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from __future__ import division
from collections import Counter
import math
import sys
import numpy as np
from scipy import stats
# Data es un dataframe que tiene que contener una columna class.
# La cual el arbol intenta predecir.
# podria pensar en relajar esto y simplemente indicar cual es la variable
#a predecir.
class Node:
"""Represents the internal and final nodes of a decision tree"""
def __init__(self, level=1, max_depth=8, min_samples_split=10):
"""
data (DataFrame): Each row represents an object, each column represents
a feature. Must contain a column named 'class'
level (int): The deepness level of the node
max_depth (int): Max depth that the nodes can be splitted
min_samples_split (int): Minimum number of tuples necesary for splitting
"""
# Atributos particulares del nodo
self.is_leaf = False
self.clase = ''
self.feat_name = ""
self.feat_value = None
self.left = None
self.right = None
self.is_left = False
self.is_right = False
self.level = level
# Atributos generales del arbol
self.max_depth = max_depth
self.min_samples_split = min_samples_split
def get_class_distribution(self, y):
"""Produces a dictionary with the amount of tuples of each class
"""
dist = {}
for label in y:
if label in dist.keys():
dist[label] += 1
else:
dist[label] = 1
return dist
def fit(self, data, y):
self.data = data
self.y = np.array(y)
# self.entropia = self.entropy(data.groupby('class').size().to_dict())
self.entropia = self.entropy(self.get_class_distribution(y))
self.n_rows = len(y)
# Si es necesario particionar el nodo, llamo a split para hacerlo
if self.check_leaf_condition():
self.split()
if self.feat_name != '':
print '\n'
print 'Feature elegida: ' + self.feat_name
print 'Pivote elegido: ' + str(self.feat_value)
# menores = self.get_menores(self.feat_name, self.feat_value)
# mayores = self.get_mayores(self.feat_name, self.feat_value)
# self.add_right(mayores)
# self.add_left(menores)
menores_X, menores_y = self.get_menores(self.feat_name, self.feat_value)
mayores_X, mayores_y = self.get_mayores(self.feat_name, self.feat_value)
self.add_left(menores_X, menores_y)
self.add_right(mayores_X, mayores_y)
else:
self.set_leaf()
# De lo contrario llamo a set_leaf para transformarlo en hoja
else:
self.set_leaf()
# Busca el mejor corte posible para el nodo
def split(self):
# Inicializo la ganancia de info en el peor nivel posible
max_gain = 0
#Obtengo los nombres de las features a probar
filterfeatures = self.filterfeatures()
print '\n ################ \n'
print 'Profundidad del nodo: ' + str(self.level)
print 'Numero de tuplas en nodo: ' + str(self.n_rows)
print '\n ################ \n'
for feature in filterfeatures:
sys.stdout.write("\r\x1b[K" + 'Evaluando feature: ' + feature)
sys.stdout.flush()
# # Ordeno el frame segun la feature indicada
# data_por_media = self.data.sort(feature, inplace=False)
# #Transformo la informacion relevante de esta feature a listas
# mean_list = data_por_media[feature].tolist()
# class_list = data_por_media['class'].tolist()
# Ordeno los datos segun la feature que se esta probando
sort_index = np.argsort(self.data[feature].tolist())
mean_list = self.data[feature].iloc[sort_index].tolist()
class_list = self.y[sort_index]
unique_means = list(set(mean_list))
unique_means.sort()
# Creo diccionarios para guardar la masa de los estrictos menores y estrictos mayores,
# y asi no calcularla continuamente.
# Los menores parten vacios y los mayores parten con toda la masa
clases = list(set(class_list))
menores = {c: 0.0 for c in clases}
mayores = dict(Counter(class_list))
index = 0
old_index = 0
# Me muevo a traves de los posibles pivotes.
if len(unique_means) > 1:
for pivote in unique_means:
index = self.update_index(pivote, index, mean_list)
for i in xrange(old_index, index):
menores[class_list[i]] += 1
mayores[class_list[i]] -= 1
old_index = index
# Calculo la ganancia de informacion para esta variable
pivot_gain = self.gain(menores, mayores)
if pivot_gain > max_gain:
max_gain = pivot_gain
self.feat_value = pivote
self.feat_name = feature
def update_index(self, pivote, index, mean_list):
while mean_list[index] < pivote:
index += 1
return index
def get_menores(self, feature, pivote):
aux = np.array(self.data[feature] < pivote)
return self.data[aux], self.y[aux]
def get_mayores(self, feature, pivote):
aux = np.array(self.data[feature] >= pivote)
return self.data[aux], self.y[aux]
# Retorna las features a considerar en un nodo para hacer la particion
def filterfeatures(self):
filter_arr = []
for f in self.data.columns:
if (not '_comp' in f and not '.l' in f and not '.r' in f and not '.std' in f and
f != 'weight' and f != 'class'):
filter_arr.append(f)
return filter_arr
# determina se es necesario hacer un split de los datos
def check_leaf_condition(self):
featuresfaltantes = self.filterfeatures()
if len(np.unique(self.y)) == 1 or len(featuresfaltantes) == 0:
return False
elif self.level >= self.max_depth:
return False
elif self.n_rows < self.min_samples_split:
return False
else:
return True
# retorna una lista con los todos los threshold a evaluar para buscar la mejor separacion
def get_pivotes(self, feature, calidad='exact'):
if calidad == 'exact':
return feature[1:].unique()
elif calidad == 'aprox':
minimo = feature.min()
maximo = feature.max()
step = maximo - minimo / 100
pivotes = []
for i in xrange(100):
pivotes.append(minimo + step * i)
return pivotes
# Convierte el nodo en hoja. Colocando la clase mas probable como resultado
def set_leaf(self):
self.is_leaf = True
self.clase = stats.mode(self.y)[0][0]
self.data = None
def add_left(self, left_data, y):
self.left = self.__class__(self.level + 1, self.max_depth, self.min_samples_split)
self.left.fit(left_data, y)
self.left.is_left = True
self.data = None
def add_right(self, right_data, y):
self.right = self.__class__(self.level + 1, self.max_depth, self.min_samples_split)
self.right.fit(right_data, y)
self.right.is_right = True
self.data = None
def predict(self, tupla, confianza=1):
if self.is_leaf:
return self.clase, confianza
else:
if tupla[self.feat_name] < self.feat_value:
return self.left.predict(tupla)
else:
return self.right.predict(tupla)
def show(self, linea=""):
if self.is_leaf:
print linea + '|---- ' + str(self.clase)
elif self.is_left:
self.right.show(linea + '| ')
print linea + '|- ' + self.feat_name + ' ' + '(' + ("%.2f" % self.feat_value) + ')'
self.left.show(linea + ' ')
elif self.is_right:
self.right.show(linea + ' ')
print linea + '|- ' + self.feat_name + ' ' + '(' + ("%.2f" % self.feat_value) + ')'
self.left.show(linea + '| ')
# Es el nodo raiz
else:
self.right.show(linea + ' ')
print linea + '|- ' + self.feat_name + ' ' + '(' + ("%.2f" % self.feat_value) + ')'
self.left.show(linea + ' ')
# Retorna la ganancia de dividir los datos en menores y mayores.
def gain(self, menores, mayores):
gain = (self.entropia - (sum(menores.values()) * self.entropy(menores) +
sum(mayores.values()) * self.entropy(mayores)) / self.n_rows)
return gain
def entropy(self, data):
"""Retorna la entropia de un grupo de datos.
data: diccionario donde las llaves son nombres de clases y los valores
sumas (o conteos) de valores.
"""
total = sum(data.values())
entropia = 0
for clase in data.keys():
if data[clase] != 0:
entropia -= (float(data[clase]) / total) * np.log2(float(data[clase]) / total)
return entropia