paramgroups.json

[
    {
        "name": "Required",
        "description": "Required Parameters",
        "hidden": false,
        "parameters": [
            "sample.name",
            "n.threads",
            "reference",
            "BAM.provided",
            "RUN.AA",
            "run.AC"
        ]
    },
    {
        "name": "BAM INPUT",
        "description": "BAM parameter group",
        "hidden": true,
        "parameters": [
            "bam.file"
        ]
    },
    {
        "name": "FASTQ INPUT",
        "description": "FASTQ parameter group",
        "hidden": true,
        "parameters": [
            "fastq.r1",
            "fastq.r2"
        ]
    },
    {
        "name": "OPTIONAL PARAMETERS",
        "description": "Some optional parameters",
        "hidden": true,
        "parameters": [
            "ploidy",
            "purity",
            "cnvkit.segmentation",
            "cnv.bed"
        ]
    }
]