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0 から始めるエピゲノム解析（ChIP-seq）ver2：MACS2のオプション（--shift）について #45

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Y-Yamaguchi000 opened this issue Sep 19, 2022 · 0 comments

Y-Yamaguchi000 commented Sep 19, 2022 •

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DRY解析教本の下記ページに関する質問です。

https://github.com/yuifu/ngsdat2_epigenome_chipseq/blob/master/atacseq.md#macs2%E3%81%AB%E3%82%88%E3%82%8B%E3%83%94%E3%83%BC%E3%82%AF%E6%A4%9C%E5%87%BA

MACS2のヘルプによると、オプション--shiftはペアエンドBAMには使用できないとあります。
https://github.com/macs3-project/MACS/blob/master/docs/callpeak.md#--shift

私がどこか勘違いしているのかもしれないのですが、この点に関してご教授いただけますと幸いです。

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