LEFSe.Rmd

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title: "LEFSe Biomarcadores"
author: "Gabriela Torres"
date: "`r Sys.Date()`"
output: html_document
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```{r}
# Paquetes a utilizar 
library(tidyverse)
library(phyloseq)
library(microbiomeMarker)
library (knitr)
```

```{r}
# Cargar nuestro objeto phyloseq
load ("~/tesis_gabriela/psd4.RData")
psd4
```

```{r}
# Hacer subset de nuestras muestras 
p_0week <- subset_samples(psd4, weeks == "0_Weeks") # aqui tenemos unicamente los CS y pacientes con MDD en la semana 0 (antes del tratamiento)
p_mdd <- subset_samples(psd4, groups == "MDD") # pacientes con MDD en la semana 0 y 8 (antes y despues del tratamiento)
```

# CS y MDD en semana 0

```{r}
p_0week #este phyloseq tiene secuencias y muestras

table(sample_data(p_0week)$groups) # muestras de MDD y CS

lef_out<-run_lefse(p_0week, group = "groups", norm = "CPM",
                   
                   kw_cutoff = 0.05, lda_cutoff = 2)

lef_out #este incluye todos ls niveles taxonomicos 
# tenemos microbiome markers
```

```{r}
# Tabla de los marcadores de microbioma 
dat<-marker_table(lef_out) %>% data.frame() %>% select(1:4)

head(dat) 

dat %>% filter(enrich_group=="MDD") %>% head()

dat %>% kable(align = "c")
```
En esta ultima table nos muestra que tenemos columnas para los marcadores
tenemos marcadores para MDD y para CS

```{r}
#Visualizar la tabla de marcadores en un histograma
plot_ef_bar(lef_out) 
```

Observamos que los grupos taxonomicos que mas explican el grupo de MDD son:

y los del CS son:

```{r}
#Visualizar la tabla de marcadores como un cladograma 

# todos los rangos excepto genero
plot_cladogram(lef_out, color = c("red","blue"), clade_label_level = 2)
```

# MDD en semana 0 y semana 8

```{r}
p_mdd  #este phyloseq tiene secuencias y muestras

table(sample_data(p_mdd)$weeks) # muestras de MDD 

lef_out<-run_lefse(p_mdd, group = "weeks", norm = "CPM",
                   
                   kw_cutoff = 0.05, lda_cutoff = 2)

lef_out #este incluye todos ls niveles taxonomicos 
# tenemos microbiome markers
```

```{r}
# Tabla de los marcadores de microbioma 
dat<-marker_table(lef_out) %>% data.frame() %>% select(1:4)

head(dat) 

dat %>% filter(enrich_group=="0_Weeks") %>% head()

dat %>% kable(align = "c")
```
En esta ultima table nos muestra que tenemos columnas para los marcadores
tenemos marcadores para MDD y para CS

```{r}
#Visualizar la tabla de marcadores en un histograma
plot_ef_bar(lef_out) 
```

Observamos que los grupos taxonomicos que mas explican el grupo de MDD son:

y los del CS son:

```{r}
#Visualizar la tabla de marcadores como un cladograma 

# todos los rangos excepto genero
plot_cladogram(lef_out, color = c("red","blue"), clade_label_level = 2)
```