DRY解析教本p75のアノテーション情報付加する箇所でつまづいています

[hidekit926]

最後の最後でうまく流れません。
./310_run-table-annovar.shを入力すると
gunzip: DRR006760.all.pass.vcf.gz: unexpected end of file
gunzip: DRR006760.all.pass.vcf.gz: uncompress failed
NOTICE: Finished reading 2894 lines from VCF file
NOTICE: A total of 2752 locus in VCF file passed QC threshold, representing 2483 SNPs (1806 transitions and 677 transversions) and 279 indels/substitutions
NOTICE: Finished writing 2483 SNP genotypes (1806 transitions and 677 transversions) and 279 indels/substitutions for 1 sample
WARNING: 2 invalid alternative alleles found in input file
Error: the required database file annovar-hg38/hg38_avsnp150.txt does not exist.　

と出てしまいました。

310_run-table-annovar.shのスクリプト内の./annovarのパスを色々と修正してみたのですが、同様の結果でした。

どなたか同様の問題で止まってしまった方、その他、アドバイス頂ける方、お待ちしています

[misshie]

ご質問いただきありがとうございます。

まず

gunzip: DRR006760.all.pass.vcf.gz: unexpected end of file
gunzip: DRR006760.all.pass.vcf.gz: uncompress failed

起きていることは、DRR006760.all.pass.vcf.gzがgzipファイルとして途中で壊れているということです。ただ少なくとも2894行は正常に出力されているようです。150_run-VariantFiltration.shの実行に失敗している可能性があります。このスクリプト実行時になにかエラーがでていないか確認して下さい。場合によってはそれ以前にさかのぼって起こったエラーを見つける必要があるかもしれません。

Error: the required database file annovar-hg38/hg38_avsnp150.txt does not exist.　

については、310_run-table-annovar.sh内でdbd=annovar-hg38として指定しているannovar-hg38ディレクトリ内に、hg38_avsnp150.txtファイルがみつからないというエラーです210_prep-annovar-dbs.sh実行時になにかエラーが起きていないか確認してください。

このお返事では一発で解決できないかもしれませんが、解決にトライしていただければ幸いです。