From 92c8863e1d281c9c7af69dd35445623b521cf335 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: chstaiger Date: Tue, 2 Jul 2024 13:24:14 +0200 Subject: [PATCH 1/6] push test --- src/test.py | 0 1 file changed, 0 insertions(+), 0 deletions(-) create mode 100644 src/test.py diff --git a/src/test.py b/src/test.py new file mode 100644 index 0000000..e69de29 From 420d5f9f8935f16e5e982c1bc23158010e7cb675 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: chstaiger Date: Tue, 9 Jul 2024 12:21:04 +0200 Subject: [PATCH 2/6] "First setup to validate columns" --- data/dataE.csv | 481 +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++ data/test_data.csv | 481 +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++ src/check_data.py | 44 +++++ 3 files changed, 1006 insertions(+) create mode 100644 data/dataE.csv create mode 100644 data/test_data.csv create mode 100644 src/check_data.py diff --git a/data/dataE.csv b/data/dataE.csv new file mode 100644 index 0000000..5faf079 --- /dev/null +++ b/data/dataE.csv @@ -0,0 +1,481 @@ 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+"249","1","35",NA,NA,NA,NA,"0","4",NA,"46",NA,"S+I+","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"250","1","35",NA,NA,NA,NA,"5","4",NA,"55",NA,"S+I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"251","1","35",NA,NA,NA,NA,"9","3",NA,"44",NA,"S+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"252","1","35",NA,NA,NA,NA,"0","1",NA,"3",NA,"Control","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"253","1","35",NA,NA,NA,NA,"6","3",NA,"41",NA,"S+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"254","1","35",NA,NA,NA,NA,"5","3",NA,"40",NA,"S+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"255","1","35",NA,NA,NA,NA,"10","4",NA,"60",NA,"S+I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"256","1","35",NA,NA,NA,NA,"0","1",NA,"4",NA,"Control","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"257","1","35",NA,NA,NA,NA,"9","2",NA,"29",NA,"I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"258","1","35",NA,NA,NA,NA,"8","3",NA,"43",NA,"S+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"259","1","35",NA,NA,NA,NA,"3","3",NA,"38",NA,"S+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"260","1","35",NA,NA,NA,NA,"6","4",NA,"56",NA,"S+I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"261","1","35",NA,NA,NA,NA,"10","3",NA,"45",NA,"S+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"262","1","35",NA,NA,NA,NA,"1","3",NA,"36",NA,"S+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"263","1","35",NA,NA,NA,NA,"7","2",NA,"27",NA,"I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"264","1","35",NA,NA,NA,NA,"0","4",NA,"50",NA,"S+I+","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"265","1","35",NA,NA,NA,NA,"8","1",NA,"13",NA,"Control","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"266","1","35",NA,NA,NA,NA,"7","4",NA,"57",NA,"S+I+","Sentinel",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"267","1","35",NA,NA,NA,NA,"3","4",NA,"53",NA,"S+I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"268","1","35",NA,NA,NA,NA,"0","2",NA,"16",NA,"I+","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"269","1","35",NA,NA,NA,NA,"0","2",NA,"19",NA,"I+","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"270","1","35",NA,NA,NA,NA,"0","1",NA,"5",NA,"Control","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"271","1","35",NA,NA,NA,NA,"0","2",NA,"20",NA,"I+","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"272","1","35",NA,NA,NA,NA,"0","3",NA,"33",NA,"S+","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"273","1","35",NA,NA,NA,NA,"4","2",NA,"24",NA,"I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"274","1","35",NA,NA,NA,NA,"2","4",NA,"52",NA,"S+I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"275","1","35",NA,NA,NA,NA,"0","3",NA,"31",NA,"S+","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"276","1","35",NA,NA,NA,NA,"0","4",NA,"49",NA,"S+I+","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"277","1","35",NA,NA,NA,NA,"9","4",NA,"59",NA,"S+I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"278","1","35",NA,NA,NA,NA,"0","4",NA,"48",NA,"S+I+","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"279","1","35",NA,NA,NA,NA,"5","2",NA,"25",NA,"I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"280","1","35",NA,NA,NA,NA,"7","3",NA,"42",NA,"S+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"281","1","35",NA,NA,NA,NA,"4","4",NA,"54",NA,"S+I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"282","1","35",NA,NA,NA,NA,"0","1",NA,"2",NA,"Control","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA 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+"422","4","32",NA,NA,NA,NA,"2","14",NA,"202",NA,"I+","Sentinel",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"423","1","28",NA,NA,NA,NA,"9","1",NA,"14",NA,"Control","Sentinel",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"424","1","0",NA,NA,NA,NA,"10","2",NA,"30",NA,"I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"425","1","0",NA,NA,NA,NA,"3","1",NA,"8",NA,"Control","Sentinel",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"426","1","0",NA,NA,NA,NA,"0","2",NA,"19",NA,"I+","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"427","1","0",NA,NA,NA,NA,"7","3",NA,"42",NA,"S+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"428","1","0",NA,NA,NA,NA,"5","2",NA,"25",NA,"I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"429","1","0",NA,NA,NA,NA,"9","2",NA,"29",NA,"I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"430","1","0",NA,NA,NA,NA,"0","3",NA,"31",NA,"S+","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"431","1","0",NA,NA,NA,NA,"8","4",NA,"58",NA,"S+I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"432","1","0",NA,NA,NA,NA,"5","1",NA,"10",NA,"Control","Sentinel",NA,NA,NA,"0","",NA,NA 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+"247","3","3",NA,NA,NA,NA,"8","9",NA,"133",NA,"Control","Sentinel",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"248","4","21",NA,NA,NA,NA,"1","15",NA,"216",NA,"S+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"249","1","35",NA,NA,NA,NA,"0","4",NA,"46",NA,"S+I+","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"250","1","35",NA,NA,NA,NA,"5","4",NA,"55",NA,"S+I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"251","1","35",NA,NA,NA,NA,"9","3",NA,"44",NA,"S+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"252","1","35",NA,NA,NA,NA,"0","1",NA,"3",NA,"Control","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"253","1","35",NA,NA,NA,NA,"6","3",NA,"41",NA,"S+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"254","1","35",NA,NA,NA,NA,"5","3",NA,"40",NA,"S+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"255","1","35",NA,NA,NA,NA,"10","4",NA,"60",NA,"S+I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"256","1","35",NA,NA,NA,NA,"0","1",NA,"4",NA,"Control","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"257","1","35",NA,NA,NA,NA,"9","2",NA,"29",NA,"I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"258","1","35",NA,NA,NA,NA,"8","3",NA,"43",NA,"S+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"259","1","35",NA,NA,NA,NA,"3","3",NA,"38",NA,"S+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"260","1","35",NA,NA,NA,NA,"6","4",NA,"56",NA,"S+I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"261","1","35",NA,NA,NA,NA,"10","3",NA,"45",NA,"S+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"262","1","35",NA,NA,NA,NA,"1","3",NA,"36",NA,"S+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"263","1","35",NA,NA,NA,NA,"7","2",NA,"27",NA,"I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"264","1","35",NA,NA,NA,NA,"0","4",NA,"50",NA,"S+I+","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"265","1","35",NA,NA,NA,NA,"8","1",NA,"13",NA,"Control","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"266","1","35",NA,NA,NA,NA,"7","4",NA,"57",NA,"S+I+","Sentinel",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"267","1","35",NA,NA,NA,NA,"3","4",NA,"53",NA,"S+I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"268","1","35",NA,NA,NA,NA,"0","2",NA,"16",NA,"I+","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"269","1","35",NA,NA,NA,NA,"0","2",NA,"19",NA,"I+","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"270","1","35",NA,NA,NA,NA,"0","1",NA,"5",NA,"Control","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"271","1","35",NA,NA,NA,NA,"0","2",NA,"20",NA,"I+","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"272","1","35",NA,NA,NA,NA,"0","3",NA,"33",NA,"S+","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"273","1","35",NA,NA,NA,NA,"4","2",NA,"24",NA,"I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"274","1","35",NA,NA,NA,NA,"2","4",NA,"52",NA,"S+I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"275","1","35",NA,NA,NA,NA,"0","3",NA,"31",NA,"S+","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"276","1","35",NA,NA,NA,NA,"0","4",NA,"49",NA,"S+I+","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"277","1","35",NA,NA,NA,NA,"9","4",NA,"59",NA,"S+I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"278","1","35",NA,NA,NA,NA,"0","4",NA,"48",NA,"S+I+","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"279","1","35",NA,NA,NA,NA,"5","2",NA,"25",NA,"I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"280","1","35",NA,NA,NA,NA,"7","3",NA,"42",NA,"S+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"281","1","35",NA,NA,NA,NA,"4","4",NA,"54",NA,"S+I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"282","1","35",NA,NA,NA,NA,"0","1",NA,"2",NA,"Control","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"283","1","35",NA,NA,NA,NA,"0","2",NA,"17",NA,"I+","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"284","1","35",NA,NA,NA,NA,"0","3",NA,"32",NA,"S+","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"285","1","35",NA,NA,NA,NA,"6","2",NA,"26",NA,"I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"286","1","35",NA,NA,NA,NA,"0","2",NA,"18",NA,"I+","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"287","1","35",NA,NA,NA,NA,"10","2",NA,"30",NA,"I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"288","1","35",NA,NA,NA,NA,"8","2",NA,"28",NA,"I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"289","1","35",NA,NA,NA,NA,"2","2",NA,"22",NA,"I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"290","1","35",NA,NA,NA,NA,"8","4",NA,"58",NA,"S+I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"291","1","35",NA,NA,NA,NA,"0","4",NA,"47",NA,"S+I+","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"292","1","35",NA,NA,NA,NA,"0","3",NA,"34",NA,"S+","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA 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+"352","2","0",NA,NA,NA,NA,"2","7",NA,"97",NA,"S+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"353","2","0",NA,NA,NA,NA,"0","6",NA,"79",NA,"I+","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"354","2","0",NA,NA,NA,NA,"10","8",NA,"120",NA,"S+I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"355","2","0",NA,NA,NA,NA,"4","8",NA,"114",NA,"S+I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"356","2","0",NA,NA,NA,NA,"0","8",NA,"106",NA,"S+I+","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"357","2","0",NA,NA,NA,NA,"0","5",NA,"63",NA,"Control","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"358","2","0",NA,NA,NA,NA,"0","6",NA,"78",NA,"I+","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"359","2","15",NA,NA,NA,NA,"3","7",NA,"98",NA,"S+","Sentinel",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"360","1","26",NA,NA,NA,NA,"7","1",NA,"12",NA,"Control","Sentinel",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"361","1","26",NA,NA,NA,NA,"2","3",NA,"37",NA,"S+","Sentinel",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"362","1","22",NA,NA,NA,NA,"5","1",NA,"10",NA,"Control","Sentinel",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"363","2","30",NA,NA,NA,NA,"7","5",NA,"72",NA,"Control","Sentinel",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"364","2","30",NA,NA,NA,NA,"4","5",NA,"69",NA,"Control","Sentinel",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"365","4","35",NA,NA,NA,NA,"2","16",NA,"232",NA,"S+I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"366","4","35",NA,NA,NA,NA,"0","15",NA,"212",NA,"S+","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"367","4","35",NA,NA,NA,NA,"6","16",NA,"236",NA,"S+I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"368","4","35",NA,NA,NA,NA,"5","15",NA,"220",NA,"S+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"369","4","35",NA,NA,NA,NA,"0","16",NA,"227",NA,"S+I+","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"370","4","35",NA,NA,NA,NA,"5","13",NA,"190",NA,"Control","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"371","4","35",NA,NA,NA,NA,"0","13",NA,"184",NA,"Control","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"372","4","35",NA,NA,NA,NA,"0","15",NA,"215",NA,"S+","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"373","4","35",NA,NA,NA,NA,"0","13",NA,"185",NA,"Control","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA 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+"385","4","35",NA,NA,NA,NA,"0","14",NA,"197",NA,"I+","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"386","4","35",NA,NA,NA,NA,"6","14",NA,"206",NA,"I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"387","4","35",NA,NA,NA,NA,"1","14",NA,"201",NA,"I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"388","4","35",NA,NA,NA,NA,"0","14",NA,"199",NA,"I+","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"389","4","35",NA,NA,NA,NA,"0","15",NA,"214",NA,"S+","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"390","4","35",NA,NA,NA,NA,"8","15",NA,"223",NA,"S+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"391","4","35",NA,NA,NA,NA,"0","15",NA,"211",NA,"S+","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"392","4","35",NA,NA,NA,NA,"0","14",NA,"198",NA,"I+","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"393","4","35",NA,NA,NA,NA,"0","13",NA,"181",NA,"Control","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"394","4","35",NA,NA,NA,NA,"3","14",NA,"203",NA,"I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"395","4","35",NA,NA,NA,NA,"9","13",NA,"194",NA,"Control","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"396","4","35",NA,NA,NA,NA,"10","13",NA,"195",NA,"Control","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"397","4","35",NA,NA,NA,NA,"2","13",NA,"187",NA,"Control","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"398","4","35",NA,NA,NA,NA,"10","16",NA,"240",NA,"S+I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"399","4","35",NA,NA,NA,NA,"4","13",NA,"189",NA,"Control","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"400","4","35",NA,NA,NA,NA,"0","16",NA,"229",NA,"S+I+","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"401","4","35",NA,NA,NA,NA,"2","15",NA,"217",NA,"S+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"402","4","35",NA,NA,NA,NA,"7","14",NA,"207",NA,"I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"403","4","35",NA,NA,NA,NA,"7","15",NA,"222",NA,"S+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"404","4","35",NA,NA,NA,NA,"10","14",NA,"210",NA,"I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"405","4","35",NA,NA,NA,NA,"3","15",NA,"218",NA,"S+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"406","4","35",NA,NA,NA,NA,"0","15",NA,"213",NA,"S+","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"407","4","35",NA,NA,NA,NA,"4","14",NA,"204",NA,"I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"408","4","35",NA,NA,NA,NA,"3","13",NA,"188",NA,"Control","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"409","4","35",NA,NA,NA,NA,"1","16",NA,"231",NA,"S+I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"410","4","35",NA,NA,NA,NA,"8","13",NA,"193",NA,"Control","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"411","4","35",NA,NA,NA,NA,"0","14",NA,"200",NA,"I+","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"412","4","35",NA,NA,NA,NA,"0","16",NA,"226",NA,"S+I+","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"413","4","35",NA,NA,NA,NA,"8","14",NA,"208",NA,"I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"414","4","35",NA,NA,NA,NA,"5","16",NA,"235",NA,"S+I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"415","4","35",NA,NA,NA,NA,"4","16",NA,"234",NA,"S+I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"416","4","35",NA,NA,NA,NA,"9","14",NA,"209",NA,"I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"417","4","35",NA,NA,NA,NA,"4","15",NA,"219",NA,"S+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"418","4","35",NA,NA,NA,NA,"3","16",NA,"233",NA,"S+I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"419","4","35",NA,NA,NA,NA,"9","15",NA,"224",NA,"S+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"420","4","35",NA,NA,NA,NA,"6","15",NA,"221",NA,"S+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"421","4","35",NA,NA,NA,NA,"7","13",NA,"192",NA,"Control","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"422","4","32",NA,NA,NA,NA,"2","14",NA,"202",NA,"I+","Sentinel",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"423","1","28",NA,NA,NA,NA,"9","1",NA,"14",NA,"Control","Sentinel",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"424","1","0",NA,NA,NA,NA,"10","2",NA,"30",NA,"I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"425","1","0",NA,NA,NA,NA,"3","1",NA,"8",NA,"Control","Sentinel",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"426","1","0",NA,NA,NA,NA,"0","2",NA,"19",NA,"I+","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"427","1","0",NA,NA,NA,NA,"7","3",NA,"42",NA,"S+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"428","1","0",NA,NA,NA,NA,"5","2",NA,"25",NA,"I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"429","1","0",NA,NA,NA,NA,"9","2",NA,"29",NA,"I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"430","1","0",NA,NA,NA,NA,"0","3",NA,"31",NA,"S+","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"431","1","0",NA,NA,NA,NA,"8","4",NA,"58",NA,"S+I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"432","1","0",NA,NA,NA,NA,"5","1",NA,"10",NA,"Control","Sentinel",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"433","1","0",NA,NA,NA,NA,"0","1",NA,"1",NA,"Control","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"434","1","0",NA,NA,NA,NA,"3","2",NA,"23",NA,"I+","Sentinel",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"435","1","0",NA,NA,NA,NA,"9","4",NA,"59",NA,"S+I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"436","1","0",NA,NA,NA,NA,"5","4",NA,"55",NA,"S+I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"437","1","0",NA,NA,NA,NA,"8","1",NA,"13",NA,"Control","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"438","1","0",NA,NA,NA,NA,"4","2",NA,"24",NA,"I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"439","1","0",NA,NA,NA,NA,"2","1",NA,"7",NA,"Control","Sentinel",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"440","1","0",NA,NA,NA,NA,"8","3",NA,"43",NA,"S+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"441","1","0",NA,NA,NA,NA,"0","4",NA,"47",NA,"S+I+","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"442","1","0",NA,NA,NA,NA,"0","2",NA,"18",NA,"I+","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"443","1","0",NA,NA,NA,NA,"2","3",NA,"37",NA,"S+","Sentinel",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"444","1","0",NA,NA,NA,NA,"10","1",NA,"15",NA,"Control","Sentinel",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"445","1","0",NA,NA,NA,NA,"1","3",NA,"36",NA,"S+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"446","1","0",NA,NA,NA,NA,"6","2",NA,"26",NA,"I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"447","1","0",NA,NA,NA,NA,"2","4",NA,"52",NA,"S+I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"448","1","0",NA,NA,NA,NA,"0","4",NA,"48",NA,"S+I+","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"449","1","0",NA,NA,NA,NA,"0","1",NA,"2",NA,"Control","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"450","1","0",NA,NA,NA,NA,"2","2",NA,"22",NA,"I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"451","1","0",NA,NA,NA,NA,"4","3",NA,"39",NA,"S+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"452","1","0",NA,NA,NA,NA,"4","4",NA,"54",NA,"S+I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"453","1","0",NA,NA,NA,NA,"1","1",NA,"6",NA,"Control","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"454","1","0",NA,NA,NA,NA,"1","4",NA,"51",NA,"S+I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"455","1","0",NA,NA,NA,NA,"10","4",NA,"60",NA,"S+I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"456","1","0",NA,NA,NA,NA,"6","4",NA,"56",NA,"S+I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"457","1","0",NA,NA,NA,NA,"9","3",NA,"44",NA,"S+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"458","1","0",NA,NA,NA,NA,"0","1",NA,"4",NA,"Control","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"459","1","0",NA,NA,NA,NA,"0","3",NA,"32",NA,"S+","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"460","1","0",NA,NA,NA,NA,"0","4",NA,"49",NA,"S+I+","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"461","1","0",NA,NA,NA,NA,"5","3",NA,"40",NA,"S+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"462","1","0",NA,NA,NA,NA,"1","2",NA,"21",NA,"I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"463","1","0",NA,NA,NA,NA,"7","1",NA,"12",NA,"Control","Sentinel",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"464","1","0",NA,NA,NA,NA,"3","4",NA,"53",NA,"S+I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"465","1","0",NA,NA,NA,NA,"0","1",NA,"3",NA,"Control","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"466","1","0",NA,NA,NA,NA,"0","4",NA,"46",NA,"S+I+","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"467","1","0",NA,NA,NA,NA,"9","1",NA,"14",NA,"Control","Sentinel",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"468","1","0",NA,NA,NA,NA,"4","1",NA,"9",NA,"Control","Sentinel",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"469","1","0",NA,NA,NA,NA,"7","2",NA,"27",NA,"I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"470","1","0",NA,NA,NA,NA,"0","2",NA,"16",NA,"I+","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"471","1","0",NA,NA,NA,NA,"6","1",NA,"11",NA,"Control","Sentinel",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"472","1","0",NA,NA,NA,NA,"6","3",NA,"41",NA,"S+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"473","1","0",NA,NA,NA,NA,"3","3",NA,"38",NA,"S+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"474","1","0",NA,NA,NA,NA,"0","2",NA,"17",NA,"I+","Inoculated",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"475","1","0",NA,NA,NA,NA,"8","2",NA,"28",NA,"I+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"476","1","0",NA,NA,NA,NA,"10","3",NA,"45",NA,"S+","S",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"477","1","0",NA,NA,NA,NA,"7","4",NA,"57",NA,"S+I+","Sentinel",NA,NA,NA,"0","",NA,NA +"478","1","15",NA,NA,NA,NA,"3","1",NA,"8",NA,"Control","Sentinel",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"479","1","15",NA,NA,NA,NA,"2","1",NA,"7",NA,"Control","Sentinel",NA,NA,NA,"1","",NA,NA +"480","1","15",NA,NA,NA,NA,"10","1",NA,"15",NA,"Control","Sentinel",NA,NA,NA,"1","",NA,NA diff --git a/src/check_data.py b/src/check_data.py new file mode 100644 index 0000000..972861f --- /dev/null +++ b/src/check_data.py @@ -0,0 +1,44 @@ +import toml +import pandas as pd +from pathlib import Path + + +def read_toml(path: Path) -> dict: + return toml.load(path) + +def read_csv(path: Path) -> pd.DataFrame: + return pd.read_csv(Path) + +def flatten_list_of_dicts(key: str, val: str, data: list) -> dict: + return {item[key]: item[val] for item in data} + +def verify_col_by_section(section: str, df: pd.DataFrame, validation: dict): + if not section in validation: + print(f"{section} not present in validation toml file") + return + + name_to_type = flatten_lists_of_dicts('name', 'type', validation[section]['columns']) + + undefined = [] + + for name in name_to_type: + if name not in df.columns: + undefined.append((name, None, None)) + else: + if str(df[name].dtype) != name_to_type[name]: + undefined.append((name, str(df[name].dtype), name_to_type[name])) + + return undefined + +df = pd.read_csv("data/dataE.csv") +validation = toml.load("data/metadata_test/_validation_schema.toml") + +for section in validation: + undefined = verify_col_by_section(section, df, validation) + print(f"Result for section {section}") + for col, act_type, exp_type in undefined: + if act_type is None: + print(f"Undefined column: {col}") + else: + print(f"{col} expected type {exp_type} but found {act_type}.") + From d2bfde306315f60fcd0be258ee5a5e7df54168df Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: chstaiger Date: Thu, 11 Jul 2024 09:42:59 +0200 Subject: [PATCH 3/6] Fix bug --- src/check_data.py | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/src/check_data.py b/src/check_data.py index 972861f..d16fc09 100644 --- a/src/check_data.py +++ b/src/check_data.py @@ -17,7 +17,7 @@ def verify_col_by_section(section: str, df: pd.DataFrame, validation: dict): print(f"{section} not present in validation toml file") return - name_to_type = flatten_lists_of_dicts('name', 'type', validation[section]['columns']) + name_to_type = flatten_list_of_dicts('name', 'type', validation[section]['columns']) undefined = [] From 605c08a3010af9b042fdb19e9f8db45eb7230151 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: chstaiger Date: Fri, 12 Jul 2024 11:13:27 +0200 Subject: [PATCH 4/6] Check for duplicates in ID columns --- data/metadata_test/_validation_schema.toml | 9 ++-- src/check_data.py | 56 ++++++++++++++++++++-- 2 files changed, 58 insertions(+), 7 deletions(-) diff --git a/data/metadata_test/_validation_schema.toml b/data/metadata_test/_validation_schema.toml index e26fa77..ff2568a 100644 --- a/data/metadata_test/_validation_schema.toml +++ b/data/metadata_test/_validation_schema.toml @@ -2,8 +2,9 @@ [[hosts.columns]] name = "host_id" -type = "string" +type = ["string", "int64"] format = "AA0_00000" +unique = true [[hosts.columns]] name = "host_groupNumber" @@ -35,7 +36,7 @@ type = "string" [[events.columns]] name = "host_id" -type = "string" +type = ["string", "int64"] format = "AA0_00000" [[events.columns]] @@ -97,7 +98,7 @@ type = "string" [[environment.columns]] name = "host_id" -type = "string" +type = ["string", "int64"] format = "AA0_00000" [[environment.columns]] @@ -118,4 +119,4 @@ values = ["1","2","3"] [[environment.columns]] name = "environment_id" type = "string" -format = "A0_A0" \ No newline at end of file +format = "A0_A0" diff --git a/src/check_data.py b/src/check_data.py index d16fc09..cdcfc07 100644 --- a/src/check_data.py +++ b/src/check_data.py @@ -10,7 +10,38 @@ def read_csv(path: Path) -> pd.DataFrame: return pd.read_csv(Path) def flatten_list_of_dicts(key: str, val: str, data: list) -> dict: - return {item[key]: item[val] for item in data} + """Combines the values of two different dictionary keys into a new dictionary. + + Given a list of dictionaries, retrieve the values behind key in one dictionary and + behind value in another dictionary and return them as new dictionary. + Example: + + data = [{'name': 'host_id', + 'type': ['string', 'int64'], + 'format': 'AA0_00000', + 'unique': True}, + {'name': 'host_groupNumber', 'type': 'integer'}, + {'name': 'host_sex', 'type': 'string', 'format': 'A', 'values': ['M', 'F']}, + {'name': 'host_age', 'type': 'integer'}, + {'name': 'host_death', 'type': 'integer'}, + {'name': 'host_species', 'type': 'string'}, + {'name': 'host_breed', 'type': 'string'}] + + key = "name" + val = "type" + + Result: + + {'host_id': ['string', 'int64'], + 'host_groupNumber': 'integer', + 'host_sex': 'string', + 'host_age': 'integer', + 'host_death': 'integer', + 'host_species': 'string', + 'host_breed': 'string'} + """ + + return {item[key]: item[val] for item in data if key in item and val in item} def verify_col_by_section(section: str, df: pd.DataFrame, validation: dict): if not section in validation: @@ -25,20 +56,39 @@ def verify_col_by_section(section: str, df: pd.DataFrame, validation: dict): if name not in df.columns: undefined.append((name, None, None)) else: - if str(df[name].dtype) != name_to_type[name]: + if not str(df[name].dtype) in list(name_to_type[name]): undefined.append((name, str(df[name].dtype), name_to_type[name])) return undefined +def duplicates(column_name: str, df: pd.DataFrame) -> pd.DataFrame: + return df[df[[column_name]].duplicated()][column_name] + + + +# read data and validation metadata df = pd.read_csv("data/dataE.csv") validation = toml.load("data/metadata_test/_validation_schema.toml") + +# check if all columns are in the dataframe(s) and if their type is correct for section in validation: undefined = verify_col_by_section(section, df, validation) print(f"Result for section {section}") for col, act_type, exp_type in undefined: if act_type is None: - print(f"Undefined column: {col}") + print(f"Missing column: {col}") else: print(f"{col} expected type {exp_type} but found {act_type}.") + +# check if all values in columns labeled with unique=true +name_to_unique = {} +for section in validation: + name_to_unique.update(flatten_list_of_dicts('name', 'unique', validation[section]['columns'])) + +for col in df.columns: + if col in name_to_unique and name_to_unique[col] == True: + dupes = duplicates(col, df) + if len(dupes) > 0: + print(f"{col} contains {len(dupes)} duplicate entries.") From 200f234f2fb1496f195cc1fa515411c114134076 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: chstaiger Date: Thu, 18 Jul 2024 15:42:59 +0200 Subject: [PATCH 5/6] Firts steps --- src/check_data.py | 42 ++++++++++++++++++++++++++++++++++++------ 1 file changed, 36 insertions(+), 6 deletions(-) diff --git a/src/check_data.py b/src/check_data.py index cdcfc07..dd9f177 100644 --- a/src/check_data.py +++ b/src/check_data.py @@ -64,13 +64,43 @@ def verify_col_by_section(section: str, df: pd.DataFrame, validation: dict): def duplicates(column_name: str, df: pd.DataFrame) -> pd.DataFrame: return df[df[[column_name]].duplicated()][column_name] - - -# read data and validation metadata +def read_data_from_loc(folder: Path) -> list: + """ + The data validation expects three csv files in folder: + ├── data + │ ├── environment.csv + │ ├── events.csv + │ └──hosts.csv + + The function checks of the three files are there and returns each as a + pandas dataframe. + + """ + if not folder.is_dir(): + print(f"{folder} does not exist.") + return + files = [x for x in folder.glob('**/*') if x.is_file()] + data_parts = [] + for data_file in ["environment.csv", "events.csv", "hosts.csv"]: + try: + data_parts.append(pd.read_csv(folder.joinpath(data_file))) + except FileNotFoundError: + print(f"{folder.joinpath(data_file)} does not exist.") + return + + + +# TODO: Goes into a commandline client +# Step 1: Read in the validation.toml +val_path = Path("data/metadata_test/_validation_schema.toml") # param for client +validation = toml.load(val_path) + +# Step 2: read in the data folder and assert that all three csv files are there. +data_path = Path("data") # param for client +data_frames = read_data_from_loc(data_path) + +# Test functionality df = pd.read_csv("data/dataE.csv") -validation = toml.load("data/metadata_test/_validation_schema.toml") - - # check if all columns are in the dataframe(s) and if their type is correct for section in validation: undefined = verify_col_by_section(section, df, validation) From d23a78c6308b3b5455772513113fa88d6c837c2e Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: chstaiger Date: Thu, 25 Jul 2024 10:24:23 +0200 Subject: [PATCH 6/6] update print statement --- src/check_data.py | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/src/check_data.py b/src/check_data.py index dd9f177..351bba3 100644 --- a/src/check_data.py +++ b/src/check_data.py @@ -121,4 +121,4 @@ def read_data_from_loc(folder: Path) -> list: if col in name_to_unique and name_to_unique[col] == True: dupes = duplicates(col, df) if len(dupes) > 0: - print(f"{col} contains {len(dupes)} duplicate entries.") + print(f"{col} contains {len(dupes)} duplicate entries!")