diff --git a/DESCRIPTION b/DESCRIPTION index ca038d5..09ca9ae 100644 --- a/DESCRIPTION +++ b/DESCRIPTION @@ -1,7 +1,7 @@ Package: norgast Type: Package Title: Resultatrapporter for NoRGast -Version: 2.2.0 +Version: 2.3.0 Date: 2015-12-17 Author: Kevin Thon Maintainer: Kevin Thon diff --git a/R/NorgastFigAndeler.R b/R/NorgastFigAndeler.R index 1d70e94..66fb2e5 100644 --- a/R/NorgastFigAndeler.R +++ b/R/NorgastFigAndeler.R @@ -102,7 +102,8 @@ FigAndeler <- function(RegData=0, valgtVar='Alder', datoFra='2014-01-01', datoT elektiv=99, BMI='', tilgang='', valgtShus='', minPRS=0, maxPRS=2.2, ASA='', whoEcog= '', forbehandling='', hentData=F, op_gruppe='', ncsp='', modGlasgow = '', hastegrad_hybrid=99, - robotassiastanse=99, kun_ferdigstilte=TRUE, tilgang_utvidet='') + robotassiastanse=99, kun_ferdigstilte=TRUE, tilgang_utvidet='', + ny_stomi=99) { # print(datoFra) @@ -125,7 +126,7 @@ FigAndeler <- function(RegData=0, valgtVar='Alder', datoFra='2014-01-01', datoT ASA=ASA, whoEcog=whoEcog, forbehandling=forbehandling, malign=malign, op_gruppe=op_gruppe, ncsp=ncsp, modGlasgow=modGlasgow, hastegrad_hybrid=hastegrad_hybrid, robotassiastanse=robotassiastanse, kun_ferdigstilte=kun_ferdigstilte, - tilgang_utvidet=tilgang_utvidet) + tilgang_utvidet=tilgang_utvidet, ny_stomi=ny_stomi) RegData <- NorgastUtvalg$RegData utvalgTxt <- NorgastUtvalg$utvalgTxt diff --git a/R/NorgastPrepVar.R b/R/NorgastPrepVar.R index f5e4cd1..28f9315 100644 --- a/R/NorgastPrepVar.R +++ b/R/NorgastPrepVar.R @@ -234,9 +234,9 @@ NorgastPrepVar <- function(RegData, valgtVar, enhetsUtvalg=1) if (valgtVar=='Op_gr') { tittel <- 'Operasjonsgrupper' - gr <- c(1:12,99) + gr <- c(1:13,99) grtxt <- c('Kolonreseksjoner','Rektumreseksjoner','Øsofagusreseksjoner','Ventrikkelreseksjoner', - 'Leverreseksjoner',"Whipples operasjon", "Andre pankreasreseksjoner", 'Cholecystektomi', 'Appendektomi', 'Tynntarmsreseksjon', + 'Leverreseksjoner',"Whipples operasjon", "Distale pankreasreseksjoner", "Andre pankreasreseksjoner", 'Cholecystektomi', 'Appendektomi', 'Tynntarmsreseksjon', 'Gastric bypass', 'Gastric sleeve', 'Annet') RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=gr, labels = grtxt) subtxt <- 'Operasjonsgrupper' diff --git a/R/NorgastUtvalg.R b/R/NorgastUtvalg.R index 0762a6b..62bf9ce 100644 --- a/R/NorgastUtvalg.R +++ b/R/NorgastUtvalg.R @@ -14,7 +14,7 @@ NorgastUtvalg <- function(RegData, datoFra='2014-01-01', datoTil="2100-01-01", forbehandling='', malign=99, fargepalett='BlaaRapp', op_gruppe='', ncsp='', icd='', hastegrad_hybrid=99, dagtid=99, robotassiastanse=99, kun_ferdigstilte=TRUE, - tilgang_utvidet='') + tilgang_utvidet='', ny_stomi=99) { # Definerer intersect-operator "%i%" <- intersect @@ -42,10 +42,12 @@ NorgastUtvalg <- function(RegData, datoFra='2014-01-01', datoTil="2100-01-01", indICD <- if (icd[1] != '') {which(RegData$Hoveddiagnose2 %in% icd)} else {indICD <- 1:Ninn} indRobot <- if (robotassiastanse %in% c(0,1)){which(RegData$Robotassistanse == robotassiastanse)} else {indRobot <- 1:Ninn} indFerdig <- if (kun_ferdigstilte) {which(RegData$OppfStatus == 1)} else {indFerdig <- 1:Ninn} + indStomi <- if (ny_stomi %in% c(0,1)) {which(RegData$NyStomi == ny_stomi)} else {1:Ninn} indMed <- indAld %i% indDato %i% indKj %i% indVarMed %i% indOp_gr %i% indElekt %i% indBMI %i% indTilgang %i% indPRS %i% indASA %i% indWHO %i% indForb %i% indMalign %i% indNCSP %i% indHast %i% - indICD %i% indGlasgow %i% indHast2 %i% indDag %i% indRobot %i% indFerdig %i% indTilgangUtvidet + indICD %i% indGlasgow %i% indHast2 %i% indDag %i% indRobot %i% indFerdig %i% indTilgangUtvidet %i% + indStomi RegData <- RegData[indMed,] if (ncsp[1] != '') {ncsp <- sort(unique(substr(RegData$Hovedoperasjon, 1, 5)))} @@ -81,6 +83,7 @@ NorgastUtvalg <- function(RegData, datoFra='2014-01-01', datoTil="2100-01-01", if (malign %in% c(0,1)){paste0('Diagnose: ', c('Benign', 'Malign')[malign+1])}, if (icd[1] != '') {paste0('ICD-10-kode(r): ', paste(sub("(\\w+).*", "\\1", icd), collapse=', '))}, if (robotassiastanse %in% c(0,1)){paste0('Minimalinvasiv: ', c('Konv. laparoskopi', 'Robotassistert')[robotassiastanse+1])}, + if (ny_stomi %in% c(0,1)){paste0('Ny stomi: ', c('Nei', 'Ja')[ny_stomi+1])}, if (!kun_ferdigstilte){'Ikke-ferdigstilte oppfølginger inkludert: Ja'} ) diff --git a/doc/BestillingerOgUtleveringer.R b/doc/BestillingerOgUtleveringer.R index a128cd6..3928cff 100644 --- a/doc/BestillingerOgUtleveringer.R +++ b/doc/BestillingerOgUtleveringer.R @@ -3,6 +3,39 @@ library(norgast) library(tidyverse) rm(list=ls()) + +### Leveranse Lassen 2022-10-21 ##################################### + + +RegData <- rapbase::loadStagingData("norgast", "RegData") + +RegData <- RegData %>% filter(HovedDato >= "2017-01-01" & + HovedDato < "2022-07-01") %>% + filter(Op_gr == 1) %>% + filter(NyAnastomose == 1) %>% + filter(NyStomi == 0) %>% + filter(Hastegrad_hybrid == 1) %>% + filter(Malign == 1) %>% + filter(WHOECOG %in% 0:1) %>% + filter(OppfStatus==1) + +RegData$Tilgang_utvidet[RegData$Tilgang_utvidet==5] <- 4 +RegData$Tilgang_utvidet <- factor(RegData$Tilgang_utvidet, levels = 1:4, + labels = c("Åpen", "Laparoskopisk", "Laparoskopi med robotassistanse", "Konvertert")) + +rater <- RegData %>% group_by(Tilgang_utvidet) %>% + summarise(n_lekkasje = sum(Anastomoselekkasje), + N = n()) %>% + janitor::adorn_totals() %>% + mutate(Andel = n_lekkasje/N*100) + +konf <- binomkonf(rater$n_lekkasje, rater$N) + +rater$konf95_lav <- konf[1, ]*100 +rater$konf95_hoy <- konf[2, ]*100 + +write.csv2(rater, "~/.ssh/norgast/rater_norgast_oktober2022_kunferdige.csv", row.names = F, fileEncoding = "Latin1") + ##### Stig Norderval, andel malign kolon med robotassistanse 19.04.2022 ######## RegData <- norgast::NorgastHentRegData() diff --git a/inst/shinyApps/norgast/R/modul_fordelingsfig.R b/inst/shinyApps/norgast/R/modul_fordelingsfig.R index 1650b24..b74a178 100644 --- a/inst/shinyApps/norgast/R/modul_fordelingsfig.R +++ b/inst/shinyApps/norgast/R/modul_fordelingsfig.R @@ -58,6 +58,8 @@ fordelingsfig_UI <- function(id, BrValg){ selectInput(inputId = ns("forbehandling"), label = "Onkologisk forbehandling", multiple = TRUE, choices = c('Cytostatika'=1, 'Stråleterapi'=2, 'Komb. kjemo/radioterapi'=3, 'Ingen'=4)), selectInput(inputId = ns("malign"), label = "Diagnose", choices = c('Ikke valgt'=99, 'Malign'=1, 'Benign'=0)), + selectInput(inputId = ns("ny_stomi"), label = "Ny stomi", + choices = c('--'=99, 'Nei'=0, 'Ja'=1)), # ) # ), selectInput(inputId = ns("bildeformat"), label = "Velg bildeformat", @@ -131,7 +133,8 @@ fordelingsfig <- function(input, output, session, reshID, RegData, userRole, hvd reshID = reshID, enhetsUtvalg = input$enhetsUtvalg, erMann = as.numeric(input$erMann), elektiv = as.numeric(input$elektiv), hastegrad = as.numeric(input$hastegrad), hastegrad_hybrid = as.numeric(input$hastegrad_hybrid), - kun_ferdigstilte = input$kun_ferdigstilte) + kun_ferdigstilte = input$kun_ferdigstilte, + ny_stomi = as.numeric(input$ny_stomi)) }, width = 700, height = 700)