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Esse é o repositório do grupo de estudo de bioinformática ligado às PyLadies Brasil, iremos armazenar os estudos, os modelos, outros arquivos relacionado a bioinformática. Inicialmente, estaremos utilizando a proposta da rosalind. Rosalind é um website que possui diversos problemas de Bioinformática para serem resolvidos usando programação. Os exercícios fornecem os dados de input e as instruções do que deve ser feito, o objetivo é usar a programação para retornar a resolução com output.
Objetivo do grupo: estimular mulheres que querem ingressar ou avançar na área de bioinformática, de modo a adquirir maior conhecimento sobre python e uso da informática para analisar e manipular dados biológicos.
Funcionamento do grupo:
- um exercício do site será escolhido
- cada integrante resolverá individualmente o problema com seu código em python e em sua casa.
- Após isso, as integrantes se reúnem uma vez, quinzenalmente, aos domingos de manhã, para discutir as diferentes formas de resolver um mesmo problema inicial utilizando programação: analisar diferentes métodos, bibliotecas, estruturas, etc.
Orientação para upload dos arquivos no repositório: recomendamos que crie o arquivo com o seguinte nome Exercicio_X_SEUNOME.py, onde X se referencia a letra do exercício apresentado no cronograma, por exemplo, Exercicio_A_Clara.py. E armazene na respectiva pasta da fase conforme segue descrito nos cronogramas dos grupos. Assim, quem está no grupo 2, por exemplo, encontra-se na 1ª fase, logo salva o arquivo na pasta fase 1.
Fase 1: 6 semanas
| Exercícios | Tópico | Dia da Reunião |
|---|---|---|
| A - Counting DNA Nucleotides e Transcribing DNA into RNA | String Algorithms | 10 out. 2020 |
| B - Complementing a Strand of DNA e Computing GC Content | String Algorithms | 24 out. 2020 |
| C - Counting Point Mutations | Alignment | 15 nov. 2020¹ |
| D - Rabbits and Recurrence Relations | Combinatorics | 15 nov. 2020¹ |
| E - Mendel's First Law | Heredity | 6 dez. 2020¹ |
| F - Finding a Motif in DNA | String Algorithms | 13 dez. 2020 |
| ¹Adiados excepcionalmente. |
Fase 2: 7 semanas
| Exercícios | Tópico | Dia da Reunião |
|---|---|---|
| A - Overlap Graphs | Graph Algorithms | 24 jan. 2021 |
| B - Mortal Fibonacci Rabbits | Combinatorics | 07 fev. 2021 |
| C - Consensus and Profile | String Algorithms | 21 fev. 2021 |
| D - Calculating Expected Offspring | Heredity | 07 mar. 2021 |
| E - Finding a Protein Motif | Proteomics | 21 mar. 2021 |
| F - RNA Splicing | String Algorithms | 04 abr. 2021 |
| G - Calculating Protein Mass | Computacional Mass Spectrometry | 18 abr. 2021 |
Fase 3: 6 semanas
| Exercícios | Tópico | Dia da Reunião |
|---|---|---|
| A - Open Reading Frames | Combinatorics | 02 mai. 2021 |
| B - Independent Alleles | Heredity | 16 mai. 2021 |
| C - Finding a Shared Motif | String Algorithms | |
| D - Enumerating Gene Orders | Genome Rearrangements | |
| E - Locating Restriction Sites | String Algorithms | |
| F - Inferring mRNA from Protein | Combinatorics |
Fase 4: 6 semanas
| Exercícios | Tópico | Dia da Reunião |
|---|---|---|
| A - Perfect Matchings and RNA Secondary Structures | Combinatorics | |
| B - Partial Permutations | Genome Rearrangements | |
| C - Completing a Tree | Phylogeny | |
| D - Introduction to Random Strings | Probability | |
| E - Genome Assembly as Shortest Superstring | Genome Assembly | |
| F - Finding a Spliced Motif | String Algorithms |
Fase 5: 6 semanas
| Exercícios | Tópico | Dia da Reunião |
|---|---|---|
| A - Transitions and Transversions | Alignment | |
| B - Enumerating k-mers Lexicographically | String Algorithms | |
| C - Longest Increasing Subsequence | Dynamic Programming | |
| D - Enumerating Oriented Gene Orderings | Genome Rearrangements | |
| E - Counting Phylogenetic Ancestors | Phylogeny | |
| F - Maximum Matchings and RNA Secondary Structures | String Algorithms |
Fase 1: 6 semanas
| Exercícios | Tópico | Dia da Reunião |
|---|---|---|
| A - Counting DNA Nucleotides e Transcribing DNA into RNA | String Algorithms | 04 abr. 2021 |
| B - Complementing a Strand of DNA e Computing GC Content | String Algorithms | 18 abr. 2021 |
| C - Counting Point Mutations | Alignment | 02 mai. 2021 |
| D - Rabbits and Recurrence Relations | Combinatorics | 16 mai. 2021 |
| E - Mendel's First Law | Heredity | |
| F - Finding a Motif in DNA | String Algorithms |
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Canal do Slack: #brasil-pyladies-bioinformatica
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Grupo do whatsapp de estudo da Rosalind
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