environment.yml

# You can use this file to create a conda environment for this pipeline:
#   conda env create -f environment.yml
name: nf-core-sarek-2.7.2
channels:
  - conda-forge
  - bioconda
  - defaults
dependencies:
  - conda-forge::llvm-openmp=8.0.1=hc9558a2_0
  - conda-forge::openmp=8.0.1=0
  - conda-forge::markdown=3.1.1=py_0
  - conda-forge::pymdown-extensions=6.0=py_0
  - conda-forge::pygments=2.5.2=py_0
  - bioconda::ascat=2.5.2=r40_2
  - bioconda::bcftools=1.9=ha228f0b_4
  - bioconda::bwa-mem2=2.0=he513fc3_1
  - bioconda::bwa=0.7.17=hed695b0_7
  - bioconda::cancerit-allelecount=4.0.2=ha228f0b_1
  - bioconda::cnvkit=0.9.6=py27_1
  - bioconda::control-freec=11.6=he1b5a44_0
  - bioconda::ensembl-vep=99.2=pl526hecc5488_0
  - bioconda::fastqc=0.11.9=0
  - bioconda::fgbio=1.1.0=0
  - bioconda::freebayes=1.3.2=py27h49fb759_2
  - bioconda::gatk4-spark=4.1.7.0=0
  - bioconda::genesplicer=1.0=1
  - bioconda::htslib=1.9=ha228f0b_7
  - bioconda::manta=1.6.0=py27_0
  - bioconda::msisensor=0.5=h25a10a7_1
  - bioconda::multiqc=1.8=py_2
  - bioconda::qualimap=2.2.2d=1
  - bioconda::samblaster=0.1.24=hc9558a2_3
  - bioconda::samtools=1.9=h10a08f8_12
  - bioconda::snpeff=4.3.1t=0
  - bioconda::strelka=2.9.10=0
  - bioconda::tiddit=2.7.1=py27hb3f55d8_1
  - bioconda::trim-galore=0.6.5=0
  - bioconda::vcfanno=0.3.2=0
  - bioconda::vcftools=0.1.16=he513fc3_4
  - conda-forge::pigz=2.3.4=hed695b0_1
  - conda-forge::r-ggplot2=3.3.0=r40h6115d3f_1