1_Rinstall.Rmd

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title: "Instalando R"
#subtitle: "Mantendo o R sempre atualizado no Linux Ubuntu"
author: "Jônatan Tatsch e Roilan Valdés"
date: '`r Sys.Date()`'
output:
  html_document:
    fig_caption: yes
    fig_height: 7
    fig_width: 8
    highlight: kate
    number_sections: yes
    toc: yes
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```{r, out.width = "400px", include = FALSE}
htmltools::img(src = knitr::image_uri("figs/adar.png"), 
               alt = 'logo', 
               #style = 'position:absolute; top:0; right:0;
               style = 'position:absolute; top:0; right:0;
               padding:10px;width:500px; height=300px')
```


```{r Chunk0, echo=FALSE, eval=TRUE, message=FALSE,warning=FALSE, results='hide'}
rm(list = ls())
pcks <- c("knitr", "tint")
easypackages::libraries(pcks)
# configuraçoes knitr
# original
#opts_chunk$set(cache = FALSE, fig.path = "figs/")
# com tint
knitr::opts_chunk$set(tidy = FALSE, 
                      cache = FALSE,
                      fig.path = "figs/",
                      cache.extra = packageVersion('tint'))
# invalidate cache when the tufte version changes
options(htmltools.dir.version = FALSE)
```


```{r, include = FALSE, fig.fullwidth = TRUE}
knitr::include_graphics('figs/adar.png')
```


</style>
<div class="midcenter" style="margin-left:1px; margin-top:50px;">
<img src="figs/adar.png" height="110px" width="1000px" />
</div>


O *R* é um software livre, de código fonte aberto e funciona em diversos sistemas operacionais (Linux, Windows e MacOS). O usuário interage com o *R* pela linha de comando. Essa interação pode ser facilitada por meio de uma interface gráfica. Nesse curso será utilizado o [RStudio](http://www.rstudio.com/) que também é multiplataforma.

A seguir descreve-se como instalar o *R* no Linux Ubuntu. A forma de instalação do R no Linux tenta ser mais didática do que prática. Alguns comandos linux básicos serão utilizados, mas mesmo quem não é usuário linux será capaz de entendê-los.

# Instalação

O *R* pode ser instalado a partir dos [binários pré-compilados](https://cran.r-project.org/bin/) ou do [código fonte](https://cran.r-project.org/sources.html). Aqui, descreve-se a instalação do *R* a partir dos binários

## Windows 

A forma de instalar o R no Windows é baixar o binário executável da **Rede Abrangente de Arquivos do R** ([CRAN](https://cran.r-project.org/)).
Depois clicar em *Download R for Windows* e  *install R for the first time*. Quando este tutotial foi escrito a última versão foi a [R 4.3.3](https://cran.r-project.org/bin/windows/base/R-3.4.3-win.exe).

A instalação do R para Windows a partir do executável acima incluirá na instalação uma GUI chamada `RGui.exe`, mostrada abaixo.

```{r , comment="",highlight=TRUE, fig.width=18, fig.height=18, fig.cap="Interface gráfica do usuário no R para Windows.",fig.fullwidth = TRUE, echo = FALSE}
knitr::include_graphics("figs/rgui-windows.png")
```


## Linux 

### Ubuntu

Há várias formas de instar o R no Ubuntu, mas geralmente a versão compilada no repositório *default* do Ubuntu não é a última. Se isso for problema para você então basta executar:

```{r, eval = FALSE}
sudo apt-get install r-base
```


### R sempre atualizado

Se você prefere trabalhar com a última versão estável do R, precisamos configurar o Linux Ubuntu para atualizar automaticamente o *R*. Também uma boa prática definir um diretório para armazenamento dos pacotes utilizados. 

O procedimento de instalação requer senha de superusuário do sistema ou de privilégios [sudo](https://en.wikipedia.org/wiki/Sudo). Caso não tenha, consulte o administrador do sistema.

Ao utilizar distribuições Linux Ubuntu é importante optar por versões estáveis[^1]. As versões de Suporte de longo prazo (LTS) mais recentes são:

- 14.04 (abril de 2014, *codename* `trusty`) 
- 16.04 (abril de 2016, *codename* `xenial`)

[^1]: Clique [aqui](http://releases.ubuntu.com) para saber mais sobre as versões do Ubuntu.

 
O [R](http://www.r-project.org/) é distribuído  na CRAN. Geralmente há duas atualizações ao ano. A versão mais atual é a `r R.version$version.string`. Para que ele seja atualizado automaticamente no Ubuntu precisamos adicionar o [repósitório do R](http://cran.r-project.org/mirrors.html) mais próximo da nossa região à lista de repositórios do Linux. No nosso caso, o repositório mais próximo é o da UFPR (<http://cran-r.c3sl.ufpr.br/>).

### Incluindo repositório do *R* na Lista de repositórios do Ubuntu

A lista de repositórios do sistema é armazenada no arquivo `/etc/apt/sources.list`. Vamos visualizar o conteúdo desse arquivo. Em um terminal linux (use o atalho `Ctr+Alt+t`), digite o seguinte comando:
   
    $ cat /etc/apt/sources.list | head -15
    
```{bash, eval = TRUE, echo = FALSE}
cat /etc/apt/sources.list | head -15
```

Para descobrir o nome da versão do sistema operacional, digite na terminal linux o seguinte comando[^2] :

    $ lsb_release --codename | cut -f2
   
```{bash, echo = FALSE, comment = ""}
lsb_release --codename | cut -f2
```

[^2]: Se o comando `lsb_release` não funcionar você precisa instalar o pacote `lsb-release` no sistema. Para isso digite no terminal Linux `$ sudo apt-get install lsb-release`.

Precisamos incluir no arquivo `sources.list` o repositório da UFPR. Assim o gerenciador de pacotes 
[apt](http://pt.wikipedia.org/wiki/Advanced_Packaging_Tool) [^3] fará a atualização do *R* quando uma nova versão estiver disponível. Ou seja, você estará utilizando sempre versão mais atual do *R*.

[^3]: o gerenciador de pacotes [apt](http://pt.wikipedia.org/wiki/Advanced_Packaging_Tool) é usado para instalação, atualização e remoção de pacotes em distribuições Debian GNU/Linux.

O endereço do repositório da UFPR será inserido na última linha do arquivo `sources.list` usando alguns comandos linux. Essa tarefa requer privilégios de [superusuário](https://pt.wikipedia.org/wiki/Superusu%C3%A1rio). Vamos trocar do seu usuário para o superusuário.


    $ sudo su


Vamos definir no terminal uma variável com o endereço do repositório e o nome de versão do Ubuntu.

    # repos="deb http://cran-r.c3sl.ufpr.br/bin/linux/ubuntu `lsb_release --codename | cut -f2`/"
 
Note que a variável `repos` é uma sequência de caracteres com as seguintes informações:

    deb `linkRepositorioSelecionado`/bin/linux/ubuntu `versaoUbuntu`/

O valor da variável `repos` é mostrado pelo comando: `$repos`. Certifique-se de que a última palavra corresponde ao nome da sua versão Ubuntu. 

Para acrescentar essa informação no final do arquivo `sources.list` digite no terminal linux:

    # echo $repos >> /etc/apt/sources.list

Podemos retornar a sessão de usuário comum (*lsi*):

    # exit

## [APT protegido](https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/README.html#secure-apt) 

Os arquivos binários do *R* para Ubuntu na [CRAN](http://cran.r-project.org) são assinados com uma chave pública [^4] Para adicionar essa chave ao seu sistema digite os seguintes comandos:

    $ gpg --keyserver hkp://keyserver.ubuntu.com:80 --recv-keys E084DAB9

[^4]: Chave pública de autenticação é um meio alternativo de se logar em um servidor ao invés de digitar uma senha. É uma forma mais segura e flexível, mas mais difícil de ser configurada. Esse meio alternativo de fazer login é importante se o computador está visível na internet. Para saber mais veja [aqui](http://the.earth.li/~sgtatham/putty/0.55/htmldoc/Chapter8.html).
        
e então use essa informação como entrada no `apt-key` com

    $ gpg -a --export E084DAB9 | sudo apt-key add -
      
Se aparecer a mensagem de que a chave pública foi importada, então não há necessidade de executar os comandos abaixo. Mas caso seja impresso alguma mensagem de erro, outra alternativa pode ser usada para obter a chave, via os comandos:

    $ gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-key E084DAB9
    $ gpg -a --export E084DAB9 | sudo apt-key add -


## Atualização da lista de repositórios do Ubuntu e instalação do *R*

Após fazer as configurações da lista de repositórios e adicionar a chave é necessário fazer a atualização dessa lista (requer poderes de super usuário):

    $ sudo apt-get update
    
Agora, pode instalar o binário do R:

    $ sudo apt-get install r-base

## Diretório para instalação de pacotes

Para termos melhor controle sobre os pacotes do *R* instalados no sistema é recomendado criar um diretório (`/home/usuario/.R/libs`) no seu `home`. O diretório do `home` pode ser obtido com o comando `echo $HOME`.

    $ mkdir -p `echo $HOME`/.R/libs/
    
Para informar ao **R** onde procurar os pacotes que instalamos criamos um arquivo chamado `.Renviron` no diretório `$HOME` contendo a linha `R_LIBS=/home/usuario/.R/libs/`, o que pode ser feito com o  comando:

    $ R_LIBS=`echo $HOME/.R/libs/`
    $ echo $R_LIBS >> `echo $HOME/.Renviron`

Esse caminho fica então visível ao *R*, o que pode ser verificado executando a função `.libPaths()` no console do *R*.

    $ R

No console do R:

```{r, prompt=TRUE, comment=""}
.libPaths()
```
    

## Testando o *R*

Para iniciar o *R* no Ubuntu, digite `R` no cursor do terminal:

    $ R

A partir desse momento já começamos uma sessão no R. Vamos gerar uma sequência numérica de 1 a 10 e plotá-la.

```{r Chunck4, comment="", fig.margin = TRUE, fig.width=4, fig.height=4, fig.cap="Gráfico da sequência de 10 números.", prompt=TRUE, collapse=TRUE}
1:10
plot(1:10)
```

Vamos sair do *R* sem salvar os dados da seção.

```{r Chunck5, comment="", eval = FALSE, prompt=TRUE}
q(save = "no")
```

# Rstudio no Ubuntu

O RStudio é um ambiente integrado de desenvolvimento ([IDE](http://en.wikipedia.org/wiki/Integrated_development_environment)) construído especificamente para o *R*. Existem [diversas opções de IDEs](http://www.kdnuggets.com/polls/2011/r-gui-used.html) para o *R*. Nesse curso utilizaremos o RStudio. Assim como *R* pode ser baixado gratuitamente e é multiplataforma. O ambiente do RStudio disponibiliza o console do *R*, um editor com realce da sintaxe do *R*, ferramentas para gráficos, navegação de diretórios, manejo do espaço de trabalho, depuração de código e páginas de ajuda do *R*.

Para instalação da versão do RStudio para *[Desktop](https://pt.wikipedia.org/wiki/Ambiente_de_desktop)*, você precisa saber se seu sistema operacional é 64 ou 32-bit e a versão do Linux Ubuntu. Essas informações podem ser obtidas, respectivamente, pelos comandos:

    $ arch

```{bash, eval = TRUE, echo = FALSE, comment = ""}
arch
```

    $ lsb_release --release | cut -f2

```{bash, eval = TRUE, echo = FALSE, comment = ""}
lsb_release --release | cut -f2
```

Se retornar **x86_64** sua máquina é 64-bit.

Com essa informação e versão do sistema operacional, siga os seguintes passos:

  1. acesse [RStudio](http://www.rstudio.com/)
  2. clique em *Download RStudio*
  3. Procure a opção *RStudio Desktop* (FREE) e clique *download*

```{r rstudio-choose, echo = FALSE, fig.fullwidth = TRUE, fig.width=10}
knitr::include_graphics('figs/rstudio-choose.png')
```

  5. Selecione sua plataforma
  
```{r, rstudio-plat, echo = FALSE, fig.fullwidth = TRUE, fig.width=10}
knitr::include_graphics('figs/rstudio-plataform-options.png')
```
  
clique sobre o link da sua plataforma, p.ex.: *RStudio x.xx.xxx - Ubuntu 12.04-15.10/Debian 8 (64-bit)*

  6. Dependendo da sua versão Ubuntu, ao clicar sobre o sobre o arquivo baixado com o botão direito, há a opção de abrir com *Ubuntu Software Center* e então clicar em `instalar`. Se na versão de seu Desktop não há esta opção ao clicar com botão direito sobre o arquivo instale via **terminal**[^5] com os seguintes comandos:

[^5]: digite 'Ctrl+Alt+t' para abrir um terminal no Linux Ubuntu

```
$ cd /local/do/arquivo/baixado
$ sudo dpkg -i arquivoBaixado.deb
$ sudo apt-get install -f
```


Abra o RStudio digitando no terminal:

    $ rstudio &
    
Agora você está pronto para começar a programar em *R* aproveitando as facilidades que o [RStudio](http://www.rstudio.com/) oferece. 


<br/> 


<p style="font-family: verdana; font-size: 14px; font-style: italic; background: whitesmoke; color: black; line-height: 14px;width: 900px;">Próximo: [Interface do Usuário](https://rawgit.com/lhmet/adar-ufsm/master/2_InterfaceUsuario.html)</p>