From 1ca0b81d6c9cc9490dc39e798832a4f9c9d11f22 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: =?UTF-8?q?Kristina=20Sk=C3=A5re?= Date: Tue, 1 Aug 2023 12:42:57 +0200 Subject: [PATCH 1/8] ny resh id for unn --- R/legg_til_sykehusnavn.R | 6 +++--- tests/testthat/test-legg_til_sykehusnavn.R | 2 +- 2 files changed, 4 insertions(+), 4 deletions(-) diff --git a/R/legg_til_sykehusnavn.R b/R/legg_til_sykehusnavn.R index bde38f41..26819831 100644 --- a/R/legg_til_sykehusnavn.R +++ b/R/legg_til_sykehusnavn.R @@ -12,7 +12,7 @@ #' #' @export #' @examples -#' df <- data.frame(centreid = c(102966, 104284, 4214492, 700328, 700728)) +#' df <- data.frame(centreid = c(102966, 104284, 4214492, 700328, 4219765)) #' ablanor::legg_til_sykehusnavn(df = df, short = TRUE) legg_til_sykehusnavn <- function(df, short = TRUE) { @@ -25,7 +25,7 @@ legg_til_sykehusnavn <- function(df, short = TRUE) { centreid == 104284 ~ "St.Olavs", centreid == 4214492 ~ "AHus", centreid == 700328 ~ "OUS", - centreid == 700728 ~ "UNN", + centreid == 4219765 ~ "UNN", TRUE ~ NA_character_)) } else { df %>% dplyr::mutate( @@ -34,7 +34,7 @@ legg_til_sykehusnavn <- function(df, short = TRUE) { centreid == 104284 ~ "St.Olavs Hospital", centreid == 4214492 ~ "AHus Gardermoen", centreid == 700328 ~ "Oslo Universitetssykehus", - centreid == 700728 ~ "Universitetssykehuset Nord-Norge", + centreid == 4219765 ~ "Universitetssykehuset Nord-Norge", TRUE ~ NA_character_)) } } diff --git a/tests/testthat/test-legg_til_sykehusnavn.R b/tests/testthat/test-legg_til_sykehusnavn.R index 3f963a83..7203bbc4 100644 --- a/tests/testthat/test-legg_til_sykehusnavn.R +++ b/tests/testthat/test-legg_til_sykehusnavn.R @@ -1,6 +1,6 @@ test_that("legg til sykehusnavn works", { - df <- data.frame(centreid = c(102966, 104284, 4214492, 700328, 700728, + df <- data.frame(centreid = c(102966, 104284, 4214492, 700328, 4219765, NA, 123456)) From 2b4b9a1a77f6973fe3f86a966bc4d5f5bd14d213 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: =?UTF-8?q?Kristina=20Sk=C3=A5re?= Date: Wed, 2 Aug 2023 09:42:30 +0200 Subject: [PATCH 2/8] update doc --- DESCRIPTION | 4 ++-- NEWS.md | 7 +++++++ 2 files changed, 9 insertions(+), 2 deletions(-) diff --git a/DESCRIPTION b/DESCRIPTION index 4d2e377c..8e266b05 100644 --- a/DESCRIPTION +++ b/DESCRIPTION @@ -1,6 +1,6 @@ Package: ablanor Title: AblaNor- Rapporteket -Version: 1.1.0 +Version: 1.2.0 Authors@R: c( person(given = "Kristina", family = "Skaare", @@ -20,7 +20,7 @@ License: GPL-3 Encoding: UTF-8 LazyData: true Roxygen: list(markdown = TRUE) -RoxygenNote: 7.2.1 +RoxygenNote: 7.2.3 Suggests: testthat, withr diff --git a/NEWS.md b/NEWS.md index 5397b02f..ee876b00 100644 --- a/NEWS.md +++ b/NEWS.md @@ -1,3 +1,10 @@ +# ablanor 1.2.0 +Små justeringer på Rapporteket etter overgang til FALK som innloggings- +portal i prod. +En ny reshid. +Bruker egendefinerte (finere) sykehusnavn i Rapporteket og i rapporter. + + # ablanor 1.1.0 ## Nytt * Nye versjoner av kvalitetsindikatorene. From fe8cca61df20808678f2efcc6eaf729883071426 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: =?UTF-8?q?Kristina=20Sk=C3=A5re?= Date: Wed, 2 Aug 2023 09:43:12 +0200 Subject: [PATCH 3/8] =?UTF-8?q?Egne=20sykehusnavn=20brukes=20n=C3=A5=20ove?= =?UTF-8?q?ralt=20i=20rapporteket?= MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Content-Transfer-Encoding: 8bit --- R/app_server.R | 6 ++++-- R/getData.R | 23 ++++++++++++++++++++--- man/getData.Rd | 9 +++++++-- man/legg_til_sykehusnavn.Rd | 2 +- 4 files changed, 32 insertions(+), 8 deletions(-) diff --git a/R/app_server.R b/R/app_server.R index 0c921d09..f966b199 100644 --- a/R/app_server.R +++ b/R/app_server.R @@ -22,7 +22,7 @@ app_server <- function(input, output, session) { registryName <- "ablanor" mapOrgId <- ablanor::getNameReshId(registryName) reshId <- rapbase::getUserReshId(session) - hospitalName <- ablanor::getHospitalName(registryName, reshId) + hospitalName <- ablanor::getHospitalName(registryName, reshId, shortName = FALSE, newNames = TRUE) userFullName <- rapbase::getUserFullName(session) userRole <- rapbase::getUserRole(session) userOperator <- "Test Operatoresen" @@ -314,7 +314,9 @@ app_server <- function(input, output, session) { # Values shared among subscriptions and dispatchment orgs <- ablanor::getNameReshId(registryName = registryName, - asNamedList = TRUE) + asNamedList = TRUE, + shortName = FALSE, + newNames = TRUE) # Abonnement subReports <- list( diff --git a/R/getData.R b/R/getData.R index cac704fd..c090471c 100644 --- a/R/getData.R +++ b/R/getData.R @@ -116,7 +116,7 @@ getDataDump <- function(registryName, tableName, fromDate, toDate, #' @rdname getData #' @export -getNameReshId <- function(registryName, asNamedList = FALSE) { +getNameReshId <- function(registryName, asNamedList = FALSE, shortNames = FALSE, newNames = FALSE) { query <- " SELECT @@ -132,6 +132,15 @@ GROUP BY res <- rapbase::loadRegData(registryName, query) + if(newNames){ + res %<>% + dplyr::mutate(centreid = id) %>% + ablanor::legg_til_sykehusnavn(., short = shortNames) %>% + dplyr::select(id, sykehusnavn) %>% + dplyr::rename("name" = "sykehusnavn") %>% + dplyr::filter(!is.na(name)) + } + if (asNamedList) { res <- stats::setNames(res$id, res$name) res <- as.list(res) @@ -142,7 +151,7 @@ GROUP BY #' @rdname getData #' @export -getHospitalName <- function(registryName, reshId, shortName = FALSE) { +getHospitalName <- function(registryName, reshId, shortName = FALSE, newNames = FALSE) { if (shortName) { dbField <- "CENTRESHORTNAME" @@ -158,7 +167,15 @@ FROM WHERE ID = ", reshId, ";") - name <- rapbase::loadRegData(registryName, query)[1, ] + if(newNames) { + name <- ablanor::legg_til_sykehusnavn( + df = data.frame(centreid = reshId), + short = shortName) %>% + dplyr::pull(sykehusnavn) + } else { + name <- rapbase::loadRegData(registryName, query)[1, ] + } + if (is.na(name)) { warning(paste("Resh ID", reshId, "did not match any names!")) diff --git a/man/getData.Rd b/man/getData.Rd index 2e456769..524b873b 100644 --- a/man/getData.Rd +++ b/man/getData.Rd @@ -20,9 +20,14 @@ getDataDump( ... ) -getNameReshId(registryName, asNamedList = FALSE) +getNameReshId( + registryName, + asNamedList = FALSE, + shortNames = FALSE, + newNames = FALSE +) -getHospitalName(registryName, reshId, shortName = FALSE) +getHospitalName(registryName, reshId, shortName = FALSE, newNames = FALSE) getRand12(registryName, singleRow, reshId = NULL, userRole, ...) diff --git a/man/legg_til_sykehusnavn.Rd b/man/legg_til_sykehusnavn.Rd index a684e014..05b18e91 100644 --- a/man/legg_til_sykehusnavn.Rd +++ b/man/legg_til_sykehusnavn.Rd @@ -21,6 +21,6 @@ variable is called \code{sykehusnavn}. \code{sykehusnavn} will overwrite exising variable of same name. } \examples{ -df <- data.frame(centreid = c(102966, 104284, 4214492, 700328, 700728)) +df <- data.frame(centreid = c(102966, 104284, 4214492, 700328, 4219765)) ablanor::legg_til_sykehusnavn(df = df, short = TRUE) } From b22e904c77993770c3912606c135552bf8d6a1d2 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: =?UTF-8?q?Kristina=20Sk=C3=A5re?= Date: Tue, 8 Aug 2023 13:58:20 +0200 Subject: [PATCH 4/8] update documentation --- R/getData.R | 3 +++ man/getData.Rd | 4 ++++ 2 files changed, 7 insertions(+) diff --git a/R/getData.R b/R/getData.R index c090471c..58e341a0 100644 --- a/R/getData.R +++ b/R/getData.R @@ -26,6 +26,9 @@ #' to local data (defined by \code{reshId}), "SC" has access to national data. #' @param shortName boolean. Default value FALSE and "friendlyname" is returned. #' If TRUE shortname is returned. +#' @param newNames boolean. TRUE uses "sykehusnavn" as defined in +#' 'legg_til_sykehusnavn()'. Default value is FALSE, uses "sykehusnavn" from +#' table Friendlycentre. #' @param ... Optional arguments to be passed to the function. #' #' @return Data frame or (when multiple data sets are returned) a list of data diff --git a/man/getData.Rd b/man/getData.Rd index 524b873b..5d50e78f 100644 --- a/man/getData.Rd +++ b/man/getData.Rd @@ -65,6 +65,10 @@ to local data (defined by \code{reshId}), "SC" has access to national data.} Default is FALSE in which case a data frame containing name and id is returned.} +\item{newNames}{boolean. TRUE uses "sykehusnavn" as defined in +'legg_til_sykehusnavn()'. Default value is FALSE, uses "sykehusnavn" from +table Friendlycentre.} + \item{shortName}{boolean. Default value FALSE and "friendlyname" is returned. If TRUE shortname is returned.} From 673c1651b793c8fa93c9be510c5dd6fe377d3d3a Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: =?UTF-8?q?Kristina=20Sk=C3=A5re?= Date: Fri, 15 Sep 2023 11:04:52 +0200 Subject: [PATCH 5/8] to ny reshid --- R/legg_til_sykehusnavn.R | 4 ++-- 1 file changed, 2 insertions(+), 2 deletions(-) diff --git a/R/legg_til_sykehusnavn.R b/R/legg_til_sykehusnavn.R index 26819831..bda9e79f 100644 --- a/R/legg_til_sykehusnavn.R +++ b/R/legg_til_sykehusnavn.R @@ -23,7 +23,7 @@ legg_til_sykehusnavn <- function(df, short = TRUE) { df %>% dplyr::mutate( sykehusnavn = dplyr::case_when(centreid == 102966 ~ "HUS", centreid == 104284 ~ "St.Olavs", - centreid == 4214492 ~ "AHus", + centreid == 4218359 ~ "AHus", centreid == 700328 ~ "OUS", centreid == 4219765 ~ "UNN", TRUE ~ NA_character_)) @@ -32,7 +32,7 @@ legg_til_sykehusnavn <- function(df, short = TRUE) { sykehusnavn = dplyr::case_when( centreid == 102966 ~ "Haukeland Universitetssykehus", centreid == 104284 ~ "St.Olavs Hospital", - centreid == 4214492 ~ "AHus Gardermoen", + centreid == 4218359 ~ "AHus Gardermoen", centreid == 700328 ~ "Oslo Universitetssykehus", centreid == 4219765 ~ "Universitetssykehuset Nord-Norge", TRUE ~ NA_character_)) From a0aeb6cc44f788262b81c0d810db05477871a9e4 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: =?UTF-8?q?Kristina=20Sk=C3=A5re?= Date: Fri, 15 Sep 2023 11:34:29 +0200 Subject: [PATCH 6/8] update doc --- NEWS.md | 2 +- R/app_server.R | 5 ++++- 2 files changed, 5 insertions(+), 2 deletions(-) diff --git a/NEWS.md b/NEWS.md index 4f1526d1..9fa9381f 100644 --- a/NEWS.md +++ b/NEWS.md @@ -1,7 +1,7 @@ # ablanor 1.2.0 Små justeringer på Rapporteket etter overgang til FALK som innloggings- portal i prod. -En ny reshid. +To nye reshid. Bruker egendefinerte (finere) sykehusnavn i Rapporteket og i rapporter. # ablanor 1.1.1 diff --git a/R/app_server.R b/R/app_server.R index f966b199..3b1c97df 100644 --- a/R/app_server.R +++ b/R/app_server.R @@ -22,7 +22,10 @@ app_server <- function(input, output, session) { registryName <- "ablanor" mapOrgId <- ablanor::getNameReshId(registryName) reshId <- rapbase::getUserReshId(session) - hospitalName <- ablanor::getHospitalName(registryName, reshId, shortName = FALSE, newNames = TRUE) + hospitalName <- ablanor::getHospitalName(registryName = registryName, + reshId = reshId, + shortName = FALSE, + newNames = TRUE) userFullName <- rapbase::getUserFullName(session) userRole <- rapbase::getUserRole(session) userOperator <- "Test Operatoresen" From e45119924425c23b89adf07379406592cc3c6b02 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: =?UTF-8?q?Kristina=20Sk=C3=A5re?= Date: Fri, 15 Sep 2023 12:34:03 +0200 Subject: [PATCH 7/8] update test --- tests/testthat/test-legg_til_sykehusnavn.R | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/tests/testthat/test-legg_til_sykehusnavn.R b/tests/testthat/test-legg_til_sykehusnavn.R index 7203bbc4..e9718447 100644 --- a/tests/testthat/test-legg_til_sykehusnavn.R +++ b/tests/testthat/test-legg_til_sykehusnavn.R @@ -1,6 +1,6 @@ test_that("legg til sykehusnavn works", { - df <- data.frame(centreid = c(102966, 104284, 4214492, 700328, 4219765, + df <- data.frame(centreid = c(102966, 104284, 4218359, 700328, 4219765, NA, 123456)) From 223dd2a867a8ec3d21eb4710179de1a6a68b8ffe Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: =?UTF-8?q?Kristina=20Sk=C3=A5re?= Date: Wed, 27 Sep 2023 15:35:15 +0200 Subject: [PATCH 8/8] abonnement kun LC og finere shus navn --- R/app_server.R | 31 ++++++++++++++++++++++++++----- R/reportProcessor.R | 8 ++++++-- inst/AblaNor_local_monthly.Rmd | 26 ++++++++++++++++---------- 3 files changed, 48 insertions(+), 17 deletions(-) diff --git a/R/app_server.R b/R/app_server.R index 3b1c97df..33de783f 100644 --- a/R/app_server.R +++ b/R/app_server.R @@ -51,6 +51,8 @@ app_server <- function(input, output, session) { # Hide tabs when role 'SC' if (userRole == "SC") { shiny::hideTab(inputId = "tabs", target = "Månedsrapporter") + shiny::hideTab(inputId = "tabs", target = "Abonnement") + } @@ -326,9 +328,20 @@ app_server <- function(input, output, session) { "Månedlige resultater" = list( synopsis = "Månedlige resultater sykehus/avdeling", fun = "reportProcessor", - paramNames = c("report", "outputType", "title", "orgId", "orgName"), - paramValues = c("local_monthly", "pdf", "Månedsresultater", reshId, - hospitalName) + paramNames = c("report", + "outputType", + "title", + "orgId", + "orgName", + "userFullName", + "userRole"), + paramValues = c("local_monthly", + "pdf", + "Månedsresultater", + reshId, + hospitalName, + userFullName, + userRole) ) ) @@ -342,8 +355,16 @@ app_server <- function(input, output, session) { "Månedlige resultater" = list( synopsis = "AblaNor månedlige resultater sykehus/avdeling", fun = "reportProcessor", - paramNames = c("report", "outputType", "title", "orgId"), - paramValues = c("local_monthly", "pdf", "Månedsresultater", 999999) + paramNames = c("report", + "outputType", + "title", + "orgId", + "userFullName"), + paramValues = c("local_monthly", + "pdf", + "Månedsresultater", + 999999, + userFullName) ) ) diff --git a/R/reportProcessor.R b/R/reportProcessor.R index ec22c18a..3dc60c26 100644 --- a/R/reportProcessor.R +++ b/R/reportProcessor.R @@ -80,12 +80,16 @@ reportProcessor <- function(report, outputType = outputType, params = list( author = author, - hospitalName = ablanor::getHospitalName("ablanor", orgId), + hospitalName = ablanor::getHospitalName(registryName = "ablanor", + reshId = orgId, + newNames = TRUE, + shortName = FALSE), tableFormat = outputType, reshId = orgId, registryName = registryName, userRole = userRole, - userOperator = userOperator + userOperator = userOperator, + userFullName = userFullName ) ) } diff --git a/inst/AblaNor_local_monthly.Rmd b/inst/AblaNor_local_monthly.Rmd index 62b85497..318e50c6 100644 --- a/inst/AblaNor_local_monthly.Rmd +++ b/inst/AblaNor_local_monthly.Rmd @@ -55,6 +55,12 @@ colKontrast <- "#FF7260" ```{r parametre} showN <- 12 + +#Egendefinerte kortnavn: +hospitalNameShort <- ablanor::getHospitalName(registryName = "ablanor", + reshId = params$reshId, + shortName = TRUE, + newNames = TRUE) ``` @@ -130,7 +136,7 @@ siste `r showN` månedene: det vil si i intervallet fra `r format(periode_data `r format(periode_data$siste_dato, "%d/%m-%Y")`. -Første og siste registrering fra `r params$hospitalName` i tidsperioden er +Første og siste registrering fra `r hospitalNameShort` i tidsperioden er henholdsvis `r format(periode_data$forste_dato_shus, "%d/%m-%Y") ` og `r format(periode_data$nyeste_dato_shus, "%d/%m-%Y") `. @@ -147,14 +153,14 @@ Elektrofysiologisk undersøkelse (EFU). Dersom forløpstype ikke er registrert blir verdien NA (not available), dette gjelder forløp der prosedyreskjema ikke er ferdigstilte. Tabellen under (Tabell \@ref(tab:typeForlopAar)) viser antall forløp -registrert i AblaNor fra `r params$hospitalName` de `r showN` siste månedene, +registrert i AblaNor fra `r hospitalNameShort` de `r showN` siste månedene, for hver forløpstype og sammenlagt. Figur \@ref(fig:typeForlopFig) viser antall forløp per måned, samt fordeling etter forløpstype. ```{r typeForlopAar} cap <- paste("Totalt antall forløp fra ", - params$hospitalName, " de ", showN, " siste månedene.", + hospitalNameShort, " de ", showN, " siste månedene.", "For hver av de 4 forløpstypene: ", "Atrieflimmer/atypisk flutter (AFLI), Ventrikkeltakykardi (VT), ", "Supraventrikulær takykardi (SVT) eller ", @@ -180,7 +186,7 @@ d_ablanor %>% ```{r typeForlopFig, fig.cap = figtekst, fig.pos = "H", fig.align = "center", out.width = "100%", fig.asp = 0.8 } figtekst <- paste0("Antall registreringer i AblaNor fra ", - params$hospitalName, " hver måned det siste året. ", + hospitalNameShort, " hver måned det siste året. ", "Tallene i søylene viser antall registrerte forløp per ", "forløpstype. ", "Atrieflimmer/atypisk flutter (AFLI), ", @@ -215,7 +221,7 @@ ggplot2::ggplot( ablanor::ablanor_plot_theme() + ggplot2::labs(title = paste0("Antall registreringer i AblaNor de ", showN, " siste månedene" ), - subtitle = params$hospitalName) + + subtitle = hospitalNameShort) + ggplot2::geom_vline(xintercept = 0, size = 1, colour = "gray45") + ggplot2::geom_text( ggplot2::aes(label = .data$n_uten0), @@ -249,7 +255,7 @@ totalt per måned og i underpopulasjoner per måned. ```{r komplikasjonerFig, fig.cap = figtekst, fig.pos = "H", fig.align = "center", out.width = "100%", fig.asp = 0.8 } -figtekst <- paste0("Andel forløp fra ", params$hospitalName, +figtekst <- paste0("Andel forløp fra ", hospitalNameShort, " med komplikasjoner det siste året. " , "Tallene i søylene viser antall forløp med ", "komplikasjoner delt på totalt antall forløp per måned.") @@ -279,7 +285,7 @@ ggplot2::ggplot(data = d_kompl_fig2, ggplot2::geom_bar(stat = "identity", position = "identity", fill = colPrimary[4]) + ggplot2::labs(title = paste0("Komplikasjoner de ", showN, " siste månedene"), - subtitle = params$hospitalName) + + subtitle = hospitalNameShort) + ablanor::ablanor_plot_theme() + ggplot2::geom_vline(xintercept = 0, size = 1, colour = "gray45") + ggplot2::geom_text(ggplot2::aes(label = komp_text), @@ -448,7 +454,7 @@ ggplot2::ggplot(data = d_akutt_suksess_fig2, linetype = "dashed") + ggplot2::labs(title = paste0("Akutt suksess de ", showN, " siste månedene"), - subtitle = params$hospitalName) + + subtitle = hospitalNameShort) + ggplot2::scale_x_continuous(labels = function(x) paste0(x * 100, "%")) ``` @@ -678,7 +684,7 @@ d_ablanor %>% ggplot2::scale_y_discrete(drop = FALSE) + ggplot2::labs(title = paste0("Prosedyrevarighet (minutter) de ", showN, " siste månedene"), - subtitle = params$hospitalName) + subtitle = hospitalNameShort) ``` @@ -930,7 +936,7 @@ d_varighet_tot_maaned %>% ggplot2::scale_y_discrete(drop = FALSE) + ggplot2::labs(title = paste0("Røntgenvarighet (minutter) de ", showN, " siste månedene"), - subtitle = params$hospitalName) + subtitle = hospitalNameShort) ```