WINKLER_to_PPOX_ADJ.R

WINKLER_to_PPOX_ADJ <- function ( PRES_DOXY, PPOX_DOXY, WMO ){
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# This routine is dedicated to estimate the PPOX_ADJ 
#
# COMPARING PPOX estimated form the float to 
# PPOX with a winkler titration at the deployment 
# C. Schmechtig January 2018
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# Read the Deployment file
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file_in_deployment="/home/schmechtig/TRAITEMENT_FLOTTEUR/ANTOINE/DATA_MANAGEMENT/DEPLOYMENT/deployment.txt"

deployment=read.table(file_in_deployment,header=TRUE,comment="#",sep="\t",colClasses = "character")

file_in_bottle <- deployment$FILE[which(deployment$WMO==WMO)]

cruise <- deployment$CRUISE[which(deployment$WMO==WMO)]

station <- deployment$STATION[which(deployment$WMO==WMO)]

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# Read Bottle File
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WINKLER=read_deployment_bottle(file_in_bottle,station,cruise)

#### Transform Winkler in PPOX 

PPOX_WINKLER=DOXY_to_PPOX( WINKLER$PRES , WINKLER$TEMP , WINKLER$PSAL, WINKLER$DOXY)

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# Interpolation of PPOX FLOAT profiles on Winkler Pressure
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# We interpolate PPOX FLOAT profile to estimate PPOX at Winkler level
FLOAT_PPOX <- approx(PRES_DOXY, PPOX_DOXY, WINKLER$PRES, rule=2)$y

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# Linear Regression between FLOAT_PPOX and WINKLER_PPOX avec Intercept = 0 
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fit<-lm(PPOX_WINKLER~0 +FLOAT_PPOX)

SLOPE_PPOX=fit[1]

return(SLOPE_PPOX)

}