From 7abbe4da02fc4c14a3b1b39938e06e4fb75d765c Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: ttubb Date: Fri, 17 May 2024 13:51:01 +0000 Subject: [PATCH] rm todo --- todo.txt | 68 -------------------------------------------------------- 1 file changed, 68 deletions(-) delete mode 100644 todo.txt diff --git a/todo.txt b/todo.txt deleted file mode 100644 index 20331c1..0000000 --- a/todo.txt +++ /dev/null @@ -1,68 +0,0 @@ ->> RELEASE 0.9 -[x] Alle Examples fertig -[ ] [naja die CI läuft] Installation auf frischer VM testen - ->> RELEASE 0.9.1 -[x] CI/CL -[x] Preflight Check Liste abarbeiten -[x] Selber Coverage Files erstellen. Damit man nicht jedes mal coverage_from_bam machen muss -[-] Bei den jeweiligen Namen checken, ob die in der ENA schon existieren - Macht nur Stress weil ich auf dem DEV server einfach leere responses bekomme -[x] Funktion, um beim Testen random strings vor die namen zu packen -[x] Auskommentierte sektionen raus -[x] Github release erstellen -[x] Jede funktion 1 Docstring -[x] Preflight checks überarbeiten, so dass ich mehrere ERRORs auf einmal sehen kann - ->> RELEASE 1.0.0 -[ ] Refactor main.py -[ ] Antworten auf meine ENA tickets -[ ] minitest-option - wir uploaden nur 1 readfile, nur 1 bin, simulieren coverage werte -[x] enaSearching überarbeiten - kann ich wirklich nicht auf dem dev server suchen? - ->> RELEASE irgendwann -[ ] preflight macht erst alle preflight checks, reported alle probleme. Erst dann passiert exit(1).- -[ ] Optional: Store Arguments during makecfg, derive Arguments from Config during Submit -[ ] Validation before submission. Plus --skip_validation option -[ ] Mehr kompatibilität zu pep8 / Flake - ->> Taxonomie -[x] Die Bakterien die nicht "Bacterium" heißen -[x] Eukaryota - - ->> Ideen f. Preflight Checks -[...] Contigs pro MAG -[x] Ist die Upload-Kombination gültig (w.g. Reads + Bins -> Verbooodn!) -[...] Passen die bins im bin directory zu den bins überall sonst? (Quality, Taxonomy, MAG Metadata) -[x] Existieren die Namen bereits in der ENA? -[x] Passen die Sample Accessions von den Reads zu denen im "Sample Accessions" Feld v -[x] Does the MAG metadata file look correct? We need chromosome paths if there are any unlocalised paths. -[x] Wir checken nicht ob "Assembly Name" ein String ist -[...] Mehr pep8 / Flake Konformitaet - ->> Abbrüche handlen, resume funktion - - ->> Validation before Submission - - ->> Tests (Actual Submission) -[x] 01 Samples + Reads + Assembly + Bins + MAGS (bam) (taxonomy mix) (2 pe reads) (MAGs fasta) -[x] 02 Samples + Reads + Assembly + Bins (bam with unsorted) (dervied taxonomies) (2 single reads) -[x] 03 Samples + Reads + Assembly (bam with unindexed) --- (2 pe 2 single reads) -[x] 04 Reads + Assembly + Bins + MAGS (known coverage) (taxonomy mix) (1 single reads) (MAGs Flatfiles) -[x] 05 Reads + Assembly + Bins (known coverage) (taxonomy mix) (2 pe reads) -[x] 06 Reads + Assembly (bam) --- (1 single 1 pe) -[x] 07 Assembly + Bins + MAGs (known coverage) (taxonomy mix) --- (MAGs fasta w/ chromosome + unlocalized) -[x] 08 Assembly + Bins (bam) (manual taxonomies) --- -[x] 09 Assembly (bam) --- --- -[x] 10 Bins + MAGs (known coverage) (Eukaryota!) --- (MAGs Flatfiles w/ chromosome) References Co-Assembly -[x] 11 Bins (known coverage) (Eukaryota!) --- References Mono-Assembly -[x] 12 MAGs (bam) (manual taxonomies) --- (Mixed MAGS) - ->> Tests (Do the Errors look right) -[ ] Taxid doesn't exist yet -[ ] Illegal combination of submission items -[ ] ?Samples are part of different projects? -