diff --git a/user_genome/genome.fa b/user_genome/genome.fa new file mode 100644 index 0000000..ff3f9ad --- /dev/null +++ b/user_genome/genome.fa @@ -0,0 +1,20 @@ +>Replace this file with the multifasta of your sequence! +GATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACA +GATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACA +GATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACA +GATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACA +GATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACA +GATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACA +GATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACA +GATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACA +GATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACA +>Replace this file with the multifasta of your sequence! +GATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACA +GATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACA +GATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACA +GATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACA +GATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACA +GATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACA +GATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACA +GATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACA +GATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACAGATTACA diff --git a/user_genome/genome.template b/user_genome/genome.template new file mode 100644 index 0000000..ad2577c --- /dev/null +++ b/user_genome/genome.template @@ -0,0 +1,87 @@ +Submit-block ::= { + contact { + contact { + name name { + last "Doe", + first "John", + middle "J", + initials "J.D." + }, + affil std { + affil "The Institute", + city "Commonwealth", + sub "MA", + country "USA", + street "31459 Infinity Dr", + postal-code "02114" + } + } + }, + cit { + authors { + names std { + { + name name { + last "Author", + first "One", + middle "the", + initials "O.A." + } + }, + { + name name { + last "Author", + first "Two", + middle "the", + initials "T.A." + } + }, + { + name name { + last "Author", + first "Last", + middle "the", + initials "L.A." + } + } + }, + affil std { + affil "The Institute", + city "Commonwealth", + sub "MA", + country "USA", + street "31459 Infinity Dr", + postal-code "02114" + } + }, + medium other, + date std { + year 2018, + month 3, + day 15 + } + } +} +Seqdesc ::= source { + org { + taxname "Escherichia coli", + db { + { + db "taxon", + tag id 562 + } + }, + orgname { + name binomial { + genus "Escherichia", + species "coli" + }, + attrib "specified", + gcode 11, + div "BCT" + } + } +} +Seqdesc ::= molinfo { + biomol genomic +} diff --git a/user_genome/genome.yaml b/user_genome/genome.yaml new file mode 100644 index 0000000..b598e65 --- /dev/null +++ b/user_genome/genome.yaml @@ -0,0 +1,8 @@ +submit_block_template: + class: File + location: example_genome/genome.template +fasta: + class: File + location: example_genome/genome.fa +taxid: 562 +gc_assm_name: ecoli_example