_HTN = F - f_HTE = F - f_ANGLE = T - f_ANGLET = T - f_NCAT = T - f_VGRDi = F - f_VGRDs = F - f_VGRDb = F - f_VGRDa = T - f_bounds = F - f_aice = "mdhxx" - f_hi = "mdhxx" - f_hs = "mdhxx" - f_Tsfc = "mdhxx" - 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del_azimuth = 5., - del_elev = 0.25, - del_range = 5000., - del_time = 0.5, - elev_angle_max = 5., - minnum = 50, - range_max = 100000., - l2superob_only = F, - / - &LAG_DATA - / - &HYBRID_ENSEMBLE - l_hyb_ens = F, - / - &RAPIDREFRESH_CLDSURF - / - &CHEM - / - &NST - / - &SINGLEOB_TEST - / -OBS_INPUT:: - prepbufr ps null ps 0.0 0 0 - prepbufr t null t 0.0 0 0 - prepbufr q null q 0.0 0 0 - prepbufr pw null pw 0.0 0 0 - prepbufr_profl t null t 0.0 0 0 - prepbufr_profl q null q 0.0 0 0 - prepbufr_profl uv null uv 0.0 0 0 - satwndbufr uv null uv 0.0 0 0 - prepbufr uv null uv 0.0 0 0 - prepbufr spd null spd 0.0 0 0 - prepbufr dw null dw 0.0 0 0 - radarbufr rw null rw 0.0 0 0 - nsstbufr sst nsst sst 0.0 0 0 - gpsrobufr gps_bnd null gps 0.0 0 0 - ssmirrbufr pcp_ssmi dmsp pcp_ssmi 0.0 -1 0 - tmirrbufr pcp_tmi trmm pcp_tmi 0.0 -1 0 - sbuvbufr sbuv2 n11 sbuv8_n11 0.0 0 0 - sbuvbufr sbuv2 n14 sbuv8_n14 0.0 0 0 - sbuvbufr sbuv2 n16 sbuv8_n16 0.0 0 0 - sbuvbufr sbuv2 n17 sbuv8_n17 0.0 0 0 - sbuvbufr sbuv2 n18 sbuv8_n18 0.0 0 0 - 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ssmitbufr ssmi f15 ssmi_f15 0.0 1 0 - amsrebufr amsre_low aqua amsre_aqua 0.0 1 0 - amsrebufr amsre_mid aqua amsre_aqua 0.0 1 0 - amsrebufr amsre_hig aqua amsre_aqua 0.0 1 0 - ssmisbufr ssmis f16 ssmis_f16 0.0 1 0 - ssmisbufr ssmis f17 ssmis_f17 0.0 1 0 - ssmisbufr ssmis f18 ssmis_f18 0.0 1 0 - ssmisbufr ssmis f19 ssmis_f19 0.0 1 0 - gsnd1bufr sndr g08 sndr_g08 0.0 1 0 - gsnd1bufr sndr g09 sndr_g09 0.0 1 0 - gsnd1bufr sndr g10 sndr_g10 0.0 1 0 - gsnd1bufr sndr g11 sndr_g11 0.0 1 0 - gsnd1bufr sndr g12 sndr_g12 0.0 1 0 - gsnd1bufr sndrd1 g12 sndrD1_g12 0.0 1 0 - gsnd1bufr sndrd2 g12 sndrD2_g12 0.0 1 0 - gsnd1bufr sndrd3 g12 sndrD3_g12 0.0 1 0 - gsnd1bufr sndrd4 g12 sndrD4_g12 0.0 1 0 - gsnd1bufr sndrd1 g11 sndrD1_g11 0.0 1 0 - gsnd1bufr sndrd2 g11 sndrD2_g11 0.0 1 0 - gsnd1bufr sndrd3 g11 sndrD3_g11 0.0 1 0 - gsnd1bufr sndrd4 g11 sndrD4_g11 0.0 1 0 - gsnd1bufr sndrd1 g13 sndrD1_g13 0.0 1 0 - gsnd1bufr sndrd2 g13 sndrD2_g13 0.0 1 0 - gsnd1bufr sndrd3 g13 sndrD3_g13 0.0 1 0 - gsnd1bufr sndrd4 g13 sndrD4_g13 0.0 1 0 - gsnd1bufr sndrd1 g14 sndrD1_g14 0.0 1 0 - gsnd1bufr sndrd2 g14 sndrD2_g14 0.0 1 0 - gsnd1bufr sndrd3 g14 sndrD3_g14 0.0 1 0 - gsnd1bufr sndrd4 g14 sndrD4_g14 0.0 1 0 - gsnd1bufr sndrd1 g15 sndrD1_g15 0.0 1 0 - gsnd1bufr sndrd2 g15 sndrD2_g15 0.0 1 0 - gsnd1bufr sndrd3 g15 sndrD3_g15 0.0 1 0 - gsnd1bufr sndrd4 g15 sndrD4_g15 0.0 1 0 - iasibufr iasi metop-a iasi_metop-a 0.0 1 1 - gomebufr gome metop-a gome_metop-a 0.0 2 0 - omibufr omi aura omi_aura 0.0 2 0 - hirs4bufr hirs4 n18 hirs4_n18 0.0 1 1 - hirs4bufr hirs4 n19 hirs4_n19 0.0 1 1 - amsuabufr amsua n19 amsua_n19 0.0 1 1 - mhsbufr mhs n19 mhs_n19 0.0 1 1 - tcvitl tcp null tcp 0.0 0 0 - seviribufr seviri m08 seviri_m08 0.0 1 0 - seviribufr seviri m09 seviri_m09 0.0 1 0 - seviribufr seviri m10 seviri_m10 0.0 1 0 - hirs4bufr hirs4 metop-b hirs4_metop-b 0.0 1 0 - amsuabufr amsua metop-b amsua_metop-b 0.0 1 0 - mhsbufr mhs metop-b mhs_metop-b 0.0 1 0 - iasibufr iasi metop-b iasi_metop-b 0.0 1 0 - gomebufr gome metop-b gome_metop-b 0.0 2 0 - atmsbufr atms npp atms_npp 0.0 1 1 - atmsbufr atms n20 atms_n20 0.0 1 1 - crisbufr cris npp cris_npp 0.0 1 0 - crisfsbufr cris-fsr npp cris-fsr_npp 0.0 1 0 - crisfsbufr cris-fsr n20 cris-fsr_n20 0.0 1 0 - avhambufr avhrr n15 avhrr3_n15 0.0 1 0 - avhambufr avhrr n17 avhrr3_n17 0.0 1 0 - avhambufr avhrr metop-a avhrr3_metop-a 0.0 1 0 - avhambufr avhrr metop-b avhrr3_metop-b 0.0 1 0 - avhpmbufr avhrr n14 avhrr2_n14 0.0 1 0 - avhpmbufr avhrr n16 avhrr3_n16 0.0 1 0 - avhpmbufr avhrr n18 avhrr3_n18 0.0 1 0 - avhpmbufr avhrr n19 avhrr3_n19 0.0 1 0 - oscatbufr uv null uv 0.0 0 0 - mlsbufr mls30 aura mls30_aura 0.0 0 0 - amsr2bufr amsr2 gcom-w1 amsr2_gcom-w1 0.0 3 0 - gmibufr gmi gpm gmi_gpm 0.0 3 0 - saphirbufr saphir meghat saphir_meghat 0.0 3 0 - ahibufr ahi himawari8 ahi_himawari8 0.0 1 0 - abibufr abi g16 abi_g16 0.0 1 0 - abibufr abi g17 abi_g17 0.0 1 0 - rapidscatbufr uv null uv 0.0 0 0 - ompsnpbufr ompsnp npp ompsnp_npp 0.0 0 0 - ompstcbufr ompstc8 npp ompstc8_npp 0.0 2 0 - amsuabufr amsua metop-c amsua_metop-c 0.0 1 1 - mhsbufr mhs metop-c mhs_metop-c 0.0 1 1 - iasibufr iasi metop-c iasi_metop-c 0.0 1 1 -:: \ No newline at end of file diff --git a/ufsrnr.v1.0/C96L64/coupled/warm-start/forecast/cntrl/INPUT/MOM_input b/ufsrnr.v1.0/C96L64/coupled/warm-start/forecast/cntrl/INPUT/MOM_input deleted file mode 100644 index 072321d..0000000 --- a/ufsrnr.v1.0/C96L64/coupled/warm-start/forecast/cntrl/INPUT/MOM_input +++ /dev/null @@ -1,799 +0,0 @@ -! This file was written by the model and records all non-layout or debugging parameters used at run-time. - -! === module MOM === - -RESTART_CHECKSUMS_REQUIRED = F - -! === module MOM_unit_scaling === -! Parameters for doing unit scaling of variables. -USE_REGRIDDING = True ! [Boolean] default = False - ! If True, use the ALE algorithm (regridding/remapping). If False, use the - ! layered isopycnal algorithm. -THICKNESSDIFFUSE = True ! [Boolean] default = False - ! If true, interface heights are diffused with a coefficient of KHTH. -THICKNESSDIFFUSE_FIRST = True ! [Boolean] default = False - ! If true, do thickness diffusion before dynamics. This is only used if - ! THICKNESSDIFFUSE is true. -DT = 900 ! [s] - ! The (baroclinic) dynamics time step. The time-step that is actually used will - ! be an integer fraction of the forcing time-step (DT_FORCING in ocean-only mode - ! or the coupling timestep in coupled mode.) -DT_THERM = 1800 ! [s] default = 1800.0 - ! The thermodynamic and tracer advection time step. Ideally DT_THERM should be - ! an integer multiple of DT and less than the forcing or coupling time-step, - ! unless THERMO_SPANS_COUPLING is true, in which case DT_THERM can be an integer - ! multiple of the coupling timestep. By default DT_THERM is set to DT. -THERMO_SPANS_COUPLING = True ! [Boolean] default = False - ! If true, the MOM will take thermodynamic and tracer timesteps that can be - ! longer than the coupling timestep. The actual thermodynamic timestep that is - ! used in this case is the largest integer multiple of the coupling timestep - ! that is less than or equal to DT_THERM. -HFREEZE = 20.0 ! [m] default = -1.0 - ! If HFREEZE > 0, melt potential will be computed. The actual depth - ! over which melt potential is computed will be min(HFREEZE, OBLD) - ! where OBLD is the boundary layer depth. If HFREEZE <= 0 (default) - ! melt potential will not be computed. -DTBT_RESET_PERIOD = -1.0 ! [s] default = 7200.0 - ! The period between recalculations of DTBT (if DTBT <= 0). If DTBT_RESET_PERIOD - ! is negative, DTBT is set based only on information available at - ! initialization. If 0, DTBT will be set every dynamics time step. The default - ! is set by DT_THERM. This is only used if SPLIT is true. -FRAZIL = True ! [Boolean] default = False - ! If true, water freezes if it gets too cold, and the accumulated heat deficit - ! is returned in the surface state. FRAZIL is only used if - ! ENABLE_THERMODYNAMICS is true. -BOUND_SALINITY = True ! [Boolean] default = False - ! If true, limit salinity to being positive. (The sea-ice model may ask for more - ! salt than is available and drive the salinity negative otherwise.) -MIN_SALINITY = 0.01 ! [PPT] default = 0.0 - ! The minimum value of salinity when BOUND_SALINITY=True. -C_P = 3925.0 ! [J kg-1 K-1] default = 3991.86795711963 - ! The heat capacity of sea water, approximated as a constant. This is only used - ! if ENABLE_THERMODYNAMICS is true. The default value is from the TEOS-10 - ! definition of conservative temperature. -USE_PSURF_IN_EOS = False ! [Boolean] default = True - ! If true, always include the surface pressure contributions in equation of - ! state calculations. -CHECK_BAD_SURFACE_VALS = True ! [Boolean] default = False - ! If true, check the surface state for ridiculous values. -BAD_VAL_SSH_MAX = 50.0 ! [m] default = 20.0 - ! The value of SSH above which a bad value message is triggered, if - ! CHECK_BAD_SURFACE_VALS is true. -BAD_VAL_SSS_MAX = 75.0 ! [PPT] default = 45.0 - ! The value of SSS above which a bad value message is triggered, if - ! CHECK_BAD_SURFACE_VALS is true. -BAD_VAL_SST_MAX = 55.0 ! [deg C] default = 45.0 - ! The value of SST above which a bad value message is triggered, if - ! CHECK_BAD_SURFACE_VALS is true. -BAD_VAL_SST_MIN = -3.0 ! [deg C] default = -2.1 - ! The value of SST below which a bad value message is triggered, if - ! CHECK_BAD_SURFACE_VALS is true. -DEFAULT_2018_ANSWERS = True ! [Boolean] default = False - ! This sets the default value for the various _2018_ANSWERS parameters. -WRITE_GEOM = 2 ! default = 1 - ! If =0, never write the geometry and vertical grid files. If =1, write the - ! geometry and vertical grid files only for a new simulation. If =2, always - ! write the geometry and vertical grid files. Other values are invalid. - -! === module MOM_domains === -TRIPOLAR_N = True ! [Boolean] default = False - ! Use tripolar connectivity at the northern edge of the domain. With - ! TRIPOLAR_N, NIGLOBAL must be even. -NIGLOBAL = 360 ! - ! The total number of thickness grid points in the x-direction in the physical - ! domain. With STATIC_MEMORY_ this is set in MOM_memory.h at compile time. -NJGLOBAL = 320 ! - ! The total number of thickness grid points in the y-direction in the physical - ! domain. With STATIC_MEMORY_ this is set in MOM_memory.h at compile time. - -! === module MOM_hor_index === -! Sets the horizontal array index types. - -! === module MOM_fixed_initialization === -INPUTDIR = "INPUT" ! default = "." - ! The directory in which input files are found. - -! === module MOM_grid_init === -GRID_CONFIG = "mosaic" ! - ! A character string that determines the method for defining the horizontal - ! grid. Current options are: - ! mosaic - read the grid from a mosaic (supergrid) - ! file set by GRID_FILE. - ! cartesian - use a (flat) Cartesian grid. - ! spherical - use a simple spherical grid. - ! mercator - use a Mercator spherical grid. -GRID_FILE = "ocean_hgrid.nc" ! - ! Name of the file from which to read horizontal grid data. -GRID_ROTATION_ANGLE_BUGS = False ! [Boolean] default = True - ! If true, use an older algorithm to calculate the sine and - ! cosines needed rotate between grid-oriented directions and - ! true north and east. Differences arise at the tripolar fold -USE_TRIPOLAR_GEOLONB_BUG = False ! [Boolean] default = False - ! If true, use older code that incorrectly sets the longitude in some points - ! along the tripolar fold to be off by 360 degrees. -TOPO_FILE = "ocean_topography.nc" -TOPO_CONFIG = "file" ! - ! This specifies how bathymetry is specified: - ! file - read bathymetric information from the file - ! specified by (TOPO_FILE). - ! flat - flat bottom set to MAXIMUM_DEPTH. - ! bowl - an analytically specified bowl-shaped basin - ! ranging between MAXIMUM_DEPTH and MINIMUM_DEPTH. - ! spoon - a similar shape to 'bowl', but with an vertical - ! wall at the southern face. - ! halfpipe - a zonally uniform channel with a half-sine - ! profile in the meridional direction. - ! bbuilder - build topography from list of functions. - ! benchmark - use the benchmark test case topography. - ! Neverworld - use the Neverworld test case topography. - ! DOME - use a slope and channel configuration for the - ! DOME sill-overflow test case. - ! ISOMIP - use a slope and channel configuration for the - ! ISOMIP test case. - ! DOME2D - use a shelf and slope configuration for the - ! DOME2D gravity current/overflow test case. - ! Kelvin - flat but with rotated land mask. - ! seamount - Gaussian bump for spontaneous motion test case. - ! dumbbell - Sloshing channel with reservoirs on both ends. - ! shelfwave - exponential slope for shelfwave test case. - ! Phillips - ACC-like idealized topography used in the Phillips config. - ! dense - Denmark Strait-like dense water formation and overflow. - ! USER - call a user modified routine. -TOPO_EDITS_FILE = "ocean_topo_edits.nc" ! default = "" - ! The file from which to read a list of i,j,z topography overrides. -MAXIMUM_DEPTH = 6500.0 ! [m] - ! The maximum depth of the ocean. -MINIMUM_DEPTH = 9.5 ! [m] default = 0.0 - ! If MASKING_DEPTH is unspecified, then anything shallower than MINIMUM_DEPTH is - ! assumed to be land and all fluxes are masked out. If MASKING_DEPTH is - ! specified, then all depths shallower than MINIMUM_DEPTH but deeper than - ! MASKING_DEPTH are rounded to MINIMUM_DEPTH. - -! === module MOM_open_boundary === -! Controls where open boundaries are located, what kind of boundary condition to impose, and what data to apply, -! if any. -MASKING_DEPTH = 0.0 ! [m] default = -9999.0 - ! The depth below which to mask points as land points, for which all fluxes are - ! zeroed out. MASKING_DEPTH is ignored if negative. -CHANNEL_CONFIG = "list" ! default = "none" - ! A parameter that determines which set of channels are - ! restricted to specific widths. Options are: - ! none - All channels have the grid width. - ! global_1deg - Sets 16 specific channels appropriate - ! for a 1-degree model, as used in CM2G. - ! list - Read the channel locations and widths from a - ! text file, like MOM_channel_list in the MOM_SIS - ! test case. - ! file - Read open face widths everywhere from a - ! NetCDF file on the model grid. -CHANNEL_LIST_FILE = "ocean_channels.nc" ! default = "MOM_channel_list" - ! The file from which the list of narrowed channels is read. - -! === module MOM_verticalGrid === -! Parameters providing information about the vertical grid. -NK = 75 ! [nondim] - ! The number of model layers. - -! === module MOM_tracer_registry === - -! === module MOM_EOS === -TFREEZE_FORM = "MILLERO_78" ! default = "LINEAR" - ! TFREEZE_FORM determines which expression should be used for the freezing - ! point. Currently, the valid choices are "LINEAR", "MILLERO_78", "TEOS10" - -! === module MOM_restart === -PARALLEL_RESTARTFILES = True ! [Boolean] default = False - ! If true, each processor writes its own restart file, otherwise a single - ! restart file is generated - -! === module MOM_tracer_flow_control === -USE_IDEAL_AGE_TRACER = False ! [Boolean] default = False - ! If true, use the ideal_age_example tracer package. - -! === module ideal_age_example === - -! === module MOM_coord_initialization === -COORD_CONFIG = "file" ! default = "none" - ! This specifies how layers are to be defined: - ! ALE or none - used to avoid defining layers in ALE mode - ! file - read coordinate information from the file - ! specified by (COORD_FILE). - ! BFB - Custom coords for buoyancy-forced basin case - ! based on SST_S, T_BOT and DRHO_DT. - ! linear - linear based on interfaces not layers - ! layer_ref - linear based on layer densities - ! ts_ref - use reference temperature and salinity - ! ts_range - use range of temperature and salinity - ! (T_REF and S_REF) to determine surface density - ! and GINT calculate internal densities. - ! gprime - use reference density (RHO_0) for surface - ! density and GINT calculate internal densities. - ! ts_profile - use temperature and salinity profiles - ! (read from COORD_FILE) to set layer densities. - ! USER - call a user modified routine. -COORD_FILE = "ocean_layer_coord.nc" ! - ! The file from which the coordinate densities are read. -REMAP_UV_USING_OLD_ALG = True ! [Boolean] default = False - ! If true, uses the old remapping-via-a-delta-z method for remapping u and v. If - ! false, uses the new method that remaps between grids described by an old and - ! new thickness. -REGRIDDING_COORDINATE_MODE = "HYCOM1" ! default = "LAYER" - ! Coordinate mode for vertical regridding. Choose among the following - ! possibilities: LAYER - Isopycnal or stacked shallow water layers - ! ZSTAR, Z* - stretched geopotential z* - ! SIGMA_SHELF_ZSTAR - stretched geopotential z* ignoring shelf - ! SIGMA - terrain following coordinates - ! RHO - continuous isopycnal - ! HYCOM1 - HyCOM-like hybrid coordinate - ! SLIGHT - stretched coordinates above continuous isopycnal - ! ADAPTIVE - optimize for smooth neutral density surfaces -BOUNDARY_EXTRAPOLATION = True ! [Boolean] default = False - ! When defined, a proper high-order reconstruction scheme is used within - ! boundary cells rather than PCM. E.g., if PPM is used for remapping, a PPM - ! reconstruction will also be used within boundary cells. -ALE_COORDINATE_CONFIG = "HYBRID:ocean_vcoord_file.nc,sigma2,FNC1:2,4000,4.5,.01" ! default = "UNIFORM" - ! Determines how to specify the coordinate resolution. Valid options are: - ! PARAM - use the vector-parameter ALE_RESOLUTION - ! UNIFORM[:N] - uniformly distributed - ! FILE:string - read from a file. The string specifies - ! the filename and variable name, separated - ! by a comma or space, e.g. FILE:lev.nc,dz - ! or FILE:lev.nc,interfaces=zw - ! WOA09[:N] - the WOA09 vertical grid (approximately) - ! FNC1:string - FNC1:dz_min,H_total,power,precision - ! HYBRID:string - read from a file. The string specifies - ! the filename and two variable names, separated - ! by a comma or space, for sigma-2 and dz. e.g. - ! HYBRID:vgrid.nc,sigma2,dz -!ALE_RESOLUTION = 7*2.0, 2*2.01, 2.02, 2.03, 2.05, 2.08, 2.11, 2.15, 2.21, 2.2800000000000002, 2.37, 2.48, 2.61, 2.77, 2.95, 3.17, 3.4299999999999997, 3.74, 4.09, 4.49, 4.95, 5.48, 6.07, 6.74, 7.5, 8.34, 9.280000000000001, 10.33, 11.49, 12.77, 14.19, 15.74, 17.450000000000003, 19.31, 21.35, 23.56, 25.97, 28.580000000000002, 31.41, 34.47, 37.77, 41.32, 45.14, 49.25, 53.65, 58.370000000000005, 63.42, 68.81, 74.56, 80.68, 87.21000000000001, 94.14, 101.51, 109.33, 117.62, 126.4, 135.68, 145.5, 155.87, 166.81, 178.35, 190.51, 203.31, 216.78, 230.93, 245.8, 261.42, 277.83 ! [m] - ! The distribution of vertical resolution for the target - ! grid used for Eulerian-like coordinates. For example, - ! in z-coordinate mode, the parameter is a list of level - ! thicknesses (in m). In sigma-coordinate mode, the list - ! is of non-dimensional fractions of the water column. -!TARGET_DENSITIES = 1010.0, 1014.3034, 1017.8088, 1020.843, 1023.5566, 1025.813, 1027.0275, 1027.9114, 1028.6422, 1029.2795, 1029.852, 1030.3762, 1030.8626, 1031.3183, 1031.7486, 1032.1572, 1032.5471, 1032.9207, 1033.2798, 1033.6261, 1033.9608, 1034.2519, 1034.4817, 1034.6774, 1034.8508, 1035.0082, 1035.1533, 1035.2886, 1035.4159, 1035.5364, 1035.6511, 1035.7608, 1035.8661, 1035.9675, 1036.0645, 1036.1554, 1036.2411, 1036.3223, 1036.3998, 1036.4739, 1036.5451, 1036.6137, 1036.68, 1036.7441, 1036.8062, 1036.8526, 1036.8874, 1036.9164, 1036.9418, 1036.9647, 1036.9857, 1037.0052, 1037.0236, 1037.0409, 1037.0574, 1037.0738, 1037.0902, 1037.1066, 1037.123, 1037.1394, 1037.1558, 1037.1722, 1037.1887, 1037.206, 1037.2241, 1037.2435, 1037.2642, 1037.2866, 1037.3112, 1037.3389, 1037.3713, 1037.4118, 1037.475, 1037.6332, 1037.8104, 1038.0 ! [m] - ! HYBRID target densities for interfaces -MAXIMUM_INT_DEPTH_CONFIG = "FNC1:5,8000.0,1.0,.01" ! default = "NONE" - ! Determines how to specify the maximum interface depths. - ! Valid options are: - ! NONE - there are no maximum interface depths - ! PARAM - use the vector-parameter MAXIMUM_INTERFACE_DEPTHS - ! FILE:string - read from a file. The string specifies - ! the filename and variable name, separated - ! by a comma or space, e.g. FILE:lev.nc,Z - ! FNC1:string - FNC1:dz_min,H_total,power,precision -!MAXIMUM_INT_DEPTHS = 0.0, 5.0, 12.75, 23.25, 36.49, 52.480000000000004, 71.22, 92.71000000000001, 116.94000000000001, 143.92000000000002, 173.65, 206.13, 241.36, 279.33000000000004, 320.05000000000007, 363.5200000000001, 409.7400000000001, 458.7000000000001, 510.4100000000001, 564.8700000000001, 622.0800000000002, 682.0300000000002, 744.7300000000002, 810.1800000000003, 878.3800000000003, 949.3300000000004, 1023.0200000000004, 1099.4600000000005, 1178.6500000000005, 1260.5900000000006, 1345.2700000000007, 1432.7000000000007, 1522.8800000000008, 1615.8100000000009, 1711.490000000001, 1809.910000000001, 1911.080000000001, 2015.0000000000011, 2121.670000000001, 2231.080000000001, 2343.2400000000007, 2458.1500000000005, 2575.8100000000004, 2696.2200000000003, 2819.3700000000003, 2945.2700000000004, 3073.9200000000005, 3205.3200000000006, 3339.4600000000005, 3476.3500000000004, 3615.9900000000002, 3758.38, 3903.52, 4051.4, 4202.03, 4355.41, 4511.54, 4670.41, 4832.03, 4996.4, 5163.5199999999995, 5333.379999999999, 5505.989999999999, 5681.3499999999985, 5859.459999999998, 6040.319999999998, 6223.919999999998, 6410.269999999999, 6599.369999999999, 6791.219999999999, 6985.8099999999995, 7183.15, 7383.24, 7586.08, 7791.67, 8000.0 - ! The list of maximum depths for each interface. -MAX_LAYER_THICKNESS_CONFIG = "FNC1:400,31000.0,0.1,.01" ! default = "NONE" - ! Determines how to specify the maximum layer thicknesses. - ! Valid options are: - ! NONE - there are no maximum layer thicknesses - ! PARAM - use the vector-parameter MAX_LAYER_THICKNESS - ! FILE:string - read from a file. The string specifies - ! the filename and variable name, separated - ! by a comma or space, e.g. FILE:lev.nc,Z - ! FNC1:string - FNC1:dz_min,H_total,power,precision -!MAX_LAYER_THICKNESS = 400.0, 409.63, 410.32, 410.75, 411.07, 411.32, 411.52, 411.7, 411.86, 412.0, 412.13, 412.24, 412.35, 412.45, 412.54, 412.63, 412.71, 412.79, 412.86, 412.93, 413.0, 413.06, 413.12, 413.18, 413.24, 413.29, 413.34, 413.39, 413.44, 413.49, 413.54, 413.58, 413.62, 413.67, 413.71, 413.75, 413.78, 413.82, 413.86, 413.9, 413.93, 413.97, 414.0, 414.03, 414.06, 414.1, 414.13, 414.16, 414.19, 414.22, 414.24, 414.27, 414.3, 414.33, 414.35, 414.38, 414.41, 414.43, 414.46, 414.48, 414.51, 414.53, 414.55, 414.58, 414.6, 414.62, 414.65, 414.67, 414.69, 414.71, 414.73, 414.75, 414.77, 414.79, 414.83 ! [m] - ! The list of maximum thickness for each layer. -REMAPPING_SCHEME = "PPM_H4" ! default = "PLM" - ! This sets the reconstruction scheme used for vertical remapping for all - ! variables. It can be one of the following schemes: PCM (1st-order - ! accurate) - ! PLM (2nd-order accurate) - ! PPM_H4 (3rd-order accurate) - ! PPM_IH4 (3rd-order accurate) - ! PQM_IH4IH3 (4th-order accurate) - ! PQM_IH6IH5 (5th-order accurate) - -! === module MOM_grid === -! Parameters providing information about the lateral grid. - -! === module MOM_state_initialization === -INIT_LAYERS_FROM_Z_FILE = False ! [Boolean] default = False - ! If true, initialize the layer thicknesses, temperatures, and salinities from a - ! Z-space file on a latitude-longitude grid. -THICKNESS_CONFIG = "thickness_file" -THICKNESS_FILE = "MOM6.ic.nc" -TS_CONFIG = "file" -TS_FILE = "MOM6.ic.nc" -TEMP_IC_VAR = "Temp" -VELOCITY_CONFIG = "file" -VELOCITY_FILE = "MOM6.ic.nc" - -! === module MOM_initialize_layers_from_Z === -TEMP_SALT_Z_INIT_FILE = "MOM6_IC_TS.nc" - ! The name of the z-space input file used to initialize - ! temperatures (T) and salinities (S). If T and S are not - ! in the same file, TEMP_Z_INIT_FILE and SALT_Z_INIT_FILE - ! must be set. -Z_INIT_FILE_PTEMP_VAR = "temp" ! default = "ptemp" - ! The name of the potential temperature variable in - ! TEMP_Z_INIT_FILE. -Z_INIT_FILE_SALT_VAR = "salt" ! default = "salt" - ! The name of the salinity variable in - ! SALT_Z_INIT_FILE. -Z_INIT_ALE_REMAPPING = True ! [Boolean] default = False - ! If True, then remap straight to model coordinate from file. - -! === module MOM_diag_mediator === -!Jiande NUM_DIAG_COORDS = 2 ! default = 1 -NUM_DIAG_COORDS = 1 - ! The number of diagnostic vertical coordinates to use. - ! For each coordinate, an entry in DIAG_COORDS must be provided. -!Jiande DIAG_COORDS = "z Z ZSTAR", "rho2 RHO2 RHO" ! -DIAG_COORDS = "z Z ZSTAR" -!DIAG_COORDS = "rho RHO RHO" - ! A list of string tuples associating diag_table modules to - ! a coordinate definition used for diagnostics. Each string - ! is of the form "MODULE_SUFFIX,PARAMETER_SUFFIX,COORDINATE_NAME". -DIAG_COORD_DEF_Z="FILE:ocean_interpolate_zgrid.nc,interfaces=zw" -DIAG_MISVAL = -1e34 -!Jiande DIAG_COORD_DEF_RHO2 = "RFNC1:35,999.5,1028,1028.5,8.,1038.,0.0078125" ! default = "WOA09" - ! Determines how to specify the coordinate - ! resolution. Valid options are: - ! PARAM - use the vector-parameter DIAG_COORD_RES_RHO2 - ! UNIFORM[:N] - uniformly distributed - ! FILE:string - read from a file. The string specifies - ! the filename and variable name, separated - ! by a comma or space, e.g. FILE:lev.nc,dz - ! or FILE:lev.nc,interfaces=zw - ! WOA09[:N] - the WOA09 vertical grid (approximately) - ! FNC1:string - FNC1:dz_min,H_total,power,precision - ! HYBRID:string - read from a file. The string specifies - ! the filename and two variable names, separated - ! by a comma or space, for sigma-2 and dz. e.g. - ! HYBRID:vgrid.nc,sigma2,dz - -! === module MOM_MEKE === -USE_MEKE = True ! [Boolean] default = False - ! If true, turns on the MEKE scheme which calculates a sub-grid mesoscale eddy - ! kinetic energy budget. -MEKE_GMCOEFF = 1.0 ! [nondim] default = -1.0 - ! The efficiency of the conversion of potential energy into MEKE by the - ! thickness mixing parameterization. If MEKE_GMCOEFF is negative, this - ! conversion is not used or calculated. -MEKE_BGSRC = 1.0E-13 ! [W kg-1] default = 0.0 - ! A background energy source for MEKE. -MEKE_KHTH_FAC = 0.8 ! [nondim] default = 0.0 - ! A factor that maps MEKE%Kh to KhTh. -MEKE_KHTR_FAC = 0.8 ! [nondim] default = 0.0 - ! A factor that maps MEKE%Kh to KhTr. -MEKE_ALPHA_RHINES = 0.05 ! [nondim] default = 0.0 - ! If positive, is a coefficient weighting the Rhines scale in the expression for - ! mixing length used in MEKE-derived diffusivity. -MEKE_ALPHA_EADY = 0.05 ! [nondim] default = 0.0 - ! If positive, is a coefficient weighting the Eady length scale in the - ! expression for mixing length used in MEKE-derived diffusivity. - -! === module MOM_lateral_mixing_coeffs === -USE_VARIABLE_MIXING = True ! [Boolean] default = False - ! If true, the variable mixing code will be called. This allows diagnostics to - ! be created even if the scheme is not used. If KHTR_SLOPE_CFF>0 or - ! KhTh_Slope_Cff>0, this is set to true regardless of what is in the parameter - ! file. -RESOLN_SCALED_KH = True ! [Boolean] default = False - ! If true, the Laplacian lateral viscosity is scaled away when the first - ! baroclinic deformation radius is well resolved. -RESOLN_SCALED_KHTH = True ! [Boolean] default = False - ! If true, the interface depth diffusivity is scaled away when the first - ! baroclinic deformation radius is well resolved. -KHTR_SLOPE_CFF = 0.25 ! [nondim] default = 0.0 - ! The nondimensional coefficient in the Visbeck formula for the epipycnal tracer - ! diffusivity -USE_STORED_SLOPES = True ! [Boolean] default = False - ! If true, the isopycnal slopes are calculated once and stored for re-use. This - ! uses more memory but avoids calling the equation of state more times than - ! should be necessary. -KH_RES_FN_POWER = 100 ! [nondim] default = 2 - ! The power of dx/Ld in the Kh resolution function. Any positive integer may be - ! used, although even integers are more efficient to calculate. Setting this - ! greater than 100 results in a step-function being used. -!JW VISC_RES_FN_POWER = 2 ! [nondim] default = 100 - ! The power of dx/Ld in the Kh resolution function. Any positive integer may be - ! used, although even integers are more efficient to calculate. Setting this - ! greater than 100 results in a step-function being used. This function affects - ! lateral viscosity, Kh, and not KhTh. - -! === module MOM_set_visc === -CHANNEL_DRAG = True ! [Boolean] default = False - ! If true, the bottom drag is exerted directly on each layer proportional to the - ! fraction of the bottom it overlies. -HBBL = 10.0 ! [m] - ! The thickness of a bottom boundary layer with a viscosity of KVBBL if - ! BOTTOMDRAGLAW is not defined, or the thickness over which near-bottom - ! velocities are averaged for the drag law if BOTTOMDRAGLAW is defined but - ! LINEAR_DRAG is not. -DRAG_BG_VEL = 0.1 ! [m s-1] default = 0.0 - ! DRAG_BG_VEL is either the assumed bottom velocity (with LINEAR_DRAG) or an - ! unresolved velocity that is combined with the resolved velocity to estimate - ! the velocity magnitude. DRAG_BG_VEL is only used when BOTTOMDRAGLAW is - ! defined. -BBL_USE_EOS = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use the equation of state in determining the properties of the bottom - ! boundary layer. Otherwise use the layer target potential densities. -BBL_THICK_MIN = 0.1 ! [m] default = 0.0 - ! The minimum bottom boundary layer thickness that can be used with - ! BOTTOMDRAGLAW. This might be Kv/(cdrag*drag_bg_vel) to give Kv as the minimum - ! near-bottom viscosity. -KV = 1.0E-04 ! [m2 s-1] - ! The background kinematic viscosity in the interior. The molecular value, ~1e-6 - ! m2 s-1, may be used. -KV_BBL_MIN = 0.0 ! [m2 s-1] default = 1.0E-04 - ! The minimum viscosities in the bottom boundary layer. -KV_TBL_MIN = 0.0 ! [m2 s-1] default = 1.0E-04 - ! The minimum viscosities in the top boundary layer. - -! === module MOM_thickness_diffuse === -USE_GM_WORK_BUG = True ! [Boolean] default = False - ! If true, compute the top-layer work tendency on the u-grid with the incorrect - ! sign, for legacy reproducibility. - -! === module MOM_dynamics_split_RK2 === - -! === module MOM_continuity === - -! === module MOM_continuity_PPM === -ETA_TOLERANCE = 1.0E-06 ! [m] default = 3.75E-09 - ! The tolerance for the differences between the barotropic and baroclinic - ! estimates of the sea surface height due to the fluxes through each face. The - ! total tolerance for SSH is 4 times this value. The default is - ! 0.5*NK*ANGSTROM, and this should not be set less than about - ! 10^-15*MAXIMUM_DEPTH. -ETA_TOLERANCE_AUX = 0.001 ! [m] default = 1.0E-06 - ! The tolerance for free-surface height discrepancies between the barotropic - ! solution and the sum of the layer thicknesses when calculating the auxiliary - ! corrected velocities. By default, this is the same as ETA_TOLERANCE, but can - ! be made larger for efficiency. - -! === module MOM_CoriolisAdv === -CORIOLIS_SCHEME = "SADOURNY75_ENSTRO" ! default = "SADOURNY75_ENERGY" - ! CORIOLIS_SCHEME selects the discretization for the Coriolis terms. Valid - ! values are: - ! SADOURNY75_ENERGY - Sadourny, 1975; energy cons. - ! ARAKAWA_HSU90 - Arakawa & Hsu, 1990 - ! SADOURNY75_ENSTRO - Sadourny, 1975; enstrophy cons. - ! ARAKAWA_LAMB81 - Arakawa & Lamb, 1981; En. + Enst. - ! ARAKAWA_LAMB_BLEND - A blend of Arakawa & Lamb with - ! Arakawa & Hsu and Sadourny energy -BOUND_CORIOLIS = True ! [Boolean] default = False - ! If true, the Coriolis terms at u-points are bounded by the four estimates of - ! (f+rv)v from the four neighboring v-points, and similarly at v-points. This - ! option would have no effect on the SADOURNY Coriolis scheme if it were - ! possible to use centered difference thickness fluxes. - -! === module MOM_PressureForce === - -! === module MOM_PressureForce_AFV === -MASS_WEIGHT_IN_PRESSURE_GRADIENT = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use mass weighting when interpolating T/S for integrals near the - ! bathymetry in AFV pressure gradient calculations. - -! === module MOM_hor_visc === -LAPLACIAN = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use a Laplacian horizontal viscosity. -SMAGORINSKY_KH = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use a Smagorinsky nonlinear eddy viscosity. -SMAG_LAP_CONST = 0.15 ! [nondim] default = 0.0 - ! The nondimensional Laplacian Smagorinsky constant, often 0.15. -AH_VEL_SCALE = 0.05 ! [m s-1] default = 0.0 - ! The velocity scale which is multiplied by the cube of the grid spacing to - ! calculate the biharmonic viscosity. The final viscosity is the largest of this - ! scaled viscosity, the Smagorinsky and Leith viscosities, and AH. -SMAGORINSKY_AH = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use a biharmonic Smagorinsky nonlinear eddy viscosity. -SMAG_BI_CONST = 0.06 ! [nondim] default = 0.0 - ! The nondimensional biharmonic Smagorinsky constant, typically 0.015 - 0.06. -USE_KH_BG_2D = T ! [Boolean] default = False - ! If true, read a file containing 2-d background harmonic viscosities. The final - ! viscosity is the maximum of the other terms and this background value. - -! === module MOM_vert_friction === -HMIX_FIXED = 0.5 ! [m] - ! The prescribed depth over which the near-surface viscosity and diffusivity are - ! elevated when the bulk mixed layer is not used. -MAXVEL = 6.0 ! [m s-1] default = 3.0E+08 - ! The maximum velocity allowed before the velocity components are truncated. - -! === module MOM_barotropic === -BOUND_BT_CORRECTION = True ! [Boolean] default = False - ! If true, the corrective pseudo mass-fluxes into the barotropic solver are - ! limited to values that require less than maxCFL_BT_cont to be accommodated. -BT_PROJECT_VELOCITY = True ! [Boolean] default = False - ! If true, step the barotropic velocity first and project out the velocity - ! tendency by 1+BEBT when calculating the transport. The default (false) is to - ! use a predictor continuity step to find the pressure field, and then to do a - ! corrector continuity step using a weighted average of the old and new - ! velocities, with weights of (1-BEBT) and BEBT. -BT_STRONG_DRAG = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use a stronger estimate of the retarding effects of strong bottom - ! drag, by making it implicit with the barotropic time-step instead of implicit - ! with the baroclinic time-step and dividing by the number of barotropic steps. -BEBT = 0.2 ! [nondim] default = 0.1 - ! BEBT determines whether the barotropic time stepping uses the forward-backward - ! time-stepping scheme or a backward Euler scheme. BEBT is valid in the range - ! from 0 (for a forward-backward treatment of nonrotating gravity waves) to 1 - ! (for a backward Euler treatment). In practice, BEBT must be greater than about - ! 0.05. -DTBT = -0.9 ! [s or nondim] default = -0.98 - ! The barotropic time step, in s. DTBT is only used with the split explicit time - ! stepping. To set the time step automatically based the maximum stable value - ! use 0, or a negative value gives the fraction of the stable value. Setting - ! DTBT to 0 is the same as setting it to -0.98. The value of DTBT that will - ! actually be used is an integer fraction of DT, rounding down. - -! === module MOM_mixed_layer_restrat === -BULKMIXEDLAYER = F -MIXEDLAYER_RESTRAT = F - -!MIXEDLAYER_RESTRAT = True ! [Boolean] default = False - ! If true, a density-gradient dependent re-stratifying flow is imposed in the - ! mixed layer. Can be used in ALE mode without restriction but in layer mode can - ! only be used if BULKMIXEDLAYER is true. -FOX_KEMPER_ML_RESTRAT_COEF = 60.0 ! [nondim] default = 0.0 - ! A nondimensional coefficient that is proportional to the ratio of the - ! deformation radius to the dominant lengthscale of the submesoscale mixed layer - ! instabilities, times the minimum of the ratio of the mesoscale eddy kinetic - ! energy to the large-scale geostrophic kinetic energy or 1 plus the square of - ! the grid spacing over the deformation radius, as detailed by Fox-Kemper et al. - ! (2010) -MLE_USE_PBL_MLD = True ! [Boolean] default = False - ! If true, the MLE parameterization will use the mixed-layer depth provided by - ! the active PBL parameterization. If false, MLE will estimate a MLD based on a - ! density difference with the surface using the parameter MLE_DENSITY_DIFF. -MLE_MLD_DECAY_TIME = 2.592E+06 ! [s] default = 0.0 - ! The time-scale for a running-mean filter applied to the mixed-layer depth used - ! in the MLE restratification parameterization. When the MLD deepens below the - ! current running-mean the running-mean is instantaneously set to the current - ! MLD. - -! === module MOM_diabatic_driver === -! The following parameters are used for diabatic processes. -ENERGETICS_SFC_PBL = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use an implied energetics planetary boundary layer scheme to - ! determine the diffusivity and viscosity in the surface boundary layer. -EPBL_IS_ADDITIVE = False ! [Boolean] default = True - ! If true, the diffusivity from ePBL is added to all other diffusivities. - ! Otherwise, the larger of kappa-shear and ePBL diffusivities are used. -KD_MIN_TR = 2.0E-06 ! [m2 s-1] default = 2.0E-06 - ! A minimal diffusivity that should always be applied to tracers, especially in - ! massless layers near the bottom. The default is 0.1*KD. - -! === module MOM_CVMix_KPP === -! This is the MOM wrapper to CVMix:KPP -! See http://cvmix.github.io/ - -! === module MOM_tidal_mixing === -! Vertical Tidal Mixing Parameterization -INT_TIDE_DISSIPATION = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use an internal tidal dissipation scheme to drive diapycnal mixing, - ! along the lines of St. Laurent et al. (2002) and Simmons et al. (2004). -INT_TIDE_PROFILE = "POLZIN_09" ! default = "STLAURENT_02" - ! INT_TIDE_PROFILE selects the vertical profile of energy dissipation with - ! INT_TIDE_DISSIPATION. Valid values are: - ! STLAURENT_02 - Use the St. Laurent et al exponential - ! decay profile. - ! POLZIN_09 - Use the Polzin WKB-stretched algebraic - ! decay profile. -KAPPA_ITIDES = 6.28319E-04 ! [m-1] default = 6.283185307179586E-04 - ! A topographic wavenumber used with INT_TIDE_DISSIPATION. The default is 2pi/10 - ! km, as in St.Laurent et al. 2002. -KAPPA_H2_FACTOR = 0.84 ! [nondim] default = 1.0 - ! A scaling factor for the roughness amplitude with INT_TIDE_DISSIPATION. -TKE_ITIDE_MAX = 0.1 ! [W m-2] default = 1000.0 - ! The maximum internal tide energy source available to mix above the bottom - ! boundary layer with INT_TIDE_DISSIPATION. -READ_TIDEAMP = True ! [Boolean] default = False - ! If true, read a file (given by TIDEAMP_FILE) containing the tidal amplitude - ! with INT_TIDE_DISSIPATION. -TIDEAMP_FILE = "ocean_tides.nc" ! default = "tideamp.nc" - ! The path to the file containing the spatially varying tidal amplitudes with - ! INT_TIDE_DISSIPATION. -H2_FILE = "ocean_topography.nc" ! - ! The path to the file containing the sub-grid-scale topographic roughness - ! amplitude with INT_TIDE_DISSIPATION. - -LIQUID_RUNOFF_FROM_DATA = T - -! === module MOM_CVMix_conv === -! Parameterization of enhanced mixing due to convection via CVMix - -! === module MOM_set_diffusivity === -BBL_MIXING_AS_MAX = False ! [Boolean] default = True - ! If true, take the maximum of the diffusivity from the BBL mixing and the other - ! diffusivities. Otherwise, diffusivity from the BBL_mixing is simply added. -USE_LOTW_BBL_DIFFUSIVITY = True ! [Boolean] default = False - ! If true, uses a simple, imprecise but non-coordinate dependent, model of BBL - ! mixing diffusivity based on Law of the Wall. Otherwise, uses the original BBL - ! scheme. -SIMPLE_TKE_TO_KD = True ! [Boolean] default = False - ! If true, uses a simple estimate of Kd/TKE that will work for arbitrary - ! vertical coordinates. If false, calculates Kd/TKE and bounds based on exact - ! energetics for an isopycnal layer-formulation. - -! === module MOM_bkgnd_mixing === -! Adding static vertical background mixing coefficients -KD = 2.0E-05 ! [m2 s-1] default = 0.0 - ! The background diapycnal diffusivity of density in the interior. Zero or the - ! molecular value, ~1e-7 m2 s-1, may be used. -KD_MIN = 2.0E-06 ! [m2 s-1] default = 2.0E-07 - ! The minimum diapycnal diffusivity. -HENYEY_IGW_BACKGROUND = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use a latitude-dependent scaling for the near surface background - ! diffusivity, as described in Harrison & Hallberg, JPO 2008. -KD_MAX = 0.1 ! [m2 s-1] default = -1.0 - ! The maximum permitted increment for the diapycnal diffusivity from TKE-based - ! parameterizations, or a negative value for no limit. - -! === module MOM_kappa_shear === -! Parameterization of shear-driven turbulence following Jackson, Hallberg and Legg, JPO 2008 -USE_JACKSON_PARAM = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use the Jackson-Hallberg-Legg (JPO 2008) shear mixing - ! parameterization. -MAX_RINO_IT = 25 ! [nondim] default = 50 - ! The maximum number of iterations that may be used to estimate the Richardson - ! number driven mixing. -VERTEX_SHEAR = True ! [Boolean] default = False - ! If true, do the calculations of the shear-driven mixing - ! at the cell vertices (i.e., the vorticity points). -KD_TRUNC_KAPPA_SHEAR = 2.0E-07 ! [m2 s-1] default = 2.0E-07 - ! The value of shear-driven diffusivity that is considered negligible and is - ! rounded down to 0. The default is 1% of KD_KAPPA_SHEAR_0. -KAPPA_SHEAR_ITER_BUG = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use an older, dimensionally inconsistent estimate of the derivative - ! of diffusivity with energy in the Newton's method iteration. The bug causes - ! undercorrections when dz > 1 m. -KAPPA_SHEAR_ALL_LAYER_TKE_BUG = True ! [Boolean] default = False - ! If true, report back the latest estimate of TKE instead of the time average - ! TKE when there is mass in all layers. Otherwise always report the time - ! averaged TKE, as is currently done when there are some massless layers. - -! === module MOM_CVMix_shear === -! Parameterization of shear-driven turbulence via CVMix (various options) - -! === module MOM_CVMix_ddiff === -! Parameterization of mixing due to double diffusion processes via CVMix - -! === module MOM_diabatic_aux === -! The following parameters are used for auxiliary diabatic processes. -PRESSURE_DEPENDENT_FRAZIL = false ! [Boolean] default = False - ! If true, use a pressure dependent freezing temperature when making frazil. The - ! default is false, which will be faster but is inappropriate with ice-shelf - ! cavities. -VAR_PEN_SW = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use one of the CHL_A schemes specified by OPACITY_SCHEME to determine - ! the e-folding depth of incoming short wave radiation. -CHL_FILE = "ocean_chl_climo.nc" ! - ! CHL_FILE is the file containing chl_a concentrations in the variable CHL_A. It - ! is used when VAR_PEN_SW and CHL_FROM_FILE are true. - -CHL_VARNAME = "chl_a" - -! === module MOM_energetic_PBL === -ML_OMEGA_FRAC = 0.001 ! [nondim] default = 0.0 - ! When setting the decay scale for turbulence, use this fraction of the absolute - ! rotation rate blended with the local value of f, as sqrt((1-of)*f^2 + - ! of*4*omega^2). -TKE_DECAY = 0.01 ! [nondim] default = 2.5 - ! TKE_DECAY relates the vertical rate of decay of the TKE available for - ! mechanical entrainment to the natural Ekman depth. -EPBL_MSTAR_SCHEME = "OM4" ! default = "CONSTANT" - ! EPBL_MSTAR_SCHEME selects the method for setting mstar. Valid values are: - ! CONSTANT - Use a fixed mstar given by MSTAR - ! OM4 - Use L_Ekman/L_Obukhov in the sabilizing limit, as in OM4 - ! REICHL_H18 - Use the scheme documented in Reichl & Hallberg, 2018. -MSTAR_CAP = 10.0 ! [nondim] default = -1.0 - ! If this value is positive, it sets the maximum value of mstar allowed in ePBL. - ! (This is not used if EPBL_MSTAR_SCHEME = CONSTANT). -MSTAR2_COEF1 = 0.29 ! [nondim] default = 0.3 - ! Coefficient in computing mstar when rotation and stabilizing effects are both - ! important (used if EPBL_MSTAR_SCHEME = OM4). -MSTAR2_COEF2 = 0.152 ! [nondim] default = 0.085 - ! Coefficient in computing mstar when only rotation limits the total mixing - ! (used if EPBL_MSTAR_SCHEME = OM4) -NSTAR = 0.06 ! [nondim] default = 0.2 - ! The portion of the buoyant potential energy imparted by surface fluxes that is - ! available to drive entrainment at the base of mixed layer when that energy is - ! positive. -MSTAR_CONV_ADJ = 0.667 ! [nondim] default = 0.0 - ! Coefficient used for reducing mstar during convection due to reduction of - ! stable density gradient. -USE_MLD_ITERATION = False ! [Boolean] default = True - ! A logical that specifies whether or not to use the distance to the bottom of - ! the actively turbulent boundary layer to help set the EPBL length scale. -EPBL_TRANSITION_SCALE = 0.01 ! [nondim] default = 0.1 - ! A scale for the mixing length in the transition layer at the edge of the - ! boundary layer as a fraction of the boundary layer thickness. -MIX_LEN_EXPONENT = 1.0 ! [nondim] default = 2.0 - ! The exponent applied to the ratio of the distance to the MLD and the MLD depth - ! which determines the shape of the mixing length. This is only used if - ! USE_MLD_ITERATION is True. -USE_LA_LI2016 = False ! [nondim] default = False - ! A logical to use the Li et al. 2016 (submitted) formula to determine the - ! Langmuir number. -EPBL_LANGMUIR_SCHEME = "ADDITIVE" ! default = "NONE" - ! EPBL_LANGMUIR_SCHEME selects the method for including Langmuir turbulence. - ! Valid values are: - ! NONE - Do not do any extra mixing due to Langmuir turbulence - ! RESCALE - Use a multiplicative rescaling of mstar to account for Langmuir - ! turbulence - ! ADDITIVE - Add a Langmuir turblence contribution to mstar to other - ! contributions -LT_ENHANCE_COEF = 0.044 ! [nondim] default = 0.447 - ! Coefficient for Langmuir enhancement of mstar -LT_ENHANCE_EXP = -1.5 ! [nondim] default = -1.33 - ! Exponent for Langmuir enhancementt of mstar -LT_MOD_LAC1 = 0.0 ! [nondim] default = -0.87 - ! Coefficient for modification of Langmuir number due to MLD approaching Ekman - ! depth. -LT_MOD_LAC4 = 0.0 ! [nondim] default = 0.95 - ! Coefficient for modification of Langmuir number due to ratio of Ekman to - ! stable Obukhov depth. -LT_MOD_LAC5 = 0.22 ! [nondim] default = 0.95 - ! Coefficient for modification of Langmuir number due to ratio of Ekman to - ! unstable Obukhov depth. - -! === module MOM_regularize_layers === - -! === module MOM_opacity === -PEN_SW_NBANDS = 3 ! default = 1 - ! The number of bands of penetrating shortwave radiation. - -! === module MOM_tracer_advect === -TRACER_ADVECTION_SCHEME = "PPM:H3" ! default = "PLM" - ! The horizontal transport scheme for tracers: - ! PLM - Piecewise Linear Method - ! PPM:H3 - Piecewise Parabolic Method (Huyhn 3rd order) - ! PPM - Piecewise Parabolic Method (Colella-Woodward) - -! === module MOM_tracer_hor_diff === -CHECK_DIFFUSIVE_CFL = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use enough iterations the diffusion to ensure that the diffusive - ! equivalent of the CFL limit is not violated. If false, always use the greater - ! of 1 or MAX_TR_DIFFUSION_CFL iteration. - -! === module MOM_neutral_diffusion === -! This module implements neutral diffusion of tracers -USE_NEUTRAL_DIFFUSION = True ! [Boolean] default = False - ! If true, enables the neutral diffusion module. - -! === module MOM_lateral_boundary_diffusion === -! This module implements lateral diffusion of tracers near boundaries - -! === module MOM_sum_output === -CALCULATE_APE = False ! [Boolean] default = True - ! If true, calculate the available potential energy of the interfaces. Setting - ! this to false reduces the memory footprint of high-PE-count models - ! dramatically. -MAXTRUNC = 100000 ! [truncations save_interval-1] default = 0 - ! The run will be stopped, and the day set to a very large value if the velocity - ! is truncated more than MAXTRUNC times between energy saves. Set MAXTRUNC to 0 - ! to stop if there is any truncation of velocities. -ENERGYSAVEDAYS = 0.25 ! [days] default = 1.0 - ! The interval in units of TIMEUNIT between saves of the energies of the run and - ! other globally summed diagnostics. - -! === module ocean_model_init === - -! === module MOM_surface_forcing === -MAX_P_SURF = 0.0 ! [Pa] default = -1.0 - ! The maximum surface pressure that can be exerted by the atmosphere and - ! floating sea-ice or ice shelves. This is needed because the FMS coupling - ! structure does not limit the water that can be frozen out of the ocean and the - ! ice-ocean heat fluxes are treated explicitly. No limit is applied if a - ! negative value is used. -WIND_STAGGER = "A" ! default = "C" - ! A case-insensitive character string to indicate the - ! staggering of the input wind stress field. Valid - ! values are 'A', 'B', or 'C'. -CD_TIDES = 0.0018 ! [nondim] default = 1.0E-04 - ! The drag coefficient that applies to the tides. -GUST_CONST = 0.02 ! [Pa] default = 0.0 - ! The background gustiness in the winds. -FIX_USTAR_GUSTLESS_BUG = False ! [Boolean] default = True - ! If true correct a bug in the time-averaging of the gustless wind friction - ! velocity - -! === module MOM_restart === - -! === module MOM_file_parser === - diff --git a/ufsrnr.v1.0/C96L64/coupled/warm-start/forecast/cntrl/INPUT/MOM_override b/ufsrnr.v1.0/C96L64/coupled/warm-start/forecast/cntrl/INPUT/MOM_override deleted file mode 100644 index e8f62a8..0000000 --- a/ufsrnr.v1.0/C96L64/coupled/warm-start/forecast/cntrl/INPUT/MOM_override +++ /dev/null @@ -1,4 +0,0 @@ -INTERPOLATE_RES_FN = False -VERTEX_SHEAR=True -BUOY_CONFIG='zero' -WIND_CONFIG='zero' diff --git a/ufsrnr.v1.0/C96L64/coupled/warm-start/forecast/cntrl/field_table b/ufsrnr.v1.0/C96L64/coupled/warm-start/forecast/cntrl/field_table deleted file mode 100644 index 29c192b..0000000 --- a/ufsrnr.v1.0/C96L64/coupled/warm-start/forecast/cntrl/field_table +++ /dev/null @@ -1,36 +0,0 @@ -# specific humidity for moist runs - "TRACER", "atmos_mod", "sphum" - "longname", "specific humidity" - "units", "kg/kg" - "profile_type", "fixed", "surface_value=1.e30" / -# prognostic cloud water mixing ratio - "TRACER", "atmos_mod", "liq_wat" - "longname", "cloud water mixing ratio" - "units", "kg/kg" - "profile_type", "fixed", "surface_value=1.e30" / - "TRACER", "atmos_mod", "rainwat" - "longname", "rain mixing ratio" - "units", "kg/kg" - "profile_type", "fixed", "surface_value=1.e30" / - "TRACER", "atmos_mod", "ice_wat" - "longname", "cloud ice mixing ratio" - "units", "kg/kg" - "profile_type", "fixed", "surface_value=1.e30" / - "TRACER", "atmos_mod", "snowwat" - "longname", "snow mixing ratio" - "units", "kg/kg" - "profile_type", "fixed", "surface_value=1.e30" / - "TRACER", "atmos_mod", "graupel" - "longname", "graupel mixing ratio" - "units", "kg/kg" - "profile_type", "fixed", "surface_value=1.e30" / -# prognostic ozone mixing ratio tracer - "TRACER", "atmos_mod", "o3mr" - "longname", "ozone mixing ratio" - "units", "kg/kg" - "profile_type", "fixed", "surface_value=1.e30" / -# non-prognostic cloud amount - "TRACER", "atmos_mod", "cld_amt" - "longname", "cloud amount" - "units", "1" - "profile_type", "fixed", "surface_value=1.e30" / diff --git a/ufsrnr.v1.0/C96L64/coupled/warm-start/forecast/cntrl/ice_in b/ufsrnr.v1.0/C96L64/coupled/warm-start/forecast/cntrl/ice_in deleted file mode 100644 index 671d965..0000000 --- a/ufsrnr.v1.0/C96L64/coupled/warm-start/forecast/cntrl/ice_in +++ /dev/null @@ -1,573 +0,0 @@ -&setup_nml - days_per_year = 365 - use_leap_years = T - year_init = 2016 - dt = 900 - npt = 999 - ndtd = 1 - runtype = "continue" - runid = "unknown" - ice_ic = "CICE.ic.nc" - restart = T - restart_ext = F - use_restart_time = T - restart_format = "nc" - lcdf64 = F - numin = 21 - numax = 89 - restart_dir = "./RESTART/" - restart_file = "iced" - pointer_file = "./ice.restart_file" - dumpfreq = "d" - dumpfreq_n = 2 - dump_last = F - bfbflag = "off" - diagfreq = 6 - diag_type = "file" - diag_file = "ice_diag.d" - print_global = T - print_points = T - latpnt(1) = 90. - lonpnt(1) = 0. - latpnt(2) = -65. - lonpnt(2) = -45. - dbug = F - histfreq = "m","d","h","x","x" - histfreq_n = 0 , 0 , 6 , 1 , 1 - hist_avg = T - history_dir = "./history/" - history_file = "iceh" - write_ic = T - incond_dir = "./history/" - incond_file = "iceh_ic" - version_name = "CICE_6.0.2" -/ -&grid_nml - grid_format = "nc" - grid_type = "tripole" - grid_file = "CICE_grid.nc" - kmt_file = "CICE_kmt.nc" - use_bathymetry = F - kcatbound = 0 - 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incvars_efold = 5 - lupdqc = F - / - &GRIDOPTS - JCAP = 190 - JCAP_B = 190 - NLAT = 194, - NLON = 384, - nsig = 64, - regional = F, - nlayers(63) = 3, - nlayers(64) = 6, - / - &BKGERR - vs = 0.7 - hzscl = 1.7, 0.8, 0.5, - hswgt = 0.45, 0.3, 0.25, - bw = 0.0, - norsp = 4, - bkgv_flowdep = F, - bkgv_rewgtfct = 1.5, - bkgv_write = F - cwcoveqqcov = F - ndeg = 4 - / - &ANBKGERR - anisotropic = F - / - &JCOPTS - ljcdfi = F, - alphajc = 0.0, - ljcpdry = F, - bamp_jcpdry = 5.0e7, - ljc4tlevs = T - / - &STRONGOPTS - tlnmc_option = 1 - nstrong = 1 - nvmodes_keep = 8 - period_max = 6.0 - period_width = 1.5 - / - &OBSQC - dfact = 0.75, - dfact1 = 3.0, - noiqc = T, - c_varqc = 0.04, - use_poq7 = T - qc_noirjaco3_pole = T, - vqc = F, - nvqc = T, - tcp_width = 60.0, - tcp_ermin = 2.0, - tcp_ermax = 12.0, - aircraft_t_bc = T - biaspredt = 100000.0, - upd_aircraft = T - cleanup_tail = T - / - &OBS_INPUT - dmesh(1) = 145.0, - dmesh(2) = 150.0, - dmesh(3) = 100.0, - time_window_max = 3.0, - / - &SUPEROB_RADAR - del_azimuth = 5., - del_elev = 0.25, - del_range = 5000., - del_time = 0.5, - elev_angle_max = 5., - minnum = 50, - range_max = 100000., - l2superob_only = F, - / - &LAG_DATA - / - &HYBRID_ENSEMBLE - l_hyb_ens = F, - / - &RAPIDREFRESH_CLDSURF - / - &CHEM - / - &NST - / - &SINGLEOB_TEST - / -OBS_INPUT:: - prepbufr ps null ps 0.0 0 0 - prepbufr t null t 0.0 0 0 - prepbufr q null q 0.0 0 0 - prepbufr pw null pw 0.0 0 0 - prepbufr_profl t null t 0.0 0 0 - prepbufr_profl q null q 0.0 0 0 - prepbufr_profl uv null uv 0.0 0 0 - satwndbufr uv null uv 0.0 0 0 - prepbufr uv null uv 0.0 0 0 - prepbufr spd null spd 0.0 0 0 - prepbufr dw null dw 0.0 0 0 - radarbufr rw null rw 0.0 0 0 - nsstbufr sst nsst sst 0.0 0 0 - gpsrobufr gps_bnd null gps 0.0 0 0 - ssmirrbufr pcp_ssmi dmsp pcp_ssmi 0.0 -1 0 - tmirrbufr pcp_tmi trmm pcp_tmi 0.0 -1 0 - sbuvbufr sbuv2 n11 sbuv8_n11 0.0 0 0 - sbuvbufr sbuv2 n14 sbuv8_n14 0.0 0 0 - sbuvbufr sbuv2 n16 sbuv8_n16 0.0 0 0 - sbuvbufr sbuv2 n17 sbuv8_n17 0.0 0 0 - sbuvbufr sbuv2 n18 sbuv8_n18 0.0 0 0 - sbuvbufr sbuv2 n19 sbuv8_n19 0.0 0 0 - hirs2bufr hirs2 n11 hirs2_n11 0.0 1 1 - hirs2bufr hirs2 n14 hirs2_n14 0.0 1 1 - hirs3bufr hirs3 n15 hirs3_n15 0.0 1 1 - hirs3bufr hirs3 n16 hirs3_n16 0.0 1 1 - hirs3bufr hirs3 n17 hirs3_n17 0.0 1 1 - hirs4bufr hirs4 metop-a hirs4_metop-a 0.0 1 1 - gimgrbufr goes_img g11 imgr_g11 0.0 1 0 - gimgrbufr goes_img g12 imgr_g12 0.0 1 0 - airsbufr airs aqua airs281SUBSET_aqua 0.0 1 1 - msubufr msu n11 msu_n11 0.0 1 1 - msubufr msu n14 msu_n14 0.0 1 1 - ssubufr ssu n14 ssu_n14 0.0 1 1 - amsuabufr amsua n15 amsua_n15 0.0 1 1 - amsuabufr amsua n16 amsua_n16 0.0 1 1 - amsuabufr amsua n17 amsua_n17 0.0 1 1 - amsuabufr amsua n18 amsua_n18 0.0 1 1 - amsuabufr amsua metop-a amsua_metop-a 0.0 1 1 - airsbufr amsua aqua amsua_aqua 0.0 1 1 - amsubbufr amsub n15 amsub_n15 0.0 1 1 - amsubbufr amsub n16 amsub_n16 0.0 1 1 - amsubbufr amsub n17 amsub_n17 0.0 1 1 - mhsbufr mhs n18 mhs_n18 0.0 1 1 - mhsbufr mhs metop-a mhs_metop-a 0.0 1 1 - ssmitbufr ssmi f14 ssmi_f14 0.0 1 0 - ssmitbufr ssmi f15 ssmi_f15 0.0 1 0 - amsrebufr amsre_low aqua amsre_aqua 0.0 1 0 - amsrebufr amsre_mid aqua amsre_aqua 0.0 1 0 - amsrebufr amsre_hig aqua amsre_aqua 0.0 1 0 - ssmisbufr ssmis f16 ssmis_f16 0.0 1 0 - ssmisbufr ssmis f17 ssmis_f17 0.0 1 0 - ssmisbufr ssmis f18 ssmis_f18 0.0 1 0 - ssmisbufr ssmis f19 ssmis_f19 0.0 1 0 - gsnd1bufr sndr g08 sndr_g08 0.0 1 0 - gsnd1bufr sndr g09 sndr_g09 0.0 1 0 - gsnd1bufr sndr g10 sndr_g10 0.0 1 0 - gsnd1bufr sndr g11 sndr_g11 0.0 1 0 - gsnd1bufr sndr g12 sndr_g12 0.0 1 0 - gsnd1bufr sndrd1 g12 sndrD1_g12 0.0 1 0 - gsnd1bufr sndrd2 g12 sndrD2_g12 0.0 1 0 - gsnd1bufr sndrd3 g12 sndrD3_g12 0.0 1 0 - gsnd1bufr sndrd4 g12 sndrD4_g12 0.0 1 0 - gsnd1bufr sndrd1 g11 sndrD1_g11 0.0 1 0 - gsnd1bufr sndrd2 g11 sndrD2_g11 0.0 1 0 - gsnd1bufr sndrd3 g11 sndrD3_g11 0.0 1 0 - gsnd1bufr sndrd4 g11 sndrD4_g11 0.0 1 0 - gsnd1bufr sndrd1 g13 sndrD1_g13 0.0 1 0 - gsnd1bufr sndrd2 g13 sndrD2_g13 0.0 1 0 - gsnd1bufr sndrd3 g13 sndrD3_g13 0.0 1 0 - gsnd1bufr sndrd4 g13 sndrD4_g13 0.0 1 0 - gsnd1bufr sndrd1 g14 sndrD1_g14 0.0 1 0 - gsnd1bufr sndrd2 g14 sndrD2_g14 0.0 1 0 - gsnd1bufr sndrd3 g14 sndrD3_g14 0.0 1 0 - gsnd1bufr sndrd4 g14 sndrD4_g14 0.0 1 0 - gsnd1bufr sndrd1 g15 sndrD1_g15 0.0 1 0 - gsnd1bufr sndrd2 g15 sndrD2_g15 0.0 1 0 - gsnd1bufr sndrd3 g15 sndrD3_g15 0.0 1 0 - gsnd1bufr sndrd4 g15 sndrD4_g15 0.0 1 0 - iasibufr iasi metop-a iasi_metop-a 0.0 1 1 - gomebufr gome metop-a gome_metop-a 0.0 2 0 - omibufr omi aura omi_aura 0.0 2 0 - hirs4bufr hirs4 n18 hirs4_n18 0.0 1 1 - hirs4bufr hirs4 n19 hirs4_n19 0.0 1 1 - amsuabufr amsua n19 amsua_n19 0.0 1 1 - mhsbufr mhs n19 mhs_n19 0.0 1 1 - tcvitl tcp null tcp 0.0 0 0 - seviribufr seviri m08 seviri_m08 0.0 1 0 - seviribufr seviri m09 seviri_m09 0.0 1 0 - seviribufr seviri m10 seviri_m10 0.0 1 0 - hirs4bufr hirs4 metop-b hirs4_metop-b 0.0 1 0 - amsuabufr amsua metop-b amsua_metop-b 0.0 1 0 - mhsbufr mhs metop-b mhs_metop-b 0.0 1 0 - iasibufr iasi metop-b iasi_metop-b 0.0 1 0 - gomebufr gome metop-b gome_metop-b 0.0 2 0 - atmsbufr atms npp atms_npp 0.0 1 1 - atmsbufr atms n20 atms_n20 0.0 1 1 - crisbufr cris npp cris_npp 0.0 1 0 - crisfsbufr cris-fsr npp cris-fsr_npp 0.0 1 0 - crisfsbufr cris-fsr n20 cris-fsr_n20 0.0 1 0 - avhambufr avhrr n15 avhrr3_n15 0.0 1 0 - avhambufr avhrr n17 avhrr3_n17 0.0 1 0 - avhambufr avhrr metop-a avhrr3_metop-a 0.0 1 0 - avhambufr avhrr metop-b avhrr3_metop-b 0.0 1 0 - avhpmbufr avhrr n14 avhrr2_n14 0.0 1 0 - avhpmbufr avhrr n16 avhrr3_n16 0.0 1 0 - avhpmbufr avhrr n18 avhrr3_n18 0.0 1 0 - avhpmbufr avhrr n19 avhrr3_n19 0.0 1 0 - oscatbufr uv null uv 0.0 0 0 - mlsbufr mls30 aura mls30_aura 0.0 0 0 - amsr2bufr amsr2 gcom-w1 amsr2_gcom-w1 0.0 3 0 - gmibufr gmi gpm gmi_gpm 0.0 3 0 - saphirbufr saphir meghat saphir_meghat 0.0 3 0 - ahibufr ahi himawari8 ahi_himawari8 0.0 1 0 - abibufr abi g16 abi_g16 0.0 1 0 - abibufr abi g17 abi_g17 0.0 1 0 - rapidscatbufr uv null uv 0.0 0 0 - ompsnpbufr ompsnp npp ompsnp_npp 0.0 0 0 - ompstcbufr ompstc8 npp ompstc8_npp 0.0 2 0 - amsuabufr amsua metop-c amsua_metop-c 0.0 1 1 - mhsbufr mhs metop-c mhs_metop-c 0.0 1 1 - iasibufr iasi metop-c iasi_metop-c 0.0 1 1 -:: \ No newline at end of file diff --git a/ufsrnr.v1.0/C96L64/coupled/warm-start/jedi/soca/3dvar/INPUT/MOM_input b/ufsrnr.v1.0/C96L64/coupled/warm-start/jedi/soca/3dvar/INPUT/MOM_input deleted file mode 100644 index 072321d..0000000 --- a/ufsrnr.v1.0/C96L64/coupled/warm-start/jedi/soca/3dvar/INPUT/MOM_input +++ /dev/null @@ -1,799 +0,0 @@ -! This file was written by the model and records all non-layout or debugging parameters used at run-time. - -! === module MOM === - -RESTART_CHECKSUMS_REQUIRED = F - -! === module MOM_unit_scaling === -! Parameters for doing unit scaling of variables. -USE_REGRIDDING = True ! [Boolean] default = False - ! If True, use the ALE algorithm (regridding/remapping). If False, use the - ! layered isopycnal algorithm. -THICKNESSDIFFUSE = True ! [Boolean] default = False - ! If true, interface heights are diffused with a coefficient of KHTH. -THICKNESSDIFFUSE_FIRST = True ! [Boolean] default = False - ! If true, do thickness diffusion before dynamics. This is only used if - ! THICKNESSDIFFUSE is true. -DT = 900 ! [s] - ! The (baroclinic) dynamics time step. The time-step that is actually used will - ! be an integer fraction of the forcing time-step (DT_FORCING in ocean-only mode - ! or the coupling timestep in coupled mode.) -DT_THERM = 1800 ! [s] default = 1800.0 - ! The thermodynamic and tracer advection time step. Ideally DT_THERM should be - ! an integer multiple of DT and less than the forcing or coupling time-step, - ! unless THERMO_SPANS_COUPLING is true, in which case DT_THERM can be an integer - ! multiple of the coupling timestep. By default DT_THERM is set to DT. -THERMO_SPANS_COUPLING = True ! [Boolean] default = False - ! If true, the MOM will take thermodynamic and tracer timesteps that can be - ! longer than the coupling timestep. The actual thermodynamic timestep that is - ! used in this case is the largest integer multiple of the coupling timestep - ! that is less than or equal to DT_THERM. -HFREEZE = 20.0 ! [m] default = -1.0 - ! If HFREEZE > 0, melt potential will be computed. The actual depth - ! over which melt potential is computed will be min(HFREEZE, OBLD) - ! where OBLD is the boundary layer depth. If HFREEZE <= 0 (default) - ! melt potential will not be computed. -DTBT_RESET_PERIOD = -1.0 ! [s] default = 7200.0 - ! The period between recalculations of DTBT (if DTBT <= 0). If DTBT_RESET_PERIOD - ! is negative, DTBT is set based only on information available at - ! initialization. If 0, DTBT will be set every dynamics time step. The default - ! is set by DT_THERM. This is only used if SPLIT is true. -FRAZIL = True ! [Boolean] default = False - ! If true, water freezes if it gets too cold, and the accumulated heat deficit - ! is returned in the surface state. FRAZIL is only used if - ! ENABLE_THERMODYNAMICS is true. -BOUND_SALINITY = True ! [Boolean] default = False - ! If true, limit salinity to being positive. (The sea-ice model may ask for more - ! salt than is available and drive the salinity negative otherwise.) -MIN_SALINITY = 0.01 ! [PPT] default = 0.0 - ! The minimum value of salinity when BOUND_SALINITY=True. -C_P = 3925.0 ! [J kg-1 K-1] default = 3991.86795711963 - ! The heat capacity of sea water, approximated as a constant. This is only used - ! if ENABLE_THERMODYNAMICS is true. The default value is from the TEOS-10 - ! definition of conservative temperature. -USE_PSURF_IN_EOS = False ! [Boolean] default = True - ! If true, always include the surface pressure contributions in equation of - ! state calculations. -CHECK_BAD_SURFACE_VALS = True ! [Boolean] default = False - ! If true, check the surface state for ridiculous values. -BAD_VAL_SSH_MAX = 50.0 ! [m] default = 20.0 - ! The value of SSH above which a bad value message is triggered, if - ! CHECK_BAD_SURFACE_VALS is true. -BAD_VAL_SSS_MAX = 75.0 ! [PPT] default = 45.0 - ! The value of SSS above which a bad value message is triggered, if - ! CHECK_BAD_SURFACE_VALS is true. -BAD_VAL_SST_MAX = 55.0 ! [deg C] default = 45.0 - ! The value of SST above which a bad value message is triggered, if - ! CHECK_BAD_SURFACE_VALS is true. -BAD_VAL_SST_MIN = -3.0 ! [deg C] default = -2.1 - ! The value of SST below which a bad value message is triggered, if - ! CHECK_BAD_SURFACE_VALS is true. -DEFAULT_2018_ANSWERS = True ! [Boolean] default = False - ! This sets the default value for the various _2018_ANSWERS parameters. -WRITE_GEOM = 2 ! default = 1 - ! If =0, never write the geometry and vertical grid files. If =1, write the - ! geometry and vertical grid files only for a new simulation. If =2, always - ! write the geometry and vertical grid files. Other values are invalid. - -! === module MOM_domains === -TRIPOLAR_N = True ! [Boolean] default = False - ! Use tripolar connectivity at the northern edge of the domain. With - ! TRIPOLAR_N, NIGLOBAL must be even. -NIGLOBAL = 360 ! - ! The total number of thickness grid points in the x-direction in the physical - ! domain. With STATIC_MEMORY_ this is set in MOM_memory.h at compile time. -NJGLOBAL = 320 ! - ! The total number of thickness grid points in the y-direction in the physical - ! domain. With STATIC_MEMORY_ this is set in MOM_memory.h at compile time. - -! === module MOM_hor_index === -! Sets the horizontal array index types. - -! === module MOM_fixed_initialization === -INPUTDIR = "INPUT" ! default = "." - ! The directory in which input files are found. - -! === module MOM_grid_init === -GRID_CONFIG = "mosaic" ! - ! A character string that determines the method for defining the horizontal - ! grid. Current options are: - ! mosaic - read the grid from a mosaic (supergrid) - ! file set by GRID_FILE. - ! cartesian - use a (flat) Cartesian grid. - ! spherical - use a simple spherical grid. - ! mercator - use a Mercator spherical grid. -GRID_FILE = "ocean_hgrid.nc" ! - ! Name of the file from which to read horizontal grid data. -GRID_ROTATION_ANGLE_BUGS = False ! [Boolean] default = True - ! If true, use an older algorithm to calculate the sine and - ! cosines needed rotate between grid-oriented directions and - ! true north and east. Differences arise at the tripolar fold -USE_TRIPOLAR_GEOLONB_BUG = False ! [Boolean] default = False - ! If true, use older code that incorrectly sets the longitude in some points - ! along the tripolar fold to be off by 360 degrees. -TOPO_FILE = "ocean_topography.nc" -TOPO_CONFIG = "file" ! - ! This specifies how bathymetry is specified: - ! file - read bathymetric information from the file - ! specified by (TOPO_FILE). - ! flat - flat bottom set to MAXIMUM_DEPTH. - ! bowl - an analytically specified bowl-shaped basin - ! ranging between MAXIMUM_DEPTH and MINIMUM_DEPTH. - ! spoon - a similar shape to 'bowl', but with an vertical - ! wall at the southern face. - ! halfpipe - a zonally uniform channel with a half-sine - ! profile in the meridional direction. - ! bbuilder - build topography from list of functions. - ! benchmark - use the benchmark test case topography. - ! Neverworld - use the Neverworld test case topography. - ! DOME - use a slope and channel configuration for the - ! DOME sill-overflow test case. - ! ISOMIP - use a slope and channel configuration for the - ! ISOMIP test case. - ! DOME2D - use a shelf and slope configuration for the - ! DOME2D gravity current/overflow test case. - ! Kelvin - flat but with rotated land mask. - ! seamount - Gaussian bump for spontaneous motion test case. - ! dumbbell - Sloshing channel with reservoirs on both ends. - ! shelfwave - exponential slope for shelfwave test case. - ! Phillips - ACC-like idealized topography used in the Phillips config. - ! dense - Denmark Strait-like dense water formation and overflow. - ! USER - call a user modified routine. -TOPO_EDITS_FILE = "ocean_topo_edits.nc" ! default = "" - ! The file from which to read a list of i,j,z topography overrides. -MAXIMUM_DEPTH = 6500.0 ! [m] - ! The maximum depth of the ocean. -MINIMUM_DEPTH = 9.5 ! [m] default = 0.0 - ! If MASKING_DEPTH is unspecified, then anything shallower than MINIMUM_DEPTH is - ! assumed to be land and all fluxes are masked out. If MASKING_DEPTH is - ! specified, then all depths shallower than MINIMUM_DEPTH but deeper than - ! MASKING_DEPTH are rounded to MINIMUM_DEPTH. - -! === module MOM_open_boundary === -! Controls where open boundaries are located, what kind of boundary condition to impose, and what data to apply, -! if any. -MASKING_DEPTH = 0.0 ! [m] default = -9999.0 - ! The depth below which to mask points as land points, for which all fluxes are - ! zeroed out. MASKING_DEPTH is ignored if negative. -CHANNEL_CONFIG = "list" ! default = "none" - ! A parameter that determines which set of channels are - ! restricted to specific widths. Options are: - ! none - All channels have the grid width. - ! global_1deg - Sets 16 specific channels appropriate - ! for a 1-degree model, as used in CM2G. - ! list - Read the channel locations and widths from a - ! text file, like MOM_channel_list in the MOM_SIS - ! test case. - ! file - Read open face widths everywhere from a - ! NetCDF file on the model grid. -CHANNEL_LIST_FILE = "ocean_channels.nc" ! default = "MOM_channel_list" - ! The file from which the list of narrowed channels is read. - -! === module MOM_verticalGrid === -! Parameters providing information about the vertical grid. -NK = 75 ! [nondim] - ! The number of model layers. - -! === module MOM_tracer_registry === - -! === module MOM_EOS === -TFREEZE_FORM = "MILLERO_78" ! default = "LINEAR" - ! TFREEZE_FORM determines which expression should be used for the freezing - ! point. Currently, the valid choices are "LINEAR", "MILLERO_78", "TEOS10" - -! === module MOM_restart === -PARALLEL_RESTARTFILES = True ! [Boolean] default = False - ! If true, each processor writes its own restart file, otherwise a single - ! restart file is generated - -! === module MOM_tracer_flow_control === -USE_IDEAL_AGE_TRACER = False ! [Boolean] default = False - ! If true, use the ideal_age_example tracer package. - -! === module ideal_age_example === - -! === module MOM_coord_initialization === -COORD_CONFIG = "file" ! default = "none" - ! This specifies how layers are to be defined: - ! ALE or none - used to avoid defining layers in ALE mode - ! file - read coordinate information from the file - ! specified by (COORD_FILE). - ! BFB - Custom coords for buoyancy-forced basin case - ! based on SST_S, T_BOT and DRHO_DT. - ! linear - linear based on interfaces not layers - ! layer_ref - linear based on layer densities - ! ts_ref - use reference temperature and salinity - ! ts_range - use range of temperature and salinity - ! (T_REF and S_REF) to determine surface density - ! and GINT calculate internal densities. - ! gprime - use reference density (RHO_0) for surface - ! density and GINT calculate internal densities. - ! ts_profile - use temperature and salinity profiles - ! (read from COORD_FILE) to set layer densities. - ! USER - call a user modified routine. -COORD_FILE = "ocean_layer_coord.nc" ! - ! The file from which the coordinate densities are read. -REMAP_UV_USING_OLD_ALG = True ! [Boolean] default = False - ! If true, uses the old remapping-via-a-delta-z method for remapping u and v. If - ! false, uses the new method that remaps between grids described by an old and - ! new thickness. -REGRIDDING_COORDINATE_MODE = "HYCOM1" ! default = "LAYER" - ! Coordinate mode for vertical regridding. Choose among the following - ! possibilities: LAYER - Isopycnal or stacked shallow water layers - ! ZSTAR, Z* - stretched geopotential z* - ! SIGMA_SHELF_ZSTAR - stretched geopotential z* ignoring shelf - ! SIGMA - terrain following coordinates - ! RHO - continuous isopycnal - ! HYCOM1 - HyCOM-like hybrid coordinate - ! SLIGHT - stretched coordinates above continuous isopycnal - ! ADAPTIVE - optimize for smooth neutral density surfaces -BOUNDARY_EXTRAPOLATION = True ! [Boolean] default = False - ! When defined, a proper high-order reconstruction scheme is used within - ! boundary cells rather than PCM. E.g., if PPM is used for remapping, a PPM - ! reconstruction will also be used within boundary cells. -ALE_COORDINATE_CONFIG = "HYBRID:ocean_vcoord_file.nc,sigma2,FNC1:2,4000,4.5,.01" ! default = "UNIFORM" - ! Determines how to specify the coordinate resolution. Valid options are: - ! PARAM - use the vector-parameter ALE_RESOLUTION - ! UNIFORM[:N] - uniformly distributed - ! FILE:string - read from a file. The string specifies - ! the filename and variable name, separated - ! by a comma or space, e.g. FILE:lev.nc,dz - ! or FILE:lev.nc,interfaces=zw - ! WOA09[:N] - the WOA09 vertical grid (approximately) - ! FNC1:string - FNC1:dz_min,H_total,power,precision - ! HYBRID:string - read from a file. The string specifies - ! the filename and two variable names, separated - ! by a comma or space, for sigma-2 and dz. e.g. - ! HYBRID:vgrid.nc,sigma2,dz -!ALE_RESOLUTION = 7*2.0, 2*2.01, 2.02, 2.03, 2.05, 2.08, 2.11, 2.15, 2.21, 2.2800000000000002, 2.37, 2.48, 2.61, 2.77, 2.95, 3.17, 3.4299999999999997, 3.74, 4.09, 4.49, 4.95, 5.48, 6.07, 6.74, 7.5, 8.34, 9.280000000000001, 10.33, 11.49, 12.77, 14.19, 15.74, 17.450000000000003, 19.31, 21.35, 23.56, 25.97, 28.580000000000002, 31.41, 34.47, 37.77, 41.32, 45.14, 49.25, 53.65, 58.370000000000005, 63.42, 68.81, 74.56, 80.68, 87.21000000000001, 94.14, 101.51, 109.33, 117.62, 126.4, 135.68, 145.5, 155.87, 166.81, 178.35, 190.51, 203.31, 216.78, 230.93, 245.8, 261.42, 277.83 ! [m] - ! The distribution of vertical resolution for the target - ! grid used for Eulerian-like coordinates. For example, - ! in z-coordinate mode, the parameter is a list of level - ! thicknesses (in m). In sigma-coordinate mode, the list - ! is of non-dimensional fractions of the water column. -!TARGET_DENSITIES = 1010.0, 1014.3034, 1017.8088, 1020.843, 1023.5566, 1025.813, 1027.0275, 1027.9114, 1028.6422, 1029.2795, 1029.852, 1030.3762, 1030.8626, 1031.3183, 1031.7486, 1032.1572, 1032.5471, 1032.9207, 1033.2798, 1033.6261, 1033.9608, 1034.2519, 1034.4817, 1034.6774, 1034.8508, 1035.0082, 1035.1533, 1035.2886, 1035.4159, 1035.5364, 1035.6511, 1035.7608, 1035.8661, 1035.9675, 1036.0645, 1036.1554, 1036.2411, 1036.3223, 1036.3998, 1036.4739, 1036.5451, 1036.6137, 1036.68, 1036.7441, 1036.8062, 1036.8526, 1036.8874, 1036.9164, 1036.9418, 1036.9647, 1036.9857, 1037.0052, 1037.0236, 1037.0409, 1037.0574, 1037.0738, 1037.0902, 1037.1066, 1037.123, 1037.1394, 1037.1558, 1037.1722, 1037.1887, 1037.206, 1037.2241, 1037.2435, 1037.2642, 1037.2866, 1037.3112, 1037.3389, 1037.3713, 1037.4118, 1037.475, 1037.6332, 1037.8104, 1038.0 ! [m] - ! HYBRID target densities for interfaces -MAXIMUM_INT_DEPTH_CONFIG = "FNC1:5,8000.0,1.0,.01" ! default = "NONE" - ! Determines how to specify the maximum interface depths. - ! Valid options are: - ! NONE - there are no maximum interface depths - ! PARAM - use the vector-parameter MAXIMUM_INTERFACE_DEPTHS - ! FILE:string - read from a file. The string specifies - ! the filename and variable name, separated - ! by a comma or space, e.g. FILE:lev.nc,Z - ! FNC1:string - FNC1:dz_min,H_total,power,precision -!MAXIMUM_INT_DEPTHS = 0.0, 5.0, 12.75, 23.25, 36.49, 52.480000000000004, 71.22, 92.71000000000001, 116.94000000000001, 143.92000000000002, 173.65, 206.13, 241.36, 279.33000000000004, 320.05000000000007, 363.5200000000001, 409.7400000000001, 458.7000000000001, 510.4100000000001, 564.8700000000001, 622.0800000000002, 682.0300000000002, 744.7300000000002, 810.1800000000003, 878.3800000000003, 949.3300000000004, 1023.0200000000004, 1099.4600000000005, 1178.6500000000005, 1260.5900000000006, 1345.2700000000007, 1432.7000000000007, 1522.8800000000008, 1615.8100000000009, 1711.490000000001, 1809.910000000001, 1911.080000000001, 2015.0000000000011, 2121.670000000001, 2231.080000000001, 2343.2400000000007, 2458.1500000000005, 2575.8100000000004, 2696.2200000000003, 2819.3700000000003, 2945.2700000000004, 3073.9200000000005, 3205.3200000000006, 3339.4600000000005, 3476.3500000000004, 3615.9900000000002, 3758.38, 3903.52, 4051.4, 4202.03, 4355.41, 4511.54, 4670.41, 4832.03, 4996.4, 5163.5199999999995, 5333.379999999999, 5505.989999999999, 5681.3499999999985, 5859.459999999998, 6040.319999999998, 6223.919999999998, 6410.269999999999, 6599.369999999999, 6791.219999999999, 6985.8099999999995, 7183.15, 7383.24, 7586.08, 7791.67, 8000.0 - ! The list of maximum depths for each interface. -MAX_LAYER_THICKNESS_CONFIG = "FNC1:400,31000.0,0.1,.01" ! default = "NONE" - ! Determines how to specify the maximum layer thicknesses. - ! Valid options are: - ! NONE - there are no maximum layer thicknesses - ! PARAM - use the vector-parameter MAX_LAYER_THICKNESS - ! FILE:string - read from a file. The string specifies - ! the filename and variable name, separated - ! by a comma or space, e.g. FILE:lev.nc,Z - ! FNC1:string - FNC1:dz_min,H_total,power,precision -!MAX_LAYER_THICKNESS = 400.0, 409.63, 410.32, 410.75, 411.07, 411.32, 411.52, 411.7, 411.86, 412.0, 412.13, 412.24, 412.35, 412.45, 412.54, 412.63, 412.71, 412.79, 412.86, 412.93, 413.0, 413.06, 413.12, 413.18, 413.24, 413.29, 413.34, 413.39, 413.44, 413.49, 413.54, 413.58, 413.62, 413.67, 413.71, 413.75, 413.78, 413.82, 413.86, 413.9, 413.93, 413.97, 414.0, 414.03, 414.06, 414.1, 414.13, 414.16, 414.19, 414.22, 414.24, 414.27, 414.3, 414.33, 414.35, 414.38, 414.41, 414.43, 414.46, 414.48, 414.51, 414.53, 414.55, 414.58, 414.6, 414.62, 414.65, 414.67, 414.69, 414.71, 414.73, 414.75, 414.77, 414.79, 414.83 ! [m] - ! The list of maximum thickness for each layer. -REMAPPING_SCHEME = "PPM_H4" ! default = "PLM" - ! This sets the reconstruction scheme used for vertical remapping for all - ! variables. It can be one of the following schemes: PCM (1st-order - ! accurate) - ! PLM (2nd-order accurate) - ! PPM_H4 (3rd-order accurate) - ! PPM_IH4 (3rd-order accurate) - ! PQM_IH4IH3 (4th-order accurate) - ! PQM_IH6IH5 (5th-order accurate) - -! === module MOM_grid === -! Parameters providing information about the lateral grid. - -! === module MOM_state_initialization === -INIT_LAYERS_FROM_Z_FILE = False ! [Boolean] default = False - ! If true, initialize the layer thicknesses, temperatures, and salinities from a - ! Z-space file on a latitude-longitude grid. -THICKNESS_CONFIG = "thickness_file" -THICKNESS_FILE = "MOM6.ic.nc" -TS_CONFIG = "file" -TS_FILE = "MOM6.ic.nc" -TEMP_IC_VAR = "Temp" -VELOCITY_CONFIG = "file" -VELOCITY_FILE = "MOM6.ic.nc" - -! === module MOM_initialize_layers_from_Z === -TEMP_SALT_Z_INIT_FILE = "MOM6_IC_TS.nc" - ! The name of the z-space input file used to initialize - ! temperatures (T) and salinities (S). If T and S are not - ! in the same file, TEMP_Z_INIT_FILE and SALT_Z_INIT_FILE - ! must be set. -Z_INIT_FILE_PTEMP_VAR = "temp" ! default = "ptemp" - ! The name of the potential temperature variable in - ! TEMP_Z_INIT_FILE. -Z_INIT_FILE_SALT_VAR = "salt" ! default = "salt" - ! The name of the salinity variable in - ! SALT_Z_INIT_FILE. -Z_INIT_ALE_REMAPPING = True ! [Boolean] default = False - ! If True, then remap straight to model coordinate from file. - -! === module MOM_diag_mediator === -!Jiande NUM_DIAG_COORDS = 2 ! default = 1 -NUM_DIAG_COORDS = 1 - ! The number of diagnostic vertical coordinates to use. - ! For each coordinate, an entry in DIAG_COORDS must be provided. -!Jiande DIAG_COORDS = "z Z ZSTAR", "rho2 RHO2 RHO" ! -DIAG_COORDS = "z Z ZSTAR" -!DIAG_COORDS = "rho RHO RHO" - ! A list of string tuples associating diag_table modules to - ! a coordinate definition used for diagnostics. Each string - ! is of the form "MODULE_SUFFIX,PARAMETER_SUFFIX,COORDINATE_NAME". -DIAG_COORD_DEF_Z="FILE:ocean_interpolate_zgrid.nc,interfaces=zw" -DIAG_MISVAL = -1e34 -!Jiande DIAG_COORD_DEF_RHO2 = "RFNC1:35,999.5,1028,1028.5,8.,1038.,0.0078125" ! default = "WOA09" - ! Determines how to specify the coordinate - ! resolution. Valid options are: - ! PARAM - use the vector-parameter DIAG_COORD_RES_RHO2 - ! UNIFORM[:N] - uniformly distributed - ! FILE:string - read from a file. The string specifies - ! the filename and variable name, separated - ! by a comma or space, e.g. FILE:lev.nc,dz - ! or FILE:lev.nc,interfaces=zw - ! WOA09[:N] - the WOA09 vertical grid (approximately) - ! FNC1:string - FNC1:dz_min,H_total,power,precision - ! HYBRID:string - read from a file. The string specifies - ! the filename and two variable names, separated - ! by a comma or space, for sigma-2 and dz. e.g. - ! HYBRID:vgrid.nc,sigma2,dz - -! === module MOM_MEKE === -USE_MEKE = True ! [Boolean] default = False - ! If true, turns on the MEKE scheme which calculates a sub-grid mesoscale eddy - ! kinetic energy budget. -MEKE_GMCOEFF = 1.0 ! [nondim] default = -1.0 - ! The efficiency of the conversion of potential energy into MEKE by the - ! thickness mixing parameterization. If MEKE_GMCOEFF is negative, this - ! conversion is not used or calculated. -MEKE_BGSRC = 1.0E-13 ! [W kg-1] default = 0.0 - ! A background energy source for MEKE. -MEKE_KHTH_FAC = 0.8 ! [nondim] default = 0.0 - ! A factor that maps MEKE%Kh to KhTh. -MEKE_KHTR_FAC = 0.8 ! [nondim] default = 0.0 - ! A factor that maps MEKE%Kh to KhTr. -MEKE_ALPHA_RHINES = 0.05 ! [nondim] default = 0.0 - ! If positive, is a coefficient weighting the Rhines scale in the expression for - ! mixing length used in MEKE-derived diffusivity. -MEKE_ALPHA_EADY = 0.05 ! [nondim] default = 0.0 - ! If positive, is a coefficient weighting the Eady length scale in the - ! expression for mixing length used in MEKE-derived diffusivity. - -! === module MOM_lateral_mixing_coeffs === -USE_VARIABLE_MIXING = True ! [Boolean] default = False - ! If true, the variable mixing code will be called. This allows diagnostics to - ! be created even if the scheme is not used. If KHTR_SLOPE_CFF>0 or - ! KhTh_Slope_Cff>0, this is set to true regardless of what is in the parameter - ! file. -RESOLN_SCALED_KH = True ! [Boolean] default = False - ! If true, the Laplacian lateral viscosity is scaled away when the first - ! baroclinic deformation radius is well resolved. -RESOLN_SCALED_KHTH = True ! [Boolean] default = False - ! If true, the interface depth diffusivity is scaled away when the first - ! baroclinic deformation radius is well resolved. -KHTR_SLOPE_CFF = 0.25 ! [nondim] default = 0.0 - ! The nondimensional coefficient in the Visbeck formula for the epipycnal tracer - ! diffusivity -USE_STORED_SLOPES = True ! [Boolean] default = False - ! If true, the isopycnal slopes are calculated once and stored for re-use. This - ! uses more memory but avoids calling the equation of state more times than - ! should be necessary. -KH_RES_FN_POWER = 100 ! [nondim] default = 2 - ! The power of dx/Ld in the Kh resolution function. Any positive integer may be - ! used, although even integers are more efficient to calculate. Setting this - ! greater than 100 results in a step-function being used. -!JW VISC_RES_FN_POWER = 2 ! [nondim] default = 100 - ! The power of dx/Ld in the Kh resolution function. Any positive integer may be - ! used, although even integers are more efficient to calculate. Setting this - ! greater than 100 results in a step-function being used. This function affects - ! lateral viscosity, Kh, and not KhTh. - -! === module MOM_set_visc === -CHANNEL_DRAG = True ! [Boolean] default = False - ! If true, the bottom drag is exerted directly on each layer proportional to the - ! fraction of the bottom it overlies. -HBBL = 10.0 ! [m] - ! The thickness of a bottom boundary layer with a viscosity of KVBBL if - ! BOTTOMDRAGLAW is not defined, or the thickness over which near-bottom - ! velocities are averaged for the drag law if BOTTOMDRAGLAW is defined but - ! LINEAR_DRAG is not. -DRAG_BG_VEL = 0.1 ! [m s-1] default = 0.0 - ! DRAG_BG_VEL is either the assumed bottom velocity (with LINEAR_DRAG) or an - ! unresolved velocity that is combined with the resolved velocity to estimate - ! the velocity magnitude. DRAG_BG_VEL is only used when BOTTOMDRAGLAW is - ! defined. -BBL_USE_EOS = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use the equation of state in determining the properties of the bottom - ! boundary layer. Otherwise use the layer target potential densities. -BBL_THICK_MIN = 0.1 ! [m] default = 0.0 - ! The minimum bottom boundary layer thickness that can be used with - ! BOTTOMDRAGLAW. This might be Kv/(cdrag*drag_bg_vel) to give Kv as the minimum - ! near-bottom viscosity. -KV = 1.0E-04 ! [m2 s-1] - ! The background kinematic viscosity in the interior. The molecular value, ~1e-6 - ! m2 s-1, may be used. -KV_BBL_MIN = 0.0 ! [m2 s-1] default = 1.0E-04 - ! The minimum viscosities in the bottom boundary layer. -KV_TBL_MIN = 0.0 ! [m2 s-1] default = 1.0E-04 - ! The minimum viscosities in the top boundary layer. - -! === module MOM_thickness_diffuse === -USE_GM_WORK_BUG = True ! [Boolean] default = False - ! If true, compute the top-layer work tendency on the u-grid with the incorrect - ! sign, for legacy reproducibility. - -! === module MOM_dynamics_split_RK2 === - -! === module MOM_continuity === - -! === module MOM_continuity_PPM === -ETA_TOLERANCE = 1.0E-06 ! [m] default = 3.75E-09 - ! The tolerance for the differences between the barotropic and baroclinic - ! estimates of the sea surface height due to the fluxes through each face. The - ! total tolerance for SSH is 4 times this value. The default is - ! 0.5*NK*ANGSTROM, and this should not be set less than about - ! 10^-15*MAXIMUM_DEPTH. -ETA_TOLERANCE_AUX = 0.001 ! [m] default = 1.0E-06 - ! The tolerance for free-surface height discrepancies between the barotropic - ! solution and the sum of the layer thicknesses when calculating the auxiliary - ! corrected velocities. By default, this is the same as ETA_TOLERANCE, but can - ! be made larger for efficiency. - -! === module MOM_CoriolisAdv === -CORIOLIS_SCHEME = "SADOURNY75_ENSTRO" ! default = "SADOURNY75_ENERGY" - ! CORIOLIS_SCHEME selects the discretization for the Coriolis terms. Valid - ! values are: - ! SADOURNY75_ENERGY - Sadourny, 1975; energy cons. - ! ARAKAWA_HSU90 - Arakawa & Hsu, 1990 - ! SADOURNY75_ENSTRO - Sadourny, 1975; enstrophy cons. - ! ARAKAWA_LAMB81 - Arakawa & Lamb, 1981; En. + Enst. - ! ARAKAWA_LAMB_BLEND - A blend of Arakawa & Lamb with - ! Arakawa & Hsu and Sadourny energy -BOUND_CORIOLIS = True ! [Boolean] default = False - ! If true, the Coriolis terms at u-points are bounded by the four estimates of - ! (f+rv)v from the four neighboring v-points, and similarly at v-points. This - ! option would have no effect on the SADOURNY Coriolis scheme if it were - ! possible to use centered difference thickness fluxes. - -! === module MOM_PressureForce === - -! === module MOM_PressureForce_AFV === -MASS_WEIGHT_IN_PRESSURE_GRADIENT = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use mass weighting when interpolating T/S for integrals near the - ! bathymetry in AFV pressure gradient calculations. - -! === module MOM_hor_visc === -LAPLACIAN = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use a Laplacian horizontal viscosity. -SMAGORINSKY_KH = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use a Smagorinsky nonlinear eddy viscosity. -SMAG_LAP_CONST = 0.15 ! [nondim] default = 0.0 - ! The nondimensional Laplacian Smagorinsky constant, often 0.15. -AH_VEL_SCALE = 0.05 ! [m s-1] default = 0.0 - ! The velocity scale which is multiplied by the cube of the grid spacing to - ! calculate the biharmonic viscosity. The final viscosity is the largest of this - ! scaled viscosity, the Smagorinsky and Leith viscosities, and AH. -SMAGORINSKY_AH = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use a biharmonic Smagorinsky nonlinear eddy viscosity. -SMAG_BI_CONST = 0.06 ! [nondim] default = 0.0 - ! The nondimensional biharmonic Smagorinsky constant, typically 0.015 - 0.06. -USE_KH_BG_2D = T ! [Boolean] default = False - ! If true, read a file containing 2-d background harmonic viscosities. The final - ! viscosity is the maximum of the other terms and this background value. - -! === module MOM_vert_friction === -HMIX_FIXED = 0.5 ! [m] - ! The prescribed depth over which the near-surface viscosity and diffusivity are - ! elevated when the bulk mixed layer is not used. -MAXVEL = 6.0 ! [m s-1] default = 3.0E+08 - ! The maximum velocity allowed before the velocity components are truncated. - -! === module MOM_barotropic === -BOUND_BT_CORRECTION = True ! [Boolean] default = False - ! If true, the corrective pseudo mass-fluxes into the barotropic solver are - ! limited to values that require less than maxCFL_BT_cont to be accommodated. -BT_PROJECT_VELOCITY = True ! [Boolean] default = False - ! If true, step the barotropic velocity first and project out the velocity - ! tendency by 1+BEBT when calculating the transport. The default (false) is to - ! use a predictor continuity step to find the pressure field, and then to do a - ! corrector continuity step using a weighted average of the old and new - ! velocities, with weights of (1-BEBT) and BEBT. -BT_STRONG_DRAG = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use a stronger estimate of the retarding effects of strong bottom - ! drag, by making it implicit with the barotropic time-step instead of implicit - ! with the baroclinic time-step and dividing by the number of barotropic steps. -BEBT = 0.2 ! [nondim] default = 0.1 - ! BEBT determines whether the barotropic time stepping uses the forward-backward - ! time-stepping scheme or a backward Euler scheme. BEBT is valid in the range - ! from 0 (for a forward-backward treatment of nonrotating gravity waves) to 1 - ! (for a backward Euler treatment). In practice, BEBT must be greater than about - ! 0.05. -DTBT = -0.9 ! [s or nondim] default = -0.98 - ! The barotropic time step, in s. DTBT is only used with the split explicit time - ! stepping. To set the time step automatically based the maximum stable value - ! use 0, or a negative value gives the fraction of the stable value. Setting - ! DTBT to 0 is the same as setting it to -0.98. The value of DTBT that will - ! actually be used is an integer fraction of DT, rounding down. - -! === module MOM_mixed_layer_restrat === -BULKMIXEDLAYER = F -MIXEDLAYER_RESTRAT = F - -!MIXEDLAYER_RESTRAT = True ! [Boolean] default = False - ! If true, a density-gradient dependent re-stratifying flow is imposed in the - ! mixed layer. Can be used in ALE mode without restriction but in layer mode can - ! only be used if BULKMIXEDLAYER is true. -FOX_KEMPER_ML_RESTRAT_COEF = 60.0 ! [nondim] default = 0.0 - ! A nondimensional coefficient that is proportional to the ratio of the - ! deformation radius to the dominant lengthscale of the submesoscale mixed layer - ! instabilities, times the minimum of the ratio of the mesoscale eddy kinetic - ! energy to the large-scale geostrophic kinetic energy or 1 plus the square of - ! the grid spacing over the deformation radius, as detailed by Fox-Kemper et al. - ! (2010) -MLE_USE_PBL_MLD = True ! [Boolean] default = False - ! If true, the MLE parameterization will use the mixed-layer depth provided by - ! the active PBL parameterization. If false, MLE will estimate a MLD based on a - ! density difference with the surface using the parameter MLE_DENSITY_DIFF. -MLE_MLD_DECAY_TIME = 2.592E+06 ! [s] default = 0.0 - ! The time-scale for a running-mean filter applied to the mixed-layer depth used - ! in the MLE restratification parameterization. When the MLD deepens below the - ! current running-mean the running-mean is instantaneously set to the current - ! MLD. - -! === module MOM_diabatic_driver === -! The following parameters are used for diabatic processes. -ENERGETICS_SFC_PBL = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use an implied energetics planetary boundary layer scheme to - ! determine the diffusivity and viscosity in the surface boundary layer. -EPBL_IS_ADDITIVE = False ! [Boolean] default = True - ! If true, the diffusivity from ePBL is added to all other diffusivities. - ! Otherwise, the larger of kappa-shear and ePBL diffusivities are used. -KD_MIN_TR = 2.0E-06 ! [m2 s-1] default = 2.0E-06 - ! A minimal diffusivity that should always be applied to tracers, especially in - ! massless layers near the bottom. The default is 0.1*KD. - -! === module MOM_CVMix_KPP === -! This is the MOM wrapper to CVMix:KPP -! See http://cvmix.github.io/ - -! === module MOM_tidal_mixing === -! Vertical Tidal Mixing Parameterization -INT_TIDE_DISSIPATION = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use an internal tidal dissipation scheme to drive diapycnal mixing, - ! along the lines of St. Laurent et al. (2002) and Simmons et al. (2004). -INT_TIDE_PROFILE = "POLZIN_09" ! default = "STLAURENT_02" - ! INT_TIDE_PROFILE selects the vertical profile of energy dissipation with - ! INT_TIDE_DISSIPATION. Valid values are: - ! STLAURENT_02 - Use the St. Laurent et al exponential - ! decay profile. - ! POLZIN_09 - Use the Polzin WKB-stretched algebraic - ! decay profile. -KAPPA_ITIDES = 6.28319E-04 ! [m-1] default = 6.283185307179586E-04 - ! A topographic wavenumber used with INT_TIDE_DISSIPATION. The default is 2pi/10 - ! km, as in St.Laurent et al. 2002. -KAPPA_H2_FACTOR = 0.84 ! [nondim] default = 1.0 - ! A scaling factor for the roughness amplitude with INT_TIDE_DISSIPATION. -TKE_ITIDE_MAX = 0.1 ! [W m-2] default = 1000.0 - ! The maximum internal tide energy source available to mix above the bottom - ! boundary layer with INT_TIDE_DISSIPATION. -READ_TIDEAMP = True ! [Boolean] default = False - ! If true, read a file (given by TIDEAMP_FILE) containing the tidal amplitude - ! with INT_TIDE_DISSIPATION. -TIDEAMP_FILE = "ocean_tides.nc" ! default = "tideamp.nc" - ! The path to the file containing the spatially varying tidal amplitudes with - ! INT_TIDE_DISSIPATION. -H2_FILE = "ocean_topography.nc" ! - ! The path to the file containing the sub-grid-scale topographic roughness - ! amplitude with INT_TIDE_DISSIPATION. - -LIQUID_RUNOFF_FROM_DATA = T - -! === module MOM_CVMix_conv === -! Parameterization of enhanced mixing due to convection via CVMix - -! === module MOM_set_diffusivity === -BBL_MIXING_AS_MAX = False ! [Boolean] default = True - ! If true, take the maximum of the diffusivity from the BBL mixing and the other - ! diffusivities. Otherwise, diffusivity from the BBL_mixing is simply added. -USE_LOTW_BBL_DIFFUSIVITY = True ! [Boolean] default = False - ! If true, uses a simple, imprecise but non-coordinate dependent, model of BBL - ! mixing diffusivity based on Law of the Wall. Otherwise, uses the original BBL - ! scheme. -SIMPLE_TKE_TO_KD = True ! [Boolean] default = False - ! If true, uses a simple estimate of Kd/TKE that will work for arbitrary - ! vertical coordinates. If false, calculates Kd/TKE and bounds based on exact - ! energetics for an isopycnal layer-formulation. - -! === module MOM_bkgnd_mixing === -! Adding static vertical background mixing coefficients -KD = 2.0E-05 ! [m2 s-1] default = 0.0 - ! The background diapycnal diffusivity of density in the interior. Zero or the - ! molecular value, ~1e-7 m2 s-1, may be used. -KD_MIN = 2.0E-06 ! [m2 s-1] default = 2.0E-07 - ! The minimum diapycnal diffusivity. -HENYEY_IGW_BACKGROUND = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use a latitude-dependent scaling for the near surface background - ! diffusivity, as described in Harrison & Hallberg, JPO 2008. -KD_MAX = 0.1 ! [m2 s-1] default = -1.0 - ! The maximum permitted increment for the diapycnal diffusivity from TKE-based - ! parameterizations, or a negative value for no limit. - -! === module MOM_kappa_shear === -! Parameterization of shear-driven turbulence following Jackson, Hallberg and Legg, JPO 2008 -USE_JACKSON_PARAM = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use the Jackson-Hallberg-Legg (JPO 2008) shear mixing - ! parameterization. -MAX_RINO_IT = 25 ! [nondim] default = 50 - ! The maximum number of iterations that may be used to estimate the Richardson - ! number driven mixing. -VERTEX_SHEAR = True ! [Boolean] default = False - ! If true, do the calculations of the shear-driven mixing - ! at the cell vertices (i.e., the vorticity points). -KD_TRUNC_KAPPA_SHEAR = 2.0E-07 ! [m2 s-1] default = 2.0E-07 - ! The value of shear-driven diffusivity that is considered negligible and is - ! rounded down to 0. The default is 1% of KD_KAPPA_SHEAR_0. -KAPPA_SHEAR_ITER_BUG = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use an older, dimensionally inconsistent estimate of the derivative - ! of diffusivity with energy in the Newton's method iteration. The bug causes - ! undercorrections when dz > 1 m. -KAPPA_SHEAR_ALL_LAYER_TKE_BUG = True ! [Boolean] default = False - ! If true, report back the latest estimate of TKE instead of the time average - ! TKE when there is mass in all layers. Otherwise always report the time - ! averaged TKE, as is currently done when there are some massless layers. - -! === module MOM_CVMix_shear === -! Parameterization of shear-driven turbulence via CVMix (various options) - -! === module MOM_CVMix_ddiff === -! Parameterization of mixing due to double diffusion processes via CVMix - -! === module MOM_diabatic_aux === -! The following parameters are used for auxiliary diabatic processes. -PRESSURE_DEPENDENT_FRAZIL = false ! [Boolean] default = False - ! If true, use a pressure dependent freezing temperature when making frazil. The - ! default is false, which will be faster but is inappropriate with ice-shelf - ! cavities. -VAR_PEN_SW = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use one of the CHL_A schemes specified by OPACITY_SCHEME to determine - ! the e-folding depth of incoming short wave radiation. -CHL_FILE = "ocean_chl_climo.nc" ! - ! CHL_FILE is the file containing chl_a concentrations in the variable CHL_A. It - ! is used when VAR_PEN_SW and CHL_FROM_FILE are true. - -CHL_VARNAME = "chl_a" - -! === module MOM_energetic_PBL === -ML_OMEGA_FRAC = 0.001 ! [nondim] default = 0.0 - ! When setting the decay scale for turbulence, use this fraction of the absolute - ! rotation rate blended with the local value of f, as sqrt((1-of)*f^2 + - ! of*4*omega^2). -TKE_DECAY = 0.01 ! [nondim] default = 2.5 - ! TKE_DECAY relates the vertical rate of decay of the TKE available for - ! mechanical entrainment to the natural Ekman depth. -EPBL_MSTAR_SCHEME = "OM4" ! default = "CONSTANT" - ! EPBL_MSTAR_SCHEME selects the method for setting mstar. Valid values are: - ! CONSTANT - Use a fixed mstar given by MSTAR - ! OM4 - Use L_Ekman/L_Obukhov in the sabilizing limit, as in OM4 - ! REICHL_H18 - Use the scheme documented in Reichl & Hallberg, 2018. -MSTAR_CAP = 10.0 ! [nondim] default = -1.0 - ! If this value is positive, it sets the maximum value of mstar allowed in ePBL. - ! (This is not used if EPBL_MSTAR_SCHEME = CONSTANT). -MSTAR2_COEF1 = 0.29 ! [nondim] default = 0.3 - ! Coefficient in computing mstar when rotation and stabilizing effects are both - ! important (used if EPBL_MSTAR_SCHEME = OM4). -MSTAR2_COEF2 = 0.152 ! [nondim] default = 0.085 - ! Coefficient in computing mstar when only rotation limits the total mixing - ! (used if EPBL_MSTAR_SCHEME = OM4) -NSTAR = 0.06 ! [nondim] default = 0.2 - ! The portion of the buoyant potential energy imparted by surface fluxes that is - ! available to drive entrainment at the base of mixed layer when that energy is - ! positive. -MSTAR_CONV_ADJ = 0.667 ! [nondim] default = 0.0 - ! Coefficient used for reducing mstar during convection due to reduction of - ! stable density gradient. -USE_MLD_ITERATION = False ! [Boolean] default = True - ! A logical that specifies whether or not to use the distance to the bottom of - ! the actively turbulent boundary layer to help set the EPBL length scale. -EPBL_TRANSITION_SCALE = 0.01 ! [nondim] default = 0.1 - ! A scale for the mixing length in the transition layer at the edge of the - ! boundary layer as a fraction of the boundary layer thickness. -MIX_LEN_EXPONENT = 1.0 ! [nondim] default = 2.0 - ! The exponent applied to the ratio of the distance to the MLD and the MLD depth - ! which determines the shape of the mixing length. This is only used if - ! USE_MLD_ITERATION is True. -USE_LA_LI2016 = False ! [nondim] default = False - ! A logical to use the Li et al. 2016 (submitted) formula to determine the - ! Langmuir number. -EPBL_LANGMUIR_SCHEME = "ADDITIVE" ! default = "NONE" - ! EPBL_LANGMUIR_SCHEME selects the method for including Langmuir turbulence. - ! Valid values are: - ! NONE - Do not do any extra mixing due to Langmuir turbulence - ! RESCALE - Use a multiplicative rescaling of mstar to account for Langmuir - ! turbulence - ! ADDITIVE - Add a Langmuir turblence contribution to mstar to other - ! contributions -LT_ENHANCE_COEF = 0.044 ! [nondim] default = 0.447 - ! Coefficient for Langmuir enhancement of mstar -LT_ENHANCE_EXP = -1.5 ! [nondim] default = -1.33 - ! Exponent for Langmuir enhancementt of mstar -LT_MOD_LAC1 = 0.0 ! [nondim] default = -0.87 - ! Coefficient for modification of Langmuir number due to MLD approaching Ekman - ! depth. -LT_MOD_LAC4 = 0.0 ! [nondim] default = 0.95 - ! Coefficient for modification of Langmuir number due to ratio of Ekman to - ! stable Obukhov depth. -LT_MOD_LAC5 = 0.22 ! [nondim] default = 0.95 - ! Coefficient for modification of Langmuir number due to ratio of Ekman to - ! unstable Obukhov depth. - -! === module MOM_regularize_layers === - -! === module MOM_opacity === -PEN_SW_NBANDS = 3 ! default = 1 - ! The number of bands of penetrating shortwave radiation. - -! === module MOM_tracer_advect === -TRACER_ADVECTION_SCHEME = "PPM:H3" ! default = "PLM" - ! The horizontal transport scheme for tracers: - ! PLM - Piecewise Linear Method - ! PPM:H3 - Piecewise Parabolic Method (Huyhn 3rd order) - ! PPM - Piecewise Parabolic Method (Colella-Woodward) - -! === module MOM_tracer_hor_diff === -CHECK_DIFFUSIVE_CFL = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use enough iterations the diffusion to ensure that the diffusive - ! equivalent of the CFL limit is not violated. If false, always use the greater - ! of 1 or MAX_TR_DIFFUSION_CFL iteration. - -! === module MOM_neutral_diffusion === -! This module implements neutral diffusion of tracers -USE_NEUTRAL_DIFFUSION = True ! [Boolean] default = False - ! If true, enables the neutral diffusion module. - -! === module MOM_lateral_boundary_diffusion === -! This module implements lateral diffusion of tracers near boundaries - -! === module MOM_sum_output === -CALCULATE_APE = False ! [Boolean] default = True - ! If true, calculate the available potential energy of the interfaces. Setting - ! this to false reduces the memory footprint of high-PE-count models - ! dramatically. -MAXTRUNC = 100000 ! [truncations save_interval-1] default = 0 - ! The run will be stopped, and the day set to a very large value if the velocity - ! is truncated more than MAXTRUNC times between energy saves. Set MAXTRUNC to 0 - ! to stop if there is any truncation of velocities. -ENERGYSAVEDAYS = 0.25 ! [days] default = 1.0 - ! The interval in units of TIMEUNIT between saves of the energies of the run and - ! other globally summed diagnostics. - -! === module ocean_model_init === - -! === module MOM_surface_forcing === -MAX_P_SURF = 0.0 ! [Pa] default = -1.0 - ! The maximum surface pressure that can be exerted by the atmosphere and - ! floating sea-ice or ice shelves. This is needed because the FMS coupling - ! structure does not limit the water that can be frozen out of the ocean and the - ! ice-ocean heat fluxes are treated explicitly. No limit is applied if a - ! negative value is used. -WIND_STAGGER = "A" ! default = "C" - ! A case-insensitive character string to indicate the - ! staggering of the input wind stress field. Valid - ! values are 'A', 'B', or 'C'. -CD_TIDES = 0.0018 ! [nondim] default = 1.0E-04 - ! The drag coefficient that applies to the tides. -GUST_CONST = 0.02 ! [Pa] default = 0.0 - ! The background gustiness in the winds. -FIX_USTAR_GUSTLESS_BUG = False ! [Boolean] default = True - ! If true correct a bug in the time-averaging of the gustless wind friction - ! velocity - -! === module MOM_restart === - -! === module MOM_file_parser === - diff --git a/ufsrnr.v1.0/C96L64/coupled/warm-start/jedi/soca/3dvar/INPUT/MOM_override b/ufsrnr.v1.0/C96L64/coupled/warm-start/jedi/soca/3dvar/INPUT/MOM_override deleted file mode 100644 index e8f62a8..0000000 --- a/ufsrnr.v1.0/C96L64/coupled/warm-start/jedi/soca/3dvar/INPUT/MOM_override +++ /dev/null @@ -1,4 +0,0 @@ -INTERPOLATE_RES_FN = False -VERTEX_SHEAR=True -BUOY_CONFIG='zero' -WIND_CONFIG='zero' diff --git a/ufsrnr.v1.0/C96L64/uncoupled/cold-start/forecast/cntrl/data_table b/ufsrnr.v1.0/C96L64/uncoupled/cold-start/forecast/cntrl/data_table deleted file mode 100644 index 14c8032..0000000 --- a/ufsrnr.v1.0/C96L64/uncoupled/cold-start/forecast/cntrl/data_table +++ /dev/null @@ -1 +0,0 @@ -"OCN", "runoff", "runoff", "./INPUT/river_runoff.climo.nc", "none" , 1.0 diff --git a/ufsrnr.v1.0/C96L64/uncoupled/cold-start/forecast/cntrl/field_table b/ufsrnr.v1.0/C96L64/uncoupled/cold-start/forecast/cntrl/field_table deleted file mode 100644 index 29c192b..0000000 --- a/ufsrnr.v1.0/C96L64/uncoupled/cold-start/forecast/cntrl/field_table +++ /dev/null @@ -1,36 +0,0 @@ -# specific humidity for moist runs - "TRACER", "atmos_mod", "sphum" - "longname", "specific humidity" - "units", "kg/kg" - "profile_type", "fixed", "surface_value=1.e30" / -# prognostic cloud water mixing ratio - "TRACER", "atmos_mod", "liq_wat" - "longname", "cloud water mixing ratio" - "units", "kg/kg" - "profile_type", "fixed", "surface_value=1.e30" / - "TRACER", "atmos_mod", "rainwat" - "longname", "rain mixing ratio" - "units", "kg/kg" - "profile_type", "fixed", "surface_value=1.e30" / - "TRACER", "atmos_mod", "ice_wat" - "longname", "cloud ice mixing ratio" - "units", "kg/kg" - "profile_type", "fixed", "surface_value=1.e30" / - "TRACER", "atmos_mod", "snowwat" - "longname", "snow mixing ratio" - "units", "kg/kg" - "profile_type", "fixed", "surface_value=1.e30" / - "TRACER", "atmos_mod", "graupel" - "longname", "graupel mixing ratio" - "units", "kg/kg" - "profile_type", "fixed", "surface_value=1.e30" / -# prognostic ozone mixing ratio tracer - "TRACER", "atmos_mod", "o3mr" - "longname", "ozone mixing ratio" - "units", "kg/kg" - "profile_type", "fixed", "surface_value=1.e30" / -# non-prognostic cloud amount - "TRACER", "atmos_mod", "cld_amt" - "longname", "cloud amount" - "units", "1" - "profile_type", "fixed", "surface_value=1.e30" / diff --git a/ufsrnr.v1.0/C96L64/uncoupled/cold-start/forecast/cntrl/input.nml b/ufsrnr.v1.0/C96L64/uncoupled/cold-start/forecast/cntrl/input.nml deleted file mode 100644 index 6fd820f..0000000 --- a/ufsrnr.v1.0/C96L64/uncoupled/cold-start/forecast/cntrl/input.nml +++ /dev/null @@ -1,237 +0,0 @@ -&amip_interp_nml - interp_oi_sst = T - use_ncep_sst = T - use_ncep_ice = F - no_anom_sst = F - data_set = "reynolds_oi", - date_out_of_range = "climo", -/ -&atmos_model_nml - blocksize = 32 - dycore_only = F - fdiag = 3 - ccpp_suite = "FV3_GFS_v15p2_coupled" -/ -&diag_manager_nml - prepend_date = F -/ -&fms_io_nml - checksum_required = F - max_files_r = 100, - max_files_w = 100, -/ -&mpp_io_nml - shuffle = 1 - deflate_level = 1 -/ -&fms_nml - clock_grain = "ROUTINE", - domains_stack_size = 4000000, - print_memory_usage = F -/ -&fv_core_nml - layout = 6,4 - io_layout = 1, 1 - npx = 97 - npy = 97 - ntiles = 6, - npz = 64 - grid_type = -1 - make_nh = T - fv_debug = F - range_warn = F - reset_eta = F - n_sponge = 10 - nudge_qv = T - nudge_dz = F - tau = 10.0 - rf_cutoff = 7.5e2 - d2_bg_k1 = 0.15 - d2_bg_k2 = 0.04 - kord_tm = -9 - kord_mt = 9 - kord_wz = 9 - kord_tr = 9 - hydrostatic = F - phys_hydrostatic = F - use_hydro_pressure = F - beta = 0. - a_imp = 1. - p_fac = 0.1 - k_split = 1 - n_split = 6 - nwat = 6 - na_init = 0 - d_ext = 0.0 - dnats = 1 - fv_sg_adj = 450 - d2_bg = 0. - nord = 2 - dddmp = 0.1 - d4_bg = 0.12 - vtdm4 = 0.02 - delt_max = 0.002 - ke_bg = 0. - do_vort_damp = T - external_ic = T - external_eta = T - gfs_phil = F - nggps_ic = T - mountain = F - d_con = 1. - hord_mt = 5 - hord_vt = 5 - hord_tm = 5 - hord_dp = -5 - hord_tr = 8 - adjust_dry_mass = F - consv_te = 1. - consv_am = F - fill = T - dry_mass = 98320.0 - do_sat_adj = T - dwind_2d = F - print_freq = 6 - warm_start = F - no_dycore = F - z_tracer = T - read_increment = T - res_latlon_dynamics = "incr_2016010100_fhr06" -/ -&external_ic_nml - filtered_terrain = T - levp = 65 - gfs_dwinds = T - checker_tr = F - nt_checker = 0 -/ -&gfs_physics_nml - fhzero = 3. - ldiag3d = F - fhcyc = 0. - nst_anl = T - use_ufo = T - pre_rad = F - ncld = 5 - imp_physics = 11 - pdfcld = F - fhswr = 3600. - fhlwr = 3600. - ialb = 1 - iems = 1 - IAER = 111 - ico2 = 2 - isubc_sw = 2 - isubc_lw = 2 - isol = 2 - lwhtr = T - swhtr = T - cnvgwd = T - shal_cnv = T - cal_pre = F - redrag = T - dspheat = T - hybedmf = T - random_clds = F - trans_trac = T - cnvcld = T - imfshalcnv = 2 - imfdeepcnv = 2 - prslrd0 = 0. - ivegsrc = 1 - isot = 1 - lsoil = 4 - lsm = 1 - debug = T - lgfdlmprad = T - effr_in = T - cdmbgwd = 0.14,1.8,1.0,1.0 - psautco = 0.0008,0.0005 - prautco = 0.00015,0.00015 - h2o_phys = T - oz_phys = F - oz_phys_2015 = T - nstf_name = 0,0,0,0,0 - ldiag_ugwp = F - do_ugwp = F - do_tofd = F - cplflx = F - cplwav = F - cplwav2atm = F -/ -&gfdl_cloud_microphysics_nml - sedi_transport = T - do_sedi_heat = F - rad_snow = T - rad_graupel = T - rad_rain = T - const_vi = F - const_vs = F - const_vg = F - const_vr = F - vi_max = 1. - vs_max = 2. - vg_max = 12. - vr_max = 12. - qi_lim = 1. - prog_ccn = F - do_qa = T - fast_sat_adj = T - tau_l2v = 225. - tau_v2l = 150. - tau_g2v = 900. - rthresh = 10.e-6 - dw_land = 0.16 - dw_ocean = 0.10 - ql_gen = 1.0e-3 - ql_mlt = 1.0e-3 - qi0_crt = 8.0E-5 - qs0_crt = 1.0e-3 - tau_i2s = 1000. - c_psaci = 0.05 - c_pgacs = 0.01 - rh_inc = 0.30 - rh_inr = 0.30 - rh_ins = 0.30 - ccn_l = 300. - ccn_o = 100. - c_paut = 0.5 - c_cracw = 0.8 - use_ppm = F - use_ccn = T - mono_prof = T - z_slope_liq = T - z_slope_ice = T - de_ice = F - fix_negative = T - icloud_f = 1 - mp_time = 150. -/ -&cires_ugwp_nml - knob_ugwp_solver = 2 - knob_ugwp_source = 1,1,0,0 - knob_ugwp_wvspec = 1,25,25,25 - knob_ugwp_azdir = 2,4,4,4 - knob_ugwp_stoch = 0,0,0,0 - knob_ugwp_effac = 1,1,1,1 - knob_ugwp_doaxyz = 1 - knob_ugwp_doheat = 1 - knob_ugwp_dokdis = 1 - 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mhsbufr mhs metop-c mhs_metop-c 0.0 1 1 - iasibufr iasi metop-c iasi_metop-c 0.0 1 1 -:: \ No newline at end of file diff --git a/ufsrnr.v1.0/C96L64/uncoupled/cold-start/gsi/cntrl/3dvar/ozinfo b/ufsrnr.v1.0/C96L64/uncoupled/cold-start/gsi/cntrl/3dvar/ozinfo deleted file mode 100644 index 61b274e..0000000 --- a/ufsrnr.v1.0/C96L64/uncoupled/cold-start/gsi/cntrl/3dvar/ozinfo +++ /dev/null @@ -1,354 +0,0 @@ - sbuv6_n14 1 -1 0.240 1.000 1.000 10.000 0.000 - sbuv6_n14 2 -1 0.490 1.000 1.000 10.000 0.000 - sbuv6_n14 3 -1 0.980 1.000 1.000 10.000 0.000 - sbuv6_n14 4 -1 1.950 1.000 1.000 10.000 0.000 - sbuv6_n14 5 -1 3.900 2.000 1.000 10.000 0.000 - sbuv6_n14 6 -1 7.800 3.000 1.414 10.000 0.000 - sbuv6_n14 7 -1 15.600 5.000 1.225 10.000 0.000 - sbuv6_n14 8 -1 31.000 7.000 1.225 10.000 0.000 - sbuv6_n14 9 -1 62.000 7.000 1.871 10.000 0.000 - sbuv6_n14 10 -1 125.000 5.000 1.871 10.000 0.000 - sbuv6_n14 11 -1 250.000 3.000 1.732 10.000 0.000 - sbuv6_n14 12 -1 1000.000 3.000 1.414 10.000 0.000 - sbuv6_n14 13 -1 0.000 12.000 2.236 10.000 0.000 - 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iasi_metop-a 231 -1 0.690 0.000 2.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-a 232 1 0.660 0.000 2.000 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-a 236 1 0.790 0.000 2.000 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-a 237 -1 0.780 0.000 2.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-a 239 1 0.740 0.000 2.000 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-a 243 1 0.880 0.000 2.500 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-a 246 1 0.770 0.000 2.000 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-a 249 1 0.880 0.000 2.500 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-a 252 1 0.860 0.000 2.500 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-a 254 1 1.000 0.000 3.000 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-a 259 -1 0.870 0.000 2.500 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-a 260 1 0.850 0.000 2.500 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-a 262 1 0.880 0.000 2.500 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-a 265 1 0.840 0.000 2.500 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-a 267 1 0.840 0.000 3.500 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-a 269 -1 0.840 0.000 2.500 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-a 275 1 0.800 0.000 2.500 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-a 279 -1 0.800 0.000 3.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-a 282 1 0.870 0.000 3.500 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-a 285 -1 0.980 0.000 3.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-a 294 1 0.520 0.000 4.000 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-a 296 1 0.650 0.000 4.000 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-a 299 1 0.690 0.000 4.000 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-a 300 -1 0.610 0.000 4.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-a 303 1 0.600 0.000 4.000 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-a 306 1 0.670 0.000 4.000 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-a 309 -1 0.790 0.000 4.500 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-a 313 -1 0.620 0.000 4.500 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-a 320 -1 0.660 0.000 4.500 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-a 323 1 0.700 0.000 4.500 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-a 326 -1 0.650 0.000 4.500 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-a 327 1 0.620 0.000 4.000 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-a 329 1 0.610 0.000 4.500 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-a 332 -1 0.620 0.000 4.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - 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iasi_metop-b 2359 -1 2.230 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 2367 -1 2.120 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 2374 -1 2.170 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 2398 1 1.740 0.000 6.000 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-b 2426 -1 2.020 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 2562 -1 1.880 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 2701 1 1.670 0.000 6.000 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-b 2741 -1 1.730 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 2745 -1 1.830 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 2760 -1 1.820 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 2819 -1 1.730 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 2889 1 1.830 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 2907 -1 2.190 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 2910 -1 1.840 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 2919 -1 1.890 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 2921 -1 1.600 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - 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iasi_metop-b 101 -1 1.580 0.000 3.500 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 103 -1 0.930 0.000 2.500 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 104 1 1.670 0.000 2.000 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-b 106 1 0.720 0.000 2.000 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-b 109 1 0.570 0.000 2.000 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-b 110 -1 0.580 0.000 2.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 111 1 0.550 0.000 2.000 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-b 113 1 0.680 0.000 2.000 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-b 116 1 0.590 0.000 2.000 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-b 119 1 0.680 0.000 2.000 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-b 122 1 0.590 0.000 2.000 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-b 125 1 0.650 0.000 2.000 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-b 128 1 0.580 0.000 2.000 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-b 131 1 0.620 0.000 2.000 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-b 133 1 0.640 0.000 2.000 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-b 135 1 0.580 0.000 2.000 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-b 138 1 0.640 0.000 2.000 10.000 0.000 1 -1 -1 - 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ssmi_f10 6 -1 1.430 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmi_f10 7 -1 2.330 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmi_f11 1 -1 1.600 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmi_f11 2 -1 2.260 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmi_f11 3 -1 2.010 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmi_f11 4 -1 1.480 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmi_f11 5 -1 2.280 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmi_f11 6 -1 1.430 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmi_f11 7 -1 2.330 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmi_f13 1 -1 1.600 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmi_f13 2 -1 2.260 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmi_f13 3 -1 2.010 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmi_f13 4 -1 1.480 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmi_f13 5 -1 2.280 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmi_f13 6 -1 1.430 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmi_f13 7 -1 2.330 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmi_f14 1 -1 1.600 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmi_f14 2 -1 2.260 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmi_f14 3 -1 2.010 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmi_f14 4 -1 1.480 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmi_f14 5 -1 2.280 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmi_f14 6 -1 1.430 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmi_f14 7 -1 2.330 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmi_f15 1 -1 1.600 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmi_f15 2 -1 2.260 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmi_f15 3 -1 2.010 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmi_f15 4 -1 1.480 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmi_f15 5 -1 2.280 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmi_f15 6 -1 1.430 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmi_f15 7 -1 2.330 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 1 -1 1.500 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 2 -1 0.500 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 3 -1 0.500 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 4 -1 0.500 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 5 -1 0.500 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 6 -1 1.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 7 -1 1.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 8 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 9 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 10 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 11 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 12 -1 2.400 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 13 -1 1.270 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 14 -1 1.440 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 15 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 16 -1 1.340 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 17 -1 1.740 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 18 -1 3.750 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 19 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 20 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 21 -1 2.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 22 -1 6.400 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 23 -1 1.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 24 -1 1.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 1 1 1.500 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 2 1 0.500 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 3 -1 0.500 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 4 -1 0.500 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 5 1 0.500 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 6 1 1.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 7 1 1.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 8 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 9 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 10 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 11 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 12 -1 2.400 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 13 -1 1.270 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 14 -1 1.440 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 15 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 16 -1 1.340 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 17 -1 1.740 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 18 -1 3.750 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 19 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 20 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 21 -1 2.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 22 -1 6.400 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 23 -1 1.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 24 1 1.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 1 -1 1.500 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 2 -1 0.500 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 3 -1 0.500 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 4 -1 0.500 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 5 -1 0.500 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 6 -1 1.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 7 -1 1.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 8 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 9 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 10 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 11 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 12 -1 2.400 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 13 -1 1.270 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 14 -1 1.440 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 15 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 16 -1 1.340 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 17 -1 1.740 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 18 -1 3.750 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 19 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 20 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 21 -1 2.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 22 -1 6.400 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 23 -1 1.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 24 -1 1.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssu_n11 1 -1 0.900 0.000 4.500 10.000 0.000 -1 -1 -1 - ssu_n11 2 -1 1.200 0.000 4.500 10.000 0.000 -1 -1 -1 - ssu_n11 3 -1 3.000 0.000 4.500 10.000 0.000 -1 -1 -1 - ssu_n14 1 -1 0.900 0.000 4.500 10.000 0.000 -1 -1 -1 - ssu_n14 2 -1 1.200 0.000 4.500 10.000 0.000 -1 -1 -1 - ssu_n14 3 -1 3.000 0.000 4.500 10.000 0.000 -1 -1 -1 diff --git a/ufsrnr.v1.0/README.md b/ufsrnr.v1.0/README.md deleted file mode 100644 index 702b2fa..0000000 --- a/ufsrnr.v1.0/README.md +++ /dev/null @@ -1,15 +0,0 @@ -# UFS-RNR Application Branches and Tags - -The following table specifies the respective applications and the -corresponding tags/hashes valid for the UFS-RNR v1.0 configurations. - -
- -| Application | Tag/Hash | -| :-------------: | :-----------: | -|
[GSI](https://github.com/jswhit/GSI)
| `750de32` | -|
[UFS](https://github.com/noaa-psd/ufs-weather-model.p5)
| `b6d13d7` | -|
[UFS-RNR](https://github.com/noaa-psd/UFS-RNR)
| `06747e5` | -|
[SOCA-science](https://github.com/JCSDA-internal/soca-science)
| `9dce8a7` | - -
\ No newline at end of file diff --git a/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/cold-start/forecast/cntrl/forecast/cntrl/INPUT/MOM_resolution b/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/cold-start/forecast/cntrl/forecast/cntrl/INPUT/MOM_resolution deleted file mode 100644 index 0d34b9a..0000000 --- a/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/cold-start/forecast/cntrl/forecast/cntrl/INPUT/MOM_resolution +++ /dev/null @@ -1,13 +0,0 @@ -DT = 900 ! [s] - ! The (baroclinic) dynamics time step. The time-step that - ! is actually used will be an integer fraction of the - ! forcing time-step (DT_FORCING in ocean-only mode or the - ! coupling timestep in coupled mode.) -NIGLOBAL = 360 ! - ! The total number of thickness grid points in the - ! x-direction in the physical domain. With STATIC_MEMORY_ - ! this is set in MOM_memory.h at compile time. -NJGLOBAL = 320 ! - ! The total number of thickness grid points in the - ! y-direction in the physical domain. With STATIC_MEMORY_ - ! this is set in MOM_memory.h at compile time. diff --git a/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/cold-start/forecast/cntrl/forecast/cntrl/data_table b/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/cold-start/forecast/cntrl/forecast/cntrl/data_table deleted file mode 100644 index 14c8032..0000000 --- a/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/cold-start/forecast/cntrl/forecast/cntrl/data_table +++ /dev/null @@ -1 +0,0 @@ -"OCN", "runoff", "runoff", "./INPUT/river_runoff.climo.nc", "none" , 1.0 diff --git a/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/cold-start/forecast/cntrl/forecast/cntrl/diag_table b/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/cold-start/forecast/cntrl/forecast/cntrl/diag_table deleted file mode 100644 index 0c00cc1..0000000 --- a/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/cold-start/forecast/cntrl/forecast/cntrl/diag_table +++ /dev/null @@ -1,259 +0,0 @@ -UFS_RNR_experiment -2016 01 01 00 00 00 -# Output file declarations -"grid_spec", -1, "months", 1, "days", "time" -"fv3_history", 0, "hours", 1, "hours", "time" -"fv3_history2d", 0, "hours", 1, "hours", "time" -"grid_spec", -1, "months", 1, "days", "time" -"atmos_static", -1, "hours", 1, "hours", "time" -"ocn%4yr%2mo%2dy%2hr", 6, "hours", 1, "hours", "time", 6, "hours", "1901 1 1 0 0 0" -"SST%4yr%2mo%2dy", 1, "days", 1, "days", "time", 1, "days", "1901 1 1 0 0 0" -# Atmosphere model cubed-sphere grid - "dynamics", "grid_lon", "grid_lon", "grid_spec", "all", .false., "none", 2 - "dynamics", "grid_lat", "grid_lat", "grid_spec", "all", .false., "none", 2 - "dynamics", "grid_lont", "grid_lont", "grid_spec", "all", .false., "none", 2 - "dynamics", "grid_latt", "grid_latt", "grid_spec", "all", .false., "none", 2 - "dynamics", "area", "area", "grid_spec", "all", .false., "none", 2 -# Atmosphere model static data - "dynamics", "pk", "pk", "atmos_static", "all", .false., "none", 2 - "dynamics", "bk", "bk", "atmos_static", "all", .false., "none", 2 - "dynamics", "hyam", "hyam", "atmos_static", "all", .false., "none", 2 - "dynamics", "hybm", "hybm", "atmos_static", "all", 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ssmis_f16 8 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 9 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 10 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 11 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 12 -1 2.400 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 13 -1 1.270 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 14 -1 1.440 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 15 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 16 -1 1.340 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 17 -1 1.740 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 18 -1 3.750 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 19 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 20 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 21 -1 2.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 22 -1 6.400 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 23 -1 1.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 24 -1 1.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 1 1 1.500 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 2 1 0.500 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 3 -1 0.500 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 4 -1 0.500 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 5 1 0.500 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 6 1 1.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 7 1 1.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 8 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 9 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 10 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 11 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 12 -1 2.400 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 13 -1 1.270 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 14 -1 1.440 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 15 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 16 -1 1.340 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 17 -1 1.740 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 18 -1 3.750 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 19 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 20 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 21 -1 2.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 22 -1 6.400 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 23 -1 1.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 24 1 1.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 1 -1 1.500 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 2 -1 0.500 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 3 -1 0.500 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 4 -1 0.500 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 5 -1 0.500 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 6 -1 1.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 7 -1 1.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 8 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 9 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 10 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 11 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 12 -1 2.400 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 13 -1 1.270 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 14 -1 1.440 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 15 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 16 -1 1.340 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 17 -1 1.740 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 18 -1 3.750 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 19 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 20 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 21 -1 2.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 22 -1 6.400 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 23 -1 1.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 24 -1 1.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssu_n11 1 -1 0.900 0.000 4.500 10.000 0.000 -1 -1 -1 - ssu_n11 2 -1 1.200 0.000 4.500 10.000 0.000 -1 -1 -1 - ssu_n11 3 -1 3.000 0.000 4.500 10.000 0.000 -1 -1 -1 - ssu_n14 1 -1 0.900 0.000 4.500 10.000 0.000 -1 -1 -1 - ssu_n14 2 -1 1.200 0.000 4.500 10.000 0.000 -1 -1 -1 - ssu_n14 3 -1 3.000 0.000 4.500 10.000 0.000 -1 -1 -1 diff --git a/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/cold-start/forecast/cntrl/jedi/soca/3dvar/INPUT/MOM_input b/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/cold-start/forecast/cntrl/jedi/soca/3dvar/INPUT/MOM_input deleted file mode 100644 index 072321d..0000000 --- a/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/cold-start/forecast/cntrl/jedi/soca/3dvar/INPUT/MOM_input +++ /dev/null @@ -1,799 +0,0 @@ -! This file was written by the model and records all non-layout or debugging parameters used at run-time. - -! === module MOM === - -RESTART_CHECKSUMS_REQUIRED = F - -! === module MOM_unit_scaling === -! Parameters for doing unit scaling of variables. -USE_REGRIDDING = True ! [Boolean] default = False - ! If True, use the ALE algorithm (regridding/remapping). If False, use the - ! layered isopycnal algorithm. -THICKNESSDIFFUSE = True ! [Boolean] default = False - ! If true, interface heights are diffused with a coefficient of KHTH. -THICKNESSDIFFUSE_FIRST = True ! [Boolean] default = False - ! If true, do thickness diffusion before dynamics. This is only used if - ! THICKNESSDIFFUSE is true. -DT = 900 ! [s] - ! The (baroclinic) dynamics time step. The time-step that is actually used will - ! be an integer fraction of the forcing time-step (DT_FORCING in ocean-only mode - ! or the coupling timestep in coupled mode.) -DT_THERM = 1800 ! [s] default = 1800.0 - ! The thermodynamic and tracer advection time step. Ideally DT_THERM should be - ! an integer multiple of DT and less than the forcing or coupling time-step, - ! unless THERMO_SPANS_COUPLING is true, in which case DT_THERM can be an integer - ! multiple of the coupling timestep. By default DT_THERM is set to DT. -THERMO_SPANS_COUPLING = True ! [Boolean] default = False - ! If true, the MOM will take thermodynamic and tracer timesteps that can be - ! longer than the coupling timestep. The actual thermodynamic timestep that is - ! used in this case is the largest integer multiple of the coupling timestep - ! that is less than or equal to DT_THERM. -HFREEZE = 20.0 ! [m] default = -1.0 - ! If HFREEZE > 0, melt potential will be computed. The actual depth - ! over which melt potential is computed will be min(HFREEZE, OBLD) - ! where OBLD is the boundary layer depth. If HFREEZE <= 0 (default) - ! melt potential will not be computed. -DTBT_RESET_PERIOD = -1.0 ! [s] default = 7200.0 - ! The period between recalculations of DTBT (if DTBT <= 0). If DTBT_RESET_PERIOD - ! is negative, DTBT is set based only on information available at - ! initialization. If 0, DTBT will be set every dynamics time step. The default - ! is set by DT_THERM. This is only used if SPLIT is true. -FRAZIL = True ! [Boolean] default = False - ! If true, water freezes if it gets too cold, and the accumulated heat deficit - ! is returned in the surface state. FRAZIL is only used if - ! ENABLE_THERMODYNAMICS is true. -BOUND_SALINITY = True ! [Boolean] default = False - ! If true, limit salinity to being positive. (The sea-ice model may ask for more - ! salt than is available and drive the salinity negative otherwise.) -MIN_SALINITY = 0.01 ! [PPT] default = 0.0 - ! The minimum value of salinity when BOUND_SALINITY=True. -C_P = 3925.0 ! [J kg-1 K-1] default = 3991.86795711963 - ! The heat capacity of sea water, approximated as a constant. This is only used - ! if ENABLE_THERMODYNAMICS is true. The default value is from the TEOS-10 - ! definition of conservative temperature. -USE_PSURF_IN_EOS = False ! [Boolean] default = True - ! If true, always include the surface pressure contributions in equation of - ! state calculations. -CHECK_BAD_SURFACE_VALS = True ! [Boolean] default = False - ! If true, check the surface state for ridiculous values. -BAD_VAL_SSH_MAX = 50.0 ! [m] default = 20.0 - ! The value of SSH above which a bad value message is triggered, if - ! CHECK_BAD_SURFACE_VALS is true. -BAD_VAL_SSS_MAX = 75.0 ! [PPT] default = 45.0 - ! The value of SSS above which a bad value message is triggered, if - ! CHECK_BAD_SURFACE_VALS is true. -BAD_VAL_SST_MAX = 55.0 ! [deg C] default = 45.0 - ! The value of SST above which a bad value message is triggered, if - ! CHECK_BAD_SURFACE_VALS is true. -BAD_VAL_SST_MIN = -3.0 ! [deg C] default = -2.1 - ! The value of SST below which a bad value message is triggered, if - ! CHECK_BAD_SURFACE_VALS is true. -DEFAULT_2018_ANSWERS = True ! [Boolean] default = False - ! This sets the default value for the various _2018_ANSWERS parameters. -WRITE_GEOM = 2 ! default = 1 - ! If =0, never write the geometry and vertical grid files. If =1, write the - ! geometry and vertical grid files only for a new simulation. If =2, always - ! write the geometry and vertical grid files. Other values are invalid. - -! === module MOM_domains === -TRIPOLAR_N = True ! [Boolean] default = False - ! Use tripolar connectivity at the northern edge of the domain. With - ! TRIPOLAR_N, NIGLOBAL must be even. -NIGLOBAL = 360 ! - ! The total number of thickness grid points in the x-direction in the physical - ! domain. With STATIC_MEMORY_ this is set in MOM_memory.h at compile time. -NJGLOBAL = 320 ! - ! The total number of thickness grid points in the y-direction in the physical - ! domain. With STATIC_MEMORY_ this is set in MOM_memory.h at compile time. - -! === module MOM_hor_index === -! Sets the horizontal array index types. - -! === module MOM_fixed_initialization === -INPUTDIR = "INPUT" ! default = "." - ! The directory in which input files are found. - -! === module MOM_grid_init === -GRID_CONFIG = "mosaic" ! - ! A character string that determines the method for defining the horizontal - ! grid. Current options are: - ! mosaic - read the grid from a mosaic (supergrid) - ! file set by GRID_FILE. - ! cartesian - use a (flat) Cartesian grid. - ! spherical - use a simple spherical grid. - ! mercator - use a Mercator spherical grid. -GRID_FILE = "ocean_hgrid.nc" ! - ! Name of the file from which to read horizontal grid data. -GRID_ROTATION_ANGLE_BUGS = False ! [Boolean] default = True - ! If true, use an older algorithm to calculate the sine and - ! cosines needed rotate between grid-oriented directions and - ! true north and east. Differences arise at the tripolar fold -USE_TRIPOLAR_GEOLONB_BUG = False ! [Boolean] default = False - ! If true, use older code that incorrectly sets the longitude in some points - ! along the tripolar fold to be off by 360 degrees. -TOPO_FILE = "ocean_topography.nc" -TOPO_CONFIG = "file" ! - ! This specifies how bathymetry is specified: - ! file - read bathymetric information from the file - ! specified by (TOPO_FILE). - ! flat - flat bottom set to MAXIMUM_DEPTH. - ! bowl - an analytically specified bowl-shaped basin - ! ranging between MAXIMUM_DEPTH and MINIMUM_DEPTH. - ! spoon - a similar shape to 'bowl', but with an vertical - ! wall at the southern face. - ! halfpipe - a zonally uniform channel with a half-sine - ! profile in the meridional direction. - ! bbuilder - build topography from list of functions. - ! benchmark - use the benchmark test case topography. - ! Neverworld - use the Neverworld test case topography. - ! DOME - use a slope and channel configuration for the - ! DOME sill-overflow test case. - ! ISOMIP - use a slope and channel configuration for the - ! ISOMIP test case. - ! DOME2D - use a shelf and slope configuration for the - ! DOME2D gravity current/overflow test case. - ! Kelvin - flat but with rotated land mask. - ! seamount - Gaussian bump for spontaneous motion test case. - ! dumbbell - Sloshing channel with reservoirs on both ends. - ! shelfwave - exponential slope for shelfwave test case. - ! Phillips - ACC-like idealized topography used in the Phillips config. - ! dense - Denmark Strait-like dense water formation and overflow. - ! USER - call a user modified routine. -TOPO_EDITS_FILE = "ocean_topo_edits.nc" ! default = "" - ! The file from which to read a list of i,j,z topography overrides. -MAXIMUM_DEPTH = 6500.0 ! [m] - ! The maximum depth of the ocean. -MINIMUM_DEPTH = 9.5 ! [m] default = 0.0 - ! If MASKING_DEPTH is unspecified, then anything shallower than MINIMUM_DEPTH is - ! assumed to be land and all fluxes are masked out. If MASKING_DEPTH is - ! specified, then all depths shallower than MINIMUM_DEPTH but deeper than - ! MASKING_DEPTH are rounded to MINIMUM_DEPTH. - -! === module MOM_open_boundary === -! Controls where open boundaries are located, what kind of boundary condition to impose, and what data to apply, -! if any. -MASKING_DEPTH = 0.0 ! [m] default = -9999.0 - ! The depth below which to mask points as land points, for which all fluxes are - ! zeroed out. MASKING_DEPTH is ignored if negative. -CHANNEL_CONFIG = "list" ! default = "none" - ! A parameter that determines which set of channels are - ! restricted to specific widths. Options are: - ! none - All channels have the grid width. - ! global_1deg - Sets 16 specific channels appropriate - ! for a 1-degree model, as used in CM2G. - ! list - Read the channel locations and widths from a - ! text file, like MOM_channel_list in the MOM_SIS - ! test case. - ! file - Read open face widths everywhere from a - ! NetCDF file on the model grid. -CHANNEL_LIST_FILE = "ocean_channels.nc" ! default = "MOM_channel_list" - ! The file from which the list of narrowed channels is read. - -! === module MOM_verticalGrid === -! Parameters providing information about the vertical grid. -NK = 75 ! [nondim] - ! The number of model layers. - -! === module MOM_tracer_registry === - -! === module MOM_EOS === -TFREEZE_FORM = "MILLERO_78" ! default = "LINEAR" - ! TFREEZE_FORM determines which expression should be used for the freezing - ! point. Currently, the valid choices are "LINEAR", "MILLERO_78", "TEOS10" - -! === module MOM_restart === -PARALLEL_RESTARTFILES = True ! [Boolean] default = False - ! If true, each processor writes its own restart file, otherwise a single - ! restart file is generated - -! === module MOM_tracer_flow_control === -USE_IDEAL_AGE_TRACER = False ! [Boolean] default = False - ! If true, use the ideal_age_example tracer package. - -! === module ideal_age_example === - -! === module MOM_coord_initialization === -COORD_CONFIG = "file" ! default = "none" - ! This specifies how layers are to be defined: - ! ALE or none - used to avoid defining layers in ALE mode - ! file - read coordinate information from the file - ! specified by (COORD_FILE). - ! BFB - Custom coords for buoyancy-forced basin case - ! based on SST_S, T_BOT and DRHO_DT. - ! linear - linear based on interfaces not layers - ! layer_ref - linear based on layer densities - ! ts_ref - use reference temperature and salinity - ! ts_range - use range of temperature and salinity - ! (T_REF and S_REF) to determine surface density - ! and GINT calculate internal densities. - ! gprime - use reference density (RHO_0) for surface - ! density and GINT calculate internal densities. - ! ts_profile - use temperature and salinity profiles - ! (read from COORD_FILE) to set layer densities. - ! USER - call a user modified routine. -COORD_FILE = "ocean_layer_coord.nc" ! - ! The file from which the coordinate densities are read. -REMAP_UV_USING_OLD_ALG = True ! [Boolean] default = False - ! If true, uses the old remapping-via-a-delta-z method for remapping u and v. If - ! false, uses the new method that remaps between grids described by an old and - ! new thickness. -REGRIDDING_COORDINATE_MODE = "HYCOM1" ! default = "LAYER" - ! Coordinate mode for vertical regridding. Choose among the following - ! possibilities: LAYER - Isopycnal or stacked shallow water layers - ! ZSTAR, Z* - stretched geopotential z* - ! SIGMA_SHELF_ZSTAR - stretched geopotential z* ignoring shelf - ! SIGMA - terrain following coordinates - ! RHO - continuous isopycnal - ! HYCOM1 - HyCOM-like hybrid coordinate - ! SLIGHT - stretched coordinates above continuous isopycnal - ! ADAPTIVE - optimize for smooth neutral density surfaces -BOUNDARY_EXTRAPOLATION = True ! [Boolean] default = False - ! When defined, a proper high-order reconstruction scheme is used within - ! boundary cells rather than PCM. E.g., if PPM is used for remapping, a PPM - ! reconstruction will also be used within boundary cells. -ALE_COORDINATE_CONFIG = "HYBRID:ocean_vcoord_file.nc,sigma2,FNC1:2,4000,4.5,.01" ! default = "UNIFORM" - ! Determines how to specify the coordinate resolution. Valid options are: - ! PARAM - use the vector-parameter ALE_RESOLUTION - ! UNIFORM[:N] - uniformly distributed - ! FILE:string - read from a file. The string specifies - ! the filename and variable name, separated - ! by a comma or space, e.g. FILE:lev.nc,dz - ! or FILE:lev.nc,interfaces=zw - ! WOA09[:N] - the WOA09 vertical grid (approximately) - ! FNC1:string - FNC1:dz_min,H_total,power,precision - ! HYBRID:string - read from a file. The string specifies - ! the filename and two variable names, separated - ! by a comma or space, for sigma-2 and dz. e.g. - ! HYBRID:vgrid.nc,sigma2,dz -!ALE_RESOLUTION = 7*2.0, 2*2.01, 2.02, 2.03, 2.05, 2.08, 2.11, 2.15, 2.21, 2.2800000000000002, 2.37, 2.48, 2.61, 2.77, 2.95, 3.17, 3.4299999999999997, 3.74, 4.09, 4.49, 4.95, 5.48, 6.07, 6.74, 7.5, 8.34, 9.280000000000001, 10.33, 11.49, 12.77, 14.19, 15.74, 17.450000000000003, 19.31, 21.35, 23.56, 25.97, 28.580000000000002, 31.41, 34.47, 37.77, 41.32, 45.14, 49.25, 53.65, 58.370000000000005, 63.42, 68.81, 74.56, 80.68, 87.21000000000001, 94.14, 101.51, 109.33, 117.62, 126.4, 135.68, 145.5, 155.87, 166.81, 178.35, 190.51, 203.31, 216.78, 230.93, 245.8, 261.42, 277.83 ! [m] - ! The distribution of vertical resolution for the target - ! grid used for Eulerian-like coordinates. For example, - ! in z-coordinate mode, the parameter is a list of level - ! thicknesses (in m). In sigma-coordinate mode, the list - ! is of non-dimensional fractions of the water column. -!TARGET_DENSITIES = 1010.0, 1014.3034, 1017.8088, 1020.843, 1023.5566, 1025.813, 1027.0275, 1027.9114, 1028.6422, 1029.2795, 1029.852, 1030.3762, 1030.8626, 1031.3183, 1031.7486, 1032.1572, 1032.5471, 1032.9207, 1033.2798, 1033.6261, 1033.9608, 1034.2519, 1034.4817, 1034.6774, 1034.8508, 1035.0082, 1035.1533, 1035.2886, 1035.4159, 1035.5364, 1035.6511, 1035.7608, 1035.8661, 1035.9675, 1036.0645, 1036.1554, 1036.2411, 1036.3223, 1036.3998, 1036.4739, 1036.5451, 1036.6137, 1036.68, 1036.7441, 1036.8062, 1036.8526, 1036.8874, 1036.9164, 1036.9418, 1036.9647, 1036.9857, 1037.0052, 1037.0236, 1037.0409, 1037.0574, 1037.0738, 1037.0902, 1037.1066, 1037.123, 1037.1394, 1037.1558, 1037.1722, 1037.1887, 1037.206, 1037.2241, 1037.2435, 1037.2642, 1037.2866, 1037.3112, 1037.3389, 1037.3713, 1037.4118, 1037.475, 1037.6332, 1037.8104, 1038.0 ! [m] - ! HYBRID target densities for interfaces -MAXIMUM_INT_DEPTH_CONFIG = "FNC1:5,8000.0,1.0,.01" ! default = "NONE" - ! Determines how to specify the maximum interface depths. - ! Valid options are: - ! NONE - there are no maximum interface depths - ! PARAM - use the vector-parameter MAXIMUM_INTERFACE_DEPTHS - ! FILE:string - read from a file. The string specifies - ! the filename and variable name, separated - ! by a comma or space, e.g. FILE:lev.nc,Z - ! FNC1:string - FNC1:dz_min,H_total,power,precision -!MAXIMUM_INT_DEPTHS = 0.0, 5.0, 12.75, 23.25, 36.49, 52.480000000000004, 71.22, 92.71000000000001, 116.94000000000001, 143.92000000000002, 173.65, 206.13, 241.36, 279.33000000000004, 320.05000000000007, 363.5200000000001, 409.7400000000001, 458.7000000000001, 510.4100000000001, 564.8700000000001, 622.0800000000002, 682.0300000000002, 744.7300000000002, 810.1800000000003, 878.3800000000003, 949.3300000000004, 1023.0200000000004, 1099.4600000000005, 1178.6500000000005, 1260.5900000000006, 1345.2700000000007, 1432.7000000000007, 1522.8800000000008, 1615.8100000000009, 1711.490000000001, 1809.910000000001, 1911.080000000001, 2015.0000000000011, 2121.670000000001, 2231.080000000001, 2343.2400000000007, 2458.1500000000005, 2575.8100000000004, 2696.2200000000003, 2819.3700000000003, 2945.2700000000004, 3073.9200000000005, 3205.3200000000006, 3339.4600000000005, 3476.3500000000004, 3615.9900000000002, 3758.38, 3903.52, 4051.4, 4202.03, 4355.41, 4511.54, 4670.41, 4832.03, 4996.4, 5163.5199999999995, 5333.379999999999, 5505.989999999999, 5681.3499999999985, 5859.459999999998, 6040.319999999998, 6223.919999999998, 6410.269999999999, 6599.369999999999, 6791.219999999999, 6985.8099999999995, 7183.15, 7383.24, 7586.08, 7791.67, 8000.0 - ! The list of maximum depths for each interface. -MAX_LAYER_THICKNESS_CONFIG = "FNC1:400,31000.0,0.1,.01" ! default = "NONE" - ! Determines how to specify the maximum layer thicknesses. - ! Valid options are: - ! NONE - there are no maximum layer thicknesses - ! PARAM - use the vector-parameter MAX_LAYER_THICKNESS - ! FILE:string - read from a file. The string specifies - ! the filename and variable name, separated - ! by a comma or space, e.g. FILE:lev.nc,Z - ! FNC1:string - FNC1:dz_min,H_total,power,precision -!MAX_LAYER_THICKNESS = 400.0, 409.63, 410.32, 410.75, 411.07, 411.32, 411.52, 411.7, 411.86, 412.0, 412.13, 412.24, 412.35, 412.45, 412.54, 412.63, 412.71, 412.79, 412.86, 412.93, 413.0, 413.06, 413.12, 413.18, 413.24, 413.29, 413.34, 413.39, 413.44, 413.49, 413.54, 413.58, 413.62, 413.67, 413.71, 413.75, 413.78, 413.82, 413.86, 413.9, 413.93, 413.97, 414.0, 414.03, 414.06, 414.1, 414.13, 414.16, 414.19, 414.22, 414.24, 414.27, 414.3, 414.33, 414.35, 414.38, 414.41, 414.43, 414.46, 414.48, 414.51, 414.53, 414.55, 414.58, 414.6, 414.62, 414.65, 414.67, 414.69, 414.71, 414.73, 414.75, 414.77, 414.79, 414.83 ! [m] - ! The list of maximum thickness for each layer. -REMAPPING_SCHEME = "PPM_H4" ! default = "PLM" - ! This sets the reconstruction scheme used for vertical remapping for all - ! variables. It can be one of the following schemes: PCM (1st-order - ! accurate) - ! PLM (2nd-order accurate) - ! PPM_H4 (3rd-order accurate) - ! PPM_IH4 (3rd-order accurate) - ! PQM_IH4IH3 (4th-order accurate) - ! PQM_IH6IH5 (5th-order accurate) - -! === module MOM_grid === -! Parameters providing information about the lateral grid. - -! === module MOM_state_initialization === -INIT_LAYERS_FROM_Z_FILE = False ! [Boolean] default = False - ! If true, initialize the layer thicknesses, temperatures, and salinities from a - ! Z-space file on a latitude-longitude grid. -THICKNESS_CONFIG = "thickness_file" -THICKNESS_FILE = "MOM6.ic.nc" -TS_CONFIG = "file" -TS_FILE = "MOM6.ic.nc" -TEMP_IC_VAR = "Temp" -VELOCITY_CONFIG = "file" -VELOCITY_FILE = "MOM6.ic.nc" - -! === module MOM_initialize_layers_from_Z === -TEMP_SALT_Z_INIT_FILE = "MOM6_IC_TS.nc" - ! The name of the z-space input file used to initialize - ! temperatures (T) and salinities (S). If T and S are not - ! in the same file, TEMP_Z_INIT_FILE and SALT_Z_INIT_FILE - ! must be set. -Z_INIT_FILE_PTEMP_VAR = "temp" ! default = "ptemp" - ! The name of the potential temperature variable in - ! TEMP_Z_INIT_FILE. -Z_INIT_FILE_SALT_VAR = "salt" ! default = "salt" - ! The name of the salinity variable in - ! SALT_Z_INIT_FILE. -Z_INIT_ALE_REMAPPING = True ! [Boolean] default = False - ! If True, then remap straight to model coordinate from file. - -! === module MOM_diag_mediator === -!Jiande NUM_DIAG_COORDS = 2 ! default = 1 -NUM_DIAG_COORDS = 1 - ! The number of diagnostic vertical coordinates to use. - ! For each coordinate, an entry in DIAG_COORDS must be provided. -!Jiande DIAG_COORDS = "z Z ZSTAR", "rho2 RHO2 RHO" ! -DIAG_COORDS = "z Z ZSTAR" -!DIAG_COORDS = "rho RHO RHO" - ! A list of string tuples associating diag_table modules to - ! a coordinate definition used for diagnostics. Each string - ! is of the form "MODULE_SUFFIX,PARAMETER_SUFFIX,COORDINATE_NAME". -DIAG_COORD_DEF_Z="FILE:ocean_interpolate_zgrid.nc,interfaces=zw" -DIAG_MISVAL = -1e34 -!Jiande DIAG_COORD_DEF_RHO2 = "RFNC1:35,999.5,1028,1028.5,8.,1038.,0.0078125" ! default = "WOA09" - ! Determines how to specify the coordinate - ! resolution. Valid options are: - ! PARAM - use the vector-parameter DIAG_COORD_RES_RHO2 - ! UNIFORM[:N] - uniformly distributed - ! FILE:string - read from a file. The string specifies - ! the filename and variable name, separated - ! by a comma or space, e.g. FILE:lev.nc,dz - ! or FILE:lev.nc,interfaces=zw - ! WOA09[:N] - the WOA09 vertical grid (approximately) - ! FNC1:string - FNC1:dz_min,H_total,power,precision - ! HYBRID:string - read from a file. The string specifies - ! the filename and two variable names, separated - ! by a comma or space, for sigma-2 and dz. e.g. - ! HYBRID:vgrid.nc,sigma2,dz - -! === module MOM_MEKE === -USE_MEKE = True ! [Boolean] default = False - ! If true, turns on the MEKE scheme which calculates a sub-grid mesoscale eddy - ! kinetic energy budget. -MEKE_GMCOEFF = 1.0 ! [nondim] default = -1.0 - ! The efficiency of the conversion of potential energy into MEKE by the - ! thickness mixing parameterization. If MEKE_GMCOEFF is negative, this - ! conversion is not used or calculated. -MEKE_BGSRC = 1.0E-13 ! [W kg-1] default = 0.0 - ! A background energy source for MEKE. -MEKE_KHTH_FAC = 0.8 ! [nondim] default = 0.0 - ! A factor that maps MEKE%Kh to KhTh. -MEKE_KHTR_FAC = 0.8 ! [nondim] default = 0.0 - ! A factor that maps MEKE%Kh to KhTr. -MEKE_ALPHA_RHINES = 0.05 ! [nondim] default = 0.0 - ! If positive, is a coefficient weighting the Rhines scale in the expression for - ! mixing length used in MEKE-derived diffusivity. -MEKE_ALPHA_EADY = 0.05 ! [nondim] default = 0.0 - ! If positive, is a coefficient weighting the Eady length scale in the - ! expression for mixing length used in MEKE-derived diffusivity. - -! === module MOM_lateral_mixing_coeffs === -USE_VARIABLE_MIXING = True ! [Boolean] default = False - ! If true, the variable mixing code will be called. This allows diagnostics to - ! be created even if the scheme is not used. If KHTR_SLOPE_CFF>0 or - ! KhTh_Slope_Cff>0, this is set to true regardless of what is in the parameter - ! file. -RESOLN_SCALED_KH = True ! [Boolean] default = False - ! If true, the Laplacian lateral viscosity is scaled away when the first - ! baroclinic deformation radius is well resolved. -RESOLN_SCALED_KHTH = True ! [Boolean] default = False - ! If true, the interface depth diffusivity is scaled away when the first - ! baroclinic deformation radius is well resolved. -KHTR_SLOPE_CFF = 0.25 ! [nondim] default = 0.0 - ! The nondimensional coefficient in the Visbeck formula for the epipycnal tracer - ! diffusivity -USE_STORED_SLOPES = True ! [Boolean] default = False - ! If true, the isopycnal slopes are calculated once and stored for re-use. This - ! uses more memory but avoids calling the equation of state more times than - ! should be necessary. -KH_RES_FN_POWER = 100 ! [nondim] default = 2 - ! The power of dx/Ld in the Kh resolution function. Any positive integer may be - ! used, although even integers are more efficient to calculate. Setting this - ! greater than 100 results in a step-function being used. -!JW VISC_RES_FN_POWER = 2 ! [nondim] default = 100 - ! The power of dx/Ld in the Kh resolution function. Any positive integer may be - ! used, although even integers are more efficient to calculate. Setting this - ! greater than 100 results in a step-function being used. This function affects - ! lateral viscosity, Kh, and not KhTh. - -! === module MOM_set_visc === -CHANNEL_DRAG = True ! [Boolean] default = False - ! If true, the bottom drag is exerted directly on each layer proportional to the - ! fraction of the bottom it overlies. -HBBL = 10.0 ! [m] - ! The thickness of a bottom boundary layer with a viscosity of KVBBL if - ! BOTTOMDRAGLAW is not defined, or the thickness over which near-bottom - ! velocities are averaged for the drag law if BOTTOMDRAGLAW is defined but - ! LINEAR_DRAG is not. -DRAG_BG_VEL = 0.1 ! [m s-1] default = 0.0 - ! DRAG_BG_VEL is either the assumed bottom velocity (with LINEAR_DRAG) or an - ! unresolved velocity that is combined with the resolved velocity to estimate - ! the velocity magnitude. DRAG_BG_VEL is only used when BOTTOMDRAGLAW is - ! defined. -BBL_USE_EOS = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use the equation of state in determining the properties of the bottom - ! boundary layer. Otherwise use the layer target potential densities. -BBL_THICK_MIN = 0.1 ! [m] default = 0.0 - ! The minimum bottom boundary layer thickness that can be used with - ! BOTTOMDRAGLAW. This might be Kv/(cdrag*drag_bg_vel) to give Kv as the minimum - ! near-bottom viscosity. -KV = 1.0E-04 ! [m2 s-1] - ! The background kinematic viscosity in the interior. The molecular value, ~1e-6 - ! m2 s-1, may be used. -KV_BBL_MIN = 0.0 ! [m2 s-1] default = 1.0E-04 - ! The minimum viscosities in the bottom boundary layer. -KV_TBL_MIN = 0.0 ! [m2 s-1] default = 1.0E-04 - ! The minimum viscosities in the top boundary layer. - -! === module MOM_thickness_diffuse === -USE_GM_WORK_BUG = True ! [Boolean] default = False - ! If true, compute the top-layer work tendency on the u-grid with the incorrect - ! sign, for legacy reproducibility. - -! === module MOM_dynamics_split_RK2 === - -! === module MOM_continuity === - -! === module MOM_continuity_PPM === -ETA_TOLERANCE = 1.0E-06 ! [m] default = 3.75E-09 - ! The tolerance for the differences between the barotropic and baroclinic - ! estimates of the sea surface height due to the fluxes through each face. The - ! total tolerance for SSH is 4 times this value. The default is - ! 0.5*NK*ANGSTROM, and this should not be set less than about - ! 10^-15*MAXIMUM_DEPTH. -ETA_TOLERANCE_AUX = 0.001 ! [m] default = 1.0E-06 - ! The tolerance for free-surface height discrepancies between the barotropic - ! solution and the sum of the layer thicknesses when calculating the auxiliary - ! corrected velocities. By default, this is the same as ETA_TOLERANCE, but can - ! be made larger for efficiency. - -! === module MOM_CoriolisAdv === -CORIOLIS_SCHEME = "SADOURNY75_ENSTRO" ! default = "SADOURNY75_ENERGY" - ! CORIOLIS_SCHEME selects the discretization for the Coriolis terms. Valid - ! values are: - ! SADOURNY75_ENERGY - Sadourny, 1975; energy cons. - ! ARAKAWA_HSU90 - Arakawa & Hsu, 1990 - ! SADOURNY75_ENSTRO - Sadourny, 1975; enstrophy cons. - ! ARAKAWA_LAMB81 - Arakawa & Lamb, 1981; En. + Enst. - ! ARAKAWA_LAMB_BLEND - A blend of Arakawa & Lamb with - ! Arakawa & Hsu and Sadourny energy -BOUND_CORIOLIS = True ! [Boolean] default = False - ! If true, the Coriolis terms at u-points are bounded by the four estimates of - ! (f+rv)v from the four neighboring v-points, and similarly at v-points. This - ! option would have no effect on the SADOURNY Coriolis scheme if it were - ! possible to use centered difference thickness fluxes. - -! === module MOM_PressureForce === - -! === module MOM_PressureForce_AFV === -MASS_WEIGHT_IN_PRESSURE_GRADIENT = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use mass weighting when interpolating T/S for integrals near the - ! bathymetry in AFV pressure gradient calculations. - -! === module MOM_hor_visc === -LAPLACIAN = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use a Laplacian horizontal viscosity. -SMAGORINSKY_KH = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use a Smagorinsky nonlinear eddy viscosity. -SMAG_LAP_CONST = 0.15 ! [nondim] default = 0.0 - ! The nondimensional Laplacian Smagorinsky constant, often 0.15. -AH_VEL_SCALE = 0.05 ! [m s-1] default = 0.0 - ! The velocity scale which is multiplied by the cube of the grid spacing to - ! calculate the biharmonic viscosity. The final viscosity is the largest of this - ! scaled viscosity, the Smagorinsky and Leith viscosities, and AH. -SMAGORINSKY_AH = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use a biharmonic Smagorinsky nonlinear eddy viscosity. -SMAG_BI_CONST = 0.06 ! [nondim] default = 0.0 - ! The nondimensional biharmonic Smagorinsky constant, typically 0.015 - 0.06. -USE_KH_BG_2D = T ! [Boolean] default = False - ! If true, read a file containing 2-d background harmonic viscosities. The final - ! viscosity is the maximum of the other terms and this background value. - -! === module MOM_vert_friction === -HMIX_FIXED = 0.5 ! [m] - ! The prescribed depth over which the near-surface viscosity and diffusivity are - ! elevated when the bulk mixed layer is not used. -MAXVEL = 6.0 ! [m s-1] default = 3.0E+08 - ! The maximum velocity allowed before the velocity components are truncated. - -! === module MOM_barotropic === -BOUND_BT_CORRECTION = True ! [Boolean] default = False - ! If true, the corrective pseudo mass-fluxes into the barotropic solver are - ! limited to values that require less than maxCFL_BT_cont to be accommodated. -BT_PROJECT_VELOCITY = True ! [Boolean] default = False - ! If true, step the barotropic velocity first and project out the velocity - ! tendency by 1+BEBT when calculating the transport. The default (false) is to - ! use a predictor continuity step to find the pressure field, and then to do a - ! corrector continuity step using a weighted average of the old and new - ! velocities, with weights of (1-BEBT) and BEBT. -BT_STRONG_DRAG = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use a stronger estimate of the retarding effects of strong bottom - ! drag, by making it implicit with the barotropic time-step instead of implicit - ! with the baroclinic time-step and dividing by the number of barotropic steps. -BEBT = 0.2 ! [nondim] default = 0.1 - ! BEBT determines whether the barotropic time stepping uses the forward-backward - ! time-stepping scheme or a backward Euler scheme. BEBT is valid in the range - ! from 0 (for a forward-backward treatment of nonrotating gravity waves) to 1 - ! (for a backward Euler treatment). In practice, BEBT must be greater than about - ! 0.05. -DTBT = -0.9 ! [s or nondim] default = -0.98 - ! The barotropic time step, in s. DTBT is only used with the split explicit time - ! stepping. To set the time step automatically based the maximum stable value - ! use 0, or a negative value gives the fraction of the stable value. Setting - ! DTBT to 0 is the same as setting it to -0.98. The value of DTBT that will - ! actually be used is an integer fraction of DT, rounding down. - -! === module MOM_mixed_layer_restrat === -BULKMIXEDLAYER = F -MIXEDLAYER_RESTRAT = F - -!MIXEDLAYER_RESTRAT = True ! [Boolean] default = False - ! If true, a density-gradient dependent re-stratifying flow is imposed in the - ! mixed layer. Can be used in ALE mode without restriction but in layer mode can - ! only be used if BULKMIXEDLAYER is true. -FOX_KEMPER_ML_RESTRAT_COEF = 60.0 ! [nondim] default = 0.0 - ! A nondimensional coefficient that is proportional to the ratio of the - ! deformation radius to the dominant lengthscale of the submesoscale mixed layer - ! instabilities, times the minimum of the ratio of the mesoscale eddy kinetic - ! energy to the large-scale geostrophic kinetic energy or 1 plus the square of - ! the grid spacing over the deformation radius, as detailed by Fox-Kemper et al. - ! (2010) -MLE_USE_PBL_MLD = True ! [Boolean] default = False - ! If true, the MLE parameterization will use the mixed-layer depth provided by - ! the active PBL parameterization. If false, MLE will estimate a MLD based on a - ! density difference with the surface using the parameter MLE_DENSITY_DIFF. -MLE_MLD_DECAY_TIME = 2.592E+06 ! [s] default = 0.0 - ! The time-scale for a running-mean filter applied to the mixed-layer depth used - ! in the MLE restratification parameterization. When the MLD deepens below the - ! current running-mean the running-mean is instantaneously set to the current - ! MLD. - -! === module MOM_diabatic_driver === -! The following parameters are used for diabatic processes. -ENERGETICS_SFC_PBL = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use an implied energetics planetary boundary layer scheme to - ! determine the diffusivity and viscosity in the surface boundary layer. -EPBL_IS_ADDITIVE = False ! [Boolean] default = True - ! If true, the diffusivity from ePBL is added to all other diffusivities. - ! Otherwise, the larger of kappa-shear and ePBL diffusivities are used. -KD_MIN_TR = 2.0E-06 ! [m2 s-1] default = 2.0E-06 - ! A minimal diffusivity that should always be applied to tracers, especially in - ! massless layers near the bottom. The default is 0.1*KD. - -! === module MOM_CVMix_KPP === -! This is the MOM wrapper to CVMix:KPP -! See http://cvmix.github.io/ - -! === module MOM_tidal_mixing === -! Vertical Tidal Mixing Parameterization -INT_TIDE_DISSIPATION = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use an internal tidal dissipation scheme to drive diapycnal mixing, - ! along the lines of St. Laurent et al. (2002) and Simmons et al. (2004). -INT_TIDE_PROFILE = "POLZIN_09" ! default = "STLAURENT_02" - ! INT_TIDE_PROFILE selects the vertical profile of energy dissipation with - ! INT_TIDE_DISSIPATION. Valid values are: - ! STLAURENT_02 - Use the St. Laurent et al exponential - ! decay profile. - ! POLZIN_09 - Use the Polzin WKB-stretched algebraic - ! decay profile. -KAPPA_ITIDES = 6.28319E-04 ! [m-1] default = 6.283185307179586E-04 - ! A topographic wavenumber used with INT_TIDE_DISSIPATION. The default is 2pi/10 - ! km, as in St.Laurent et al. 2002. -KAPPA_H2_FACTOR = 0.84 ! [nondim] default = 1.0 - ! A scaling factor for the roughness amplitude with INT_TIDE_DISSIPATION. -TKE_ITIDE_MAX = 0.1 ! [W m-2] default = 1000.0 - ! The maximum internal tide energy source available to mix above the bottom - ! boundary layer with INT_TIDE_DISSIPATION. -READ_TIDEAMP = True ! [Boolean] default = False - ! If true, read a file (given by TIDEAMP_FILE) containing the tidal amplitude - ! with INT_TIDE_DISSIPATION. -TIDEAMP_FILE = "ocean_tides.nc" ! default = "tideamp.nc" - ! The path to the file containing the spatially varying tidal amplitudes with - ! INT_TIDE_DISSIPATION. -H2_FILE = "ocean_topography.nc" ! - ! The path to the file containing the sub-grid-scale topographic roughness - ! amplitude with INT_TIDE_DISSIPATION. - -LIQUID_RUNOFF_FROM_DATA = T - -! === module MOM_CVMix_conv === -! Parameterization of enhanced mixing due to convection via CVMix - -! === module MOM_set_diffusivity === -BBL_MIXING_AS_MAX = False ! [Boolean] default = True - ! If true, take the maximum of the diffusivity from the BBL mixing and the other - ! diffusivities. Otherwise, diffusivity from the BBL_mixing is simply added. -USE_LOTW_BBL_DIFFUSIVITY = True ! [Boolean] default = False - ! If true, uses a simple, imprecise but non-coordinate dependent, model of BBL - ! mixing diffusivity based on Law of the Wall. Otherwise, uses the original BBL - ! scheme. -SIMPLE_TKE_TO_KD = True ! [Boolean] default = False - ! If true, uses a simple estimate of Kd/TKE that will work for arbitrary - ! vertical coordinates. If false, calculates Kd/TKE and bounds based on exact - ! energetics for an isopycnal layer-formulation. - -! === module MOM_bkgnd_mixing === -! Adding static vertical background mixing coefficients -KD = 2.0E-05 ! [m2 s-1] default = 0.0 - ! The background diapycnal diffusivity of density in the interior. Zero or the - ! molecular value, ~1e-7 m2 s-1, may be used. -KD_MIN = 2.0E-06 ! [m2 s-1] default = 2.0E-07 - ! The minimum diapycnal diffusivity. -HENYEY_IGW_BACKGROUND = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use a latitude-dependent scaling for the near surface background - ! diffusivity, as described in Harrison & Hallberg, JPO 2008. -KD_MAX = 0.1 ! [m2 s-1] default = -1.0 - ! The maximum permitted increment for the diapycnal diffusivity from TKE-based - ! parameterizations, or a negative value for no limit. - -! === module MOM_kappa_shear === -! Parameterization of shear-driven turbulence following Jackson, Hallberg and Legg, JPO 2008 -USE_JACKSON_PARAM = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use the Jackson-Hallberg-Legg (JPO 2008) shear mixing - ! parameterization. -MAX_RINO_IT = 25 ! [nondim] default = 50 - ! The maximum number of iterations that may be used to estimate the Richardson - ! number driven mixing. -VERTEX_SHEAR = True ! [Boolean] default = False - ! If true, do the calculations of the shear-driven mixing - ! at the cell vertices (i.e., the vorticity points). -KD_TRUNC_KAPPA_SHEAR = 2.0E-07 ! [m2 s-1] default = 2.0E-07 - ! The value of shear-driven diffusivity that is considered negligible and is - ! rounded down to 0. The default is 1% of KD_KAPPA_SHEAR_0. -KAPPA_SHEAR_ITER_BUG = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use an older, dimensionally inconsistent estimate of the derivative - ! of diffusivity with energy in the Newton's method iteration. The bug causes - ! undercorrections when dz > 1 m. -KAPPA_SHEAR_ALL_LAYER_TKE_BUG = True ! [Boolean] default = False - ! If true, report back the latest estimate of TKE instead of the time average - ! TKE when there is mass in all layers. Otherwise always report the time - ! averaged TKE, as is currently done when there are some massless layers. - -! === module MOM_CVMix_shear === -! Parameterization of shear-driven turbulence via CVMix (various options) - -! === module MOM_CVMix_ddiff === -! Parameterization of mixing due to double diffusion processes via CVMix - -! === module MOM_diabatic_aux === -! The following parameters are used for auxiliary diabatic processes. -PRESSURE_DEPENDENT_FRAZIL = false ! [Boolean] default = False - ! If true, use a pressure dependent freezing temperature when making frazil. The - ! default is false, which will be faster but is inappropriate with ice-shelf - ! cavities. -VAR_PEN_SW = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use one of the CHL_A schemes specified by OPACITY_SCHEME to determine - ! the e-folding depth of incoming short wave radiation. -CHL_FILE = "ocean_chl_climo.nc" ! - ! CHL_FILE is the file containing chl_a concentrations in the variable CHL_A. It - ! is used when VAR_PEN_SW and CHL_FROM_FILE are true. - -CHL_VARNAME = "chl_a" - -! === module MOM_energetic_PBL === -ML_OMEGA_FRAC = 0.001 ! [nondim] default = 0.0 - ! When setting the decay scale for turbulence, use this fraction of the absolute - ! rotation rate blended with the local value of f, as sqrt((1-of)*f^2 + - ! of*4*omega^2). -TKE_DECAY = 0.01 ! [nondim] default = 2.5 - ! TKE_DECAY relates the vertical rate of decay of the TKE available for - ! mechanical entrainment to the natural Ekman depth. -EPBL_MSTAR_SCHEME = "OM4" ! default = "CONSTANT" - ! EPBL_MSTAR_SCHEME selects the method for setting mstar. Valid values are: - ! CONSTANT - Use a fixed mstar given by MSTAR - ! OM4 - Use L_Ekman/L_Obukhov in the sabilizing limit, as in OM4 - ! REICHL_H18 - Use the scheme documented in Reichl & Hallberg, 2018. -MSTAR_CAP = 10.0 ! [nondim] default = -1.0 - ! If this value is positive, it sets the maximum value of mstar allowed in ePBL. - ! (This is not used if EPBL_MSTAR_SCHEME = CONSTANT). -MSTAR2_COEF1 = 0.29 ! [nondim] default = 0.3 - ! Coefficient in computing mstar when rotation and stabilizing effects are both - ! important (used if EPBL_MSTAR_SCHEME = OM4). -MSTAR2_COEF2 = 0.152 ! [nondim] default = 0.085 - ! Coefficient in computing mstar when only rotation limits the total mixing - ! (used if EPBL_MSTAR_SCHEME = OM4) -NSTAR = 0.06 ! [nondim] default = 0.2 - ! The portion of the buoyant potential energy imparted by surface fluxes that is - ! available to drive entrainment at the base of mixed layer when that energy is - ! positive. -MSTAR_CONV_ADJ = 0.667 ! [nondim] default = 0.0 - ! Coefficient used for reducing mstar during convection due to reduction of - ! stable density gradient. -USE_MLD_ITERATION = False ! [Boolean] default = True - ! A logical that specifies whether or not to use the distance to the bottom of - ! the actively turbulent boundary layer to help set the EPBL length scale. -EPBL_TRANSITION_SCALE = 0.01 ! [nondim] default = 0.1 - ! A scale for the mixing length in the transition layer at the edge of the - ! boundary layer as a fraction of the boundary layer thickness. -MIX_LEN_EXPONENT = 1.0 ! [nondim] default = 2.0 - ! The exponent applied to the ratio of the distance to the MLD and the MLD depth - ! which determines the shape of the mixing length. This is only used if - ! USE_MLD_ITERATION is True. -USE_LA_LI2016 = False ! [nondim] default = False - ! A logical to use the Li et al. 2016 (submitted) formula to determine the - ! Langmuir number. -EPBL_LANGMUIR_SCHEME = "ADDITIVE" ! default = "NONE" - ! EPBL_LANGMUIR_SCHEME selects the method for including Langmuir turbulence. - ! Valid values are: - ! NONE - Do not do any extra mixing due to Langmuir turbulence - ! RESCALE - Use a multiplicative rescaling of mstar to account for Langmuir - ! turbulence - ! ADDITIVE - Add a Langmuir turblence contribution to mstar to other - ! contributions -LT_ENHANCE_COEF = 0.044 ! [nondim] default = 0.447 - ! Coefficient for Langmuir enhancement of mstar -LT_ENHANCE_EXP = -1.5 ! [nondim] default = -1.33 - ! Exponent for Langmuir enhancementt of mstar -LT_MOD_LAC1 = 0.0 ! [nondim] default = -0.87 - ! Coefficient for modification of Langmuir number due to MLD approaching Ekman - ! depth. -LT_MOD_LAC4 = 0.0 ! [nondim] default = 0.95 - ! Coefficient for modification of Langmuir number due to ratio of Ekman to - ! stable Obukhov depth. -LT_MOD_LAC5 = 0.22 ! [nondim] default = 0.95 - ! Coefficient for modification of Langmuir number due to ratio of Ekman to - ! unstable Obukhov depth. - -! === module MOM_regularize_layers === - -! === module MOM_opacity === -PEN_SW_NBANDS = 3 ! default = 1 - ! The number of bands of penetrating shortwave radiation. - -! === module MOM_tracer_advect === -TRACER_ADVECTION_SCHEME = "PPM:H3" ! default = "PLM" - ! The horizontal transport scheme for tracers: - ! PLM - Piecewise Linear Method - ! PPM:H3 - Piecewise Parabolic Method (Huyhn 3rd order) - ! PPM - Piecewise Parabolic Method (Colella-Woodward) - -! === module MOM_tracer_hor_diff === -CHECK_DIFFUSIVE_CFL = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use enough iterations the diffusion to ensure that the diffusive - ! equivalent of the CFL limit is not violated. If false, always use the greater - ! of 1 or MAX_TR_DIFFUSION_CFL iteration. - -! === module MOM_neutral_diffusion === -! This module implements neutral diffusion of tracers -USE_NEUTRAL_DIFFUSION = True ! [Boolean] default = False - ! If true, enables the neutral diffusion module. - -! === module MOM_lateral_boundary_diffusion === -! This module implements lateral diffusion of tracers near boundaries - -! === module MOM_sum_output === -CALCULATE_APE = False ! [Boolean] default = True - ! If true, calculate the available potential energy of the interfaces. Setting - ! this to false reduces the memory footprint of high-PE-count models - ! dramatically. -MAXTRUNC = 100000 ! [truncations save_interval-1] default = 0 - ! The run will be stopped, and the day set to a very large value if the velocity - ! is truncated more than MAXTRUNC times between energy saves. Set MAXTRUNC to 0 - ! to stop if there is any truncation of velocities. -ENERGYSAVEDAYS = 0.25 ! [days] default = 1.0 - ! The interval in units of TIMEUNIT between saves of the energies of the run and - ! other globally summed diagnostics. - -! === module ocean_model_init === - -! === module MOM_surface_forcing === -MAX_P_SURF = 0.0 ! [Pa] default = -1.0 - ! The maximum surface pressure that can be exerted by the atmosphere and - ! floating sea-ice or ice shelves. This is needed because the FMS coupling - ! structure does not limit the water that can be frozen out of the ocean and the - ! ice-ocean heat fluxes are treated explicitly. No limit is applied if a - ! negative value is used. -WIND_STAGGER = "A" ! default = "C" - ! A case-insensitive character string to indicate the - ! staggering of the input wind stress field. Valid - ! values are 'A', 'B', or 'C'. -CD_TIDES = 0.0018 ! [nondim] default = 1.0E-04 - ! The drag coefficient that applies to the tides. -GUST_CONST = 0.02 ! [Pa] default = 0.0 - ! The background gustiness in the winds. -FIX_USTAR_GUSTLESS_BUG = False ! [Boolean] default = True - ! If true correct a bug in the time-averaging of the gustless wind friction - ! velocity - -! === module MOM_restart === - -! === module MOM_file_parser === - diff --git a/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/cold-start/forecast/cntrl/jedi/soca/3dvar/INPUT/MOM_override b/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/cold-start/forecast/cntrl/jedi/soca/3dvar/INPUT/MOM_override deleted file mode 100644 index e8f62a8..0000000 --- a/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/cold-start/forecast/cntrl/jedi/soca/3dvar/INPUT/MOM_override +++ /dev/null @@ -1,4 +0,0 @@ -INTERPOLATE_RES_FN = False -VERTEX_SHEAR=True -BUOY_CONFIG='zero' -WIND_CONFIG='zero' diff --git a/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/cold-start/forecast/cntrl/jedi/soca/3dvar/INPUT/MOM_resolution b/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/cold-start/forecast/cntrl/jedi/soca/3dvar/INPUT/MOM_resolution deleted file mode 100644 index 0d34b9a..0000000 --- a/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/cold-start/forecast/cntrl/jedi/soca/3dvar/INPUT/MOM_resolution +++ /dev/null @@ -1,13 +0,0 @@ -DT = 900 ! [s] - ! The (baroclinic) dynamics time step. The time-step that - ! is actually used will be an integer fraction of the - ! forcing time-step (DT_FORCING in ocean-only mode or the - ! coupling timestep in coupled mode.) -NIGLOBAL = 360 ! - ! The total number of thickness grid points in the - ! x-direction in the physical domain. With STATIC_MEMORY_ - ! this is set in MOM_memory.h at compile time. -NJGLOBAL = 320 ! - ! The total number of thickness grid points in the - ! y-direction in the physical domain. With STATIC_MEMORY_ - ! this is set in MOM_memory.h at compile time. diff --git a/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/cold-start/forecast/cntrl/jedi/soca/3dvar/checkpoint_model.yaml b/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/cold-start/forecast/cntrl/jedi/soca/3dvar/checkpoint_model.yaml deleted file mode 100644 index 51e15db..0000000 --- a/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/cold-start/forecast/cntrl/jedi/soca/3dvar/checkpoint_model.yaml +++ /dev/null @@ -1,34 +0,0 @@ -_: &date 2016-01-01T12:00:00Z -_: &soca_vars [socn, tocn, ssh, hocn, mld, layer_depth, cicen, hicen, hsnon] - -resolution: - num_ice_cat: 5 - num_ice_lev: 4 - num_sno_lev: 1 - mom6_input_nml: mom_input.nml - fields metadata: fields_metadata.yaml - -model: - name: SOCA - tstep: PT6H - advance_mom6: 0 - model variables: *soca_vars - tocn_minmax: [-1.9, 33.0] - socn_minmax: [0.1, 38.0] - -background: - read_from_file: 1 - date: *date - basename: ./RESTART_IN/ - ocn_filename: MOM.res.nc - ice_filename: cice.res.nc - state variables: *soca_vars - -analysis: - read_from_file: 1 - date: *date - basename: ./RESTART_IN/ - ocn_filename: ocn.3DVAR.an.2016-01-01T12:00:00Z.nc - ice_filename: ice.3DVAR.an.2016-01-01T12:00:00Z.nc - state variables: *soca_vars - diff --git a/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/cold-start/forecast/cntrl/jedi/soca/3dvar/staticbinit.yaml b/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/cold-start/forecast/cntrl/jedi/soca/3dvar/staticbinit.yaml deleted file mode 100644 index efec3b0..0000000 --- a/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/cold-start/forecast/cntrl/jedi/soca/3dvar/staticbinit.yaml +++ /dev/null @@ -1,39 +0,0 @@ -geometry: - num_ice_cat: 5 - num_ice_lev: 4 - num_sno_lev: 1 - mom6_input_nml: mom_input.nml - fields metadata: fields_metadata.yaml - -analysis variables: &soca_vars [socn, tocn, ssh, hocn, mld, layer_depth, cicen, hicen, hsnon] - -background: - read_from_file: 1 - date: &date 2016-01-01T12:00:00Z - basename: ./RESTART_IN/ - ocn_filename: MOM.res.nc - ice_filename: cice.res.nc - state variables: *soca_vars - -background error: - covariance model: SocaError - datadir: ./bump - method: cor - strategy: specific_univariate - new_nicas: 1 - mask_check: 1 - ntry: 3 - nrep: 2 - resol: 6.0 - network: 1 - mpicom: 2 - date: *date - corr_scales: - ocn: - rossby mult: 1.0 - min grid mult: 1.0 - min value: 150.0e3 - ice: - base value: 200.0e3 - analysis variables: *soca_vars - diff --git a/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/cold-start/forecast/cntrl/jedi/soca/3dvar/var.yaml b/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/cold-start/forecast/cntrl/jedi/soca/3dvar/var.yaml deleted file mode 100644 index 225359c..0000000 --- a/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/cold-start/forecast/cntrl/jedi/soca/3dvar/var.yaml +++ /dev/null @@ -1,519 +0,0 @@ -_: &obs_distribution RoundRobin -_: &obs_error diagonal -_: &obs_land_mask - filter: Domain Check - where: - - variable: {name: sea_area_fraction@GeoVaLs} - minvalue: 0.9 -_: &insitu_land_mask - filter: Domain Check - where: - - variable: {name: sea_area_fraction@GeoVaLs} - minvalue: 0.5 -_: &sss_land_mask - filter: Domain Check - where: - - variable: {name: sea_area_fraction@GeoVaLs} - 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iasi_metop-a 306 1 0.670 0.000 4.000 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-a 309 -1 0.790 0.000 4.500 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-a 313 -1 0.620 0.000 4.500 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-a 320 -1 0.660 0.000 4.500 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-a 323 1 0.700 0.000 4.500 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-a 326 -1 0.650 0.000 4.500 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-a 327 1 0.620 0.000 4.000 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-a 329 1 0.610 0.000 4.500 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-a 332 -1 0.620 0.000 4.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-a 335 1 0.530 0.000 4.000 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-a 345 1 0.600 0.000 4.500 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-a 347 1 0.680 0.000 2.500 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-a 350 1 0.950 0.000 3.000 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-a 354 1 0.630 0.000 2.500 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-a 356 1 0.970 0.000 3.000 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-a 360 1 0.650 0.000 2.500 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-a 363 -1 0.980 0.000 3.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - 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iasi_metop-b 2971 -1 1.520 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 2977 -1 1.950 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 2985 -1 1.870 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 2988 -1 1.890 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 2990 -1 1.910 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 2991 -1 1.910 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 2993 1 1.930 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 3002 1 1.900 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 3008 -1 1.910 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 3014 -1 1.900 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 3027 -1 1.890 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 3029 -1 1.890 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 3030 -1 1.910 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 3036 -1 1.900 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 3047 -1 1.910 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 3049 1 1.910 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - 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iasi_metop-b 3146 -1 1.970 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 3151 -1 1.930 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 3160 -1 1.990 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 3165 -1 1.860 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 3168 -1 1.120 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 3175 -1 1.930 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 3178 -1 1.920 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 3189 -1 1.950 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 3207 -1 1.850 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 3228 -1 1.840 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 3244 -1 1.910 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 3248 -1 1.120 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 3252 -1 1.820 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 3256 -1 1.820 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 3263 -1 1.950 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 3281 -1 1.240 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - 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With STATIC_MEMORY_ - ! this is set in MOM_memory.h at compile time. diff --git a/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/warm-start/forecast/cntrl/data_table b/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/warm-start/forecast/cntrl/data_table deleted file mode 100644 index 14c8032..0000000 --- a/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/warm-start/forecast/cntrl/data_table +++ /dev/null @@ -1 +0,0 @@ -"OCN", "runoff", "runoff", "./INPUT/river_runoff.climo.nc", "none" , 1.0 diff --git a/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/warm-start/forecast/cntrl/diag_table b/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/warm-start/forecast/cntrl/diag_table deleted file mode 100644 index 96fe9be..0000000 --- a/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/warm-start/forecast/cntrl/diag_table +++ /dev/null @@ -1,259 +0,0 @@ -UFS_RNR_experiment -2016 01 01 06 00 00 -# Output file declarations -"grid_spec", -1, "months", 1, "days", "time" -"fv3_history", 0, "hours", 1, "hours", "time" -"fv3_history2d", 0, "hours", 1, "hours", "time" -"grid_spec", -1, "months", 1, "days", "time" 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avhpmbufr avhrr n19 avhrr3_n19 0.0 1 0 - oscatbufr uv null uv 0.0 0 0 - mlsbufr mls30 aura mls30_aura 0.0 0 0 - amsr2bufr amsr2 gcom-w1 amsr2_gcom-w1 0.0 3 0 - gmibufr gmi gpm gmi_gpm 0.0 3 0 - saphirbufr saphir meghat saphir_meghat 0.0 3 0 - ahibufr ahi himawari8 ahi_himawari8 0.0 1 0 - abibufr abi g16 abi_g16 0.0 1 0 - abibufr abi g17 abi_g17 0.0 1 0 - rapidscatbufr uv null uv 0.0 0 0 - ompsnpbufr ompsnp npp ompsnp_npp 0.0 0 0 - ompstcbufr ompstc8 npp ompstc8_npp 0.0 2 0 - amsuabufr amsua metop-c amsua_metop-c 0.0 1 1 - mhsbufr mhs metop-c mhs_metop-c 0.0 1 1 - iasibufr iasi metop-c iasi_metop-c 0.0 1 1 -:: \ No newline at end of file diff --git a/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/warm-start/gsi/cntrl/3dvar/ozinfo b/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/warm-start/gsi/cntrl/3dvar/ozinfo deleted file mode 100644 index 61b274e..0000000 --- a/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/warm-start/gsi/cntrl/3dvar/ozinfo +++ /dev/null @@ -1,354 +0,0 @@ - sbuv6_n14 1 -1 0.240 1.000 1.000 10.000 0.000 - sbuv6_n14 2 -1 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- sndr_g12 18 -1 2.000 0.000 4.500 10.000 0.000 -1 -1 -1 - ssmi_f10 1 -1 1.600 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmi_f10 2 -1 2.260 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmi_f10 3 -1 2.010 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmi_f10 4 -1 1.480 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmi_f10 5 -1 2.280 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmi_f10 6 -1 1.430 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmi_f10 7 -1 2.330 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmi_f11 1 -1 1.600 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmi_f11 2 -1 2.260 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmi_f11 3 -1 2.010 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmi_f11 4 -1 1.480 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmi_f11 5 -1 2.280 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmi_f11 6 -1 1.430 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmi_f11 7 -1 2.330 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmi_f13 1 -1 1.600 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmi_f13 2 -1 2.260 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmi_f13 3 -1 2.010 0.000 6.000 10.000 0.000 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10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 1 -1 1.500 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 2 -1 0.500 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 3 -1 0.500 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 4 -1 0.500 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 5 -1 0.500 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 6 -1 1.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 7 -1 1.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 8 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 9 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 10 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 11 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 12 -1 2.400 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 13 -1 1.270 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 14 -1 1.440 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 15 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 16 -1 1.340 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 17 -1 1.740 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 18 -1 3.750 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 19 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 20 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 21 -1 2.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 22 -1 6.400 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 23 -1 1.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 24 -1 1.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 1 1 1.500 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 2 1 0.500 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 3 -1 0.500 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 4 -1 0.500 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 5 1 0.500 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 6 1 1.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 7 1 1.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 8 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 9 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 10 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 11 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 12 -1 2.400 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 13 -1 1.270 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 14 -1 1.440 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 15 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 16 -1 1.340 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 17 -1 1.740 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 18 -1 3.750 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 19 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 20 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 21 -1 2.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 22 -1 6.400 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 23 -1 1.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 24 1 1.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 1 -1 1.500 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 2 -1 0.500 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 3 -1 0.500 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 4 -1 0.500 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 5 -1 0.500 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 6 -1 1.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 7 -1 1.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 8 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 9 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 10 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 11 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 12 -1 2.400 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 13 -1 1.270 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 14 -1 1.440 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 15 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 16 -1 1.340 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 17 -1 1.740 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 18 -1 3.750 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 19 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 20 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 21 -1 2.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 22 -1 6.400 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 23 -1 1.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 24 -1 1.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssu_n11 1 -1 0.900 0.000 4.500 10.000 0.000 -1 -1 -1 - ssu_n11 2 -1 1.200 0.000 4.500 10.000 0.000 -1 -1 -1 - ssu_n11 3 -1 3.000 0.000 4.500 10.000 0.000 -1 -1 -1 - ssu_n14 1 -1 0.900 0.000 4.500 10.000 0.000 -1 -1 -1 - ssu_n14 2 -1 1.200 0.000 4.500 10.000 0.000 -1 -1 -1 - ssu_n14 3 -1 3.000 0.000 4.500 10.000 0.000 -1 -1 -1 diff --git a/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/warm-start/jedi/soca/3dvar/INPUT/MOM_input b/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/warm-start/jedi/soca/3dvar/INPUT/MOM_input deleted file mode 100644 index 072321d..0000000 --- a/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/warm-start/jedi/soca/3dvar/INPUT/MOM_input +++ /dev/null @@ -1,799 +0,0 @@ -! This file was written by the model and records all non-layout or debugging parameters used at run-time. - -! === module MOM === - -RESTART_CHECKSUMS_REQUIRED = F - -! === module MOM_unit_scaling === -! Parameters for doing unit scaling of variables. -USE_REGRIDDING = True ! [Boolean] default = False - ! If True, use the ALE algorithm (regridding/remapping). If False, use the - ! layered isopycnal algorithm. -THICKNESSDIFFUSE = True ! [Boolean] default = False - ! If true, interface heights are diffused with a coefficient of KHTH. -THICKNESSDIFFUSE_FIRST = True ! [Boolean] default = False - ! If true, do thickness diffusion before dynamics. This is only used if - ! THICKNESSDIFFUSE is true. -DT = 900 ! [s] - ! The (baroclinic) dynamics time step. The time-step that is actually used will - ! be an integer fraction of the forcing time-step (DT_FORCING in ocean-only mode - ! or the coupling timestep in coupled mode.) -DT_THERM = 1800 ! [s] default = 1800.0 - ! The thermodynamic and tracer advection time step. Ideally DT_THERM should be - ! an integer multiple of DT and less than the forcing or coupling time-step, - ! unless THERMO_SPANS_COUPLING is true, in which case DT_THERM can be an integer - ! multiple of the coupling timestep. By default DT_THERM is set to DT. -THERMO_SPANS_COUPLING = True ! [Boolean] default = False - ! If true, the MOM will take thermodynamic and tracer timesteps that can be - ! longer than the coupling timestep. The actual thermodynamic timestep that is - ! used in this case is the largest integer multiple of the coupling timestep - ! that is less than or equal to DT_THERM. -HFREEZE = 20.0 ! [m] default = -1.0 - ! If HFREEZE > 0, melt potential will be computed. The actual depth - ! over which melt potential is computed will be min(HFREEZE, OBLD) - ! where OBLD is the boundary layer depth. If HFREEZE <= 0 (default) - ! melt potential will not be computed. -DTBT_RESET_PERIOD = -1.0 ! [s] default = 7200.0 - ! The period between recalculations of DTBT (if DTBT <= 0). If DTBT_RESET_PERIOD - ! is negative, DTBT is set based only on information available at - ! initialization. If 0, DTBT will be set every dynamics time step. The default - ! is set by DT_THERM. This is only used if SPLIT is true. -FRAZIL = True ! [Boolean] default = False - ! If true, water freezes if it gets too cold, and the accumulated heat deficit - ! is returned in the surface state. FRAZIL is only used if - ! ENABLE_THERMODYNAMICS is true. -BOUND_SALINITY = True ! [Boolean] default = False - ! If true, limit salinity to being positive. (The sea-ice model may ask for more - ! salt than is available and drive the salinity negative otherwise.) -MIN_SALINITY = 0.01 ! [PPT] default = 0.0 - ! The minimum value of salinity when BOUND_SALINITY=True. -C_P = 3925.0 ! [J kg-1 K-1] default = 3991.86795711963 - ! The heat capacity of sea water, approximated as a constant. This is only used - ! if ENABLE_THERMODYNAMICS is true. The default value is from the TEOS-10 - ! definition of conservative temperature. -USE_PSURF_IN_EOS = False ! [Boolean] default = True - ! If true, always include the surface pressure contributions in equation of - ! state calculations. -CHECK_BAD_SURFACE_VALS = True ! [Boolean] default = False - ! If true, check the surface state for ridiculous values. -BAD_VAL_SSH_MAX = 50.0 ! [m] default = 20.0 - ! The value of SSH above which a bad value message is triggered, if - ! CHECK_BAD_SURFACE_VALS is true. -BAD_VAL_SSS_MAX = 75.0 ! [PPT] default = 45.0 - ! The value of SSS above which a bad value message is triggered, if - ! CHECK_BAD_SURFACE_VALS is true. -BAD_VAL_SST_MAX = 55.0 ! [deg C] default = 45.0 - ! The value of SST above which a bad value message is triggered, if - ! CHECK_BAD_SURFACE_VALS is true. -BAD_VAL_SST_MIN = -3.0 ! [deg C] default = -2.1 - ! The value of SST below which a bad value message is triggered, if - ! CHECK_BAD_SURFACE_VALS is true. -DEFAULT_2018_ANSWERS = True ! [Boolean] default = False - ! This sets the default value for the various _2018_ANSWERS parameters. -WRITE_GEOM = 2 ! default = 1 - ! If =0, never write the geometry and vertical grid files. If =1, write the - ! geometry and vertical grid files only for a new simulation. If =2, always - ! write the geometry and vertical grid files. Other values are invalid. - -! === module MOM_domains === -TRIPOLAR_N = True ! [Boolean] default = False - ! Use tripolar connectivity at the northern edge of the domain. With - ! TRIPOLAR_N, NIGLOBAL must be even. -NIGLOBAL = 360 ! - ! The total number of thickness grid points in the x-direction in the physical - ! domain. With STATIC_MEMORY_ this is set in MOM_memory.h at compile time. -NJGLOBAL = 320 ! - ! The total number of thickness grid points in the y-direction in the physical - ! domain. With STATIC_MEMORY_ this is set in MOM_memory.h at compile time. - -! === module MOM_hor_index === -! Sets the horizontal array index types. - -! === module MOM_fixed_initialization === -INPUTDIR = "INPUT" ! default = "." - ! The directory in which input files are found. - -! === module MOM_grid_init === -GRID_CONFIG = "mosaic" ! - ! A character string that determines the method for defining the horizontal - ! grid. Current options are: - ! mosaic - read the grid from a mosaic (supergrid) - ! file set by GRID_FILE. - ! cartesian - use a (flat) Cartesian grid. - ! spherical - use a simple spherical grid. - ! mercator - use a Mercator spherical grid. -GRID_FILE = "ocean_hgrid.nc" ! - ! Name of the file from which to read horizontal grid data. -GRID_ROTATION_ANGLE_BUGS = False ! [Boolean] default = True - ! If true, use an older algorithm to calculate the sine and - ! cosines needed rotate between grid-oriented directions and - ! true north and east. Differences arise at the tripolar fold -USE_TRIPOLAR_GEOLONB_BUG = False ! [Boolean] default = False - ! If true, use older code that incorrectly sets the longitude in some points - ! along the tripolar fold to be off by 360 degrees. -TOPO_FILE = "ocean_topography.nc" -TOPO_CONFIG = "file" ! - ! This specifies how bathymetry is specified: - ! file - read bathymetric information from the file - ! specified by (TOPO_FILE). - ! flat - flat bottom set to MAXIMUM_DEPTH. - ! bowl - an analytically specified bowl-shaped basin - ! ranging between MAXIMUM_DEPTH and MINIMUM_DEPTH. - ! spoon - a similar shape to 'bowl', but with an vertical - ! wall at the southern face. - ! halfpipe - a zonally uniform channel with a half-sine - ! profile in the meridional direction. - ! bbuilder - build topography from list of functions. - ! benchmark - use the benchmark test case topography. - ! Neverworld - use the Neverworld test case topography. - ! DOME - use a slope and channel configuration for the - ! DOME sill-overflow test case. - ! ISOMIP - use a slope and channel configuration for the - ! ISOMIP test case. - ! DOME2D - use a shelf and slope configuration for the - ! DOME2D gravity current/overflow test case. - ! Kelvin - flat but with rotated land mask. - ! seamount - Gaussian bump for spontaneous motion test case. - ! dumbbell - Sloshing channel with reservoirs on both ends. - ! shelfwave - exponential slope for shelfwave test case. - ! Phillips - ACC-like idealized topography used in the Phillips config. - ! dense - Denmark Strait-like dense water formation and overflow. - ! USER - call a user modified routine. -TOPO_EDITS_FILE = "ocean_topo_edits.nc" ! default = "" - ! The file from which to read a list of i,j,z topography overrides. -MAXIMUM_DEPTH = 6500.0 ! [m] - ! The maximum depth of the ocean. -MINIMUM_DEPTH = 9.5 ! [m] default = 0.0 - ! If MASKING_DEPTH is unspecified, then anything shallower than MINIMUM_DEPTH is - ! assumed to be land and all fluxes are masked out. If MASKING_DEPTH is - ! specified, then all depths shallower than MINIMUM_DEPTH but deeper than - ! MASKING_DEPTH are rounded to MINIMUM_DEPTH. - -! === module MOM_open_boundary === -! Controls where open boundaries are located, what kind of boundary condition to impose, and what data to apply, -! if any. -MASKING_DEPTH = 0.0 ! [m] default = -9999.0 - ! The depth below which to mask points as land points, for which all fluxes are - ! zeroed out. MASKING_DEPTH is ignored if negative. -CHANNEL_CONFIG = "list" ! default = "none" - ! A parameter that determines which set of channels are - ! restricted to specific widths. Options are: - ! none - All channels have the grid width. - ! global_1deg - Sets 16 specific channels appropriate - ! for a 1-degree model, as used in CM2G. - ! list - Read the channel locations and widths from a - ! text file, like MOM_channel_list in the MOM_SIS - ! test case. - ! file - Read open face widths everywhere from a - ! NetCDF file on the model grid. -CHANNEL_LIST_FILE = "ocean_channels.nc" ! default = "MOM_channel_list" - ! The file from which the list of narrowed channels is read. - -! === module MOM_verticalGrid === -! Parameters providing information about the vertical grid. -NK = 75 ! [nondim] - ! The number of model layers. - -! === module MOM_tracer_registry === - -! === module MOM_EOS === -TFREEZE_FORM = "MILLERO_78" ! default = "LINEAR" - ! TFREEZE_FORM determines which expression should be used for the freezing - ! point. Currently, the valid choices are "LINEAR", "MILLERO_78", "TEOS10" - -! === module MOM_restart === -PARALLEL_RESTARTFILES = True ! [Boolean] default = False - ! If true, each processor writes its own restart file, otherwise a single - ! restart file is generated - -! === module MOM_tracer_flow_control === -USE_IDEAL_AGE_TRACER = False ! [Boolean] default = False - ! If true, use the ideal_age_example tracer package. - -! === module ideal_age_example === - -! === module MOM_coord_initialization === -COORD_CONFIG = "file" ! default = "none" - ! This specifies how layers are to be defined: - ! ALE or none - used to avoid defining layers in ALE mode - ! file - read coordinate information from the file - ! specified by (COORD_FILE). - ! BFB - Custom coords for buoyancy-forced basin case - ! based on SST_S, T_BOT and DRHO_DT. - ! linear - linear based on interfaces not layers - ! layer_ref - linear based on layer densities - ! ts_ref - use reference temperature and salinity - ! ts_range - use range of temperature and salinity - ! (T_REF and S_REF) to determine surface density - ! and GINT calculate internal densities. - ! gprime - use reference density (RHO_0) for surface - ! density and GINT calculate internal densities. - ! ts_profile - use temperature and salinity profiles - ! (read from COORD_FILE) to set layer densities. - ! USER - call a user modified routine. -COORD_FILE = "ocean_layer_coord.nc" ! - ! The file from which the coordinate densities are read. -REMAP_UV_USING_OLD_ALG = True ! [Boolean] default = False - ! If true, uses the old remapping-via-a-delta-z method for remapping u and v. If - ! false, uses the new method that remaps between grids described by an old and - ! new thickness. -REGRIDDING_COORDINATE_MODE = "HYCOM1" ! default = "LAYER" - ! Coordinate mode for vertical regridding. Choose among the following - ! possibilities: LAYER - Isopycnal or stacked shallow water layers - ! ZSTAR, Z* - stretched geopotential z* - ! SIGMA_SHELF_ZSTAR - stretched geopotential z* ignoring shelf - ! SIGMA - terrain following coordinates - ! RHO - continuous isopycnal - ! HYCOM1 - HyCOM-like hybrid coordinate - ! SLIGHT - stretched coordinates above continuous isopycnal - ! ADAPTIVE - optimize for smooth neutral density surfaces -BOUNDARY_EXTRAPOLATION = True ! [Boolean] default = False - ! When defined, a proper high-order reconstruction scheme is used within - ! boundary cells rather than PCM. E.g., if PPM is used for remapping, a PPM - ! reconstruction will also be used within boundary cells. -ALE_COORDINATE_CONFIG = "HYBRID:ocean_vcoord_file.nc,sigma2,FNC1:2,4000,4.5,.01" ! default = "UNIFORM" - ! Determines how to specify the coordinate resolution. Valid options are: - ! PARAM - use the vector-parameter ALE_RESOLUTION - ! UNIFORM[:N] - uniformly distributed - ! FILE:string - read from a file. The string specifies - ! the filename and variable name, separated - ! by a comma or space, e.g. FILE:lev.nc,dz - ! or FILE:lev.nc,interfaces=zw - ! WOA09[:N] - the WOA09 vertical grid (approximately) - ! FNC1:string - FNC1:dz_min,H_total,power,precision - ! HYBRID:string - read from a file. The string specifies - ! the filename and two variable names, separated - ! by a comma or space, for sigma-2 and dz. e.g. - ! HYBRID:vgrid.nc,sigma2,dz -!ALE_RESOLUTION = 7*2.0, 2*2.01, 2.02, 2.03, 2.05, 2.08, 2.11, 2.15, 2.21, 2.2800000000000002, 2.37, 2.48, 2.61, 2.77, 2.95, 3.17, 3.4299999999999997, 3.74, 4.09, 4.49, 4.95, 5.48, 6.07, 6.74, 7.5, 8.34, 9.280000000000001, 10.33, 11.49, 12.77, 14.19, 15.74, 17.450000000000003, 19.31, 21.35, 23.56, 25.97, 28.580000000000002, 31.41, 34.47, 37.77, 41.32, 45.14, 49.25, 53.65, 58.370000000000005, 63.42, 68.81, 74.56, 80.68, 87.21000000000001, 94.14, 101.51, 109.33, 117.62, 126.4, 135.68, 145.5, 155.87, 166.81, 178.35, 190.51, 203.31, 216.78, 230.93, 245.8, 261.42, 277.83 ! [m] - ! The distribution of vertical resolution for the target - ! grid used for Eulerian-like coordinates. For example, - ! in z-coordinate mode, the parameter is a list of level - ! thicknesses (in m). In sigma-coordinate mode, the list - ! is of non-dimensional fractions of the water column. -!TARGET_DENSITIES = 1010.0, 1014.3034, 1017.8088, 1020.843, 1023.5566, 1025.813, 1027.0275, 1027.9114, 1028.6422, 1029.2795, 1029.852, 1030.3762, 1030.8626, 1031.3183, 1031.7486, 1032.1572, 1032.5471, 1032.9207, 1033.2798, 1033.6261, 1033.9608, 1034.2519, 1034.4817, 1034.6774, 1034.8508, 1035.0082, 1035.1533, 1035.2886, 1035.4159, 1035.5364, 1035.6511, 1035.7608, 1035.8661, 1035.9675, 1036.0645, 1036.1554, 1036.2411, 1036.3223, 1036.3998, 1036.4739, 1036.5451, 1036.6137, 1036.68, 1036.7441, 1036.8062, 1036.8526, 1036.8874, 1036.9164, 1036.9418, 1036.9647, 1036.9857, 1037.0052, 1037.0236, 1037.0409, 1037.0574, 1037.0738, 1037.0902, 1037.1066, 1037.123, 1037.1394, 1037.1558, 1037.1722, 1037.1887, 1037.206, 1037.2241, 1037.2435, 1037.2642, 1037.2866, 1037.3112, 1037.3389, 1037.3713, 1037.4118, 1037.475, 1037.6332, 1037.8104, 1038.0 ! [m] - ! HYBRID target densities for interfaces -MAXIMUM_INT_DEPTH_CONFIG = "FNC1:5,8000.0,1.0,.01" ! default = "NONE" - ! Determines how to specify the maximum interface depths. - ! Valid options are: - ! NONE - there are no maximum interface depths - ! PARAM - use the vector-parameter MAXIMUM_INTERFACE_DEPTHS - ! FILE:string - read from a file. The string specifies - ! the filename and variable name, separated - ! by a comma or space, e.g. FILE:lev.nc,Z - ! FNC1:string - FNC1:dz_min,H_total,power,precision -!MAXIMUM_INT_DEPTHS = 0.0, 5.0, 12.75, 23.25, 36.49, 52.480000000000004, 71.22, 92.71000000000001, 116.94000000000001, 143.92000000000002, 173.65, 206.13, 241.36, 279.33000000000004, 320.05000000000007, 363.5200000000001, 409.7400000000001, 458.7000000000001, 510.4100000000001, 564.8700000000001, 622.0800000000002, 682.0300000000002, 744.7300000000002, 810.1800000000003, 878.3800000000003, 949.3300000000004, 1023.0200000000004, 1099.4600000000005, 1178.6500000000005, 1260.5900000000006, 1345.2700000000007, 1432.7000000000007, 1522.8800000000008, 1615.8100000000009, 1711.490000000001, 1809.910000000001, 1911.080000000001, 2015.0000000000011, 2121.670000000001, 2231.080000000001, 2343.2400000000007, 2458.1500000000005, 2575.8100000000004, 2696.2200000000003, 2819.3700000000003, 2945.2700000000004, 3073.9200000000005, 3205.3200000000006, 3339.4600000000005, 3476.3500000000004, 3615.9900000000002, 3758.38, 3903.52, 4051.4, 4202.03, 4355.41, 4511.54, 4670.41, 4832.03, 4996.4, 5163.5199999999995, 5333.379999999999, 5505.989999999999, 5681.3499999999985, 5859.459999999998, 6040.319999999998, 6223.919999999998, 6410.269999999999, 6599.369999999999, 6791.219999999999, 6985.8099999999995, 7183.15, 7383.24, 7586.08, 7791.67, 8000.0 - ! The list of maximum depths for each interface. -MAX_LAYER_THICKNESS_CONFIG = "FNC1:400,31000.0,0.1,.01" ! default = "NONE" - ! Determines how to specify the maximum layer thicknesses. - ! Valid options are: - ! NONE - there are no maximum layer thicknesses - ! PARAM - use the vector-parameter MAX_LAYER_THICKNESS - ! FILE:string - read from a file. The string specifies - ! the filename and variable name, separated - ! by a comma or space, e.g. FILE:lev.nc,Z - ! FNC1:string - FNC1:dz_min,H_total,power,precision -!MAX_LAYER_THICKNESS = 400.0, 409.63, 410.32, 410.75, 411.07, 411.32, 411.52, 411.7, 411.86, 412.0, 412.13, 412.24, 412.35, 412.45, 412.54, 412.63, 412.71, 412.79, 412.86, 412.93, 413.0, 413.06, 413.12, 413.18, 413.24, 413.29, 413.34, 413.39, 413.44, 413.49, 413.54, 413.58, 413.62, 413.67, 413.71, 413.75, 413.78, 413.82, 413.86, 413.9, 413.93, 413.97, 414.0, 414.03, 414.06, 414.1, 414.13, 414.16, 414.19, 414.22, 414.24, 414.27, 414.3, 414.33, 414.35, 414.38, 414.41, 414.43, 414.46, 414.48, 414.51, 414.53, 414.55, 414.58, 414.6, 414.62, 414.65, 414.67, 414.69, 414.71, 414.73, 414.75, 414.77, 414.79, 414.83 ! [m] - ! The list of maximum thickness for each layer. -REMAPPING_SCHEME = "PPM_H4" ! default = "PLM" - ! This sets the reconstruction scheme used for vertical remapping for all - ! variables. It can be one of the following schemes: PCM (1st-order - ! accurate) - ! PLM (2nd-order accurate) - ! PPM_H4 (3rd-order accurate) - ! PPM_IH4 (3rd-order accurate) - ! PQM_IH4IH3 (4th-order accurate) - ! PQM_IH6IH5 (5th-order accurate) - -! === module MOM_grid === -! Parameters providing information about the lateral grid. - -! === module MOM_state_initialization === -INIT_LAYERS_FROM_Z_FILE = False ! [Boolean] default = False - ! If true, initialize the layer thicknesses, temperatures, and salinities from a - ! Z-space file on a latitude-longitude grid. -THICKNESS_CONFIG = "thickness_file" -THICKNESS_FILE = "MOM6.ic.nc" -TS_CONFIG = "file" -TS_FILE = "MOM6.ic.nc" -TEMP_IC_VAR = "Temp" -VELOCITY_CONFIG = "file" -VELOCITY_FILE = "MOM6.ic.nc" - -! === module MOM_initialize_layers_from_Z === -TEMP_SALT_Z_INIT_FILE = "MOM6_IC_TS.nc" - ! The name of the z-space input file used to initialize - ! temperatures (T) and salinities (S). If T and S are not - ! in the same file, TEMP_Z_INIT_FILE and SALT_Z_INIT_FILE - ! must be set. -Z_INIT_FILE_PTEMP_VAR = "temp" ! default = "ptemp" - ! The name of the potential temperature variable in - ! TEMP_Z_INIT_FILE. -Z_INIT_FILE_SALT_VAR = "salt" ! default = "salt" - ! The name of the salinity variable in - ! SALT_Z_INIT_FILE. -Z_INIT_ALE_REMAPPING = True ! [Boolean] default = False - ! If True, then remap straight to model coordinate from file. - -! === module MOM_diag_mediator === -!Jiande NUM_DIAG_COORDS = 2 ! default = 1 -NUM_DIAG_COORDS = 1 - ! The number of diagnostic vertical coordinates to use. - ! For each coordinate, an entry in DIAG_COORDS must be provided. -!Jiande DIAG_COORDS = "z Z ZSTAR", "rho2 RHO2 RHO" ! -DIAG_COORDS = "z Z ZSTAR" -!DIAG_COORDS = "rho RHO RHO" - ! A list of string tuples associating diag_table modules to - ! a coordinate definition used for diagnostics. Each string - ! is of the form "MODULE_SUFFIX,PARAMETER_SUFFIX,COORDINATE_NAME". -DIAG_COORD_DEF_Z="FILE:ocean_interpolate_zgrid.nc,interfaces=zw" -DIAG_MISVAL = -1e34 -!Jiande DIAG_COORD_DEF_RHO2 = "RFNC1:35,999.5,1028,1028.5,8.,1038.,0.0078125" ! default = "WOA09" - ! Determines how to specify the coordinate - ! resolution. Valid options are: - ! PARAM - use the vector-parameter DIAG_COORD_RES_RHO2 - ! UNIFORM[:N] - uniformly distributed - ! FILE:string - read from a file. The string specifies - ! the filename and variable name, separated - ! by a comma or space, e.g. FILE:lev.nc,dz - ! or FILE:lev.nc,interfaces=zw - ! WOA09[:N] - the WOA09 vertical grid (approximately) - ! FNC1:string - FNC1:dz_min,H_total,power,precision - ! HYBRID:string - read from a file. The string specifies - ! the filename and two variable names, separated - ! by a comma or space, for sigma-2 and dz. e.g. - ! HYBRID:vgrid.nc,sigma2,dz - -! === module MOM_MEKE === -USE_MEKE = True ! [Boolean] default = False - ! If true, turns on the MEKE scheme which calculates a sub-grid mesoscale eddy - ! kinetic energy budget. -MEKE_GMCOEFF = 1.0 ! [nondim] default = -1.0 - ! The efficiency of the conversion of potential energy into MEKE by the - ! thickness mixing parameterization. If MEKE_GMCOEFF is negative, this - ! conversion is not used or calculated. -MEKE_BGSRC = 1.0E-13 ! [W kg-1] default = 0.0 - ! A background energy source for MEKE. -MEKE_KHTH_FAC = 0.8 ! [nondim] default = 0.0 - ! A factor that maps MEKE%Kh to KhTh. -MEKE_KHTR_FAC = 0.8 ! [nondim] default = 0.0 - ! A factor that maps MEKE%Kh to KhTr. -MEKE_ALPHA_RHINES = 0.05 ! [nondim] default = 0.0 - ! If positive, is a coefficient weighting the Rhines scale in the expression for - ! mixing length used in MEKE-derived diffusivity. -MEKE_ALPHA_EADY = 0.05 ! [nondim] default = 0.0 - ! If positive, is a coefficient weighting the Eady length scale in the - ! expression for mixing length used in MEKE-derived diffusivity. - -! === module MOM_lateral_mixing_coeffs === -USE_VARIABLE_MIXING = True ! [Boolean] default = False - ! If true, the variable mixing code will be called. This allows diagnostics to - ! be created even if the scheme is not used. If KHTR_SLOPE_CFF>0 or - ! KhTh_Slope_Cff>0, this is set to true regardless of what is in the parameter - ! file. -RESOLN_SCALED_KH = True ! [Boolean] default = False - ! If true, the Laplacian lateral viscosity is scaled away when the first - ! baroclinic deformation radius is well resolved. -RESOLN_SCALED_KHTH = True ! [Boolean] default = False - ! If true, the interface depth diffusivity is scaled away when the first - ! baroclinic deformation radius is well resolved. -KHTR_SLOPE_CFF = 0.25 ! [nondim] default = 0.0 - ! The nondimensional coefficient in the Visbeck formula for the epipycnal tracer - ! diffusivity -USE_STORED_SLOPES = True ! [Boolean] default = False - ! If true, the isopycnal slopes are calculated once and stored for re-use. This - ! uses more memory but avoids calling the equation of state more times than - ! should be necessary. -KH_RES_FN_POWER = 100 ! [nondim] default = 2 - ! The power of dx/Ld in the Kh resolution function. Any positive integer may be - ! used, although even integers are more efficient to calculate. Setting this - ! greater than 100 results in a step-function being used. -!JW VISC_RES_FN_POWER = 2 ! [nondim] default = 100 - ! The power of dx/Ld in the Kh resolution function. Any positive integer may be - ! used, although even integers are more efficient to calculate. Setting this - ! greater than 100 results in a step-function being used. This function affects - ! lateral viscosity, Kh, and not KhTh. - -! === module MOM_set_visc === -CHANNEL_DRAG = True ! [Boolean] default = False - ! If true, the bottom drag is exerted directly on each layer proportional to the - ! fraction of the bottom it overlies. -HBBL = 10.0 ! [m] - ! The thickness of a bottom boundary layer with a viscosity of KVBBL if - ! BOTTOMDRAGLAW is not defined, or the thickness over which near-bottom - ! velocities are averaged for the drag law if BOTTOMDRAGLAW is defined but - ! LINEAR_DRAG is not. -DRAG_BG_VEL = 0.1 ! [m s-1] default = 0.0 - ! DRAG_BG_VEL is either the assumed bottom velocity (with LINEAR_DRAG) or an - ! unresolved velocity that is combined with the resolved velocity to estimate - ! the velocity magnitude. DRAG_BG_VEL is only used when BOTTOMDRAGLAW is - ! defined. -BBL_USE_EOS = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use the equation of state in determining the properties of the bottom - ! boundary layer. Otherwise use the layer target potential densities. -BBL_THICK_MIN = 0.1 ! [m] default = 0.0 - ! The minimum bottom boundary layer thickness that can be used with - ! BOTTOMDRAGLAW. This might be Kv/(cdrag*drag_bg_vel) to give Kv as the minimum - ! near-bottom viscosity. -KV = 1.0E-04 ! [m2 s-1] - ! The background kinematic viscosity in the interior. The molecular value, ~1e-6 - ! m2 s-1, may be used. -KV_BBL_MIN = 0.0 ! [m2 s-1] default = 1.0E-04 - ! The minimum viscosities in the bottom boundary layer. -KV_TBL_MIN = 0.0 ! [m2 s-1] default = 1.0E-04 - ! The minimum viscosities in the top boundary layer. - -! === module MOM_thickness_diffuse === -USE_GM_WORK_BUG = True ! [Boolean] default = False - ! If true, compute the top-layer work tendency on the u-grid with the incorrect - ! sign, for legacy reproducibility. - -! === module MOM_dynamics_split_RK2 === - -! === module MOM_continuity === - -! === module MOM_continuity_PPM === -ETA_TOLERANCE = 1.0E-06 ! [m] default = 3.75E-09 - ! The tolerance for the differences between the barotropic and baroclinic - ! estimates of the sea surface height due to the fluxes through each face. The - ! total tolerance for SSH is 4 times this value. The default is - ! 0.5*NK*ANGSTROM, and this should not be set less than about - ! 10^-15*MAXIMUM_DEPTH. -ETA_TOLERANCE_AUX = 0.001 ! [m] default = 1.0E-06 - ! The tolerance for free-surface height discrepancies between the barotropic - ! solution and the sum of the layer thicknesses when calculating the auxiliary - ! corrected velocities. By default, this is the same as ETA_TOLERANCE, but can - ! be made larger for efficiency. - -! === module MOM_CoriolisAdv === -CORIOLIS_SCHEME = "SADOURNY75_ENSTRO" ! default = "SADOURNY75_ENERGY" - ! CORIOLIS_SCHEME selects the discretization for the Coriolis terms. Valid - ! values are: - ! SADOURNY75_ENERGY - Sadourny, 1975; energy cons. - ! ARAKAWA_HSU90 - Arakawa & Hsu, 1990 - ! SADOURNY75_ENSTRO - Sadourny, 1975; enstrophy cons. - ! ARAKAWA_LAMB81 - Arakawa & Lamb, 1981; En. + Enst. - ! ARAKAWA_LAMB_BLEND - A blend of Arakawa & Lamb with - ! Arakawa & Hsu and Sadourny energy -BOUND_CORIOLIS = True ! [Boolean] default = False - ! If true, the Coriolis terms at u-points are bounded by the four estimates of - ! (f+rv)v from the four neighboring v-points, and similarly at v-points. This - ! option would have no effect on the SADOURNY Coriolis scheme if it were - ! possible to use centered difference thickness fluxes. - -! === module MOM_PressureForce === - -! === module MOM_PressureForce_AFV === -MASS_WEIGHT_IN_PRESSURE_GRADIENT = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use mass weighting when interpolating T/S for integrals near the - ! bathymetry in AFV pressure gradient calculations. - -! === module MOM_hor_visc === -LAPLACIAN = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use a Laplacian horizontal viscosity. -SMAGORINSKY_KH = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use a Smagorinsky nonlinear eddy viscosity. -SMAG_LAP_CONST = 0.15 ! [nondim] default = 0.0 - ! The nondimensional Laplacian Smagorinsky constant, often 0.15. -AH_VEL_SCALE = 0.05 ! [m s-1] default = 0.0 - ! The velocity scale which is multiplied by the cube of the grid spacing to - ! calculate the biharmonic viscosity. The final viscosity is the largest of this - ! scaled viscosity, the Smagorinsky and Leith viscosities, and AH. -SMAGORINSKY_AH = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use a biharmonic Smagorinsky nonlinear eddy viscosity. -SMAG_BI_CONST = 0.06 ! [nondim] default = 0.0 - ! The nondimensional biharmonic Smagorinsky constant, typically 0.015 - 0.06. -USE_KH_BG_2D = T ! [Boolean] default = False - ! If true, read a file containing 2-d background harmonic viscosities. The final - ! viscosity is the maximum of the other terms and this background value. - -! === module MOM_vert_friction === -HMIX_FIXED = 0.5 ! [m] - ! The prescribed depth over which the near-surface viscosity and diffusivity are - ! elevated when the bulk mixed layer is not used. -MAXVEL = 6.0 ! [m s-1] default = 3.0E+08 - ! The maximum velocity allowed before the velocity components are truncated. - -! === module MOM_barotropic === -BOUND_BT_CORRECTION = True ! [Boolean] default = False - ! If true, the corrective pseudo mass-fluxes into the barotropic solver are - ! limited to values that require less than maxCFL_BT_cont to be accommodated. -BT_PROJECT_VELOCITY = True ! [Boolean] default = False - ! If true, step the barotropic velocity first and project out the velocity - ! tendency by 1+BEBT when calculating the transport. The default (false) is to - ! use a predictor continuity step to find the pressure field, and then to do a - ! corrector continuity step using a weighted average of the old and new - ! velocities, with weights of (1-BEBT) and BEBT. -BT_STRONG_DRAG = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use a stronger estimate of the retarding effects of strong bottom - ! drag, by making it implicit with the barotropic time-step instead of implicit - ! with the baroclinic time-step and dividing by the number of barotropic steps. -BEBT = 0.2 ! [nondim] default = 0.1 - ! BEBT determines whether the barotropic time stepping uses the forward-backward - ! time-stepping scheme or a backward Euler scheme. BEBT is valid in the range - ! from 0 (for a forward-backward treatment of nonrotating gravity waves) to 1 - ! (for a backward Euler treatment). In practice, BEBT must be greater than about - ! 0.05. -DTBT = -0.9 ! [s or nondim] default = -0.98 - ! The barotropic time step, in s. DTBT is only used with the split explicit time - ! stepping. To set the time step automatically based the maximum stable value - ! use 0, or a negative value gives the fraction of the stable value. Setting - ! DTBT to 0 is the same as setting it to -0.98. The value of DTBT that will - ! actually be used is an integer fraction of DT, rounding down. - -! === module MOM_mixed_layer_restrat === -BULKMIXEDLAYER = F -MIXEDLAYER_RESTRAT = F - -!MIXEDLAYER_RESTRAT = True ! [Boolean] default = False - ! If true, a density-gradient dependent re-stratifying flow is imposed in the - ! mixed layer. Can be used in ALE mode without restriction but in layer mode can - ! only be used if BULKMIXEDLAYER is true. -FOX_KEMPER_ML_RESTRAT_COEF = 60.0 ! [nondim] default = 0.0 - ! A nondimensional coefficient that is proportional to the ratio of the - ! deformation radius to the dominant lengthscale of the submesoscale mixed layer - ! instabilities, times the minimum of the ratio of the mesoscale eddy kinetic - ! energy to the large-scale geostrophic kinetic energy or 1 plus the square of - ! the grid spacing over the deformation radius, as detailed by Fox-Kemper et al. - ! (2010) -MLE_USE_PBL_MLD = True ! [Boolean] default = False - ! If true, the MLE parameterization will use the mixed-layer depth provided by - ! the active PBL parameterization. If false, MLE will estimate a MLD based on a - ! density difference with the surface using the parameter MLE_DENSITY_DIFF. -MLE_MLD_DECAY_TIME = 2.592E+06 ! [s] default = 0.0 - ! The time-scale for a running-mean filter applied to the mixed-layer depth used - ! in the MLE restratification parameterization. When the MLD deepens below the - ! current running-mean the running-mean is instantaneously set to the current - ! MLD. - -! === module MOM_diabatic_driver === -! The following parameters are used for diabatic processes. -ENERGETICS_SFC_PBL = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use an implied energetics planetary boundary layer scheme to - ! determine the diffusivity and viscosity in the surface boundary layer. -EPBL_IS_ADDITIVE = False ! [Boolean] default = True - ! If true, the diffusivity from ePBL is added to all other diffusivities. - ! Otherwise, the larger of kappa-shear and ePBL diffusivities are used. -KD_MIN_TR = 2.0E-06 ! [m2 s-1] default = 2.0E-06 - ! A minimal diffusivity that should always be applied to tracers, especially in - ! massless layers near the bottom. The default is 0.1*KD. - -! === module MOM_CVMix_KPP === -! This is the MOM wrapper to CVMix:KPP -! See http://cvmix.github.io/ - -! === module MOM_tidal_mixing === -! Vertical Tidal Mixing Parameterization -INT_TIDE_DISSIPATION = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use an internal tidal dissipation scheme to drive diapycnal mixing, - ! along the lines of St. Laurent et al. (2002) and Simmons et al. (2004). -INT_TIDE_PROFILE = "POLZIN_09" ! default = "STLAURENT_02" - ! INT_TIDE_PROFILE selects the vertical profile of energy dissipation with - ! INT_TIDE_DISSIPATION. Valid values are: - ! STLAURENT_02 - Use the St. Laurent et al exponential - ! decay profile. - ! POLZIN_09 - Use the Polzin WKB-stretched algebraic - ! decay profile. -KAPPA_ITIDES = 6.28319E-04 ! [m-1] default = 6.283185307179586E-04 - ! A topographic wavenumber used with INT_TIDE_DISSIPATION. The default is 2pi/10 - ! km, as in St.Laurent et al. 2002. -KAPPA_H2_FACTOR = 0.84 ! [nondim] default = 1.0 - ! A scaling factor for the roughness amplitude with INT_TIDE_DISSIPATION. -TKE_ITIDE_MAX = 0.1 ! [W m-2] default = 1000.0 - ! The maximum internal tide energy source available to mix above the bottom - ! boundary layer with INT_TIDE_DISSIPATION. -READ_TIDEAMP = True ! [Boolean] default = False - ! If true, read a file (given by TIDEAMP_FILE) containing the tidal amplitude - ! with INT_TIDE_DISSIPATION. -TIDEAMP_FILE = "ocean_tides.nc" ! default = "tideamp.nc" - ! The path to the file containing the spatially varying tidal amplitudes with - ! INT_TIDE_DISSIPATION. -H2_FILE = "ocean_topography.nc" ! - ! The path to the file containing the sub-grid-scale topographic roughness - ! amplitude with INT_TIDE_DISSIPATION. - -LIQUID_RUNOFF_FROM_DATA = T - -! === module MOM_CVMix_conv === -! Parameterization of enhanced mixing due to convection via CVMix - -! === module MOM_set_diffusivity === -BBL_MIXING_AS_MAX = False ! [Boolean] default = True - ! If true, take the maximum of the diffusivity from the BBL mixing and the other - ! diffusivities. Otherwise, diffusivity from the BBL_mixing is simply added. -USE_LOTW_BBL_DIFFUSIVITY = True ! [Boolean] default = False - ! If true, uses a simple, imprecise but non-coordinate dependent, model of BBL - ! mixing diffusivity based on Law of the Wall. Otherwise, uses the original BBL - ! scheme. -SIMPLE_TKE_TO_KD = True ! [Boolean] default = False - ! If true, uses a simple estimate of Kd/TKE that will work for arbitrary - ! vertical coordinates. If false, calculates Kd/TKE and bounds based on exact - ! energetics for an isopycnal layer-formulation. - -! === module MOM_bkgnd_mixing === -! Adding static vertical background mixing coefficients -KD = 2.0E-05 ! [m2 s-1] default = 0.0 - ! The background diapycnal diffusivity of density in the interior. Zero or the - ! molecular value, ~1e-7 m2 s-1, may be used. -KD_MIN = 2.0E-06 ! [m2 s-1] default = 2.0E-07 - ! The minimum diapycnal diffusivity. -HENYEY_IGW_BACKGROUND = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use a latitude-dependent scaling for the near surface background - ! diffusivity, as described in Harrison & Hallberg, JPO 2008. -KD_MAX = 0.1 ! [m2 s-1] default = -1.0 - ! The maximum permitted increment for the diapycnal diffusivity from TKE-based - ! parameterizations, or a negative value for no limit. - -! === module MOM_kappa_shear === -! Parameterization of shear-driven turbulence following Jackson, Hallberg and Legg, JPO 2008 -USE_JACKSON_PARAM = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use the Jackson-Hallberg-Legg (JPO 2008) shear mixing - ! parameterization. -MAX_RINO_IT = 25 ! [nondim] default = 50 - ! The maximum number of iterations that may be used to estimate the Richardson - ! number driven mixing. -VERTEX_SHEAR = True ! [Boolean] default = False - ! If true, do the calculations of the shear-driven mixing - ! at the cell vertices (i.e., the vorticity points). -KD_TRUNC_KAPPA_SHEAR = 2.0E-07 ! [m2 s-1] default = 2.0E-07 - ! The value of shear-driven diffusivity that is considered negligible and is - ! rounded down to 0. The default is 1% of KD_KAPPA_SHEAR_0. -KAPPA_SHEAR_ITER_BUG = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use an older, dimensionally inconsistent estimate of the derivative - ! of diffusivity with energy in the Newton's method iteration. The bug causes - ! undercorrections when dz > 1 m. -KAPPA_SHEAR_ALL_LAYER_TKE_BUG = True ! [Boolean] default = False - ! If true, report back the latest estimate of TKE instead of the time average - ! TKE when there is mass in all layers. Otherwise always report the time - ! averaged TKE, as is currently done when there are some massless layers. - -! === module MOM_CVMix_shear === -! Parameterization of shear-driven turbulence via CVMix (various options) - -! === module MOM_CVMix_ddiff === -! Parameterization of mixing due to double diffusion processes via CVMix - -! === module MOM_diabatic_aux === -! The following parameters are used for auxiliary diabatic processes. -PRESSURE_DEPENDENT_FRAZIL = false ! [Boolean] default = False - ! If true, use a pressure dependent freezing temperature when making frazil. The - ! default is false, which will be faster but is inappropriate with ice-shelf - ! cavities. -VAR_PEN_SW = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use one of the CHL_A schemes specified by OPACITY_SCHEME to determine - ! the e-folding depth of incoming short wave radiation. -CHL_FILE = "ocean_chl_climo.nc" ! - ! CHL_FILE is the file containing chl_a concentrations in the variable CHL_A. It - ! is used when VAR_PEN_SW and CHL_FROM_FILE are true. - -CHL_VARNAME = "chl_a" - -! === module MOM_energetic_PBL === -ML_OMEGA_FRAC = 0.001 ! [nondim] default = 0.0 - ! When setting the decay scale for turbulence, use this fraction of the absolute - ! rotation rate blended with the local value of f, as sqrt((1-of)*f^2 + - ! of*4*omega^2). -TKE_DECAY = 0.01 ! [nondim] default = 2.5 - ! TKE_DECAY relates the vertical rate of decay of the TKE available for - ! mechanical entrainment to the natural Ekman depth. -EPBL_MSTAR_SCHEME = "OM4" ! default = "CONSTANT" - ! EPBL_MSTAR_SCHEME selects the method for setting mstar. Valid values are: - ! CONSTANT - Use a fixed mstar given by MSTAR - ! OM4 - Use L_Ekman/L_Obukhov in the sabilizing limit, as in OM4 - ! REICHL_H18 - Use the scheme documented in Reichl & Hallberg, 2018. -MSTAR_CAP = 10.0 ! [nondim] default = -1.0 - ! If this value is positive, it sets the maximum value of mstar allowed in ePBL. - ! (This is not used if EPBL_MSTAR_SCHEME = CONSTANT). -MSTAR2_COEF1 = 0.29 ! [nondim] default = 0.3 - ! Coefficient in computing mstar when rotation and stabilizing effects are both - ! important (used if EPBL_MSTAR_SCHEME = OM4). -MSTAR2_COEF2 = 0.152 ! [nondim] default = 0.085 - ! Coefficient in computing mstar when only rotation limits the total mixing - ! (used if EPBL_MSTAR_SCHEME = OM4) -NSTAR = 0.06 ! [nondim] default = 0.2 - ! The portion of the buoyant potential energy imparted by surface fluxes that is - ! available to drive entrainment at the base of mixed layer when that energy is - ! positive. -MSTAR_CONV_ADJ = 0.667 ! [nondim] default = 0.0 - ! Coefficient used for reducing mstar during convection due to reduction of - ! stable density gradient. -USE_MLD_ITERATION = False ! [Boolean] default = True - ! A logical that specifies whether or not to use the distance to the bottom of - ! the actively turbulent boundary layer to help set the EPBL length scale. -EPBL_TRANSITION_SCALE = 0.01 ! [nondim] default = 0.1 - ! A scale for the mixing length in the transition layer at the edge of the - ! boundary layer as a fraction of the boundary layer thickness. -MIX_LEN_EXPONENT = 1.0 ! [nondim] default = 2.0 - ! The exponent applied to the ratio of the distance to the MLD and the MLD depth - ! which determines the shape of the mixing length. This is only used if - ! USE_MLD_ITERATION is True. -USE_LA_LI2016 = False ! [nondim] default = False - ! A logical to use the Li et al. 2016 (submitted) formula to determine the - ! Langmuir number. -EPBL_LANGMUIR_SCHEME = "ADDITIVE" ! default = "NONE" - ! EPBL_LANGMUIR_SCHEME selects the method for including Langmuir turbulence. - ! Valid values are: - ! NONE - Do not do any extra mixing due to Langmuir turbulence - ! RESCALE - Use a multiplicative rescaling of mstar to account for Langmuir - ! turbulence - ! ADDITIVE - Add a Langmuir turblence contribution to mstar to other - ! contributions -LT_ENHANCE_COEF = 0.044 ! [nondim] default = 0.447 - ! Coefficient for Langmuir enhancement of mstar -LT_ENHANCE_EXP = -1.5 ! [nondim] default = -1.33 - ! Exponent for Langmuir enhancementt of mstar -LT_MOD_LAC1 = 0.0 ! [nondim] default = -0.87 - ! Coefficient for modification of Langmuir number due to MLD approaching Ekman - ! depth. -LT_MOD_LAC4 = 0.0 ! [nondim] default = 0.95 - ! Coefficient for modification of Langmuir number due to ratio of Ekman to - ! stable Obukhov depth. -LT_MOD_LAC5 = 0.22 ! [nondim] default = 0.95 - ! Coefficient for modification of Langmuir number due to ratio of Ekman to - ! unstable Obukhov depth. - -! === module MOM_regularize_layers === - -! === module MOM_opacity === -PEN_SW_NBANDS = 3 ! default = 1 - ! The number of bands of penetrating shortwave radiation. - -! === module MOM_tracer_advect === -TRACER_ADVECTION_SCHEME = "PPM:H3" ! default = "PLM" - ! The horizontal transport scheme for tracers: - ! PLM - Piecewise Linear Method - ! PPM:H3 - Piecewise Parabolic Method (Huyhn 3rd order) - ! PPM - Piecewise Parabolic Method (Colella-Woodward) - -! === module MOM_tracer_hor_diff === -CHECK_DIFFUSIVE_CFL = True ! [Boolean] default = False - ! If true, use enough iterations the diffusion to ensure that the diffusive - ! equivalent of the CFL limit is not violated. If false, always use the greater - ! of 1 or MAX_TR_DIFFUSION_CFL iteration. - -! === module MOM_neutral_diffusion === -! This module implements neutral diffusion of tracers -USE_NEUTRAL_DIFFUSION = True ! [Boolean] default = False - ! If true, enables the neutral diffusion module. - -! === module MOM_lateral_boundary_diffusion === -! This module implements lateral diffusion of tracers near boundaries - -! === module MOM_sum_output === -CALCULATE_APE = False ! [Boolean] default = True - ! If true, calculate the available potential energy of the interfaces. Setting - ! this to false reduces the memory footprint of high-PE-count models - ! dramatically. -MAXTRUNC = 100000 ! [truncations save_interval-1] default = 0 - ! The run will be stopped, and the day set to a very large value if the velocity - ! is truncated more than MAXTRUNC times between energy saves. Set MAXTRUNC to 0 - ! to stop if there is any truncation of velocities. -ENERGYSAVEDAYS = 0.25 ! [days] default = 1.0 - ! The interval in units of TIMEUNIT between saves of the energies of the run and - ! other globally summed diagnostics. - -! === module ocean_model_init === - -! === module MOM_surface_forcing === -MAX_P_SURF = 0.0 ! [Pa] default = -1.0 - ! The maximum surface pressure that can be exerted by the atmosphere and - ! floating sea-ice or ice shelves. This is needed because the FMS coupling - ! structure does not limit the water that can be frozen out of the ocean and the - ! ice-ocean heat fluxes are treated explicitly. No limit is applied if a - ! negative value is used. -WIND_STAGGER = "A" ! default = "C" - ! A case-insensitive character string to indicate the - ! staggering of the input wind stress field. Valid - ! values are 'A', 'B', or 'C'. -CD_TIDES = 0.0018 ! [nondim] default = 1.0E-04 - ! The drag coefficient that applies to the tides. -GUST_CONST = 0.02 ! [Pa] default = 0.0 - ! The background gustiness in the winds. -FIX_USTAR_GUSTLESS_BUG = False ! [Boolean] default = True - ! If true correct a bug in the time-averaging of the gustless wind friction - ! velocity - -! === module MOM_restart === - -! === module MOM_file_parser === - diff --git a/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/warm-start/jedi/soca/3dvar/INPUT/MOM_override b/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/warm-start/jedi/soca/3dvar/INPUT/MOM_override deleted file mode 100644 index e8f62a8..0000000 --- a/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/warm-start/jedi/soca/3dvar/INPUT/MOM_override +++ /dev/null @@ -1,4 +0,0 @@ -INTERPOLATE_RES_FN = False -VERTEX_SHEAR=True -BUOY_CONFIG='zero' -WIND_CONFIG='zero' diff --git a/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/warm-start/jedi/soca/3dvar/INPUT/MOM_resolution b/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/warm-start/jedi/soca/3dvar/INPUT/MOM_resolution deleted file mode 100644 index 0d34b9a..0000000 --- a/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/warm-start/jedi/soca/3dvar/INPUT/MOM_resolution +++ /dev/null @@ -1,13 +0,0 @@ -DT = 900 ! [s] - ! The (baroclinic) dynamics time step. The time-step that - ! is actually used will be an integer fraction of the - ! forcing time-step (DT_FORCING in ocean-only mode or the - ! coupling timestep in coupled mode.) -NIGLOBAL = 360 ! - ! The total number of thickness grid points in the - ! x-direction in the physical domain. With STATIC_MEMORY_ - ! this is set in MOM_memory.h at compile time. -NJGLOBAL = 320 ! - ! The total number of thickness grid points in the - ! y-direction in the physical domain. With STATIC_MEMORY_ - ! this is set in MOM_memory.h at compile time. diff --git a/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/warm-start/jedi/soca/3dvar/checkpoint_model.yaml b/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/warm-start/jedi/soca/3dvar/checkpoint_model.yaml deleted file mode 100644 index 51e15db..0000000 --- a/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/warm-start/jedi/soca/3dvar/checkpoint_model.yaml +++ /dev/null @@ -1,34 +0,0 @@ -_: &date 2016-01-01T12:00:00Z -_: &soca_vars [socn, tocn, ssh, hocn, mld, layer_depth, cicen, hicen, hsnon] - -resolution: - num_ice_cat: 5 - num_ice_lev: 4 - num_sno_lev: 1 - mom6_input_nml: mom_input.nml - fields metadata: fields_metadata.yaml - -model: - name: SOCA - tstep: PT6H - advance_mom6: 0 - model variables: *soca_vars - tocn_minmax: [-1.9, 33.0] - socn_minmax: [0.1, 38.0] - -background: - read_from_file: 1 - date: *date - basename: ./RESTART_IN/ - ocn_filename: MOM.res.nc - ice_filename: cice.res.nc - state variables: *soca_vars - -analysis: - read_from_file: 1 - date: *date - basename: ./RESTART_IN/ - ocn_filename: ocn.3DVAR.an.2016-01-01T12:00:00Z.nc - ice_filename: ice.3DVAR.an.2016-01-01T12:00:00Z.nc - state variables: *soca_vars - diff --git a/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/warm-start/jedi/soca/3dvar/staticbinit.yaml b/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/warm-start/jedi/soca/3dvar/staticbinit.yaml deleted file mode 100644 index efec3b0..0000000 --- a/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/warm-start/jedi/soca/3dvar/staticbinit.yaml +++ /dev/null @@ -1,39 +0,0 @@ -geometry: - num_ice_cat: 5 - num_ice_lev: 4 - num_sno_lev: 1 - mom6_input_nml: mom_input.nml - fields metadata: fields_metadata.yaml - -analysis variables: &soca_vars [socn, tocn, ssh, hocn, mld, layer_depth, cicen, hicen, hsnon] - -background: - read_from_file: 1 - date: &date 2016-01-01T12:00:00Z - basename: ./RESTART_IN/ - ocn_filename: MOM.res.nc - ice_filename: cice.res.nc - state variables: *soca_vars - -background error: - covariance model: SocaError - datadir: ./bump - method: cor - strategy: specific_univariate - new_nicas: 1 - mask_check: 1 - ntry: 3 - nrep: 2 - resol: 6.0 - network: 1 - mpicom: 2 - date: *date - corr_scales: - ocn: - rossby mult: 1.0 - min grid mult: 1.0 - min value: 150.0e3 - ice: - base value: 200.0e3 - analysis variables: *soca_vars - diff --git a/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/warm-start/jedi/soca/3dvar/var.yaml b/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/warm-start/jedi/soca/3dvar/var.yaml deleted file mode 100644 index 225359c..0000000 --- a/ufsrnr.v2.0/C96L127/coupled/warm-start/jedi/soca/3dvar/var.yaml +++ /dev/null @@ -1,519 +0,0 @@ -_: &obs_distribution RoundRobin -_: &obs_error diagonal -_: &obs_land_mask - filter: Domain Check - where: - - variable: {name: sea_area_fraction@GeoVaLs} - minvalue: 0.9 -_: &insitu_land_mask - filter: Domain Check - where: - - variable: {name: sea_area_fraction@GeoVaLs} - minvalue: 0.5 -_: &sss_land_mask - filter: Domain Check - where: - - variable: {name: sea_area_fraction@GeoVaLs} - minvalue: 0.5 -_: &sst_land_mask - filter: 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iasi_metop-b 867 1 2.300 0.000 6.000 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-b 906 1 2.150 0.000 6.000 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-b 921 1 2.310 0.000 6.000 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-b 1027 1 2.370 0.000 6.000 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-b 1046 1 2.270 0.000 6.000 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-b 1090 -1 2.290 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 1098 -1 2.290 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 1121 1 2.230 0.000 6.000 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-b 1133 1 2.280 0.000 6.000 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-b 1173 -1 2.320 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 1191 1 2.320 0.000 6.000 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-b 1194 1 2.310 0.000 6.000 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-b 1222 -1 2.320 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 1271 1 2.320 0.000 6.000 10.000 0.000 1 -1 -1 - iasi_metop-b 1283 -1 2.310 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 1338 -1 2.310 0.000 6.000 10.000 0.000 -1 -1 -1 - iasi_metop-b 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61b274e..0000000 --- a/ufsrnr.v2.0/C96L127/uncoupled/warm-start/gsi/cntrl/3dvar/ozinfo +++ /dev/null @@ -1,354 +0,0 @@ - sbuv6_n14 1 -1 0.240 1.000 1.000 10.000 0.000 - sbuv6_n14 2 -1 0.490 1.000 1.000 10.000 0.000 - sbuv6_n14 3 -1 0.980 1.000 1.000 10.000 0.000 - sbuv6_n14 4 -1 1.950 1.000 1.000 10.000 0.000 - sbuv6_n14 5 -1 3.900 2.000 1.000 10.000 0.000 - sbuv6_n14 6 -1 7.800 3.000 1.414 10.000 0.000 - sbuv6_n14 7 -1 15.600 5.000 1.225 10.000 0.000 - sbuv6_n14 8 -1 31.000 7.000 1.225 10.000 0.000 - sbuv6_n14 9 -1 62.000 7.000 1.871 10.000 0.000 - sbuv6_n14 10 -1 125.000 5.000 1.871 10.000 0.000 - sbuv6_n14 11 -1 250.000 3.000 1.732 10.000 0.000 - sbuv6_n14 12 -1 1000.000 3.000 1.414 10.000 0.000 - sbuv6_n14 13 -1 0.000 12.000 2.236 10.000 0.000 - sbuv6_n16 1 -1 0.240 1.000 1.000 10.000 0.000 - sbuv6_n16 2 -1 0.490 1.000 1.000 10.000 0.000 - sbuv6_n16 3 -1 0.980 1.000 1.000 10.000 0.000 - sbuv6_n16 4 -1 1.950 1.000 1.000 10.000 0.000 - sbuv6_n16 5 -1 3.900 2.000 1.000 10.000 0.000 - 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-1 -1 - ssmi_f15 5 -1 2.280 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmi_f15 6 -1 1.430 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmi_f15 7 -1 2.330 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 1 -1 1.500 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 2 -1 0.500 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 3 -1 0.500 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 4 -1 0.500 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 5 -1 0.500 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 6 -1 1.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 7 -1 1.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 8 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 9 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 10 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 11 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 12 -1 2.400 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 13 -1 1.270 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 14 -1 1.440 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 15 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 16 -1 1.340 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 17 -1 1.740 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 18 -1 3.750 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 19 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 20 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 21 -1 2.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 22 -1 6.400 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 23 -1 1.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f16 24 -1 1.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 1 1 1.500 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 2 1 0.500 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 3 -1 0.500 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 4 -1 0.500 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 5 1 0.500 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 6 1 1.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 7 1 1.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 8 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 9 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 10 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 11 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 12 -1 2.400 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 13 -1 1.270 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 14 -1 1.440 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 15 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 16 -1 1.340 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 17 -1 1.740 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 18 -1 3.750 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 19 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 20 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 21 -1 2.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 22 -1 6.400 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 23 -1 1.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f17 24 1 1.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 1 -1 1.500 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 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6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 20 -1 3.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 21 -1 2.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 22 -1 6.400 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 23 -1 1.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssmis_f18 24 -1 1.000 0.000 6.000 10.000 0.000 -2 -1 -1 - ssu_n11 1 -1 0.900 0.000 4.500 10.000 0.000 -1 -1 -1 - ssu_n11 2 -1 1.200 0.000 4.500 10.000 0.000 -1 -1 -1 - ssu_n11 3 -1 3.000 0.000 4.500 10.000 0.000 -1 -1 -1 - ssu_n14 1 -1 0.900 0.000 4.500 10.000 0.000 -1 -1 -1 - ssu_n14 2 -1 1.200 0.000 4.500 10.000 0.000 -1 -1 -1 - ssu_n14 3 -1 3.000 0.000 4.500 10.000 0.000 -1 -1 -1 diff --git a/ufsrnr.v2.0/README.md b/ufsrnr.v2.0/README.md deleted file mode 100644 index aeee02e..0000000 --- a/ufsrnr.v2.0/README.md +++ /dev/null @@ -1,15 +0,0 @@ -# UFS-RNR Application Branches and Tags - -The following table specifies the respective applications and the -corresponding tags/hashes valid for the UFS-RNR v2.0 configurations. - -
- -| Application | Tag/Hash | -| :-------------: | :-----------: | -|
[GSI](https://github.com/jswhit/GSI)
| `750de32` | -|
[UFS](https://github.com/ufs-community/ufs-weather-model)
| `b26a896` | -|
[UFS-RNR](https://github.com/noaa-psd/UFS-RNR)
| `06747e5` | -|
[SOCA-science](https://github.com/JCSDA-internal/soca-science)
| `9dce8a7` | - -
\ No newline at end of file