diff --git a/DESCRIPTION b/DESCRIPTION index 9cb6415b..f09ea0b7 100644 --- a/DESCRIPTION +++ b/DESCRIPTION @@ -1,6 +1,6 @@ Package: noric Title: Provide R Resources for NORIC at Rapporteket -Version: 2.15.2 +Version: 2.15.3 Authors@R: c( person("Kristina", "Skaare", diff --git a/NEWS.md b/NEWS.md index d9b98165..800086d1 100644 --- a/NEWS.md +++ b/NEWS.md @@ -1,3 +1,7 @@ +# noric 2.15.3 Bugfix staging +Oppdatere staging data KI. Nå kan denne ogsaa regne ut ventetid. +Typeklaffeprotese Evolut FX er core valve. + # noric 2.15.2 Bugfix tavi rapport 3 trykkfeiler i rapporten. Og legge til paravalvulær insuffisiens. diff --git a/R/stagingDataFunctions.R b/R/stagingDataFunctions.R index c69fc4fa..950afd43 100644 --- a/R/stagingDataFunctions.R +++ b/R/stagingDataFunctions.R @@ -83,17 +83,16 @@ makeStagingDataKi <- function(registryName, rendered_by_shiny = FALSE) { # SISTE DATO AVGJØR SISTE MÅNED: siste_dato_innevarende_mnd = lubridate::ceiling_date( - x = .data$nyeste_reg, + x = nyeste_reg, unit = "month") - lubridate::days(1), siste_dato = dplyr::case_when( # siste dato er nyeste dato --> nyeste mnd er komlett - .data$siste_dato_innevarende_mnd == .data$nyeste_reg ~ - .data$nyeste_reg, + siste_dato_innevarende_mnd == nyeste_reg ~ nyeste_reg, # siste dato er ikke nyeste --> nyest mnd er ikke komplett, ta forrige - .data$siste_dato_innevarende_mnd != .data$nyeste_reg ~ - lubridate::floor_date(.data$nyeste_reg, "month") - + siste_dato_innevarende_mnd != nyeste_reg ~ + lubridate::floor_date(nyeste_reg, "month") - lubridate::days(1), TRUE ~ as.Date(NA_character_)), @@ -103,26 +102,24 @@ makeStagingDataKi <- function(registryName, rendered_by_shiny = FALSE) { # SISTE DATO AVGJØR SISTE KVARTAL siste_dato_innevarende_kvartal = lubridate::ceiling_date( - x = .data$nyeste_reg, + x = nyeste_reg, unit = "quarter") - lubridate::days(1), kvartal_komplett_start = dplyr::case_when( # siste dato i kvartalet er lik nyeste dato --> kvartalet er komplett - .data$siste_dato_innevarende_kvartal == .data$nyeste_reg ~ - lubridate::floor_date(.data$nyeste_reg, - unit = "quarter"), + siste_dato_innevarende_kvartal == nyeste_reg ~ + lubridate::floor_date(nyeste_reg, unit = "quarter"), # siste dato i kvartalet er ulik nyeste dato -->bruk forrige kvartal - .data$siste_dato_innevarende_kvartal != .data$nyeste_reg ~ - lubridate::floor_date(.data$nyeste_reg, - unit = "quarter") - months(3), + siste_dato_innevarende_kvartal != nyeste_reg ~ + lubridate::floor_date(nyeste_reg, unit = "quarter") - months(3), TRUE ~ as.Date(NA_character_)), # Inneværende år: - nyesteRegYear = as.numeric(format(.data$siste_dato, format = "%Y")), + nyesteRegYear = as.numeric(format(siste_dato, format = "%Y")), # Fjoråret - sisteHeleYear = .data$nyesteRegYear - 1, + sisteHeleYear = nyesteRegYear - 1, # Første dato for SQL -spørring : 01. januar fjoråret forste_dato = as.Date(paste0(sisteHeleYear, "-01-01"), @@ -132,8 +129,8 @@ makeStagingDataKi <- function(registryName, rendered_by_shiny = FALSE) { forste_dato_ak_ss = as.Date(paste0(sisteHeleYear -1, "-01-01"), format = "%Y-%m-%d") ) %>% - dplyr::select(-.data$siste_dato_innevarende_mnd, - -.data$siste_dato_innevarende_kvartal) + dplyr::select(-siste_dato_innevarende_mnd, + -siste_dato_innevarende_kvartal) if (rendered_by_shiny) { @@ -172,29 +169,22 @@ makeStagingDataKi <- function(registryName, rendered_by_shiny = FALSE) { shiny::setProgress(0.60) } - # anD_nasjonalt <- noric::getPrepAnDData( - # registryName = registryName, - # fromDate = periode_data$forste_dato, - # toDate = periode_data$siste_dato, - # singleRow = FALSE) - # - if (rendered_by_shiny) { shiny::setProgress(0.70) } # BEARBEIDE DATA: sS_nasjonalt %<>% - dplyr::select(.data$ProsedyreDato, - .data$StentType, - .data$Segment, - .data$Graft, - .data$ForlopsID, - .data$Sykehusnavn, - .data$AvdRESH, - .data$aar, - .data$maaned, - .data$kvartal) + dplyr::select(ProsedyreDato, + StentType, + Segment, + Graft, + ForlopsID, + Sykehusnavn, + AvdRESH, + aar, + maaned, + kvartal) if (rendered_by_shiny) { shiny::setProgress(0.80) @@ -202,74 +192,72 @@ makeStagingDataKi <- function(registryName, rendered_by_shiny = FALSE) { aP_nasjonalt %<>% dplyr::select( - .data$AvdRESH, - .data$Sykehusnavn, - .data$Regtype, - .data$PrimaerForlopsID, - .data$ProsedyreDato, - .data$ProsedyreTid, - .data$ProsedyreType, - .data$OverflyttetFra, - .data$AnkomstPCIDato, - .data$AnkomstPCITid, - .data$InnleggelseHenvisendeSykehusDato, - .data$InnleggelseHenvisendeSykehusTid, - .data$Innkomstarsak, - .data$Indikasjon, - .data$Hastegrad, - .data$BesUtlEKGDato, - .data$BesUtlEKGTid, - .data$BeslutningsutlosendeEKG, - .data$GittTrombolyse, - .data$HLRForSykehus, - .data$KobletForlopsID, - .data$ForlopsType2, - .data$IFR, - .data$FFR, - .data$IVUS, - .data$OCT, - .data$IMR, - .data$PDPA, - .data$PA_Hyperemi, - .data$PD_Hyperemi, - .data$ForlopsID, - .data$ASA, - .data$AndrePlatehemmere, - .data$AndrePlatehemmere, - .data$Antikoagulantia, - .data$UtskrStatiner, - .data$TidlABC, - .data$UtskrevetDod, - .data$SkjemaStatusStart, - .data$SkjemastatusHovedskjema, - .data$SkjemaStatusUtskrivelse, - .data$SkjemaStatusKomplikasjoner + AvdRESH, + Sykehusnavn, + Regtype, + PrimaerForlopsID, + ProsedyreDato, + ProsedyreTid, + ProsedyreType, + OverflyttetFra, + AnkomstPCIDato, + AnkomstPCITid, + InnleggelseHenvisendeSykehusDato, + InnleggelseHenvisendeSykehusTid, + Innkomstarsak, + Indikasjon, + Hastegrad, + BesUtlEKGDato, + BesUtlEKGTid, + BeslutningsutlosendeEKG, + BeslEKGDato, + BeslEKGTid, + GittTrombolyse, + HLRForSykehus, + KobletForlopsID, + ForlopsType2, + IFR, + FFR, + IVUS, + OCT, + IMR, + PDPA, + PA_Hyperemi, + PD_Hyperemi, + ForlopsID, + ASA, + AndrePlatehemmere, + AndrePlatehemmere, + Antikoagulantia, + UtskrStatiner, + TidlABC, + UtskrevetDod, + SkjemaStatusStart, + SkjemastatusHovedskjema, + SkjemaStatusUtskrivelse, + SkjemaStatusKomplikasjoner ) %>% noric::utlede_OppholdsID(.) %>% noric::utlede_ferdigstilt(df = ., - var = .data$SkjemaStatusStart, + var = SkjemaStatusStart, suffix = "StartSkjema") %>% noric::utlede_ferdigstilt(df = ., - var = .data$SkjemastatusHovedskjema, + var = SkjemastatusHovedskjema, suffix = "HovedSkjema") %>% noric::utlede_ferdigstilt(df = ., - var = .data$SkjemaStatusUtskrivelse, + var = SkjemaStatusUtskrivelse, suffix = "UtskrSkjema") %>% noric::utlede_ferdigstilt(df = ., - var = .data$SkjemaStatusKomplikasjoner, + var = SkjemaStatusKomplikasjoner, suffix = "KomplikSkjema") %>% noric::legg_til_antall_stent(df_ap = ., df_ss = sS_nasjonalt) %>% noric::legg_til_antall_stent_opphold(df_ap = .) %>% noric::satt_inn_stent_i_lms(df_ap = ., df_ss = sS_nasjonalt) %>% - # # Legge til utledete variabler fra annen Diagnostikk. Hjelpevariabler for - # # trykkmåling. Disse fjernes før tabellen legges i utforsker - # noric::legg_til_trykkmaalinger(df_ap = ., - # df_ad = anD_nasjonalt) %>% - # + # LEgg til hjelpevariabler for ventetider noric::legg_til_ventetid_nstemi_timer(.) %>% noric::legg_til_ventetid_stemi_min(.) %>% @@ -305,22 +293,22 @@ makeStagingDataKi <- function(registryName, rendered_by_shiny = FALSE) { aK_nasjonalt %<>% dplyr::select( - .data$ProsedyreDato, - .data$AvdKompPacemaker, - .data$LabKompDod, - .data$TypeKlaffeprotese, - .data$Sykehusnavn, - .data$AvdRESH, - .data$ForlopsID, - .data$Pacemaker, - .data$SkjemaStatusHovedskjema) + ProsedyreDato, + AvdKompPacemaker, + LabKompDod, + TypeKlaffeprotese, + Sykehusnavn, + AvdRESH, + ForlopsID, + Pacemaker, + SkjemaStatusHovedskjema) aK_nasjonalt %<>% dplyr::mutate( kvartal = paste0( - lubridate::year(.data$ProsedyreDato), + lubridate::year(ProsedyreDato), " Q", - lubridate::quarter(.data$ProsedyreDato, with_year = FALSE))) %>% + lubridate::quarter(ProsedyreDato, with_year = FALSE))) %>% noric::ki_ak_pacemakerbehov(df_ak = .) if (rendered_by_shiny) { @@ -329,13 +317,13 @@ makeStagingDataKi <- function(registryName, rendered_by_shiny = FALSE) { aP_Shus <- aP_nasjonalt %>% - dplyr::select(.data$AvdRESH) %>% - dplyr::distinct(.data$AvdRESH) %>% + dplyr::select(AvdRESH) %>% + dplyr::distinct(AvdRESH) %>% dplyr::pull() aK_Shus <- aK_nasjonalt %>% - dplyr::select(.data$AvdRESH) %>% - dplyr::distinct(.data$AvdRESH) %>% + dplyr::select(AvdRESH) %>% + dplyr::distinct(AvdRESH) %>% dplyr::pull() diff --git a/inst/NORIC_tavi_report.Rmd b/inst/NORIC_tavi_report.Rmd index 12f68301..47ad7fa9 100644 --- a/inst/NORIC_tavi_report.Rmd +++ b/inst/NORIC_tavi_report.Rmd @@ -272,8 +272,9 @@ AK %<>% "Edwards") ~ "Edwards", TypeKlaffeprotese %in% c("CoreValve Evolut PRO", - "CoreValve Evolut R", - "CoreValve") ~ "CoreValve", + "CoreValve Evolut R", + "CoreValve", + "Evolut FX") ~ "CoreValve", !is.na(TypeKlaffeprotese) ~ "Annet", is.na(TypeKlaffeprotese) ~ NA_character_),