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#!/usr/bin/env python
# coding: utf-8
from funcoes import split_sequence, divisao_dados_temporais, normalizar_serie, desnormalizar
import matplotlib.pyplot as plt
import pandas as pd
import numpy as np
import argparse
import random
import cmath
import time
import sys
np.random.seed(3)
plt.rcParams['figure.figsize'] = (12.0, 9.0) # set default size of plots
### Modelo para regressao com backpropagation
def layer_sizes2(X, Y, n_h=4):
"""
Argumentos:
X -- shape do input (quantidade de features, quantidade de exemplos)
Y -- shape do target (1, quantidade de exemplos)
"""
n_x = X.shape[0]
n_y = Y.shape[0]
return (n_x, n_h, n_y)
def initialize_parameters2(n_x, n_h, n_y):
"""
Argument:
n_x -- tamanho da camada de entrada
n_h -- tamanho da camada escondida
n_y -- tamanho da camada de saída
Retorna:
params -- dicionário com os parâmetros (pesos) iniciais do modelo:
W1 -- weight matrix of shape (n_h, n_x)
b1 -- bias vector of shape (n_h, 1)
W2 -- weight matrix of shape (n_y, n_h)
b2 -- bias vector of shape (n_y, 1)
"""
W1 = np.random.uniform(low = -1/np.sqrt(n_h), high = 1/np.sqrt(n_h), size = (n_h, n_x))
#W1 = np.random.uniform(low = -1/np.sqrt(n_h), high = 1/np.sqrt(n_h), size = (n_h, n_x)) * 0.01
#b1 = np.zeros((n_h, 1))
b1 = np.random.uniform(low = -1/np.sqrt(n_h), high = 1/np.sqrt(n_h),size = (n_h, 1))
W2 = np.random.uniform(low = -1/np.sqrt(n_y), high = 1/np.sqrt(n_y),size = (n_y, n_h))
#b2 = np.zeros((n_y, 1))
b2 = np.random.uniform(low = -1/np.sqrt(n_y), high = 1/np.sqrt(n_y),size = (n_y, 1))
assert (W1.shape == (n_h, n_x))
assert (b1.shape == (n_h, 1))
assert (W2.shape == (n_y, n_h))
assert (b2.shape == (n_y, 1))
parameters = {"W1": W1,
"b1": b1,
"W2": W2,
"b2": b2}
return parameters
def forward_propagation2(X, parameters):
"""
Argumentos:
X -- input de tamanho (n_x, m)
parametros -- python dicionário contendo os parâmetros (saída da funcao de inicializacao dos parametros)
Retorna:
A2 -- A saída da funcao sigmoidal ou tangente hiberbólica ou relu
cache -- dicionário contendo "Z1", "A1", "Z2" e "A2"
"""
# Recupere cada parâmetro do dicionário parameters
W1 = parameters['W1']
b1 = parameters['b1']
W2 = parameters['W2']
b2 = parameters['b2']
# Implementando a Forward Propagation para calcular A1 tanh e A2 linear
Z1 = np.dot(W1,X) + b1
A1 = Z1 # linear
Z2 = np.dot(W2, A1) + b2
A2 = 1.7159*np.tanh(2/3 * Z2)
assert(A2.shape == (1, X.shape[1]))
cache = {"Z1": Z1,
"A1": A1,
"Z2": Z2,
"A2": A2}
return A2, cache
def compute_cost2(A2, Y, parameters):
"""
Computa o custo dado os argumentos
Arguments:
A2 -- Saída linear da segunda ativacao de shape (1, qtd de exemplos)
Y -- Valor verdadeiro do rótulo de shape (1, qtd de exemplos)
parameters -- dicionário contendo os parâmetros W1, b1, W2 and b2
Retorna:
cost
"""
m = Y.shape[1] # quantidade de exemplos
# Computa o custo (cost)
err = A2 - Y
cost = 1/m * np.sum(err**2)
cost = float(np.squeeze(cost)) # garanta que o custo tem a dimensao esperada
assert(isinstance(cost, float))
return cost
def backward_propagation2(parameters, cache, X, Y):
"""
Implementa a retropropagacao
Argumentos:
parameters -- dicionário contendo os parâmetros
cache -- dicionário contendo "Z1", "A1", "Z2" and "A2".
X -- input de shape (qtd de features, qtd de examplos)
Y -- valor verdadeiro do rótulo de shape (1, qtd de examplos)
Retorna:
grads -- dicionário contendo os gradientes em relacao aos diferentes parâmetros
"""
m = X.shape[1]
# Primeiro, recuperamos W1 e W2 do dicinário "parameters"
W1 = parameters['W1']
W2 = parameters['W2']
# Recuperamos também A1 e A2 do dicionário "cache".
A1 = cache['A1']
A2 = cache['A2']
Z2 = cache['Z2']
# Retropropagacao: calcula-se dW1, db1, dW2, db2.
dZ2 = (A2 - Y)* (2/3/1.7159 - np.tanh(2/3*Z2)**2)
#dZ2 = (A2 - Y)*(1.14393 - (A2**2)/1.5)
dW2 = 1/m * np.dot(dZ2,A1.T)
db2 = 1/m * np.sum(dZ2, axis = 1, keepdims=True)
#dZ1 = np.dot(W2.T, dZ2) * (1-np.power(A1, 2))
#dZ1 = np.dot(W2.T, dZ2) * A1
dZ1 = np.dot(W2.T, dZ2)
dW1 = 1/m * np.dot(dZ1, X.T)
db1 = 1/m * np.sum(dZ1, axis = 1, keepdims=True)
grads = {"dW1": dW1,
"db1": db1,
"dW2": dW2,
"db2": db2}
return grads
def update_parameters2(parameters, grads, learning_rate = 1.2):
"""
Atualiza os parâmetros utilizando o gradient descendente
Argumentos:
parameters -- dicionário contendo os parâmetros
grads -- dicionário contendo os gradientes
Retorna:
parameters -- dicionário contendo os parâmetros atualizados
"""
# Recupera-se cada parâmetro do dicionário "parameters"
W1 = parameters['W1']
b1 = parameters['b1']
W2 = parameters['W2']
b2 = parameters['b2']
# Recupera-se cada gradiente do dicionário "grads"
dW1 = grads['dW1']
db1 = grads['db1']
dW2 = grads['dW2']
db2 = grads['db2']
# Regra de atualizacao para cada parâmetro
W1 = W1 - learning_rate * dW1
b1 = b1 - learning_rate * db1
W2 = W2 - learning_rate * dW2
b2 = b2 - learning_rate * db2
parameters = {"W1": W1,
"b1": b1,
"W2": W2,
"b2": b2}
return parameters
def nn_model2(X, Y, n_h, num_iteracoes, perc_treino, perc_val,print_cost = False):
#def nn_model2(X, Y, X_val, Y_val, X_test, Y_test, n_h, num_iteracoes, print_cost=False):
"""
Argumentos:
X -- dataset de shape (2, qtd de examplos)
Y -- labels de shape (1, qtd de examplos)
n_h -- tamanho da camada escondida
num_iteracoes
print_cost -- se True, mostra o custo a cada 1000 iteracoes
Retorna:
parameters -- parâmetros aprendidos pelo modelo. Eles podem ser utilizados para fazer previsoes (predict).
"""
treino_mse = []
val_mse = []
teste_mse = []
n_x = layer_sizes2(X[0].T, Y[0].T)[0]
n_y = layer_sizes2(X[0].T, Y[0].T)[2]
# Inicializacao dos parâmetros
parameters = initialize_parameters2(n_x, n_h, n_y)
for janela in np.arange(len(Y)):
X_treino, Y_treino, X_teste, Y_teste, X_val, Y_val = divisao_dados_temporais(X[janela], Y[janela], perc_treino, perc_val)
X_tv = np.hstack((X_treino.T, X_val.T))
Y_tv = np.hstack((Y_treino.T, Y_val.T))
# Gradiente descendente (loop)
for i in range(0, num_iteracoes):
# Forward propagation. Inputs: "X, parameters". Outputs: "A2, cache".
A2, cache = forward_propagation2(X_treino.T, parameters)
# Funcao de custo. Inputs: "A2, Y, parameters". Outputs: "cost".
cost = compute_cost2(A2, Y_treino.T, parameters)
# Retropropagacao (Backpropagation). Inputs: "parameters, cache, X, Y". Outputs: "grads".
grads = backward_propagation2(parameters, cache, X_treino.T, Y_treino.T)
# Atualizacao dos parâmetros pelo gradiente descendente. Inputs: "parameters, grads". Outputs: "parameters".
parameters = update_parameters2(parameters, grads, learning_rate=1.2)
# computando mse de treino, teste e validacao
## validacao
A2_val = predict2(parameters, X_val.T)
mse_val_temp = compute_cost2(A2_val, Y_val.T, parameters)
val_mse.append(mse_val_temp)
## treino e val
A2_tv = predict2(parameters, X_tv)
mse_tv_temp = compute_cost2(A2_tv, Y_tv, parameters)
treino_mse.append(mse_tv_temp)
## teste
A2_test = predict2(parameters, X_teste.T)
mse_test_temp = compute_cost2(A2_test, Y_teste.T, parameters)
teste_mse.append(mse_test_temp)
return parameters, treino_mse, val_mse, teste_mse
def predict2(parameters, X):
"""
Utiliza os parâmetros aprendidos para prever o valor da saída para cada exemplo X
Argumentos:
parameters -- dicionário contendo os parâmetros
X -- input de tamanho (n_x, m)
Retorna
predictions -- vetor de valores previstos do modelo treinado
"""
A2, cache = forward_propagation2(X, parameters)
predictions = A2
return predictions
### Estruturando os dados de dicionário para numpy array e de numpy array para dicionário
def parameter_dim_tot(parameter):
'''
Argumentos:
parameter - array de parâmetros
Retorna:
dim_tot - dimensao total dos parâmetris
'''
dim_tot = np.array(parameter.shape).prod()
return dim_tot
def parameter_reshape_coluna(parameter):
'''
Argumentos:
parameter - array de parâmetros
Retorna:
parameter_reshaped - array coluna dos parâmetros
'''
param_dim_tot = parameter_dim_tot(parameter)
parameter_reshaped = parameter.reshape(1, param_dim_tot)
return parameter_reshaped
def parameters_stack(parameters):
'''
Argumentos:
parameters - lista com os parâmetros em array
Retorna:
parametros_stack - array coluna com parâmetros empilhados
'''
params_list = []
param_temp = 0
for param in parameters:
param_temp = parameter_reshape_coluna(param)
params_list.append(param_temp)
params_stack = np.concatenate(tuple(params_list), axis = 1)
return params_stack
# Unstack os parâmetros com base na dimensao dos atributos (matrizes de pesos)
def parameters_unstack(parameters_stack, atributos_dim):
'''
Argumentos:
parameters_stack - array dos parâmetros no formato empilhado por colunas para trabalhar no PSO
atributos_dim - lista com dimensao total dos atributos
Retorna:
params - lista com parâmetros no formato de lista
'''
params = []
i = atributos_dim[0]
params.append(parameters_stack[:, :i])
for dim in atributos_dim[1:]:
params.append(parameters_stack[:, i:i+dim])
i += dim
return params
# Reshape para o formato do dicionário (parameters)
def parameters_reshape_dictionary(parameters_dict, parameters_unstacked):
'''
Argumentos:
parameters_dict - dicionário com parâmetros
parameters_unstacked - parâmetros no formato array ts: 'X_val', 'Y_val', 'X_test', 'Y_test'
retorna:
parameters_reshaped - lista com os parâmetros formatados para o dicionário 'parameters'
'''
w1_shape = parameters_dict['W1'].shape
b1_shape = parameters_dict['b1'].shape
w2_shape = parameters_dict['W2'].shape
b2_shape = parameters_dict['b2'].shape
parameters_reshaped = parameters_dict.copy()
w1_reshaped = parameters_unstacked[0].reshape(w1_shape)
b1_reshaped = parameters_unstacked[1].reshape(b1_shape)
w2_reshaped = parameters_unstacked[2].reshape(w2_shape)
b2_reshaped = parameters_unstacked[3].reshape(b2_shape)
parameters_reshaped['W1'] = w1_reshaped
parameters_reshaped['b1'] = b1_reshaped
parameters_reshaped['W2'] = w2_reshaped
parameters_reshaped['b2'] = b2_reshaped
return parameters_reshaped
#### PSO para otimizar todos os parâmetros de uma só vez
def PSO_todos(X,parameters_stacked, best_cost, fun, A2, Y, parameters, qtd_particulas, atributos_dim, min_i, max_i,
max_epoch, perc_treino, perc_val, w_in=0.7, w_fim = 0.2, c1=1.496, c2=1.496):
'''
Funcao do Algoritmo SWARM PSO.
Inputs:
- fun_opt: Funcao de fitness a ser otimizada
- qtd_particulas: Quantidade de partículas
- atributos_dim: Dimensao do Vetor de atributos
- min: intervalo inferior do domínio da funcao
- max: intervalo superior do domínio da funcao
- w: inércia
- c1: influência do pbest (termo cognitivo)
- c2: influência do gbest (termo do aprendizado social)
'''
treino_mse = []
val_mse = []
teste_mse = []
def weight_decay(w_in, w_fim, iter, iter_max):
return w_in + w_fim * (1 - (iter/iter_max))
atributos_dim_sum = sum(atributos_dim)
# inicializar as partículas em posicoes aleatórias
particulas = np.random.uniform(low = min_i, high = max_i, size = (qtd_particulas, atributos_dim_sum))
# inicializar a velocidade
velocidade = np.zeros((qtd_particulas, atributos_dim_sum))
# inicializar o pbest em zero
pbest = np.zeros((qtd_particulas,atributos_dim_sum))
gbest_value = best_cost
#print('Custo gbest inicio PSO = ', gbest_value)
gbest = 0
#particulas[gbest,:] = parameters_stacked
parameters_gbest_dict = parameters.copy()
parameters_dict = parameters.copy()
# Extrair a posicao do gbest
for z in np.arange(qtd_particulas):
parameters_temp = particulas[[z],:]
parameters_temp_unstacked = parameters_unstack(parameters_temp, atributos_dim)
parameters_temp_dict = parameters_reshape_dictionary(parameters_dict, parameters_temp_unstacked)
A2 = predict2(parameters_temp_dict, X[0].T)
new_value = fun(A2, Y[0], parameters_temp_dict)
if new_value < gbest_value:
gbest_value = new_value
gbest = z
parameters_gbest_dict = parameters_temp_dict
for janela in np.arange(len(Y)):
X_treino, Y_treino, X_teste, Y_teste, X_val, Y_val = divisao_dados_temporais(X[janela], Y[janela], perc_treino, perc_val)
X_tv = np.hstack((X_treino.T, X_val.T))
Y_tv = np.hstack((Y_treino.T, Y_val.T))
for k in np.arange(max_epoch):
#print('Iteracao: ', k)
# Atualizacao do decaimento do peso
w = weight_decay(w_in, w_fim,k, max_epoch)
# Iterar para atualizar o pbest e gbest para cada partrícula
for j in np.arange(qtd_particulas):
# transformando as partículas no formato de dicionário
parameters_temp = particulas[[j],:]
parameters_temp_unstacked = parameters_unstack(parameters_temp, atributos_dim)
parameters_temp_dict = parameters_reshape_dictionary(parameters_dict, parameters_temp_unstacked)
parameters_pbest_temp = pbest[[j],:]
parameters_pbest_temp_unstacked = parameters_unstack(parameters_pbest_temp, atributos_dim)
parameters_pbest_dict = parameters_reshape_dictionary(parameters_dict, parameters_temp_unstacked)
A2_part = predict2(parameters_temp_dict, X_treino.T)
A2_pbest = predict2(parameters_pbest_dict, X_treino.T)
# pbest
if fun(A2_part, Y_treino.T, parameters_temp_dict) < fun(A2_pbest, Y_treino.T, parameters_pbest_dict):
pbest[j,:] = particulas[j,:]
# gbest
if fun(A2_part, Y_treino.T, parameters_temp_dict) < gbest_value:
if np.abs(fun(A2_part, Y_treino.T, parameters_temp_dict) - gbest_value) < 0.00001:
gbest_value = fun(A2_part, Y_treino.T, parameters_temp_dict)
gbest = j
parameters_gbest_dict = parameters_temp_dict
break
gbest = j
gbest_value = fun(A2_part, Y_treino.T, parameters_temp_dict)
parameters_gbest_dict = parameters_temp_dict
# Iteracao para atualizar as posicoes das partículas
for i in np.arange(qtd_particulas):
r1, r2 = np.random.rand(), np.random.rand()
velocidade[i, :] = w * velocidade[i, :] + c1 * r1 * (pbest[i, :] - particulas[i, :]) + c2 * r2 * (particulas[gbest, :] - particulas[i, :])
# Atualizar partículas
particulas[i, :] = particulas[i, :] + velocidade[i, :]
# lidar com limites das partículas
for dim in np.arange(atributos_dim_sum):
if particulas[i, dim] < min_i:
particulas[i, dim] = min_i
elif particulas[i, dim] > max_i:
particulas[i, dim] = max_i
# treino e validacao mse
A2_gbest_tv = predict2(parameters_gbest_dict, X_tv)
mse_tv = fun(A2_gbest_tv, Y_tv, parameters_gbest_dict)
treino_mse.append(mse_tv)
# validacao mse
A2_gbest_v = predict2(parameters_gbest_dict, X_val.T)
mse_v = fun(A2_gbest_v, Y_val.T, parameters_gbest_dict)
val_mse.append(mse_v)
# teste
A2_gbest_t = predict2(parameters_gbest_dict, X_teste.T)
mse_t = fun(A2_gbest_t, Y_teste.T, parameters_gbest_dict)
teste_mse.append(mse_t)
return parameters_gbest_dict, treino_mse, val_mse, teste_mse
def update_parameters_pso_todos(X, parameters, best_cost, compute_cost2, A2, Y, perc_treino, perc_val, num_iteracoes):
'''
Argumentos:
parameters - dicionário contendo os parâmetros do modelo
compute_cost2 - funcao a ser minimizada, neste caso a funcao de custo
A2 - previsao feita pelo modelo
Y - rótulo
Retorna:
parameters - parâmetros atualizados a partir do PSO
'''
# Extrair os parâmetros do dicionário para calcular a dimensao total e para criar o array colunas
W1 = parameters['W1']
b1 = parameters['b1']
W2 = parameters['W2']
b2 = parameters['b2']
# Extrair a dimensao total
W1_dim = np.array(W1.shape).prod()
b1_dim = np.array(b1.shape).prod()
W2_dim = np.array(W2.shape).prod()
b2_dim = np.array(b2.shape).prod()
# lista com parâmetros
parametros = [W1, b1, W2, b2]
# parâmetros no formato array colunas
parameters_stacked = parameters_stack(parametros)
atributos_dim = [W1_dim, b1_dim, W2_dim, b2_dim]
qtd_particulas_dim = (W1.shape[1] + 1)* W1.shape[0] + (W1.shape[0] + 1)*W2.shape[0]
parameters_pso, treino_mse, val_mse, teste_mse = PSO_todos(X, parameters_stacked,
best_cost,compute_cost2, A2, Y, parameters, qtd_particulas = qtd_particulas_dim,
atributos_dim = atributos_dim, min_i = -1, max_i = 1, max_epoch = num_iteracoes, perc_treino = perc_treino, perc_val=perc_val)
return parameters_pso, treino_mse, val_mse, teste_mse
def nn_model_pso_todos(X, Y, n_h, num_iteracoes, perc_treino, perc_val, print_cost=False):
"""
Argumentos:
X -- dataset de shape (2, qtd de exemplos)
Y -- labels de shape (1, qtd de exemplos)
n_h -- tamanho da camada escondida
num_iteracoes
print_cost -- se True, mostra o custo a cada 1000 iteracoes
Retorna:
parameters -- parâmetros aprendidos pelo pso. Eles podem ser utilizados para fazer previsoes (predict).
"""
n_x = layer_sizes2(X[0].T, Y[0].T)[0]
n_y = layer_sizes2(X[0].T, Y[0].T)[2]
# Inicializacao dos parâmetros
parameters = initialize_parameters2(n_x, n_h, n_y)
A2, _ = forward_propagation2(X[0].T, parameters)
best_cost = compute_cost2(A2, Y[0].T, parameters)
# Atualizacao dos parâmetros pelo gradiente descendente. Inputs: "parameters, compute_cost2, A2, Y". Outputs: "parameters".
parameters, treino_mse, val_mse, teste_mse = update_parameters_pso_todos(X=X, parameters=parameters, best_cost=best_cost,compute_cost2=compute_cost2,
A2=A2, Y=Y, num_iteracoes=num_iteracoes, perc_treino=perc_treino, perc_val=perc_val)
return parameters, treino_mse, val_mse, teste_mse
#### CQSO para otimizar todos os parâmetros de uma só vez
def CQSO_todos(X, parameters_stacked, best_cost, fun, A2, Y, parameters, qtd_particulas, atributos_dim, min_i, max_i, max_epoch, perc_treino,
perc_val, w_in=0.7, w_fim=0.2, c1 = 1.496, c2 = 1.496, neutral_p=25, rcloud=0.2):
'''
CQSO algorithm to optimize neural networks weights and biases
'''
# Initialization
def weight_decay(w_in, w_fim, iter, iter_max):
return w_in + w_fim * (1 - (iter/iter_max))
atributos_dim_sum = sum(atributos_dim)
n = atributos_dim_sum
a=[]
for i in range(2,n+1):
if(n%i==0):
a.append(i)
a.sort()
n_sub_swarms = a[0]
# Divide the dimensions per subswarm
num, div = atributos_dim_sum, n_sub_swarms
dimensions_list = [num // div + (1 if x < num % div else 0) for x in range (div)]
if not atributos_dim_sum % n_sub_swarms == 0:
print("We can't continue, the number of dimensions isn't divisible by the number of subswarms")
return False
# Initialization
context_vector = np.empty(n_sub_swarms, dtype=object)
## Create a multiswarm and his velocities
multi_swarm_vector = np.empty((n_sub_swarms,qtd_particulas), dtype=object)
velocity_vector = np.empty((n_sub_swarms,qtd_particulas), dtype=object)
### Change None values for random numbers
for i_subswarm in range(n_sub_swarms):
context_vector[i_subswarm] = np.random.uniform(min_i,max_i,(dimensions_list[i_subswarm]))
for i_particle in range(qtd_particulas):
multi_swarm_vector[i_subswarm][i_particle] = np.random.uniform(min_i,max_i,(dimensions_list[i_subswarm]))
velocity_vector[i_subswarm][i_particle] = np.zeros(dimensions_list[i_subswarm])
## Create fitness for pbest and gbest
gbest = np.copy(multi_swarm_vector[0][0])
pbest = np.copy(multi_swarm_vector[0][0])
sub_swarm_pbest = np.copy(context_vector)
parameters_dict = parameters.copy()
## transformando lista em dicionário para calcular fitness
context_vector_unstacked = parameters_unstack(np.concatenate(context_vector).reshape(1,atributos_dim_sum), atributos_dim)
context_vector_dict = parameters_reshape_dictionary(parameters_dict, context_vector_unstacked)
A2 = predict2(context_vector_dict, X[0].T)
pbest_value = fun(A2, Y[0].T, context_vector_dict)
gbest_value = pbest_value
parameters_gbest_dict = context_vector_dict
result_list = []
treino_mse = []
val_mse = []
teste_mse = []
for janela in np.arange(len(Y)):
X_treino, Y_treino, X_teste, Y_teste, X_val, Y_val = divisao_dados_temporais(X[janela], Y[janela], perc_treino, perc_val)
X_tv = np.hstack((X_treino.T, X_val.T))
Y_tv = np.hstack((Y_treino.T, Y_val.T))
iteration = 0
while iteration < max_epoch:
w = weight_decay(w_in, w_fim,iteration, max_epoch)
# Iterations
# for sub_swarm in multi_swarm_vector:
for i_sub_swarm in range(n_sub_swarms):
# for particle in sub_swarm:
for i_particle in range(qtd_particulas):
# Calculate the fitness
# Vamos calcular o fitness da particula dentro do vetor contextos
context_copy = np.copy(context_vector)
particle = multi_swarm_vector[i_sub_swarm][i_particle]
context_copy[i_sub_swarm] = particle
parameters_temp_unstacked = parameters_unstack(np.concatenate(context_copy).reshape(1,atributos_dim_sum), atributos_dim)
parameters_temp_dict = parameters_reshape_dictionary(parameters_dict, parameters_temp_unstacked)
A2_part = predict2(parameters_temp_dict, X_treino.T)
fitness_candidate = fun(A2_part, Y_treino.T, parameters_temp_dict)
if fitness_candidate < pbest_value:
# Se o fitness da nova particula for melhor ela vira o pbest
pbest = np.copy(multi_swarm_vector[i_sub_swarm][i_particle])
pbest_value = fitness_candidate
sub_swarm_pbest = np.copy(context_copy)
# Feito o pbest devemos atualizar as posicoes das particulas
if i_particle <= (neutral_p - 1):
# Atualiza como PSO vanilla
new_velocity = (w * velocity_vector[i_sub_swarm][i_particle]) + ((c1 * random.random()) * (pbest - multi_swarm_vector[i_sub_swarm][i_particle])) + ((c2 * random.random()) * (gbest - multi_swarm_vector[i_sub_swarm][i_particle]))
new_position = new_velocity + multi_swarm_vector[i_sub_swarm][i_particle]
else:
# Atualiza como QSO
dist = cmath.sqrt(sum((multi_swarm_vector[i_sub_swarm][i_particle] - gbest)**2))
normal = np.random.normal(0, 1, dimensions_list[i_subswarm])
uniform = random.choice(np.random.uniform(0, 1, dimensions_list[i_subswarm]))
left_size_form = rcloud * normal
if dist == 0:
break
right_size_form = (uniform ** (1/dimensions_list[i_subswarm]))/ dist
new_position = left_size_form * right_size_form
# Check if the positions is var_min<x<var_max
for value in new_position:
index = list(new_position).index(value)
new_position[index] = np.max([min_i, value])
new_position[index] = np.min([max_i, new_position[index]])
multi_swarm_vector[i_sub_swarm][i_particle] = new_position
# Visto todas as particulas do subswarm eu comparo o gbest
if pbest_value < gbest_value:
gbest = np.copy(pbest)
gbest_value = pbest_value
context_vector = np.copy(sub_swarm_pbest)
parameters_gbest_unstacked = parameters_unstack(np.concatenate(context_vector).reshape(1,atributos_dim_sum), atributos_dim)
parameters_gbest_dict = parameters_reshape_dictionary(parameters_dict, parameters_gbest_unstacked)
result_list.append(gbest_value)
iteration += 1
# treino e validacao mse
A2_gbest_tv = predict2(parameters_gbest_dict, X_tv)
mse_tv = fun(A2_gbest_tv, Y_tv, parameters_gbest_dict)
treino_mse.append(mse_tv)
# validacao mse
A2_gbest_v = predict2(parameters_gbest_dict, X_val.T)
mse_v = fun(A2_gbest_v, Y_val.T, parameters_gbest_dict)
val_mse.append(mse_v)
# teste
A2_gbest_t = predict2(parameters_gbest_dict, X_teste.T)
mse_t = fun(A2_gbest_t, Y_teste.T, parameters_gbest_dict)
teste_mse.append(mse_t)
return parameters_gbest_dict, treino_mse, val_mse, teste_mse
def update_parameters_cqso_todos(X, parameters, best_cost, compute_cost2, A2, Y, perc_treino, perc_val, num_iteracoes):
'''
Argumentos:
parameters - dicionário contendo os parâmetros do modelo
compute_cost2 - funcao a ser minimizada, neste caso a funcao de custo
A2 - previsao feita pelo modelo
Y - rótulo
Retorna:
parameters - parâmetros atualizados a partir do PSO
'''
# Extrair os parâmetros do dicionário para calcular a dimensao total e para criar o array colunas
W1 = parameters['W1']
b1 = parameters['b1']
W2 = parameters['W2']
b2 = parameters['b2']
# Extrair a dimensao total
W1_dim = np.array(W1.shape).prod()
b1_dim = np.array(b1.shape).prod()
W2_dim = np.array(W2.shape).prod()
b2_dim = np.array(b2.shape).prod()
# lista com parâmetros
parametros = [W1, b1, W2, b2]
# parâmetros no formato array colunas
parameters_stacked = parameters_stack(parametros)
atributos_dim = [W1_dim, b1_dim, W2_dim, b2_dim]
qtd_particulas_dim = (W1.shape[1] + 1)* W1.shape[0] + (W1.shape[0] + 1)*W2.shape[0]
parameters_cqso, treino_mse, val_mse, teste_mse = CQSO_todos(X, parameters_stacked,
best_cost, compute_cost2, A2, Y, parameters=parameters, qtd_particulas = qtd_particulas_dim,
atributos_dim=atributos_dim, min_i = -1, max_i = 1, max_epoch = num_iteracoes, perc_treino=perc_treino, perc_val=perc_val)
return parameters_cqso, treino_mse, val_mse, teste_mse
def nn_model_cqso_todos(X, Y, n_h, num_iteracoes, perc_treino, perc_val, print_cost=False):
"""
Argumentos:
X -- dataset de shape (2, qtd de exemplos)
Y -- labels de shape (1, qtd de exemplos)
n_h -- tamanho da camada escondida
num_iteracoes
print_cost -- se True, mostra o custo a cada 1000 iteracoes
Retorna:
parameters -- parâmetros aprendidos pelo pso. Eles podem ser utilizados para fazer previsoes (predict).
"""
n_x = layer_sizes2(X[0].T, Y[0].T)[0]
n_y = layer_sizes2(X[0].T, Y[0].T)[2]
# Inicializacao dos parâmetros
parameters = initialize_parameters2(n_x, n_h, n_y)
A2, _ = forward_propagation2(X[0].T, parameters)
best_cost = compute_cost2(A2, Y[0].T, parameters)
# Atualizacao dos parâmetros pelo cqsos. Inputs: "parameters, compute_cost2, A2, Y". Outputs: "parameters".
parameters, treino_mse, val_mse, teste_mse = update_parameters_cqso_todos(X=X, parameters=parameters, best_cost=best_cost,compute_cost2=compute_cost2,
A2=A2, Y=Y, num_iteracoes=num_iteracoes, perc_treino=perc_treino, perc_val=perc_val)
return parameters, treino_mse, val_mse, teste_mse
# janelamento para cenários dinâmicos
def cenarios_dinamicos(serie, window_size, step_size):
'''
Janelamento móvel que envolve selecionar o tamanho da janela (window_size) e o tamanho do passo (step_size).
'''
w = window_size
s = step_size
t = len(serie)
cenarios = []
i_max = int((t - w)/s)
for i in range(i_max):
s_temp = serie[(i*s):((i*s)+w)]
cenarios.append(s_temp)
return cenarios
# Criando cenários
def cenarios_execucoes(X, y, w, s, f, modelo, perc_treino, perc_val,qtd_execucoes = 3):
# gerando os cenários dinâmicos
X_I = cenarios_dinamicos(X, w, s)
y_I = cenarios_dinamicos(y, w, s)
# calculando a quantidade de iteracoes
T = int(f/s*(len(y)-w)+f)
neuronios = np.arange(2, 26)
mse_treino = np.zeros((qtd_execucoes, len(neuronios),len(y_I) * f))
mse_val = np.zeros((qtd_execucoes, len(neuronios), len(y_I) * f))
mse_teste = np.zeros((qtd_execucoes, len(neuronios),len(y_I) * f))
execucoes = np.arange(qtd_execucoes)
for execucao in execucoes:
print('Execucao: ', execucao)
# Neuronios
for j,z in zip(neuronios, np.arange(len(neuronios))):
parameters, mse_treino_lista_temp, mse_val_lista_temp, mse_teste_lista_temp = modelo(X_I, y_I, n_h = j,
num_iteracoes = f,
perc_treino=perc_treino,
perc_val=perc_val)
# salvar lista com os mse de treino para todas as iteracoes
mse_treino[execucao, z,:] = np.array(mse_treino_lista_temp)
# salvar lista com os mse de validacao para todas as iteracoes
mse_val[execucao, z,:] = np.array(mse_val_lista_temp)
# salvar lista com os mse de teste para todas as iteracoes
mse_teste[execucao, z,:] = np.array(mse_teste_lista_temp)
return mse_treino, mse_val, mse_teste
def avaliacao_resultados(mse_treino_cenarios, mse_val_cenarios, mse_teste_cenarios, f, quantidade_janelas, qtd_execucoes):
mse_treino = np.zeros((qtd_execucoes, quantidade_janelas*f))
mse_teste = np.zeros((qtd_execucoes, quantidade_janelas*f))
for ex in np.arange(qtd_execucoes):
id_neuronios = [np.nanargmin(mse_val_cenarios[ex,:,f*janela]) for janela in range(quantidade_janelas)]
for jan in np.arange(quantidade_janelas):
mse_treino[ex, f*jan:f*jan+f] = mse_treino_cenarios[ex, id_neuronios[jan], f*jan:f*jan+f]
mse_teste[ex, f*jan:f*jan+f] = mse_teste_cenarios[ex, id_neuronios[jan], f*jan:f*jan+f]
qtd_iteracoes = mse_treino.shape[1]
# Calculando CMF
te = mse_treino.sum(axis=1)/qtd_iteracoes
ge = mse_teste.sum(axis=1)/qtd_iteracoes
# calcular a métrica fator de generalizacao
gf = ge/te
# Média e desvio padrao
te_medio = te.mean()
te_std = te.std()
ge_medio = ge.mean()
ge_std = ge.std()
gf_medio = gf.mean()
gf_std = gf.std()
print('TE medio: ', te_medio)
print('TE desvio: ', te_std)
print('GE medio: ', ge_medio)
print('GE desvio: ', ge_std)
print('GF medio: ', gf_medio)
print('GF desvio: ', gf_std)
resultados = {'TE medio': [te_medio],
'TE desvio': [te_std],
'GE medio': [ge_medio],
'GE desvio':[ge_std],
'GF medio':[gf_medio],
'GF desvio':[gf_std]}
return resultados, mse_treino, mse_teste
def run_model_save_output(X, y, w, s, f, run_model, experimento, algoritmo, dataset, cenario):
""" Roda cada modelo para a serie e experimento dado
w = tamanho da janela
s = tamanho do passo
f = quantidade de iteracoes para a janela
"""
tic = time.time()
T = int(f/s*(len(y)-w)+f)
quantidade_janelas = int((len(y) - w)/s)
print('# Algoritmo: %s \n## Dataset: %s' % (algoritmo, experimento))
print('### Quantidade total de iteracoes: ', T)
print('### Cenario %s' % cenario)
print('### Tamanho da janela (w): %s' % str(w))
print('### Tamanho do passo (s): %s' % str(s))
print('### Quantidade de iteracoes (f): %s' % str(f))
dados_mse_treino, dados_mse_val, dados_mse_teste = cenarios_execucoes(
X, y, w, s, f, modelo=run_model, perc_treino=0.54, perc_val=0.24)
dados_resultados, dados_resultados_mse_treino, dados_resultados_mse_teste = avaliacao_resultados(
dados_mse_treino, dados_mse_val, dados_mse_teste, f, quantidade_janelas, qtd_execucoes = 3)
tac = time.time()
print('### Tempo de execucao para o %s %s: %s' % (algoritmo, experimento, tac-tic))
output1 = "resultados/%s_resultados_%s_%s_%s.csv" % (dataset, experimento, algoritmo, cenario)
output2 = "resultados/%s_resultados_mse_treino_%s_%s_%s.csv" % (dataset, experimento, algoritmo, cenario)
output3 = "resultados/%s_resultados_mse_teste_%s_%s_%s.csv" % (dataset, experimento, algoritmo, cenario)
pd.DataFrame(dados_resultados).to_csv(output1)
pd.DataFrame(dados_resultados_mse_treino).to_csv(output2)
pd.DataFrame(dados_resultados_mse_teste).to_csv(output3)
def run(args):
""" Experimento com as as séries do artigo
"""
# Organizando os parametros de entrada
algoritmo = args.algoritmo.lower()
dataset = args.dataset.lower()
cenario = str(args.cenario)
if dataset == "sunspot":
## Sunspot
#### 1. Sunspot annual measure time series (SAM)
#### * 289 obs
#### * 1770 to 1988
#### * Série anual inputs: 10
experimento = "sunspot"
sunspot = pd.read_csv('dados/sunspot.csv')
sunspot = sunspot['valor']
sunspot_norm = normalizar_serie(sunspot)
X, y = split_sequence(sunspot_norm.values, 10, 1)
exp = {
"1": [60, 10, 50],
"2": [60, 20, 100],
"3": [60, 40, 150],
"4": [60, 60, 100]
}
if algoritmo == "backprop":
run_model_save_output(X, y, exp[cenario][0], exp[cenario][1], exp[cenario][2], nn_model2, experimento, algoritmo, dataset, cenario)
elif algoritmo == "pso":
run_model_save_output(X, y, exp[cenario][0], exp[cenario][1], exp[cenario][2], nn_model_pso_todos, experimento, algoritmo, dataset, cenario)
else:
run_model_save_output(X, y, exp[cenario][0], exp[cenario][1], exp[cenario][2], nn_model_cqso_todos, experimento, algoritmo, dataset, cenario)
elif dataset == "airline":
## Airline Passenger
#### 2. International Airline Time Series (IAP)
#### * 144 obs
#### * jan 1949 to dez 1960
#### * Série mensal inputs: 12
experimento = "airline"
airline = pd.read_csv('dados/airline_passengers.csv')
airline = airline['valor']
qtd_inputs = 12
airline_norm = normalizar_serie(airline)
X, y = split_sequence(airline_norm.values, qtd_inputs, 1)