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####### Autor: Santiago Gil Begué #######
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¡Importante! Para ejecutar el programa desarrollado se necesita
tener instalado Python y la librería Biopython.
Este tutorial explica fácilmente cómo instalarlos.
> http://biopython.org/DIST/docs/install/Installation.html
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### Ejecutar el programa ###
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$> python conservation.py <file_sequences> <format> [ -top <percentage> ]
<file_sequences> es el fichero de entrada con todas las secuencias.
<format> es el formato en el que se encuentra el fichero input.
Se soportan varios formatos (fasta, genbank, ...). Para ver todos
los formatos soportados ejecutar el programa sin ningún parámetro.
$> python conservation.py
Para ver un detalle más explicativo de cierto formato, ejecutar:
$> python conservation.py -h <format>
El programa imprimirá por salida estándar el índice de conservación
para cada posición del alineamiento. Opcionalmente, si se quiere
guardar la salida en un fichero output, se puede redireccionar
la salida al fichero:
$> python conservation.py <file_sequences> <format> > output
El programa permite imprimir únicamente las posiciones y su valor
de conservación más sospechosas de ser mutaciones o errores de
secuenciación, es decir, tienen un valor cercano a cero, sin
tomar este valor nulo. Para ello, utilizar la opción -top e
indicar el porcentaje en un rango de 0 a 1 de posiciones más
sospechosas que se quiere obtener.
Por ejemplo, para obtener el 10%, ejecutar:
$> python conservation.py <file_sequences> <format> -top 0.1
Igualmente, se puede redireccionar a un fichero de salida:
$> python conservation.py <file_sequences> <format> -top 0.1 > output