Merge branch 'develop' into public/algebras/fp_algebras

* develop: (101 commits)
  Updated Sage version to 6.1.beta2
  fix latex
  fix documentation
  minor typography
  Trac 13101: mark doctest as "long time"
  trac 13101 better doctest
  Trac 13101: Fix bug in enumerate_totallyreal_fields_all
  sagemath#9706: review patch.
  trac 9706: Propose new class structure
  Symbolic Chebyshev polynomials: reviewer patch
  trac 9706: Collective patch. Bugfixes, extensions, optimizations, documentation, doctests for chebyshev_T, chebyshev_U and base class for ortho polys
  Fixing Whitespace errors
  Use bash as SHELL for build/Makefile
  allow numpy arrays in list_plot, line, points
  Trac sagemath#12322: Add a doctest for the correct behavior introduced in trac sagemath#12737.
  Trac sagemath#14186 coerce_binop errors with keyword arguments
  trac sagemath#15553: Broken links in the doc of graph/ and numerical/
  Improve handling of make targets sage, csage, extcode, scripts
  Reorded all.py to match original (so fewer changes).
  Fixed minor typo in cobminat/crystals/letters.pyx.
  ...

VERSION.txt

@@ -1 +1 @@
-Sage version 6.1.beta1, released 2013-12-21
+Sage version 6.1.beta2, released 2013-12-23

build/deps

@@ -109,10 +109,10 @@ all-sage: \
      $(INST)/$(NCURSES) \
      $(INST)/$(ZLIB) \
      $(INST)/$(ZNPOLY) \
-     scripts \
-     sage \
-     csage \
-     extcode
+     $(INST)/sage \
+     $(INST)/csage \
+     $(EXTCODE) \
+     $(SCRIPTS)
 
 # TOOLCHAIN consists of dependencies determined by build/install,
 # including for example the GCC package.
@@ -133,7 +133,7 @@ toolchain-deps:
 
 # Everything needed to start up Sage using "./sage".  Of course, not
 # every part of Sage will work.  It does not include Maxima for example.
-SAGERUNTIME = scripts sage $(INST)/$(SAGENB) $(INST)/$(IPYTHON) $(INST)/$(GAP)
+SAGERUNTIME = $(SCRIPTS) $(INST)/sage $(INST)/$(SAGENB) $(INST)/$(IPYTHON)
 
 ###############################################################################
 # Building the base system
@@ -308,7 +308,7 @@ $(INST)/$(SQLITE): $(INST)/$(READLINE)
 	+$(PIPE) "$(SAGE_SPKG) $(SQLITE) 2>&1" "tee -a $(SAGE_LOGS)/$(SQLITE).log"
 
 # To build SageTeX, you just need Python, but to test (SAGE_CHECK=yes)
-# SageTeX, you actually need to run sage, produce plots,...
+# SageTeX, you actually need to run Sage, produce plots,...
 $(INST)/$(SAGETEX): $(INST)/$(PYTHON) \
                     $(SAGERUNTIME) $(INST)/$(MAXIMA) $(INST)/$(SCIPY) \
                     $(INST)/$(MATPLOTLIB) $(INST)/$(PIL) $(INST)/$(TACHYON)
@@ -418,7 +418,7 @@ $(INST)/$(PYGMENTS): $(INST)/$(PYTHON) $(INST)/$(SETUPTOOLS)
 # on the one hand, programs needed for the build/install process of the
 # Sage library (e.g. JINJA2), and on the
 # other hand all dependencies for Cython files (e.g. PARI, NTL, MPIR).
-sage: \
+$(INST)/sage: \
 		 $(INST)/$(ATLAS) \
 		 $(INST)/$(CEPHES) \
 		 $(INST)/$(CLIQUER) \
@@ -456,21 +456,25 @@ sage: \
 		 $(INST)/$(SINGULAR) \
 		 $(INST)/$(SYMMETRICA) \
 		 $(INST)/$(ZNPOLY) \
-		 csage
-	$(PIPE) '{ if [ -z "$(SAGE_INSTALL_FETCH_ONLY)" ]; then cd $(SAGE_SRC) && . ./bin/sage-env && time python setup.py install; fi; } 2>&1' 'tee -a $(SAGE_LOGS)/sage-$(SAGE_VERSION).log'
-
-scripts: $(SCRIPT_TARGETS)
-
-extcode: $(EXTCODE_TARGETS)
-
-csage: $(INST)/$(SCONS) \
+		 $(INST)/csage
+	if [ -z "$$SAGE_INSTALL_FETCH_ONLY" ]; then \
+		cd $(SAGE_SRC) && source bin/sage-env && \
+		$(PIPE) 'time python setup.py install 2>&1' 'tee -a $(SAGE_LOGS)/sage-$(SAGE_VERSION).log' && \
+		touch $@; \
+	fi
+
+$(INST)/csage: $(INST)/$(SCONS) \
        $(INST)/$(MPIR) \
        $(INST)/$(NTL) \
        $(INST)/$(PARI) \
        $(INST)/$(POLYBORI) \
        $(INST)/$(PYNAC) \
        $(INST)/$(PYTHON)
-	$(PIPE) '{ if [ -z "$(SAGE_INSTALL_FETCH_ONLY)" ]; then cd $(SAGE_SRC)/c_lib && . ../bin/sage-env && time scons -Q install; fi; } 2>&1' 'tee -a $(SAGE_LOGS)/csage-$(SAGE_VERSION).log'
+	if [ -z "$$SAGE_INSTALL_FETCH_ONLY" ]; then \
+		cd $(SAGE_SRC) && source bin/sage-env && cd c_lib && \
+		$(PIPE) 'time scons -Q install 2>&1' 'tee -a $(SAGE_LOGS)/csage-$(SAGE_VERSION).log' && \
+		touch $@; \
+	fi
 
 $(INST)/ccache: $(BASE) $(INST)/$(ZLIB)
 	+$(PIPE) "$(SAGE_SPKG) ccache 2>&1" "tee -a $(SAGE_LOGS)/ccache.log"

build/install

@@ -331,6 +331,11 @@ cat >&3 <<EOF
 
 EOF
 
+# Use bash as shell for the Makefile (bash obviously exists, since
+# this build/install script runs under bash).
+echo >&3 "SHELL = `command -v bash`"
+echo >&3
+
 # If the user (or the Makefile) has set SAGE_PARALLEL_SPKG_BUILD=no,
 # then turn off parallel building: disable just building multiple
 # packages at the same time.   Individual packages can still be built
@@ -490,7 +495,7 @@ for file in "$SAGE_SRC/bin/"*; do
     echo >&3 "                 \$(SAGE_SRC)${file#$SAGE_SRC} \\"
 done
 echo >&3
-echo >&3 'SCRIPT_TARGETS = \'
+echo >&3 'SCRIPTS = \'
 for file in "$SAGE_SRC/bin/"*; do
     echo >&3 "                 \$(SAGE_LOCAL)${file#$SAGE_SRC} \\"
 done
@@ -500,7 +505,7 @@ for file in `find "$SAGE_SRC"/ext -type f`; do
     echo >&3 "                  \$(SAGE_SRC)${file#$SAGE_SRC} \\"
 done
 echo >&3
-echo >&3 'EXTCODE_TARGETS = \'
+echo >&3 'EXTCODE = \'
 for file in `find "$SAGE_SRC"/ext -type f`; do
     echo >&3 "                  \$(SAGE_EXTCODE)${file#$SAGE_SRC/ext} \\"
 done

src/bin/sage-banner

@@ -1,5 +1,5 @@
 ┌────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
-│ Sage Version 6.1.beta1, Release Date: 2013-12-21                   │
+│ Sage Version 6.1.beta2, Release Date: 2013-12-23                   │
 │ Type "notebook()" for the browser-based notebook interface.        │
 │ Type "help()" for help.                                            │
 └────────────────────────────────────────────────────────────────────┘

src/bin/sage-version.sh

@@ -1,4 +1,4 @@
 # Sage version information for shell scripts
 # This file is auto-generated by the sage-update-version script, do not edit!
-SAGE_VERSION='6.1.beta1'
-SAGE_RELEASE_DATE='2013-12-21'
+SAGE_VERSION='6.1.beta2'
+SAGE_RELEASE_DATE='2013-12-23'

src/doc/en/reference/combinat/rc_bijections.rst

@@ -0,0 +1,17 @@
+Rigged Configuration Bijections
+===============================
+
+.. toctree::
+   :maxdepth: 1
+
+   ../sage/combinat/rigged_configurations/bijection
+   ../sage/combinat/rigged_configurations/bij_abstract_class
+   ../sage/combinat/rigged_configurations/bij_type_A
+   ../sage/combinat/rigged_configurations/bij_type_B
+   ../sage/combinat/rigged_configurations/bij_type_C
+   ../sage/combinat/rigged_configurations/bij_type_D
+   ../sage/combinat/rigged_configurations/bij_type_A2_odd
+   ../sage/combinat/rigged_configurations/bij_type_A2_even
+   ../sage/combinat/rigged_configurations/bij_type_A2_dual
+   ../sage/combinat/rigged_configurations/bij_type_D_twisted
+

src/doc/en/reference/combinat/rigged_configurations.rst

@@ -2,7 +2,7 @@ Rigged Configurations
 =====================
 
 .. toctree::
-   :maxdepth: 2
+   :maxdepth: 1
 
    ../sage/combinat/rigged_configurations/rigged_configurations
    ../sage/combinat/rigged_configurations/rigged_configuration_element
@@ -15,8 +15,5 @@ Rigged Configurations
 
    ../sage/combinat/rigged_configurations/rigged_partition
 
-   ../sage/combinat/rigged_configurations/bijection
-   ../sage/combinat/rigged_configurations/bij_abstract_class
-   ../sage/combinat/rigged_configurations/bij_type_A
-   ../sage/combinat/rigged_configurations/bij_type_D
+   rc_bijections
 

src/doc/en/thematic_tutorials/linear_programming.rst

@@ -494,7 +494,7 @@ change !) filename is joined.
 
 * A compiled version of the library
     * CPLEX : ``libcplex.a``
-    * GUROBI : ``libgurobi45.so``
+    * GUROBI : ``libgurobi55.so`` (or more recent)
 
 * The library file
     * CPLEX : ``cplex.h``

src/doc/fr/tutorial/afterword.rst

@@ -100,6 +100,18 @@ Aussi, Sage se comporte différemment de Python à plusieurs égards.
        sage: "3^2"
        '3^2'
 
+    Le ou exclusif bit à bit est quant à lui noté ``^^``, et l'opération en
+    place ``^^=`` fonctionne comme on s'y attend :
+
+    ::
+
+        sage: 3^^2
+        1
+        sage: a = 2
+        sage: a ^^= 8
+        sage: a
+        10
+
 -  **Division entière :** L'expression Python ``2/3`` ne se comporte pas
    de la manière à laquelle s'attendraient des mathématiciens. En Python, si
    ``m`` et ``n`` sont de type int, alors ``m/n`` est aussi de type int, c'est

src/doc/fr/tutorial/index.rst

@@ -38,6 +38,7 @@ __ http://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/
    tour
    interactive_shell
    interfaces
+   latex
    programming
    sagetex
    afterword

src/doc/fr/tutorial/interactive_shell.rst

@@ -51,7 +51,8 @@ Une session est la suite des entrées et sorties qui interviennent entre
 le moment où vous démarrez Sage et celui où vous le quittez. Sage
 enregistre un journal de toutes les entrées via IPython. Si vous
 utilisez le shell interactif (par opposition à l'interface *notebook*),
-vous pouvez taper ``%hist`` à n'importe quel moment pour obtenir la
+vous pouvez taper ``%history`` (ou ``%hist``) à n'importe
+quel moment pour obtenir la
 liste de toutes les lignes de commandes entrées depuis le début de la
 session. Tapez ``?`` à l'invite de commande Sage pour plus
 d'informations sur IPython. Par exemple : « IPython fournit des invites
@@ -376,6 +377,83 @@ la machine ``sage.math.washington.edu``). Mais en raison du surcoût de
 l'interface pexpect, la comparaison avec Sage, qui est le plus rapide,
 n'est pas vraiment équitable.
 
+Trucs et astuces IPython
+========================
+
+Comme signalé plus haut, Sage utilise l'interpréteur de commandes IPython, et
+met donc à votre disposition toutes les commandes et fonctionnalités de
+celui-ci. Vous voudrez peut-être consulter la `documentation complète de IPython
+<http://ipython.scipy.org/moin/Documentation>`_. Voici en attendant quelques
+astuces utiles -- qui reposent sur ce que IPython appelle des « commandes
+magiques » :
+
+- La commande magique ``%bg`` lance une commande en arrière-plan. Le résultat
+  sera ensuite accessible à travers l'objet ``jobs``, comme dans l'exemple
+  ci-dessous. (Les commentaires « not tested » sont là parce que ``%bg`` ne
+  fonctionne pas correctement dans l'infrastructure de test automatisé de Sage,
+  mais si vous reproduisez l'exemple, il devrait fonctionner comme indiqué.
+  Naturellement, ``%bg`` est surtout utile pour les commandes dont l'exécution
+  prend beaucoup de temps.)
+
+  ::
+
+    sage: def quick(m): return 2*m
+    sage: %bg quick(20)  # not tested
+    Starting job # 0 in a separate thread.
+    sage: jobs.status()  # not tested
+    Completed jobs:
+    0 : quick(20)
+    sage: jobs[0].result  # the actual answer, not tested
+    40
+
+  Attention, les tâches lancées en arrière-plan ignorent le préprocesseur Sage
+  (voir section :ref:`section-mathannoy`). Une manière (certes pas très
+  commode) de contourner le problème est la suivante ::
+
+    sage: %bg eval(preparse('quick(20)')) # not tested
+
+  Mais il est plus simple et plus sûr de réserver ``%bg`` aux commandes en pur
+  Python, qui ne font pas appel au préprocesseur.
+
+- Lorsque l'on souhaite saisir un morceau de code complexe, on peut utiliser
+  ``%edit`` (ou ``%ed``, ou ``ed``) pour ouvrir un éditeur de texte.
+  Assurez-vous que la variable d'environnement :envvar:`EDITOR` est réglée à
+  votre éditeur favori au démarrage de Sage (en plaçant si nécessaire quelque
+  chose du genre ``export EDITOR=/usr/bin/emacs`` ou encore  ``export
+  EDITOR=/usr/bin/vim`` dans un fichier de configuration convenable, par
+  exemple ``.profile``). La commande ``%edit`` à l'invite de Sage ouvrira
+  l'éditeur sélectionné. Vous pouvez alors par exemple saisir une définition de
+  fonction::
+  
+    def some_function(n):
+        return n**2 + 3*n + 2
+
+  puis enregistrer le fichier et quitter l'éditeur. La fonction
+  ``some_function`` est désormais disponible dans votre session Sage, et vous
+  pouvez la modifier en saisissant ``edit some_function`` à l'invite de
+  commande.
+
+- Si vous souhaitez reprendre une version modifiée du résultat d'un calcul dans
+  une nouvelle commande, tapez ``%rep`` après avoir fait le calcul. Cela
+  récupère le texte du résultat et le place sur la ligne de commande, prêt à
+  être modifié. ::
+
+    sage: f(x) = cos(x)
+    sage: f(x).derivative(x)
+    -sin(x)
+
+  Ainsi, après les commandes ci-dessus, la commande ``%rep`` fournit un nouvel
+  invite de commande pré-rempli avec le texte ``-sin(x)`` et le curseur en fin
+  de ligne.
+
+Pour plus d'information, entrez la commande ``%quickref`` pour un résumé des
+possibilités de IPython. Au moment où cette documentation est écrite
+(avril 2011), Sage emploie IPython 0.9.1. La `documentation des commandes
+magiques
+<http://ipython.org/ipython-doc/dev/interactive/tutorial.html#magic-functions>`_
+est disponible en ligne, et divers aspects un peu plus avancés de leur
+fonctionnement sont décrits `ici  <http://ipython.org/ipython-doc/stable/interactive/reference.html#magic-command-system>`_.
+
 Erreurs et exceptions
 =====================
 

src/doc/fr/tutorial/interfaces.rst

@@ -1,3 +1,5 @@
+.. linkall
+
 **********
 Interfaces
 **********
@@ -105,8 +107,6 @@ Commençons par créer une liste PARI à partir d'une liste Python.
 En Sage, les objets PARI sont de type ``py_pari.gen``. Le type PARI de
 l'objet sous-jacent est donné par la méthode ``type``.
 
-.. link
-
 ::
 
     sage: v.type()
@@ -117,8 +117,6 @@ Pour créer une courbe elliptique en PARI, on utiliserait
 ``ellinit`` devient une méthode qui peut être appelée sur n'importe quel
 objet PARI, par exemle notre ``t_VEC v``.
 
-.. link
-
 ::
 
     sage: e = v.ellinit()
@@ -130,8 +128,6 @@ objet PARI, par exemle notre ``t_VEC v``.
 À présent que nous disposons d'une courbe elliptique, faisons quelques
 calculs avec.
 
-.. link
-
 ::
 
     sage: e.elltors()
@@ -163,7 +159,7 @@ installer séparément comme décrit plus bas.
     Group( [ (1,2,3)(4,5), (3,4) ] )
     sage: G.Center()
     Group( () )
-    sage: G.IdGroup()    # nécessite le paquet facultatif database_gap (optional)
+    sage: G.IdGroup()    # optional - database_gap
     [ 120, 34 ]
     sage: G.Order()
     120
@@ -176,7 +172,7 @@ l'interface GAP comme suit :
     sage: G = PermutationGroup([[(1,2,3),(4,5)],[(3,4)]])
     sage: G.center()
     Subgroup of (Permutation Group with generators [(3,4), (1,2,3)(4,5)]) generated by [()]
-    sage: G.group_id()    # nécessite le paquet facultatif database_gap (optional)
+    sage: G.group_id()    # optional - database_gap
     [120, 34]
     sage: n = G.order(); n
     120
@@ -217,8 +213,6 @@ fournie par Sage (n'entrez pas les ``...``) :
 Maintenant que nous avons défini :math:`f`, affichons-le puis
 factorisons-le.
 
-.. link
-
 ::
 
     sage: f
@@ -253,19 +247,18 @@ Singular (Sage y fera tout de même appel en coulisses pour le calcul).
 Maxima
 ======
 
-Le système de calcul formel Maxima est fourni avec Sage accompagné de
-clisp, une version du langage Lisp, et d'openmath, un programme de tracé
-de courbes en Tcl/Tk utilisé par Maxima. En revanche, gnuplot (que
-Maxima utilise par défaut pour tracer des graphiques) n'est distribué
-que comme paquet optionnel de Sage. Maxima fournit notamment des
-routines de calcul sur des expressions formelles. Il permet de calculer
-des dérivées, primitives et intégrales, de résoudre des équations
-différentielles d'ordre 1 et souvent d'ordre 2, et de résoudre par
-transformée de Laplace les équations différentielles linéaires d'ordre
-quelconque. Maxima dispose aussi d'un grand nombre de fonctions
-spéciales, permet de tracer des graphes de fonctions via gnuplot, et de
-manipuler des matrices (réduction en lignes, valeurs propres, vecteurs
-propres...) ou encore des équations polynomiales.
+Le système de calcul formel Maxima est fourni avec Sage accompagné d'une
+implémentation du langage Lisp. Le logiciel gnuplot (que Maxima utilise
+par défaut pour tracer des graphiques) est disponible comme paquet
+optionnel. Maxima fournit notamment des routines de calcul sur des
+expressions formelles. Il permet de calculer des dérivées, primitives et
+intégrales, de résoudre des équations différentielles d'ordre 1 et
+souvent d'ordre 2, et de résoudre par transformée de Laplace les
+équations différentielles linéaires d'ordre quelconque. Maxima dispose
+aussi d'un grand nombre de fonctions spéciales, permet de tracer des
+graphes de fonctions via gnuplot, et de manipuler des matrices
+(réduction en lignes, valeurs propres, vecteurs propres...) ou encore
+des équations polynomiales.
 
 Utilisons par exemple l'interface Sage/Maxima pour construire
 la matrice dont le coefficient d'indice :math:`i,j` vaut :math:`i/j`,