diff --git a/docs/images/sarek_indices_subway.png b/docs/images/sarek_indices_subway.png new file mode 100644 index 000000000..cc8789282 Binary files /dev/null and b/docs/images/sarek_indices_subway.png differ diff --git a/docs/images/sarek_indices_subway.svg b/docs/images/sarek_indices_subway.svg new file mode 100644 index 000000000..54a94c320 --- /dev/null +++ b/docs/images/sarek_indices_subway.svg @@ -0,0 +1,4654 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 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b/docs/images/sarek_subway.png new file mode 100644 index 000000000..cba723d81 Binary files /dev/null and b/docs/images/sarek_subway.png differ diff --git a/docs/images/sarek_subway.svg b/docs/images/sarek_subway.svg new file mode 100644 index 000000000..0cf666b4c --- /dev/null +++ b/docs/images/sarek_subway.svg @@ -0,0 +1,3667 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + image/svg+xml + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + nf-core/sarek 3.0 Example analysis pathways + + + ensemblvep + snpeff + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + convert + trim + UMI + split + mapping + convert + prepare + recalibration + variant calling + markduplicates + + + fastq + + + + bam + + + + + + + + + + + + + + + + + + cram + + deepvariant + freebayes + haplotypecaller + manta + strelka2 + tiddit + mutect2 + ascat + msisensorpro + controlfreec + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + cram + + + + cram + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + vcf + + + + vcf + + + + vcf + + + + + + vcf + + + + vcf + + + + vcf + + + + + + + vcf + + + + vcf + + + + vcf + + + + Optional + + Mandatory + + Germline variant calling + Tumor only variant calling + Tumor-normal pair variant calling + Core workflow + + + + + + + + + + + + + + + 1 + + + + + + + + 2 + + + + + + + + 3 + + + + + + + + 4 + + + + + + + + 5 + + + + + + + + + 6 + + fastqc + nothing yet + + + + + + + + + + + + nothing yet + 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