Conda UnsatisfiableError for IPA install

[AdamStuckert]

Hi,

I'm interested in trying IPA. I just created a new conda environment and attempted to install via the instructions on the wiki:

conda create -n ipa
conda activate ipa
conda install pbipa

However I get this uninformative error message while attempting:

Found conflicts! Looking for incompatible packages.
This can take several minutes.  Press CTRL-C to abort.
failed

UnsatisfiableError:

This version was uploaded to anaconda just a few hours ago. Any advice?

[pb-cdunn]

We would need to see what packages are added/removed/updated for each of your commands.

[pb-cdunn]

One thing we've seen: Some people have had problems with miniconda2, so try miniconda3.

Also, note that we support only 64-bit Linux, not Mac or Windows.

[cschin]

on a vallina docker miniconda3 env

# docker run  -it -v /wd:/wd --user $(id -u):$(id -g) --entrypoint /bin/bash continuumio/miniconda3:latest
(base) root@0c69f1543051:/# conda create -n ipa -y
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done


==> WARNING: A newer version of conda exists. <==
  current version: 4.8.2
  latest version: 4.8.3

Please update conda by running

    $ conda update -n base -c defaults conda



## Package Plan ##

  environment location: /opt/conda/envs/ipa



Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
#
# To activate this environment, use
#
#     $ conda activate ipa
#
# To deactivate an active environment, use
#
#     $ conda deactivate

(base) root@0c69f1543051:/# conda activate ipa
(ipa) root@0c69f1543051:/# conda install -c bioconda pbipa
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.
Solving environment: failed with repodata from current_repodata.json, will retry with next repodata source.
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.
Solving environment: /
Found conflicts! Looking for incompatible packages.
This can take several minutes.  Press CTRL-C to abort.
failed

UnsatisfiableError:

[armintoepfer]

No idea, it works here in different environments

(base) -bash-4.2$ conda create -n opa
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done

## Package Plan ##

  environment location: /pbi/flash/atoepfer/miniconda3/envs/opa



Proceed ([y]/n)? y

Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
#
# To activate this environment, use
#
#     $ conda activate opa
#
# To deactivate an active environment, use
#
#     $ conda deactivate

(base) -bash-4.2$ conda activate opa
(opa) -bash-4.2$ conda install pbipa
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done

## Package Plan ##

  environment location: /pbi/flash/atoepfer/miniconda3/envs/opa

  added / updated specs:
    - pbipa


The following packages will be downloaded:

    package                    |            build
    ---------------------------|-----------------
    brotlipy-0.7.0             |py38h1e0a361_1000         346 KB  conda-forge
    certifi-2020.4.5.1         |   py38h32f6830_0         151 KB  conda-forge
    cffi-1.14.0                |   py38hd463f26_0         223 KB  conda-forge
    chardet-3.0.4              |py38h32f6830_1006         170 KB  conda-forge
    cryptography-2.9.2         |   py38h766eaa4_0         620 KB  conda-forge
    datrie-0.8.2               |   py38h1e0a361_0         162 KB  conda-forge
    docutils-0.16              |   py38h32f6830_1         739 KB  conda-forge
    importlib-metadata-1.6.0   |   py38h32f6830_0          43 KB  conda-forge
    jsonschema-3.2.0           |   py38h32f6830_1          90 KB  conda-forge
    jupyter_core-4.6.3         |   py38h32f6830_1          71 KB  conda-forge
    ld_impl_linux-64-2.34      |       h53a641e_4         616 KB  conda-forge
    pbipa-1.0.3                |       hed695b0_0         3.4 MB  bioconda
    pip-20.1.1                 |             py_1         1.1 MB  conda-forge
    psutil-5.7.0               |   py38h1e0a361_1         326 KB  conda-forge
    pyrsistent-0.16.0          |   py38h1e0a361_0          90 KB  conda-forge
    pysocks-1.7.1              |   py38h32f6830_1          27 KB  conda-forge
    python-3.8.2               |he5300dc_7_cpython        70.8 MB  conda-forge
    python_abi-3.8             |           1_cp38           4 KB  conda-forge
    pyyaml-5.3.1               |   py38h1e0a361_0         190 KB  conda-forge
    ratelimiter-1.2.0          |        py38_1000          12 KB  conda-forge
    setuptools-47.1.0          |   py38h32f6830_0         652 KB  conda-forge
    six-1.15.0                 |     pyh9f0ad1d_0          14 KB  conda-forge
    traitlets-4.3.3            |   py38h32f6830_1         134 KB  conda-forge
    wrapt-1.12.1               |   py38h1e0a361_1          47 KB  conda-forge
    ------------------------------------------------------------
                                           Total:        79.9 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

  _libgcc_mutex      conda-forge/linux-64::_libgcc_mutex-0.1-conda_forge
  _openmp_mutex      conda-forge/linux-64::_openmp_mutex-4.5-0_gnu
  appdirs            conda-forge/noarch::appdirs-1.4.3-py_1
  attrs              conda-forge/noarch::attrs-19.3.0-py_0
  brotlipy           conda-forge/linux-64::brotlipy-0.7.0-py38h1e0a361_1000
  bzip2              conda-forge/linux-64::bzip2-1.0.8-h516909a_2
  ca-certificates    conda-forge/linux-64::ca-certificates-2020.4.5.1-hecc5488_0
  certifi            conda-forge/linux-64::certifi-2020.4.5.1-py38h32f6830_0
  cffi               conda-forge/linux-64::cffi-1.14.0-py38hd463f26_0
  chardet            conda-forge/linux-64::chardet-3.0.4-py38h32f6830_1006
  configargparse     conda-forge/noarch::configargparse-1.2.3-pyh9f0ad1d_0
  cryptography       conda-forge/linux-64::cryptography-2.9.2-py38h766eaa4_0
  curl               conda-forge/linux-64::curl-7.69.1-h33f0ec9_0
  datrie             conda-forge/linux-64::datrie-0.8.2-py38h1e0a361_0
  decorator          conda-forge/noarch::decorator-4.4.2-py_0
  docutils           conda-forge/linux-64::docutils-0.16-py38h32f6830_1
  gitdb              conda-forge/noarch::gitdb-4.0.5-py_0
  gitpython          conda-forge/noarch::gitpython-3.1.2-py_0
  htslib             bioconda/linux-64::htslib-1.9-h4da6232_3
  idna               conda-forge/noarch::idna-2.9-py_1
  importlib-metadata conda-forge/linux-64::importlib-metadata-1.6.0-py38h32f6830_0
  importlib_metadata conda-forge/noarch::importlib_metadata-1.6.0-0
  ipython_genutils   conda-forge/noarch::ipython_genutils-0.2.0-py_1
  jsonschema         conda-forge/linux-64::jsonschema-3.2.0-py38h32f6830_1
  jupyter_core       conda-forge/linux-64::jupyter_core-4.6.3-py38h32f6830_1
  krb5               conda-forge/linux-64::krb5-1.17.1-h2fd8d38_0
  ld_impl_linux-64   conda-forge/linux-64::ld_impl_linux-64-2.34-h53a641e_4
  libcurl            conda-forge/linux-64::libcurl-7.69.1-hf7181ac_0
  libdeflate         conda-forge/linux-64::libdeflate-1.6-h516909a_0
  libedit            conda-forge/linux-64::libedit-3.1.20170329-hf8c457e_1001
  libffi             conda-forge/linux-64::libffi-3.2.1-he1b5a44_1007
  libgcc-ng          conda-forge/linux-64::libgcc-ng-9.2.0-h24d8f2e_2
  libgomp            conda-forge/linux-64::libgomp-9.2.0-h24d8f2e_2
  libssh2            conda-forge/linux-64::libssh2-1.9.0-hab1572f_2
  libstdcxx-ng       conda-forge/linux-64::libstdcxx-ng-9.2.0-hdf63c60_2
  nbformat           conda-forge/noarch::nbformat-5.0.6-py_0
  ncurses            conda-forge/linux-64::ncurses-6.1-hf484d3e_1002
  networkx           conda-forge/noarch::networkx-2.4-py_1
  nim-falcon         bioconda/linux-64::nim-falcon-1.3.0-h1341992_0
  openssl            conda-forge/linux-64::openssl-1.1.1g-h516909a_0
  pbipa              bioconda/linux-64::pbipa-1.0.3-hed695b0_0
  pbmm2              bioconda/linux-64::pbmm2-1.3.0-h56fc30b_0
  pcre               conda-forge/linux-64::pcre-8.44-he1b5a44_0
  pip                conda-forge/noarch::pip-20.1.1-py_1
  psutil             conda-forge/linux-64::psutil-5.7.0-py38h1e0a361_1
  pycparser          conda-forge/noarch::pycparser-2.20-py_0
  pyopenssl          conda-forge/noarch::pyopenssl-19.1.0-py_1
  pyrsistent         conda-forge/linux-64::pyrsistent-0.16.0-py38h1e0a361_0
  pysocks            conda-forge/linux-64::pysocks-1.7.1-py38h32f6830_1
  python             conda-forge/linux-64::python-3.8.2-he5300dc_7_cpython
  python_abi         conda-forge/linux-64::python_abi-3.8-1_cp38
  pyyaml             conda-forge/linux-64::pyyaml-5.3.1-py38h1e0a361_0
  racon              bioconda/linux-64::racon-1.4.13-he513fc3_0
  ratelimiter        conda-forge/linux-64::ratelimiter-1.2.0-py38_1000
  readline           conda-forge/linux-64::readline-8.0-hf8c457e_0
  requests           conda-forge/noarch::requests-2.23.0-pyh8c360ce_2
  samtools           bioconda/linux-64::samtools-1.9-h10a08f8_12
  setuptools         conda-forge/linux-64::setuptools-47.1.0-py38h32f6830_0
  six                conda-forge/noarch::six-1.15.0-pyh9f0ad1d_0
  smmap              conda-forge/noarch::smmap-3.0.4-pyh9f0ad1d_0
  snakemake-minimal  bioconda/noarch::snakemake-minimal-5.18.1-py_0
  sqlite             conda-forge/linux-64::sqlite-3.30.1-hcee41ef_0
  tk                 conda-forge/linux-64::tk-8.6.10-hed695b0_0
  toposort           conda-forge/noarch::toposort-1.5-py_3
  traitlets          conda-forge/linux-64::traitlets-4.3.3-py38h32f6830_1
  urllib3            conda-forge/noarch::urllib3-1.25.9-py_0
  wheel              conda-forge/noarch::wheel-0.34.2-py_1
  wrapt              conda-forge/linux-64::wrapt-1.12.1-py38h1e0a361_1
  xz                 conda-forge/linux-64::xz-5.2.5-h516909a_0
  yaml               conda-forge/linux-64::yaml-0.2.4-h516909a_0
  zipp               conda-forge/noarch::zipp-3.1.0-py_0
  zlib               conda-forge/linux-64::zlib-1.2.11-h516909a_1006


Proceed ([y]/n)? y


Downloading and Extracting Packages
six-1.15.0           | 14 KB     | ########################################################################################################################################################## | 100%
ld_impl_linux-64-2.3 | 616 KB    | ########################################################################################################################################################## | 100%
jupyter_core-4.6.3   | 71 KB     | ########################################################################################################################################################## | 100%
traitlets-4.3.3      | 134 KB    | ########################################################################################################################################################## | 100%
pysocks-1.7.1        | 27 KB     | ########################################################################################################################################################## | 100%
certifi-2020.4.5.1   | 151 KB    | ########################################################################################################################################################## | 100%
brotlipy-0.7.0       | 346 KB    | ########################################################################################################################################################## | 100%
python_abi-3.8       | 4 KB      | ########################################################################################################################################################## | 100%
python-3.8.2         | 70.8 MB   | ########################################################################################################################################################## | 100%
cffi-1.14.0          | 223 KB    | ########################################################################################################################################################## | 100%
chardet-3.0.4        | 170 KB    | ########################################################################################################################################################## | 100%
psutil-5.7.0         | 326 KB    | ########################################################################################################################################################## | 100%
importlib-metadata-1 | 43 KB     | ########################################################################################################################################################## | 100%
pyyaml-5.3.1         | 190 KB    | ########################################################################################################################################################## | 100%
ratelimiter-1.2.0    | 12 KB     | ########################################################################################################################################################## | 100%
pip-20.1.1           | 1.1 MB    | ########################################################################################################################################################## | 100%
datrie-0.8.2         | 162 KB    | ########################################################################################################################################################## | 100%
docutils-0.16        | 739 KB    | ########################################################################################################################################################## | 100%
pyrsistent-0.16.0    | 90 KB     | ########################################################################################################################################################## | 100%
setuptools-47.1.0    | 652 KB    | ########################################################################################################################################################## | 100%
pbipa-1.0.3          | 3.4 MB    | ########################################################################################################################################################## | 100%
cryptography-2.9.2   | 620 KB    | ########################################################################################################################################################## | 100%
wrapt-1.12.1         | 47 KB     | ########################################################################################################################################################## | 100%
jsonschema-3.2.0     | 90 KB     | ########################################################################################################################################################## | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: / b'\n##############################################################################\n#                                                                            #\n# PacBio(R) tools distributed via Bioconda are: pre-release versions, not    #\n# necessarily ISO compliant, intended for Research Use Only and not for use  #\n# in diagnostic procedures, intended only for command-line users, and        #\n# possibly newer than the currently available SMRT(R) Analysis builds. While #\n# efforts have been made to ensure that releases on Bioconda live up to the  #\n# quality that PacBio strives for, we make no warranty regarding any         #\n# Bioconda release.                                                          #\n#                                                                            #\n# As PacBio tools distributed via Bioconda are not covered by any service    #\n# level agreement or the like, please *do not* contact a PacBio Field        #\n# Applications Scientist or PacBio Customer Service for assistance with any  #\n# Bioconda release. We instead provide an issue tracker for you to report    #\n# issues to us at:                                                           #\n#                                                                            #\n#   https://github.com/PacificBiosciences/pbbioconda                         #\n#                                                                            #\n# We make no warranty that any such issue will be addressed,                 #\n# to any extent or within any time frame.                                    #\n#                                                                            #\n# BSD 3-Clause Clear License                                                 #\n#                                                                            #\n# Please see https://github.com/PacificBiosciences/pbbioconda for            #\n# information on License, Copyright and Disclaimer                           #\n#                                                                            #\n##############################################################################\n'
done
(opa) -bash-4.2$ ipa --version
ipa (wrapper) version=1.0.3
(opa) -bash-4.2$

[armintoepfer]

Please ask conda/bioconda maintainers, as we can't reproduce it in clean environments.

[mhsieh]

Jason, please also add conda-forge and defaults in addition to bioconda to your channel search order (in ~/.condarc or via command invocation)

~$ docker run  -it -v /wd:/wd --entrypoint /bin/bash continuumio/miniconda3:latest
(base) root@ee1bd384ae20:/# conda config --show channels
channels:
  - defaults
(base) root@ee1bd384ae20:/# (base) root@ee1bd384ae20:/# conda create -n ipa \
 -c bioconda \
 -c conda-forge \
 -c defaults \
 pbipa -y
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done
...
[skipped]
...
#
# To activate this environment, use
#
#     $ conda activate ipa  
#
# To deactivate an active environment, use
#
#     $ conda deactivate

[pb-cdunn]

Thanks, @mhsieh . That's a good catch, and it also explains why some people have had problems with conda update even outside Docker.

We've updated the Wiki docs to note the necessary channel configuration.