介绍一种简单可行的V4的Seruat安装方案

[ixxmu]

https://mp.weixin.qq.com/s/NJ5lIeJ9qUVWaz_tXZtk1A

[ixxmu]

介绍一种简单可行的V4的Seruat安装方案 by 果子学生信

目前Seurat的版本从V4升级到了V5，由于一些变化，导致当年取巧，使用@获取数据的方法都无法在V5中使用。

建议在操作前重启下Rstudio（或更确切的说是R）！！！

建议在操作前重启下Rstudio（或更确切的说是R）！！！

建议在操作前重启下Rstudio（或更确切的说是R）！！！

那么如何确保自己能够安装V4的Seurat呢？

首先，我们需要先安装V5版本，让他帮我把一系列的依赖问题都给解决掉

install.packages('Seurat')
# 检查版本
# packageVersion("Seurat")
# [1] ‘5.0.0’

接着，过河拆桥，把V5版本的Seurat和SeuratObject卸载掉

remove.packages(c("Seurat","SeuratObject"))

然后，我们去安装V4的Seurat，这里要指定repos。

install.packages('Seurat', repos = c('https://satijalab.r-universe.dev'))
# 检查版本
# packageVersion("Seurat")
# [1] ‘4.4.0’

该方法在Windows，Linux服务器，M芯片的Mac中中都测试过（其中Linux的Seurat需要编译）。

稍微进阶一些，我们也不需要卸载V5，也可以做到使用V4，只需要在安装的时候，指定一个新的安装路径

dir.create("~/SeuratV4")
# 然后安装的时候，指定安装目录
install.packages('Seurat', repos = c('https://satijalab.r-universe.dev'), lib = "~/SeuratV4")

在使用的时候，.libPaths配置好路径，使得library加载的时候，能够先加载到V4。

.libPaths(c("~/SeuratV4", .libPaths()))
library(Seurat)

> packageVersion("Seurat")
[1] ‘4.3.0’