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# Biocomp #
Bem vindo ao projeto de MO640, siga as instruções para executar o programa.
Rode em um shell ou terminal o executável correspondente à arquitetura do seu sistema.
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O programa aceita os seguintes argumentos:
"-runs": Número de vezes que o algoritmo completo será executado numa chamada do programa. Por padrão, definido para "-runs=10";
"-genome": Tamanho do genoma que será gerado. Por padrão, definido para "-genome=1000";
"-min": Tamanho minimo dos fragmentos gerados. Por padrão, definido apara "-min=25";
"-max": Tamanho máximo dos fragmentos gerados. Por padrão, definido apara "-max=100";
"-coverage": Fração de cobertura dos fragmentos gerados à sequência original. Por padrão, definido para "-coverage=1";
"-seqerror": Fração de fragmentos gerados que terão erros. Por padrão, definido para "-seqerror=0.01";
"-seqrev": Fração de fragmentos gerados que terão reversões. Por padrão, definido para "-seqrev=0.5";
"-error": Taxa de erro aceita no cálculo das bordas de overlap. Por padrão, definido para "-error=0.1";
"-gen": número de gerações iteradas no algoritmo genético. Por padrão, definido para "-gen=10";
"-child": Número de filhos por geração no algoritmo genético. Por padrão, definido para "-child=10";
"-cutoff": Porcentagem da pontuação máxima existente que será aceita no algoritmo genético para que uma borda possa ser escolhida e adicionada num caminho. Por padrão, definido para "-cutoff=90";
"-mp": Rodar algoritmos em paralelo. Por padrão, definido para: '-mp=true';
==========================================================================================
O programa retorna um JSON no seguinte formato:
{
"Experiments": [
{
"RefGenome": "{...}",
"RefLength": x,
"GreedyAssembly": "{...}",
"GreedyLength": x,
"GreedyScore": x,
"GreedyDistance": x,
"GreedyPlusAssembly": "{...}",
"GreedyPlusLength": x,
"GreedyPlusScore": x,
"GreedyPlusDistance": x,
"GeneticAssembly": "{...}",
"GeneticLength": x,
"GeneticScore": x,
"GeneticDistance": x,
"RandomAssembly": "{...}",
"RandomLength": x,
"RandomScore": x,
"RandomDistance": x
}
],
"GreedyMeanLength": x,
"GreedyMeanScore": x,
"GreedyMeanDistance": x,
"GreedyPlusMeanLength": x,
"GreedyPlusMeanScore": x,
"GreedyPlusMeanDistance": x,
"GeneticMeanLength": x,
"GeneticMeanScore": x,
"GeneticMeanDistance": x,
"RandomMeanLength": x,
"RandomMeanScore": x,
"RandomMeanDistance": x
}
Os campos desse retorno significam:
"Experiments": O resultado da execução de uma instância completa do algoritmo.
[
"RefGenome": O genoma original, gerado pelo programa, que foi utilizado nessa instância de execução do algoritmo
"RefLength": Comprimento do genoma original
"GreedyAssembly": Montagem feita pelo algoritmo guloso ingênuo (sem mismatches e reversões)
"GreedyLength": Comprimento da montagem feita pelo algoritmo guloso ingênuo,
"GreedyScore": Pontuação da montagem feita pelo algoritmo guloso ingênuo,
"GreedyDistance": Distância da montagem feita pelo algoritmo guloso ingênuo ao genoma original,
"GreedyPlusAssembly": Montagem feita pelo algoritmo guloso considerando mismatches e reversões,
"GreedyPlusLength": Comprimento da montagem feita pelo algoritmo guloso considerando mismatches e reversões,
"GreedyPlusScore": Pontuação da montagem feita pelo algoritmo guloso considerando mismatches e reversões,
"GreedyPlusDistance": Distância da montagem feita pelo algoritmo guloso considerando mismatches e reversões ao genoma original,
"GeneticAssembly": Montagem feita pelo algoritmo genético,
"GeneticLength": Comprimento da montagem feita pelo algoritmo genético,
"GeneticScore": Pontuação da montagem feita pelo algoritmo genético,
"GeneticDistance": Distância da montagem feita pelo algoritmo genético,
"RandomAssembly": Montagem feita pelo algoritmo random
"RandomLength": Comprimento da montagem feita pelo algoritmo random,
"RandomScore": Pontuação da montagem feita pelo algoritmo random,
"RandomDistance": Distância da montagem feita pelo algoritmo random
],
"GreedyMeanLength": Média do comprimento das montagens feitas pelo algoritmo guloso ingênuo,
"GreedyMeanScore": Média da pontuação das montagens feitas pelo algoritmo guloso ingênuo,
"GreedyMeanDistance": Média da distância das montagens feitas pelo algoritmo guloso ingênuo ao genoma original,
"GreedyPlusMeanLength": Média do comprimento das montagens feitas pelo algoritmo guloso considerando mismatches e reversõe,
"GreedyPlusMeanScore": Média da pontuação das montagens feitas pelo algoritmo guloso considerando mismatches e reversões,
"GreedyPlusMeanDistance": Média da distância das montagens feitas pelo algoritmo guloso considerando mismatches e reversões ao genoma original,
"GeneticMeanLength": Média do comprimento das montagens feitas pelo algoritmo genético,
"GeneticMeanScore": Média da pontuação das montagens feitas pelo algoritmo genético,
"GeneticMeanDistance": Média da distância das montagens feitas pelo algoritmo genético,
"RandomMeanLength": Média do comprimento das montagens feitas pelo algoritmo random,
"RandomMeanScore": Média da pontuação das montagens feitas pelo algoritmo random,
"RandomMeanDistance": Média da distância das montagens feitas pelo algoritmo random