-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
scoring_matrices.py
executable file
·127 lines (120 loc) · 8.81 KB
/
scoring_matrices.py
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
PAM70 = ([5,-4,-2,-1,-4,-2,-1,0,-4,-2,-4,-4,-3,-6,0,1,1,-9,-5,-1],
[-4,8,-3,-6,-5,0,-5,-6,0,-3,-6,2,-2,-7,-2,-1,-4,0,-7,-5],
[-2,-3,6,3,-7,-1,0,-1,1,-3,-5,0,-5,-6,-3,1,0,-6,-3,-5],
[-1,-6,3,6,-9,0,3,-1,-1,-5,-8,-2,-7,-10,-4,-1,-2,-10,-7,-5],
[-4,-5,-7,-9,9,-9,-9,-6,-5,-4,-10,-9,-9,-8,-5,-1,-5,-11,-2,-4],
[-2,0,-1,0,-9,7,2,-4,2,-5,-3,-1,-2,-9,-1,-3,-3,-8,-8,-4],
[-1,-5,0,3,-9,2,6,-2,-2,-4,-6,-2,-4,-9,-3,-2,-3,-11,-6,-4],
[0,-6,-1,-1,-6,-4,-2,6,-6,-6,-7,-5,-6,-7,-3,0,-3,-10,-9,-3],
[-4,0,1,-1,-5,2,-2,-6,8,-6,-4,-3,-6,-4,-2,-3,-4,-5,-1,-4],
[-2,-3,-3,-5,-4,-5,-4,-6,-6,7,1,-4,1,0,-5,-4,-1,-9,-4,3],
[-4,-6,-5,-8,-10,-3,-6,-7,-4,1,6,-5,2,-1,-5,-6,-4,-4,-4,0],
[-4,2,0,-2,-9,-1,-2,-5,-3,-4,-5,6,0,-9,-4,-2,-1,-7,-7,-6],
[-3,-2,-5,-7,-9,-2,-4,-6,-6,1,2,0,10,-2,-5,-3,-2,-8,-7,0],
[-6,-7,-6,-10,-8,-9,-9,-7,-4,0,-1,-9,-2,8,-7,-4,-6,-2,4,-5],
[0,-2,-3,-4,-5,-1,-3,-3,-2,-5,-5,-4,-5,-7,7,0,-2,-9,-9,-3],
[1,-1,1,-1,-1,-3,-2,0,-3,-4,-6,-2,-3,-4,0,5,2,-3,-5,-3],
[1,-4,0,-2,-5,-3,-3,-3,-4,-1,-4,-1,-2,-6,-2,2,6,-8,-4,-1],
[-9,0,-6,-10,-11,-8,-11,-10,-5,-9,-4,-7,-8,-2,-9,-3,-8,13,-3,-10],
[-5,-7,-3,-7,-2,-8,-6,-9,-1,-4,-4,-7,-7,4,-9,-5,-4,-3,9,-5],
[-1,-5,-5,-5,-4,-4,-4,-3,-4,3,0,-6,0,-5,-3,-3,-1,-10,-5,6]);
PAM20 = ([6,-8,-5,-4,-8,-5,-3,-3,-8,-6,-7,-8,-6,-9,-2,-1,-1,-16,-9,-3],
[-8,9,-7,-12,-9,-2,-11,-11,-3,-6,-10,-1,-5,-10,-5,-4,-8,-3,-11,-9],
[-5,-7,8,1,-13,-5,-3,-4,-1,-6,-8,-2,-11,-10,-7,-1,-3,-9,-5,-9],
[-4,-12,1,8,-16,-4,2,-4,-5,-9,-15,-6,-13,-17,-9,-5,-6,-17,-13,-9],
[-8,-9,-13,-16,10,-16,-16,-11,-8,-7,-17,-16,-16,-15,-9,-4,-9,-18,-5,-7],
[-5,-2,-5,-4,-16,9,0,-8,0,-9,-6,-4,-5,-15,-4,-6,-7,-15,-14,-8],
[-3,-11,-3,2,-16,0,8,-5,-6,-6,-10,-5,-8,-16,-7,-5,-7,-19,-9,-8],
[-3,-11,-4,-4,-11,-8,-5,7,-10,-13,-12,-8,-10,-10,-7,-3,-7,-17,-16,-7],
[-8,-3,-1,-5,-8,0,-6,-10,9,-11,-7,-8,-13,-7,-5,-7,-8,-8,-4,-7],
[-6,-6,-6,-9,-7,-9,-6,-13,-11,9,-2,-7,-2,-3,-10,-8,-3,-16,-7,1],
[-7,-10,-8,-15,-17,-6,-10,-12,-7,-2,7,-9,0,-4,-8,-9,-8,-7,-8,-3],
[-8,-1,-2,-6,-16,-4,-5,-8,-8,-7,-9,7,-3,-16,-8,-5,-4,-14,-10,-10],
[-6,-5,-11,-13,-16,-5,-8,-10,-13,-2,0,-3,11,-5,-9,-6,-5,-15,-13,-2],
[-9,-10,-10,-17,-15,-15,-16,-10,-7,-3,-4,-16,-5,9,-11,-7,-10,-6,1,-9],
[-2,-5,-7,-9,-9,-4,-7,-7,-5,-10,-8,-8,-9,-11,8,-3,-5,-16,-16,-7],
[-1,-4,-1,-5,-4,-6,-5,-3,-7,-8,-9,-5,-6,-7,-3,7,0,-6,-8,-8],
[-1,-8,-3,-6,-9,-7,-7,-7,-8,-3,-8,-4,-5,-10,-5,0,7,-15,-7,-4],
[-16,-3,-9,-17,-18,-15,-19,-17,-8,-16,-7,-14,-15,-6,-16,-6,-15,13,-6,-18],
[-9,-11,-5,-13,-5,-14,-9,-16,-4,-7,-8,-10,-13,1,-16,-8,-7,-6,10,-8],
[-3,-9,-9,-9,-7,-8,-8,-7,-7,1,-3,-10,-2,-9,-7,-8,-4,-18,-8,7]);
PAM30 = ([6,-7,-4,-3,-6,-4,-2,-2,-7,-5,-6,-7,-5,-8,-2,0,-1,-13,-8,-2],
[-7,8,-6,-10,-8,-2,-9,-9,-2,-5,-8,0,-4,-9,-4,-3,-6,-2,-10,-8],
[-4,-6,8,2,-11,-3,-2,-3,0,-5,-7,-1,-9,-9,-6,0,-2,-8,-4,-8],
[-3,-10,2,8,-14,-2,2,-3,-4,-7,-12,-4,-11,-15,-8,-4,-5,-15,-11,-8],
[-6,-8,-11,-14,10,-14,-14,-9,-7,-6,-15,-14,-13,-13,-8,-3,-8,-15,-4,-6],
[-4,-2,-3,-2,-14,8,1,-7,1,-8,-5,-3,-4,-13,-3,-5,-5,-13,-12,-7],
[-2,-9,-2,2,-14,1,8,-4,-5,-5,-9,-4,-7,-14,-5,-4,-6,-17,-8,-6],
[-2,-9,-3,-3,-9,-7,-4,6,-9,-11,-10,-7,-8,-9,-6,-2,-6,-15,-14,-5],
[-7,-2,0,-4,-7,1,-5,-9,9,-9,-6,-6,-10,-6,-4,-6,-7,-7,-3,-6],
[-5,-5,-5,-7,-6,-8,-5,-11,-9,8,-1,-6,-1,-2,-8,-7,-2,-14,-6,2],
[-6,-8,-7,-12,-15,-5,-9,-10,-6,-1,7,-8,1,-3,-7,-8,-7,-6,-7,-2],
[-7,0,-1,-4,-14,-3,-4,-7,-6,-6,-8,7,-2,-14,-6,-4,-3,-12,-9,-9],
[-5,-4,-9,-11,-13,-4,-7,-8,-10,-1,1,-2,11,-4,-8,-5,-4,-13,-11,-1],
[-8,-9,-9,-15,-13,-13,-14,-9,-6,-2,-3,-14,-4,9,-10,-6,-9,-4,2,-8],
[-2,-4,-6,-8,-8,-3,-5,-6,-4,-8,-7,-6,-8,-10,8,-2,-4,-14,-13,-6],
[0,-3,0,-4,-3,-5,-4,-2,-6,-7,-8,-4,-5,-6,-2,6,0,-5,-7,-6],
[-1,-6,-2,-5,-8,-5,-6,-6,-7,-2,-7,-3,-4,-9,-4,0,7,-13,-6,-3],
[-13,-2,-8,-15,-15,-13,-17,-15,-7,-14,-6,-12,-13,-4,-14,-5,-13,13,-5,-15],
[-8,-10,-4,-11,-4,-12,-8,-14,-3,-6,-7,-9,-11,2,-13,-7,-6,-5,10,-7],
[-2,-8,-8,-8,-6,-7,-6,-5,-6,2,-2,-9,-1,-8,-6,-6,-3,-15,-7,7]);
BLOSUM30 = ([4,-1,0,0,-3,1,0,0,-2,0,-1,0,1,-2,-1,1,1,-5,-4,1],
[-1,8,-2,-1,-2,3,-1,-2,-1,-3,-2,1,0,-1,-1,-1,-3,0,0,-1],
[0,-2,8,1,-1,-1,-1,0,-1,0,-2,0,0,-1,-3,0,1,-7,-4,-2],
[0,-1,1,9,-3,-1,1,-1,-2,-4,-1,0,-3,-5,-1,0,-1,-4,-1,-2],
[-3,-2,-1,-3,17,-2,1,-4,-5,-2,0,-3,-2,-3,-3,-2,-2,-2,-6,-2],
[1,3,-1,-1,-2,8,2,-2,0,-2,-2,0,-1,-3,0,-1,0,-1,-1,-3],
[0,-1,-1,1,1,2,6,-2,0,-3,-1,2,-1,-4,1,0,-2,-1,-2,-3],
[0,-2,0,-1,-4,-2,-2,8,-3,-1,-2,-1,-2,-3,-1,0,-2,1,-3,-3],
[-2,-1,-1,-2,-5,0,0,-3,14,-2,-1,-2,2,-3,1,-1,-2,-5,0,-3],
[0,-3,0,-4,-2,-2,-3,-1,-2,6,2,-2,1,0,-3,-1,0,-3,-1,4],
[-1,-2,-2,-1,0,-2,-1,-2,-1,2,4,-2,2,2,-3,-2,0,-2,3,1],
[0,1,0,0,-3,0,2,-1,-2,-2,-2,4,2,-1,1,0,-1,-2,-1,-2],
[1,0,0,-3,-2,-1,-1,-2,2,1,2,2,6,-2,-4,-2,0,-3,-1,0],
[-2,-1,-1,-5,-3,-3,-4,-3,-3,0,2,-1,-2,10,-4,-1,-2,1,3,1],
[-1,-1,-3,-1,-3,0,1,-1,1,-3,-3,1,-4,-4,11,-1,0,-3,-2,-4],
[1,-1,0,0,-2,-1,0,0,-1,-1,-2,0,-2,-1,-1,4,2,-3,-2,-1],
[1,-3,1,-1,-2,0,-2,-2,-2,0,0,-1,0,-2,0,2,5,-5,-1,1],
[-5,0,-7,-4,-2,-1,-1,1,-5,-3,-2,-2,-3,1,-3,-3,-5,20,5,-3],
[-4,0,-4,-1,-6,-1,-2,-3,0,-1,3,-1,-1,3,-2,-2,-1,5,9,1],
[1,-1,-2,-2,-2,-3,-3,-3,-3,4,1,-2,0,1,-4,-1,1,-3,1,5]);
BLOSUM80 = ([7,-3,-3,-3,-1,-2,-2,0,-3,-3,-3,-1,-2,-4,-1,2,0,-5,-4,-1],
[-3,9,-1,-3,-6,1,-1,-4,0,-5,-4,3,-3,-5,-3,-2,-2,-5,-4,-4],
[-3,-1,9,2,-5,0,-1,-1,1,-6,-6,0,-4,-6,-4,1,0,-7,-4,-5],
[-3,-3,2,10,-7,-1,2,-3,-2,-7,-7,-2,-6,-6,-3,-1,-2,-8,-6,-6],
[-1,-6,-5,-7,13,-5,-7,-6,-7,-2,-3,-6,-3,-4,-6,-2,-2,-5,-5,-2],
[-2,1,0,-1,-5,9,3,-4,1,-5,-4,2,-1,-5,-3,-1,-1,-4,-3,-4],
[-2,-1,-1,2,-7,3,8,-4,0,-6,-6,1,-4,-6,-2,-1,-2,-6,-5,-4],
[0,-4,-1,-3,-6,-4,-4,9,-4,-7,-7,-3,-5,-6,-5,-1,-3,-6,-6,-6],
[-3,0,1,-2,-7,1,0,-4,12,-6,-5,-1,-4,-2,-4,-2,-3,-4,3,-5],
[-3,-5,-6,-7,-2,-5,-6,-7,-6,7,2,-5,2,-1,-5,-4,-2,-5,-3,4],
[-3,-4,-6,-7,-3,-4,-6,-7,-5,2,6,-4,3,0,-5,-4,-3,-4,-2,1],
[-1,3,0,-2,-6,2,1,-3,-1,-5,-4,8,-3,-5,-2,-1,-1,-6,-4,-4],
[-2,-3,-4,-6,-3,-1,-4,-5,-4,2,3,-3,9,0,-4,-3,-1,-3,-3,1],
[-4,-5,-6,-6,-4,-5,-6,-6,-2,-1,0,-5,0,10,-6,-4,-4,0,4,-2],
[-1,-3,-4,-3,-6,-3,-2,-5,-4,-5,-5,-2,-4,-6,12,-2,-3,-7,-6,-4],
[2,-2,1,-1,-2,-1,-1,-1,-2,-4,-4,-1,-3,-4,-2,7,2,-6,-3,-3],
[0,-2,0,-2,-2,-1,-2,-3,-3,-2,-3,-1,-1,-4,-3,2,8,-5,-3,0],
[-5,-5,-7,-8,-5,-4,-6,-6,-4,-5,-4,-6,-3,0,-7,-6,-5,16,3,-5],
[-4,-4,-4,-6,-5,-3,-5,-6,3,-3,-2,-4,-3,4,-6,-3,-3,3,11,-3],
[-1,-4,-5,-6,-2,-4,-4,-6,-5,4,1,-4,1,-2,-4,-3,0,-5,-3,7]);
BLOSUM62 = ([4,-1,-2,-2,0,-1,-1,0,-2,-1,-1,-1,-1,-2,-1,1,0,-3,-2,0],
[-1,5,0,-2,-3,1,0,-2,0,-3,-2,2,-1,-3,-2,-1,-1,-3,-2,-3],
[-2,0,6,1,-3,0,0,0,1,-3,-3,0,-2,-3,-2,1,0,-4,-2,-3],
[-2,-2,1,6,-3,0,2,-1,-1,-3,-4,-1,-3,-3,-1,0,-1,-4,-3,-3],
[0,-3,-3,-3,9,-3,-4,-3,-3,-1,-1,-3,-1,-2,-3,-1,-1,-2,-2,-1],
[-1,1,0,0,-3,5,2,-2,0,-3,-2,1,0,-3,-1,0,-1,-2,-1,-2],
[-1,0,0,2,-4,2,5,-2,0,-3,-3,1,-2,-3,-1,0,-1,-3,-2,-2],
[0,-2,0,-1,-3,-2,-2,6,-2,-4,-4,-2,-3,-3,-2,0,-2,-2,-3,-3],
[-2,0,1,-1,-3,0,0,-2,8,-3,-3,-1,-2,-1,-2,-1,-2,-2,2,-3],
[-1,-3,-3,-3,-1,-3,-3,-4,-3,4,2,-3,1,0,-3,-2,-1,-3,-1,3],
[-1,-2,-3,-4,-1,-2,-3,-4,-3,2,4,-2,2,0,-3,-2,-1,-2,-1,1],
[-1,2,0,-1,-3,1,1,-2,-1,-3,-2,5,-1,-3,-1,0,-1,-3,-2,-2],
[-1,-1,-2,-3,-1,0,-2,-3,-2,1,2,-1,5,0,-2,-1,-1,-1,-1,1],
[-2,-3,-3,-3,-2,-3,-3,-3,-1,0,0,-3,0,6,-4,-2,-2,1,3,-1],
[-1,-2,-2,-1,-3,-1,-1,-2,-2,-3,-3,-1,-2,-4,7,-1,-1,-4,-3,-2],
[1,-1,1,0,-1,0,0,0,-1,-2,-2,0,-1,-2,-1,4,1,-3,-2,-2],
[0,-1,0,-1,-1,-1,-1,-2,-2,-1,-1,-1,-1,-2,-1,1,5,-2,-2,0],
[-3,-3,-4,-4,-2,-2,-3,-2,-2,-3,-2,-3,-1,1,-4,-3,-2,11,2,-3],
[-2,-2,-2,-3,-2,-1,-2,-3,2,-1,-1,-2,-1,3,-3,-2,-2,2,7,-1],
[0,-3,-3,-3,-1,-2,-2,-3,-3,3,1,-2,1,-1,-2,-2,0,-3,-1,4]);