NGS基礎.md

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cd /home/iu/ngsbasics
ls

IGVの起動

igv.sh

BAMファイルのインデックス作成

ls
samtools sort SRR504515.bam -o SRR504515_sorted.bam
ls
samtools index SRR504515_sorted.bam
ls

FastQC

fastqc -h
ls
fastqc  SRR504515_R1.fastq
cd  SRR504515_R1_fastqc/
firefox fastqc_report.html
cd　../

マッピング率の確認

samtools view -b -F 256 SRR504515.bam > SRR504515_uniq.bam
samtools index SRR504515_uniq.bam
samtools idxstats SRR504515_uniq.bam > SRR504515_idxstats.txt

新しいソフトウェアの導入

ls Trimmomatic-0.36.zip
unzip Trimmomatic-0.36.zip
cd Trimmomatic-0.36
ls -l
cd ../
java -jar Trimmomatic-0.36/trimmomatic-0.36.jar