diff --git a/environment.yml b/environment.yml index f16b2d11e..909b79279 100644 --- a/environment.yml +++ b/environment.yml @@ -6,36 +6,36 @@ channels: - bioconda - defaults dependencies: - - conda-forge::llvm-openmp=8.0.1 - - conda-forge::openmp=8.0.1 - - conda-forge::markdown=3.1.1 - - conda-forge::pymdown-extensions=6.0 - - conda-forge::pygments=2.5.2 - - bioconda::ascat=2.5.2 - - bioconda::bcftools=1.9 - - bioconda::bwa-mem2=2.0 - - bioconda::bwa=0.7.17 - - bioconda::cancerit-allelecount=4.0.2 - - bioconda::cnvkit=0.9.6 - - bioconda::control-freec=11.6 - - bioconda::ensembl-vep=99.2 - - bioconda::fastqc=0.11.9 - - bioconda::fgbio=1.1.0 - - bioconda::freebayes=1.3.2 - - bioconda::gatk4-spark=4.1.7.0 - - bioconda::genesplicer=1.0 - - bioconda::htslib=1.9 - - bioconda::manta=1.6.0 - - bioconda::msisensor=0.5 - - bioconda::multiqc=1.8 - - bioconda::qualimap=2.2.2d - - bioconda::samblaster=0.1.24 - - bioconda::samtools=1.9 - - bioconda::snpeff=4.3.1t - - bioconda::strelka=2.9.10 - - bioconda::tiddit=2.7.1 - - bioconda::trim-galore=0.6.5 - - bioconda::vcfanno=0.3.2 - - bioconda::vcftools=0.1.16 - - conda-forge::pigz=2.3.4 - - conda-forge::r-ggplot2=3.3.0 + - conda-forge::llvm-openmp=8.0.1=hc9558a2_0 + - conda-forge::openmp=8.0.1=0 + - conda-forge::markdown=3.1.1=py_0 + - conda-forge::pymdown-extensions=6.0=py_0 + - conda-forge::pygments=2.5.2=py_0 + - bioconda::ascat=2.5.2=r40_2 + - bioconda::bcftools=1.9=ha228f0b_4 + - bioconda::bwa-mem2=2.0=he513fc3_1 + - bioconda::bwa=0.7.17=hed695b0_7 + - bioconda::cancerit-allelecount=4.0.2=ha228f0b_1 + - bioconda::cnvkit=0.9.6=py27_1 + - bioconda::control-freec=11.6=he1b5a44_0 + - bioconda::ensembl-vep=99.2=pl526hecc5488_0 + - bioconda::fastqc=0.11.9=0 + - bioconda::fgbio=1.1.0=0 + - bioconda::freebayes=1.3.2=py27h49fb759_2 + - bioconda::gatk4-spark=4.1.7.0=0 + - bioconda::genesplicer=1.0=1 + - bioconda::htslib=1.9=ha228f0b_7 + - bioconda::manta=1.6.0=py27_0 + - bioconda::msisensor=0.5=h25a10a7_1 + - bioconda::multiqc=1.8=py_2 + - bioconda::qualimap=2.2.2d=1 + - bioconda::samblaster=0.1.24=hc9558a2_3 + - bioconda::samtools=1.9=h10a08f8_12 + - bioconda::snpeff=4.3.1t=0 + - bioconda::strelka=2.9.10=0 + - bioconda::tiddit=2.7.1=py27hb3f55d8_1 + - bioconda::trim-galore=0.6.5=0 + - bioconda::vcfanno=0.3.2=0 + - bioconda::vcftools=0.1.16=he513fc3_4 + - conda-forge::pigz=2.3.4=hed695b0_1 + - conda-forge::r-ggplot2=3.3.0=r40h6115d3f_1 \ No newline at end of file