Ao utilizar a autenticação com certificado, você estará reproduzindo o fluxo de acesso pelo app.
Após instalar a biblioteca, utilize o comando pynubank no terminal para iniciar o processo de geração de certificados: arquivo cert.p12.
Insira as suas credentials que você receberá um email do Nubank com o código de acesso e será gerado um certificado (Que você deve manter em um lugar seguro)
Com o certificado gerado, é possível fazer o login sem interação humana (Ideal para scripts)
Se executado com sucesso, será gerado um arquivo cert.p12 mantenha ele em lugar seguro. Esse certificado será utilizado pela lib para se comunicar com o servidor do Nubank.
from pynubank import Nubank
nu = Nubank()
nu.authenticate_with_cert('123456789', 'senha', 'caminho/do_certificado.p12')
print(nu.get_account_balance())