extract intron regions from gtf files and count reads in introns. Use Gencode!
intron_count.ipynb
python count_intron.py intron.bed bam output-prefix
example
python count_intron.py ref/mm10_genes_intron.bed bam/84_DP_RamDA_test.accept.sort.bam intron_count/84_DP_RamDA_test
- 2019/03/01 レポジトリ作成
- ref/gencode.v29.intron.bed 追加
まずは最も基本的なところになれましょう。
- clone : リモートレポジトリをローカルにクローンする。
- fetch or pull : ローカルを最新版に
- add : ステージに変更箇所をあげる。allでも出来るし、変えたいファイルだけでも変えられる。
- commit : ステージに上った変更箇所を記録する。
- push : リモートに変更を反映する。
"add -> commit -> push"の流れを押さえてください。
自分と関係のあるrepositoryは必ずwatchしましょう！
- ファイル一つや一日の終りなど、切のいいところでコードをあげる。
- 作業は必ずローカルでやってpush。
- テストデータなどは
.gitignoreに記録して、リモートにあげないようにする。 - やり方は、github Desktopが最初はおすすめ。atom上でも出来る。vscodeもいいらしいが使ったことがなくわからず。
- Hydrogenというpackageをatomに入れるとjupyterもうごく。ややめんどくさいが。
- ただ、atomはパッケージをどんどん入れるとどんどん重くなるので注意。
- CLI環境では
gitコマンドを使ってください。(see links below.) - branchの話やfork, pull request(いわゆるプルリク)はおいおい。
他にも、書籍やいろんなサイトがあるので、わからないことがあれば調べてみてください。