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3DQA101_3DQB105.foldalign.txt
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3DQA101_3DQB105.foldalign.txt
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; FOLDALIGN v2.5.1
; REFERENCE D. Sundfeld, J.H. Havgaard, A.C. de Melo, and J. Gorodkin
; REFERENCE Foldalign 2.5: multithreaded implementation for pairwise
; REFERENCE structural RNA alignment.
; REFERENCE Bioinformatics 2016, 32(8):1238-1240,
; REFERENCE doi: 10.1093/bioinformatics/btv748
; ALIGNMENT_ID n.a.
; ALIGNING 3DQA101|HLA-DQA1-01 against 3DQB105|HLA-DQB1*05
; PARAMETER max_length=208
; PARAMETER max_diff=25
; PARAMETER min_loop=3
; PARAMETER score_matrix=<default_local>
; PARAMETER nobranching=<false>
; PARAMETER global=<false>
; PARAMETER use_global_pruning=<false>
; PARAMETER i=1
; PARAMETER j=185
; PARAMETER k=1
; PARAMETER l=208
; PARAMETER no_prune=<false>
; PARAMETER min_LS_score=0
; SEQUENCE_LENGTH 3DQA101|HLA-DQA1-01 = 185
; SEQUENCE_LENGTH 3DQB105|HLA-DQB1*05 = 208
; GC_CONTENT_SEQ_1 0.46
; GC_CONTENT_SEQ_2 0.55
; SEQUENCE_1_COMMENT
; SEQUENCE_2_COMMENT
; ALIGN
; ALIGN Score: 201
; ALIGN Identity: 53 % ( 9 / 17 )
; ALIGN
; ALIGN 3DQA101|HLA-D Begin 58
; ALIGN 3DQB105|HLA-D Begin 77
; ALIGN
; ALIGN 3DQA101|HLA-D UGCUACAUGA CCUAGCA
; ALIGN Structure (((((..... ..)))))
; ALIGN 3DQB105|HLA-D AGCUGCCUGU GUCAGCU
; ALIGN
; ALIGN 3DQA101|HLA-D End 74
; ALIGN 3DQB105|HLA-D End 93
; ==============================================================================
; TYPE RNA
; COL 1 label
; COL 2 residue
; COL 3 seqpos
; COL 4 alignpos
; COL 5 align_bp
; COL 6 seqpos_bp
; ENTRY 3DQA101|HLA-DQA1-01
; ALIGNMENT_ID n.a.
; ALIGNMENT_LIST 3DQA101|HLA-DQA1-01 3DQB105|HLA-DQB1*05
; FOLDALIGN_SCORE 201
; GROUP 1
; FILENAME ../3DQA101/3DQA101.fasta
; START_POSITION 58
; END_POSITION 74
; ALIGNMENT_SIZE 2
; ALIGNMENT_LENGTH 17
; SEQUENCE_LENGTH 185
; SEQUENCE_GC_CONTENT 0.46
; PARAMETER max_length=208
; PARAMETER max_diff=25
; PARAMETER min_loop=3
; PARAMETER score_matrix=<default_local>
; PARAMETER nobranching=<false>
; PARAMETER global=<false>
; PARAMETER use_global_pruning=<false>
; PARAMETER i=1
; PARAMETER j=185
; PARAMETER k=1
; PARAMETER l=208
; PARAMETER no_prune=<false>
; PARAMETER min_LS_score=0
; ------------------------------------------------------------------------------
N U 58 1 17 74
N G 59 2 16 73
N C 60 3 15 72
N U 61 4 14 71
N A 62 5 13 70
N C 63 6 . .
N A 64 7 . .
N U 65 8 . .
N G 66 9 . .
N A 67 10 . .
N C 68 11 . .
N C 69 12 . .
N U 70 13 5 62
N A 71 14 4 61
N G 72 15 3 60
N C 73 16 2 59
N A 74 17 1 58
; ******************************************************************************
; TYPE RNA
; COL 1 label
; COL 2 residue
; COL 3 seqpos
; COL 4 alignpos
; COL 5 align_bp
; COL 6 seqpos_bp
; ENTRY 3DQB105|HLA-DQB1*05
; ALIGNMENT_ID n.a.
; ALIGNMENT_LIST 3DQA101|HLA-DQA1-01 3DQB105|HLA-DQB1*05
; FOLDALIGN_SCORE 201
; GROUP 2
; FILENAME ../3DQB105/3DQB105.fasta
; START_POSITION 77
; END_POSITION 93
; ALIGNMENT_SIZE 2
; ALIGNMENT_LENGTH 17
; SEQUENCE_LENGTH 208
; SEQUENCE_GC_CONTENT 0.55
; PARAMETER max_length=208
; PARAMETER max_diff=25
; PARAMETER min_loop=3
; PARAMETER score_matrix=<default_local>
; PARAMETER nobranching=<false>
; PARAMETER global=<false>
; PARAMETER use_global_pruning=<false>
; PARAMETER i=1
; PARAMETER j=185
; PARAMETER k=1
; PARAMETER l=208
; PARAMETER no_prune=<false>
; PARAMETER min_LS_score=0
; ------------------------------------------------------------------------------
N A 77 1 17 93
N G 78 2 16 92
N C 79 3 15 91
N U 80 4 14 90
N G 81 5 13 89
N C 82 6 . .
N C 83 7 . .
N U 84 8 . .
N G 85 9 . .
N U 86 10 . .
N G 87 11 . .
N U 88 12 . .
N C 89 13 5 81
N A 90 14 4 80
N G 91 15 3 79
N C 92 16 2 78
N U 93 17 1 77
; ******************************************************************************