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<!DOCTYPE html>
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" lang="en" xml:lang="en"><head>
<meta charset="utf-8">
<meta name="generator" content="quarto-1.5.55">
<meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1.0, user-scalable=yes">
<meta name="author" content="Mariano Cabanillas-Torpoco">
<title>Projeto de Tese de Doutorado: Martelos do Sul</title>
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// MathJax Typeset
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<body>
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<div id="quarto-sidebar-toc-left" class="sidebar toc-left">
<nav id="TOC" role="doc-toc" class="toc-active">
<h2 id="toc-title">Table of contents</h2>
<ul>
<li><a href="#padrões-de-distribuição-espacial-de-sphyrna-zygaena-e-s.-lewini-no-oceano-atlântico-equatorial-e-sudoeste" id="toc-padrões-de-distribuição-espacial-de-sphyrna-zygaena-e-s.-lewini-no-oceano-atlântico-equatorial-e-sudoeste" class="nav-link active" data-scroll-target="#padrões-de-distribuição-espacial-de-sphyrna-zygaena-e-s.-lewini-no-oceano-atlântico-equatorial-e-sudoeste">Padrões de distribuição espacial de <em>Sphyrna zygaena</em> e <em>S. lewini</em> no Oceano Atlântico Equatorial e Sudoeste</a></li>
</ul>
</nav>
</div>
<div id="quarto-margin-sidebar" class="sidebar margin-sidebar zindex-bottom">
</div>
<main class="content" id="quarto-document-content">
<header id="title-block-header" class="quarto-title-block default">
<div class="quarto-title">
<h1 class="title">Projeto de Tese de Doutorado: Martelos do Sul</h1>
</div>
<div class="quarto-title-meta">
<div>
<div class="quarto-title-meta-heading">Author</div>
<div class="quarto-title-meta-contents">
<p>Mariano Cabanillas-Torpoco </p>
</div>
</div>
</div>
</header>
<section id="padrões-de-distribuição-espacial-de-sphyrna-zygaena-e-s.-lewini-no-oceano-atlântico-equatorial-e-sudoeste" class="level2">
<h2 class="anchored" data-anchor-id="padrões-de-distribuição-espacial-de-sphyrna-zygaena-e-s.-lewini-no-oceano-atlântico-equatorial-e-sudoeste">Padrões de distribuição espacial de <em>Sphyrna zygaena</em> e <em>S. lewini</em> no Oceano Atlântico Equatorial e Sudoeste</h2>
<p>O projeto tem como objetivo analisar a distribuição espacial vertical, horizontal e temporal de <em>Sphryna zygaena</em> e <em>S. lewini</em> no Oceano Atlântico Equatorial e Sudoeste (AESO, Fig. 1). Ambas as espécies são componentes frequentes das capturas de diversas frotas pesqueiras nas suas diferentes fases de vida e suas populações possuem alta vulnerabilidade à retirada de biomassa pela pesca devido à sua história de vida de lento crescimento populacional. Aliado à alta vulnerabilidade ressaltam-se as lacunas de conhecimento sobre seus padrões de movimento vertical e horizontal, assim como o uso da área de estudo nas diferentes fases de vida. Para superar estas lacunas serão analisados dados de Pop-up Satellite Archival Tags (PSATs) que serão implantados em 5 indivíduos de cada espécie e que registrarão dados de temperatura, profundidade e luminosidade. Esses dados serão processados para reconstruir os movimentos horizontais e verticais das espécies. Para entender o uso da área pelas espécies em termos espaciais e temporais, e nas diferentes fases de vida, serão analisados dados de capturas por unidade de esforço de 37 645 lances de pesca e dos comprimentos de 3 004 indivíduos amostrados a bordo de cruzeiros científicos e navios de pesca, entre 1 998 e 2 024, nas águas jurisdicionais de Brasil e Uruguai e nas águas internacionais do Atlantico Equatorial e Sudoeste. Com base no conhecimento existente, hipotetiza-se que:</p>
<ol type="1">
<li><em>S. lewini</em> prefere aguas quentes acima da termoclina durante o dia e realiza mergulhos profundos à noite, enquanto <em>S. zygaena</em> permanece em aguas costeiras superficiais, evitando aguas frias sob a termoclina.</li>
<li>Há segregação espacial inter e intra-específica, com <em>S. lewini</em> ocupando áreas oceânicas, especialmente na temporada fria, e <em>S. zygaena</em> em aguas costeiras, influenciada por sexo e estagio de vida.</li>
<li>A abundancia relativa dessas espécies varia ao longo do ano devido a mudanças sazonais ambientais, com maior abundancia de <em>S. lewini</em> em áreas oceânicas na temporada cálidas e <em>S. zygaena</em> em áreas costeiras na temporada fria.</li>
</ol>
<p>Espera-se que os resultados deste estudo contribuam para a proposição de estratégias de manejo sustentável e a conservação das espécies de tubarões-martelo, uma vez que estas dependem de informações sobre o uso do hábitat e o uso da área pelas espécies nas suas diferentes fases de vida das espécies na área de estudo.</p>
<hr>
<p>Para avançar na compreensão dos padrões de distribuição espacial de <em>Sphyrna zygaena</em> e <em>S. lewini</em> no Oceano Atlântico Equatorial e Sudoeste, o estudo se baseará em três abordagens principais:</p>
<ul>
<li><p>O estudo dos <a href="padroes.html">padrões de movimento vertical e horizontal</a>.</p></li>
<li><p>A análise da <a href="distpob.html">estrutura e distribuição populacional</a>.</p></li>
<li><p>A investigação da <a href="cpue.html">abundância relativa das espécies</a>.</p></li>
</ul>
<p>Essas abordagens permitirão uma visão abrangente sobre o uso do hábitat e os padrões de movimentação das espécies ao longo do tempo e espaço.</p>
<hr>
<section id="cronograma-fake" class="level5">
<h5 class="anchored" data-anchor-id="cronograma-fake">Cronograma fake</h5>
<p>A tabela a seguir descreve as atividades planejadas para cada bimestre do ano de 2024. As atividades incluem disciplinas, obtenção e revisão de dados, análise de dados e estágio de docência. Cada trimestre do ano é representado, indicando com um “x” as fases de execução de cada atividade ao longo do ano.</p>
<table class="caption-top table">
<thead>
<tr class="header">
<th>Actividades</th>
<th>1º</th>
<th>2º</th>
<th>3º</th>
<th>4º</th>
</tr>
</thead>
<tbody>
<tr class="odd">
<td>Disciplinas</td>
<td>x</td>
<td>x</td>
<td>x</td>
<td>x</td>
</tr>
<tr class="even">
<td>Obtenção e Revisão de dados</td>
<td>x</td>
<td>x</td>
<td>x</td>
<td>x</td>
</tr>
<tr class="odd">
<td>Análise de dados</td>
<td></td>
<td>x</td>
<td>x</td>
<td>x</td>
</tr>
<tr class="even">
<td>Estágio Docencia</td>
<td></td>
<td></td>
<td>x</td>
<td>x</td>
</tr>
</tbody>
</table>
<hr>
<p>Também se adjunta um grafico fake inserido com chunk</p>
<div class="cell">
<div class="sourceCode cell-code" id="cb1"><pre class="sourceCode r code-with-copy"><code class="sourceCode r"><span id="cb1-1"><a href="#cb1-1" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a><span class="fu">library</span>(ggplot2)</span>
<span id="cb1-2"><a href="#cb1-2" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a></span>
<span id="cb1-3"><a href="#cb1-3" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a>data <span class="ot"><-</span> <span class="fu">data.frame</span>(</span>
<span id="cb1-4"><a href="#cb1-4" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a> <span class="at">categoria =</span> <span class="fu">c</span>(<span class="st">"A"</span>, <span class="st">"B"</span>, <span class="st">"C"</span>),</span>
<span id="cb1-5"><a href="#cb1-5" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a> <span class="at">valor =</span> <span class="fu">c</span>(<span class="dv">10</span>, <span class="dv">20</span>, <span class="dv">30</span>)</span>
<span id="cb1-6"><a href="#cb1-6" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a>)</span>
<span id="cb1-7"><a href="#cb1-7" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a></span>
<span id="cb1-8"><a href="#cb1-8" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a><span class="fu">ggplot</span>(data, <span class="fu">aes</span>(<span class="at">x=</span>categoria, <span class="at">y=</span>valor)) <span class="sc">+</span></span>
<span id="cb1-9"><a href="#cb1-9" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a> <span class="fu">geom_bar</span>(<span class="at">stat=</span><span class="st">"identity"</span>) <span class="sc">+</span></span>
<span id="cb1-10"><a href="#cb1-10" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a> <span class="fu">labs</span>(<span class="at">title=</span><span class="st">"Gráfico de Barras Fake"</span>,</span>
<span id="cb1-11"><a href="#cb1-11" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a> <span class="at">x=</span><span class="st">"Categoria"</span>,</span>
<span id="cb1-12"><a href="#cb1-12" aria-hidden="true" tabindex="-1"></a> <span class="at">y=</span><span class="st">"Valor"</span>)</span></code><button title="Copy to Clipboard" class="code-copy-button"><i class="bi"></i></button></pre></div>
<div class="cell-output-display">
<div>
<figure class="figure">
<p><img src="index_files/figure-html/unnamed-chunk-1-1.png" class="img-fluid figure-img" width="672"></p>
</figure>
</div>
</div>
</div>
<p>E a formula de von Bertalanffy que sempre achei legal pois é amplamente utilizada para modelar o crescimento de organismos aquáticos, como peixes:</p>
<p><span class="math display">\[
L(t) = L_\infty \left(1 - e^{-K(t - t_0)}\right)
\]</span></p>
<hr>
<p>Também, pode encontrar a apresentação do projeto <a href="apresentação.html">AQUI</a></p>
<hr>
<p>Paper fake: <a href="probando/probando.pdf">First record of Longfin Mako Shark using a Electronic Monitoring System</a></p>
</section>
</section>
</main>
<!-- /main column -->
<script id="quarto-html-after-body" type="application/javascript">
window.document.addEventListener("DOMContentLoaded", function (event) {
const toggleBodyColorMode = (bsSheetEl) => {
const mode = bsSheetEl.getAttribute("data-mode");
const bodyEl = window.document.querySelector("body");
if (mode === "dark") {
bodyEl.classList.add("quarto-dark");
bodyEl.classList.remove("quarto-light");
} else {
bodyEl.classList.add("quarto-light");
bodyEl.classList.remove("quarto-dark");
}
}
const toggleBodyColorPrimary = () => {
const bsSheetEl = window.document.querySelector("link#quarto-bootstrap");
if (bsSheetEl) {
toggleBodyColorMode(bsSheetEl);
}
}
toggleBodyColorPrimary();
const icon = "";
const anchorJS = new window.AnchorJS();
anchorJS.options = {
placement: 'right',
icon: icon
};
anchorJS.add('.anchored');
const isCodeAnnotation = (el) => {
for (const clz of el.classList) {
if (clz.startsWith('code-annotation-')) {
return true;
}
}
return false;
}
const onCopySuccess = function(e) {
// button target
const button = e.trigger;
// don't keep focus
button.blur();
// flash "checked"
button.classList.add('code-copy-button-checked');
var currentTitle = button.getAttribute("title");
button.setAttribute("title", "Copied!");
let tooltip;
if (window.bootstrap) {
button.setAttribute("data-bs-toggle", "tooltip");
button.setAttribute("data-bs-placement", "left");
button.setAttribute("data-bs-title", "Copied!");
tooltip = new bootstrap.Tooltip(button,
{ trigger: "manual",
customClass: "code-copy-button-tooltip",
offset: [0, -8]});
tooltip.show();
}
setTimeout(function() {
if (tooltip) {
tooltip.hide();
button.removeAttribute("data-bs-title");
button.removeAttribute("data-bs-toggle");
button.removeAttribute("data-bs-placement");
}
button.setAttribute("title", currentTitle);
button.classList.remove('code-copy-button-checked');
}, 1000);
// clear code selection
e.clearSelection();
}
const getTextToCopy = function(trigger) {
const codeEl = trigger.previousElementSibling.cloneNode(true);
for (const childEl of codeEl.children) {
if (isCodeAnnotation(childEl)) {
childEl.remove();
}
}
return codeEl.innerText;
}
const clipboard = new window.ClipboardJS('.code-copy-button:not([data-in-quarto-modal])', {
text: getTextToCopy
});
clipboard.on('success', onCopySuccess);
if (window.document.getElementById('quarto-embedded-source-code-modal')) {
// For code content inside modals, clipBoardJS needs to be initialized with a container option
// TODO: Check when it could be a function (https://github.com/zenorocha/clipboard.js/issues/860)
const clipboardModal = new window.ClipboardJS('.code-copy-button[data-in-quarto-modal]', {
text: getTextToCopy,
container: window.document.getElementById('quarto-embedded-source-code-modal')
});
clipboardModal.on('success', onCopySuccess);
}
var localhostRegex = new RegExp(/^(?:http|https):\/\/localhost\:?[0-9]*\//);
var mailtoRegex = new RegExp(/^mailto:/);
var filterRegex = new RegExp('/' + window.location.host + '/');
var isInternal = (href) => {
return filterRegex.test(href) || localhostRegex.test(href) || mailtoRegex.test(href);
}
// Inspect non-navigation links and adorn them if external
var links = window.document.querySelectorAll('a[href]:not(.nav-link):not(.navbar-brand):not(.toc-action):not(.sidebar-link):not(.sidebar-item-toggle):not(.pagination-link):not(.no-external):not([aria-hidden]):not(.dropdown-item):not(.quarto-navigation-tool):not(.about-link)');
for (var i=0; i<links.length; i++) {
const link = links[i];
if (!isInternal(link.href)) {
// undo the damage that might have been done by quarto-nav.js in the case of
// links that we want to consider external
if (link.dataset.originalHref !== undefined) {
link.href = link.dataset.originalHref;
}
}
}
function tippyHover(el, contentFn, onTriggerFn, onUntriggerFn) {
const config = {
allowHTML: true,
maxWidth: 500,
delay: 100,
arrow: false,
appendTo: function(el) {
return el.parentElement;
},
interactive: true,
interactiveBorder: 10,
theme: 'quarto',
placement: 'bottom-start',
};
if (contentFn) {
config.content = contentFn;
}
if (onTriggerFn) {
config.onTrigger = onTriggerFn;
}
if (onUntriggerFn) {
config.onUntrigger = onUntriggerFn;
}
window.tippy(el, config);
}
const noterefs = window.document.querySelectorAll('a[role="doc-noteref"]');
for (var i=0; i<noterefs.length; i++) {
const ref = noterefs[i];
tippyHover(ref, function() {
// use id or data attribute instead here
let href = ref.getAttribute('data-footnote-href') || ref.getAttribute('href');
try { href = new URL(href).hash; } catch {}
const id = href.replace(/^#\/?/, "");
const note = window.document.getElementById(id);
if (note) {
return note.innerHTML;
} else {
return "";
}
});
}
const xrefs = window.document.querySelectorAll('a.quarto-xref');
const processXRef = (id, note) => {
// Strip column container classes
const stripColumnClz = (el) => {
el.classList.remove("page-full", "page-columns");
if (el.children) {
for (const child of el.children) {
stripColumnClz(child);
}
}
}
stripColumnClz(note)
if (id === null || id.startsWith('sec-')) {
// Special case sections, only their first couple elements
const container = document.createElement("div");
if (note.children && note.children.length > 2) {
container.appendChild(note.children[0].cloneNode(true));
for (let i = 1; i < note.children.length; i++) {
const child = note.children[i];
if (child.tagName === "P" && child.innerText === "") {
continue;
} else {
container.appendChild(child.cloneNode(true));
break;
}
}
if (window.Quarto?.typesetMath) {
window.Quarto.typesetMath(container);
}
return container.innerHTML
} else {
if (window.Quarto?.typesetMath) {
window.Quarto.typesetMath(note);
}
return note.innerHTML;
}
} else {
// Remove any anchor links if they are present
const anchorLink = note.querySelector('a.anchorjs-link');
if (anchorLink) {
anchorLink.remove();
}
if (window.Quarto?.typesetMath) {
window.Quarto.typesetMath(note);
}
// TODO in 1.5, we should make sure this works without a callout special case
if (note.classList.contains("callout")) {
return note.outerHTML;
} else {
return note.innerHTML;
}
}
}
for (var i=0; i<xrefs.length; i++) {
const xref = xrefs[i];
tippyHover(xref, undefined, function(instance) {
instance.disable();
let url = xref.getAttribute('href');
let hash = undefined;
if (url.startsWith('#')) {
hash = url;
} else {
try { hash = new URL(url).hash; } catch {}
}
if (hash) {
const id = hash.replace(/^#\/?/, "");
const note = window.document.getElementById(id);
if (note !== null) {
try {
const html = processXRef(id, note.cloneNode(true));
instance.setContent(html);
} finally {
instance.enable();
instance.show();
}
} else {
// See if we can fetch this
fetch(url.split('#')[0])
.then(res => res.text())
.then(html => {
const parser = new DOMParser();
const htmlDoc = parser.parseFromString(html, "text/html");
const note = htmlDoc.getElementById(id);
if (note !== null) {
const html = processXRef(id, note);
instance.setContent(html);
}
}).finally(() => {
instance.enable();
instance.show();
});
}
} else {
// See if we can fetch a full url (with no hash to target)
// This is a special case and we should probably do some content thinning / targeting
fetch(url)
.then(res => res.text())
.then(html => {
const parser = new DOMParser();
const htmlDoc = parser.parseFromString(html, "text/html");
const note = htmlDoc.querySelector('main.content');
if (note !== null) {
// This should only happen for chapter cross references
// (since there is no id in the URL)
// remove the first header
if (note.children.length > 0 && note.children[0].tagName === "HEADER") {
note.children[0].remove();
}
const html = processXRef(null, note);
instance.setContent(html);
}
}).finally(() => {
instance.enable();
instance.show();
});
}
}, function(instance) {
});
}
let selectedAnnoteEl;
const selectorForAnnotation = ( cell, annotation) => {
let cellAttr = 'data-code-cell="' + cell + '"';
let lineAttr = 'data-code-annotation="' + annotation + '"';
const selector = 'span[' + cellAttr + '][' + lineAttr + ']';
return selector;
}
const selectCodeLines = (annoteEl) => {
const doc = window.document;
const targetCell = annoteEl.getAttribute("data-target-cell");
const targetAnnotation = annoteEl.getAttribute("data-target-annotation");
const annoteSpan = window.document.querySelector(selectorForAnnotation(targetCell, targetAnnotation));
const lines = annoteSpan.getAttribute("data-code-lines").split(",");
const lineIds = lines.map((line) => {
return targetCell + "-" + line;
})
let top = null;
let height = null;
let parent = null;
if (lineIds.length > 0) {
//compute the position of the single el (top and bottom and make a div)
const el = window.document.getElementById(lineIds[0]);
top = el.offsetTop;
height = el.offsetHeight;
parent = el.parentElement.parentElement;
if (lineIds.length > 1) {
const lastEl = window.document.getElementById(lineIds[lineIds.length - 1]);
const bottom = lastEl.offsetTop + lastEl.offsetHeight;
height = bottom - top;
}
if (top !== null && height !== null && parent !== null) {
// cook up a div (if necessary) and position it
let div = window.document.getElementById("code-annotation-line-highlight");
if (div === null) {
div = window.document.createElement("div");
div.setAttribute("id", "code-annotation-line-highlight");
div.style.position = 'absolute';
parent.appendChild(div);
}
div.style.top = top - 2 + "px";
div.style.height = height + 4 + "px";
div.style.left = 0;
let gutterDiv = window.document.getElementById("code-annotation-line-highlight-gutter");
if (gutterDiv === null) {
gutterDiv = window.document.createElement("div");
gutterDiv.setAttribute("id", "code-annotation-line-highlight-gutter");
gutterDiv.style.position = 'absolute';
const codeCell = window.document.getElementById(targetCell);
const gutter = codeCell.querySelector('.code-annotation-gutter');
gutter.appendChild(gutterDiv);
}
gutterDiv.style.top = top - 2 + "px";
gutterDiv.style.height = height + 4 + "px";
}
selectedAnnoteEl = annoteEl;
}
};
const unselectCodeLines = () => {
const elementsIds = ["code-annotation-line-highlight", "code-annotation-line-highlight-gutter"];
elementsIds.forEach((elId) => {
const div = window.document.getElementById(elId);
if (div) {
div.remove();
}
});
selectedAnnoteEl = undefined;
};
// Handle positioning of the toggle
window.addEventListener(
"resize",
throttle(() => {
elRect = undefined;
if (selectedAnnoteEl) {
selectCodeLines(selectedAnnoteEl);
}
}, 10)
);
function throttle(fn, ms) {
let throttle = false;
let timer;
return (...args) => {
if(!throttle) { // first call gets through
fn.apply(this, args);
throttle = true;
} else { // all the others get throttled
if(timer) clearTimeout(timer); // cancel #2
timer = setTimeout(() => {
fn.apply(this, args);
timer = throttle = false;
}, ms);
}
};
}
// Attach click handler to the DT
const annoteDls = window.document.querySelectorAll('dt[data-target-cell]');
for (const annoteDlNode of annoteDls) {
annoteDlNode.addEventListener('click', (event) => {
const clickedEl = event.target;
if (clickedEl !== selectedAnnoteEl) {
unselectCodeLines();
const activeEl = window.document.querySelector('dt[data-target-cell].code-annotation-active');
if (activeEl) {
activeEl.classList.remove('code-annotation-active');
}
selectCodeLines(clickedEl);
clickedEl.classList.add('code-annotation-active');
} else {
// Unselect the line
unselectCodeLines();
clickedEl.classList.remove('code-annotation-active');
}
});
}
const findCites = (el) => {
const parentEl = el.parentElement;
if (parentEl) {
const cites = parentEl.dataset.cites;
if (cites) {
return {
el,
cites: cites.split(' ')
};
} else {
return findCites(el.parentElement)
}
} else {
return undefined;
}
};
var bibliorefs = window.document.querySelectorAll('a[role="doc-biblioref"]');
for (var i=0; i<bibliorefs.length; i++) {
const ref = bibliorefs[i];
const citeInfo = findCites(ref);
if (citeInfo) {
tippyHover(citeInfo.el, function() {
var popup = window.document.createElement('div');
citeInfo.cites.forEach(function(cite) {
var citeDiv = window.document.createElement('div');
citeDiv.classList.add('hanging-indent');
citeDiv.classList.add('csl-entry');
var biblioDiv = window.document.getElementById('ref-' + cite);
if (biblioDiv) {
citeDiv.innerHTML = biblioDiv.innerHTML;
}
popup.appendChild(citeDiv);
});
return popup.innerHTML;
});
}
}
});
</script>
</div> <!-- /content -->
</body></html>