diff --git a/DESCRIPTION b/DESCRIPTION index b6ed61b0..9cb6415b 100644 --- a/DESCRIPTION +++ b/DESCRIPTION @@ -1,6 +1,6 @@ Package: noric Title: Provide R Resources for NORIC at Rapporteket -Version: 2.15.1 +Version: 2.15.2 Authors@R: c( person("Kristina", "Skaare", diff --git a/NEWS.md b/NEWS.md index 39dbd8ef..d9b98165 100644 --- a/NEWS.md +++ b/NEWS.md @@ -1,3 +1,6 @@ +# noric 2.15.2 Bugfix tavi rapport +3 trykkfeiler i rapporten. Og legge til paravalvulær insuffisiens. + # noric 2.15.1 Bugfix stemi indikator Tar hensyn til manglende kopiering mellom BeslEKGDato og BesUtlEKGDato med tilhørende tidspunkt. Bruker i 1.prioritet BeslEKGDato. diff --git a/inst/NORIC_tavi_report.Rmd b/inst/NORIC_tavi_report.Rmd index 21d85af2..12f68301 100644 --- a/inst/NORIC_tavi_report.Rmd +++ b/inst/NORIC_tavi_report.Rmd @@ -291,9 +291,11 @@ AK %<>% "Ja", NA_character_)), - ParavalvularLekkasje = factor(x = ParavalvularLekkasje, - levels = c("Nei", - "Ja", + ParavalvularInsuffisiens = factor(x = ParavalvularInsuffisiens, + levels = c("Ingen/trace", + "Liten", + "Moderat", + "Stor", "Ukjent", NA_character_)), @@ -1065,93 +1067,107 @@ if (params$tableFormat == "html") { - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - +```{r} +if (params$rendered_by_shiny == TRUE && params$tableFormat == "latex") + shiny::setProgress(0.5) +``` + + +`r if(params$tableFormat !="latex") {""}` + + +## Postoperative EKKO-funn: Paravalvulær insuffisiens + + +```{r tabparaInsuff, results='asis', eval=TRUE} +cap <- paste0("Antall prosedyrer med paravalvular insuffisiens registrert ", + "i NORIC ", + "ved ", params$hospitalName, + " for hele fjoråret og hittil i år (t.o.m ", + siste_dato_txt, + ").", + " Merk at variabelen var ny våren 2023 og at eldre prosedyrer ", + "har verdien NA (not available).") + +paraInsuff_fjor <- merge( + x = timeTableMonth_fjor, + y = AK %>% + janitor::tabyl(maaned, ParavalvularInsuffisiens) %>% + janitor::adorn_totals("col", name= "Totalt"), + by.x = "maaned", + by.y = "maaned") %>% + janitor::adorn_totals("row", name = paste0("Totalt i ", periode_data$sisteHeleYear)) %>% + dplyr::mutate(aar = periode_data$sisteHeleYear) %>% + dplyr::relocate("aar", .before = "maaned") + +paraInsuff_aar <- merge( + x = timeTableMonth_aar, + y = AK %>% + janitor::tabyl(maaned, ParavalvularInsuffisiens) %>% + janitor::adorn_totals("col", name= "Totalt"), + by.x = "maaned", + by.y = "maaned") %>% + janitor::adorn_totals("row", name = paste0("Totalt hittil i ", + periode_data$nyesteRegYear)) %>% + dplyr::mutate(aar = periode_data$nyesteRegYear) %>% + dplyr::relocate("aar", .before = "maaned") + + +paraInsuff <- rbind( + paraInsuff_fjor, + paraInsuff_aar +) + + +paraInsuff[paraInsuff == 0] <- " - " +paraInsuff[is.na(paraInsuff)] <- " - " + +align <- c("l", rep("c", dim(paraInsuff)[2] - 1)) +digs <- rep(0, dim(paraInsuff)[2] ) + + +if (params$tableFormat == "html") { + paraInsuff %>% dplyr::select(-aar) %>% + knitr::kable(caption = cap, align = align) %>% + kableExtra::kable_styling(bootstrap_options = c("striped", + "hover", + "condensed"), + full_width = FALSE, + font_size = 8) %>% + kableExtra::column_spec(column = 1, width = "7em") %>% + kableExtra::row_spec(row=12, hline_after = TRUE) %>% + kableExtra::row_spec(row=13, hline_after = TRUE) %>% + kableExtra::row_spec(row=dim(paraInsuff)[1]-1, hline_after = TRUE) %>% + kableExtra::pack_rows(group_label = as.character(periode_data$sisteHeleYear), + start_row = 1, + end_row = 13) %>% + kableExtra::pack_rows(group_label = as.character(periode_data$nyesteRegYear), + start_row = 14, + end_row = dim(paraInsuff)[1]) + +} else if (params$tableFormat == "latex") { + paraInsuff %>% dplyr::select(-aar) %>% + knitr::kable(format = params$tableFormat, + caption = cap, + booktabs = TRUE, + align = "r") %>% + kableExtra::kable_styling(latex_options = "HOLD_position", + font_size = 8) %>% + kableExtra::row_spec(row=12, hline_after = TRUE) %>% + kableExtra::row_spec(row=13, hline_after = TRUE)%>% + kableExtra::row_spec(row=dim(paraInsuff)[1]-1, hline_after = TRUE) %>% + kableExtra::pack_rows(group_label = as.character(periode_data$sisteHeleYear), + start_row = 1, + end_row = 13) %>% + kableExtra::pack_rows(group_label = as.character(periode_data$nyesteRegYear), + start_row = 14, + end_row = dim(paraInsuff)[1]) + + +} +``` @@ -1161,6 +1177,9 @@ if (params$tableFormat == "html") {
+ + + # Komplikasjoner Eventuelle komplikasjoner forbundet med prosedyrer på aortaklaffen blir i NORIC delt i to kategorier, avhengig av om komplikasjonene @@ -1638,9 +1657,8 @@ samme pasient er disse talt opp hver for seg. Behov for innsetting av permanent pacemaker er en av kvalitetsindikatorene i NORIC, for detaljer se [***Pacemakerbehov***](#pacemaker) -Vi viser opptellingene for både ferdigstilte og -ikke ferdigstilte komplikasjonsskjema. [***Klikk her***](#komplSkjema) -for å se oversikten over antall (andel) ferdigstilte komplikasjonsskjemaer. +Vi viser opptellingen for alle prosedyrer, uavhengig av status av +ferdigstillelse. @@ -2061,8 +2079,8 @@ avdKomp_aar <- merge( dplyr::rename("Annen alvorlig komplikasjon" = n), by.x = "maaned", by.y = "maaned") %>% - janitor::adorn_totals("row", name = paste0("Totalt i ", periode_data$sisteHeleYear)) %>% - dplyr::mutate(aar = periode_data$sisteHeleYear) %>% + janitor::adorn_totals("row", name = paste0("Totalt i ", periode_data$nyesteRegYear)) %>% + dplyr::mutate(aar = periode_data$nyesteRegYear) %>% dplyr::relocate("aar", .before = "maaned") ``` @@ -2148,7 +2166,7 @@ if (params$tableFormat == "html") { # Utledete variabler -## Ventetid TAVI, planlagt prosedyrer +## Ventetid TAVI, planlagte prosedyrer **Forklaring boxplot:** Boxplotet viser fordelingen av ventetiden. @@ -2617,15 +2635,27 @@ if (params$tableFormat == "html") { ``` ## Aldersfordeling +**Forklaring boxplot:** +Boxplotet viser fordeling av pasientens alder på prosedyretidspunktet, for +kvinner og menn de siste årene. +Medianverdien er markert av den tykke linjen midt i boksen. +De blå boksene inneholder halvparten av registreringene og +er avgrenset av nedre (25%) og øvre (75%) kvartil. +Bredden på boksen kalles interkvartil bredde (IQR). +De vertikale greinene viser minste og største verdi i datasettet innenfor +henholdsvis 1,5 x IQR under nedre kvartil og +1.5 x IQR over øvre kvartil. +Punktene utenfor greinene viser uteliggere, +det vil si forløp med usedvanlig lav eller høy alder. -```{r figalderkjonn, fig.cap = paste0("Pasientens alder ved prosedyren per i år fra ", fromDate," til ", toDate, "."), fig.width = 8, fig.height = 5, fig.pos = "H", fig.align = "center", out.width = "\\textwidth"} +```{r figalderkjonn, fig.cap = paste0("Pasientens alder ved prosedyren, for kvinner og menn, per i år fra ", fromDate," til ", toDate, "."), fig.width = 8, fig.height = 5, fig.pos = "H", fig.align = "center", out.width = "\\textwidth"} AK_alderKjonn %>% dplyr::filter(!is.na(PasientKjonn), !is.na(PasientAlder), PasientAlder >= 18, - PasientAlder < 100) %>% + PasientAlder <= 100) %>% dplyr::select(PasientAlder, PasientKjonn, aar) %>% ggplot2::ggplot(mapping= ggplot2::aes(x = aar, y = PasientAlder)) +