extract_pdbml.xsl

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  xmlns:VRPTx="http://pdbml.pdb.org/schema/pdbx-validation-v4.xsd"
  exclude-result-prefixes="PDBx">

  <xsl:param name="info_file" required="yes"/>
  <xsl:param name="info_entry" select="document($info_file)/wwPDB-validation-information/Entry"/>

  <xsl:output method="xml" encoding="UTF-8" indent="yes"/>
  <xsl:strip-space elements="*"/>

  <xsl:variable name="entry_id"><xsl:value-of select="/PDBx:datablock/PDBx:entryCategory/PDBx:entry/@id"/></xsl:variable>
  <xsl:variable name="datablock_name"><xsl:value-of select="concat(/PDBx:datablock/@datablockName,'-ext')"/></xsl:variable>

  <xsl:variable name="pdb_id"><xsl:value-of select="$info_entry/@pdbid"/></xsl:variable>
  <xsl:variable name="xml_creation_date"><xsl:value-of select="$info_entry/@XMLcreationDate"/></xsl:variable>

  <xsl:variable name="validation_created_year"><xsl:value-of select="substring($xml_creation_date,9,4)"/></xsl:variable>
  <xsl:variable name="validation_created_day"><xsl:value-of select="translate(substring($xml_creation_date,5,2),' ','0')"/></xsl:variable>
  <xsl:variable name="validation_created_month">
    <xsl:variable name="month_name"><xsl:value-of select="translate(substring($xml_creation_date,1,3),'abcdefghijklmnopqrstuvwxyz','ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ')"/></xsl:variable>
    <xsl:choose>
      <xsl:when test="$month_name='JAN'">01</xsl:when>
      <xsl:when test="$month_name='FEB'">02</xsl:when>
      <xsl:when test="$month_name='MAR'">03</xsl:when>
      <xsl:when test="$month_name='APR'">04</xsl:when>
      <xsl:when test="$month_name='MAY'">05</xsl:when>
      <xsl:when test="$month_name='JUN'">06</xsl:when>
      <xsl:when test="$month_name='JUL'">07</xsl:when>
      <xsl:when test="$month_name='AUG'">08</xsl:when>
      <xsl:when test="$month_name='SEP'">09</xsl:when>
      <xsl:when test="$month_name='OCT'">10</xsl:when>
      <xsl:when test="$month_name='NOV'">11</xsl:when>
      <xsl:when test="$month_name='DEC'">12</xsl:when>
      <xsl:otherwise>
	<xsl:call-template name="error_handler">
	  <xsl:with-param name="terminate">yes</xsl:with-param>
	  <xsl:with-param name="error_message">
Month name, <xsl:value-of select="$month_name"/>, is not listed in XSLT code.
	  </xsl:with-param>
	</xsl:call-template>
      </xsl:otherwise>
    </xsl:choose>
  </xsl:variable>

  <xsl:variable name="validation_created_date"><xsl:value-of select="concat($validation_created_year,'-',$validation_created_month,'-',$validation_created_day)"/></xsl:variable>

  <xsl:variable name="nmr_models_consistency_flag"><xsl:value-of select="$info_entry/@nmr_models_consistency_flag"/></xsl:variable>

  <xsl:template match="/">

    <xsl:if test="$entry_id!=$pdb_id">
      <xsl:call-template name="error_handler">
	<xsl:with-param name="terminate">yes</xsl:with-param>
	<xsl:with-param name="error_message">
Unmatched entry ID in both documents (<xsl:value-of select="$entry_id"/> and <xsl:value-of select="$pdb_id"/>).
	</xsl:with-param>
      </xsl:call-template>
    </xsl:if>

    <VRPTx:datablock datablockName="{$datablock_name}" xsi:schemaLocation="http://pdbml.pdb.org/schema/pdbx-validation-v4.xsd pdbx-validation-v4.xsd">
      <xsl:apply-templates select="PDBx:datablock/*"/>
    </VRPTx:datablock>
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  <xsl:template match="PDBx:diffrnCategory">
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      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
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  <xsl:template match="PDBx:diffrn_attenuatorCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:diffrn_detectorCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:diffrn_measurementCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
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  <xsl:template match="PDBx:diffrn_orient_matrixCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
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  <xsl:template match="PDBx:diffrn_orient_reflnCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
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  <xsl:template match="PDBx:diffrn_radiationCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
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  <xsl:template match="PDBx:diffrn_radiation_wavelengthCategory">
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      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
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  <xsl:template match="PDBx:diffrn_reflnCategory">
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      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
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  <xsl:template match="PDBx:diffrn_reflnsCategory">
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  <xsl:template match="PDBx:diffrn_reflns_classCategory">
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      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
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  <xsl:template match="PDBx:diffrn_standard_reflnCategory">
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  <xsl:template match="PDBx:diffrn_standardsCategory">
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      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
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  <xsl:template match="PDBx:em_2d_crystal_entityCategory">
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  <xsl:template match="PDBx:em_3d_crystal_entityCategory">
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  <xsl:template match="PDBx:em_3d_fittingCategory">
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  <xsl:template match="PDBx:em_3d_fitting_listCategory">
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  <xsl:template match="PDBx:em_3d_reconstructionCategory">
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  <xsl:template match="PDBx:em_buffer_componentCategory">
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  <xsl:template match="PDBx:em_crystal_formationCategory">
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      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
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  <xsl:template match="PDBx:em_ctf_correctionCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
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  <xsl:template match="PDBx:em_diffractionCategory">
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      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
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  <xsl:template match="PDBx:em_diffraction_shellCategory">
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      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
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  <xsl:template match="PDBx:em_diffraction_statsCategory">
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      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
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  <xsl:template match="PDBx:em_embeddingCategory">
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      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
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  <xsl:template match="PDBx:em_entity_assemblyCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
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  <xsl:template match="PDBx:em_entity_assembly_molwtCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
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  <xsl:template match="PDBx:em_entity_assembly_naturalsourceCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
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  <xsl:template match="PDBx:em_entity_assembly_recombinantCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
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  <xsl:template match="PDBx:em_entity_assembly_syntheticCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
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  <xsl:template match="PDBx:em_experimentCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
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  <xsl:template match="PDBx:em_helical_entityCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
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  <xsl:template match="PDBx:em_image_processingCategory">
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      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
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  <xsl:template match="PDBx:em_image_recordingCategory">
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      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
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      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
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      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
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  <xsl:template match="PDBx:pdbx_dcc_geometryCategory">
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  <xsl:template match="PDBx:pdbx_domainCategory">
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  <xsl:template match="PDBx:pdbx_domain_rangeCategory">
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  <xsl:template match="PDBx:pdbx_em_atom_inclusionCategory">
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      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:pdbx_struct_nmr_ens_clust_genCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:pdbx_struct_nmr_ens_domCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:pdbx_struct_nmr_ens_dom_limCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:pdbx_struct_oper_listCategory">
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      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:pdbx_struct_ref_seq_deletionCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:pdbx_struct_ref_seq_insertionCategory">
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      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:pdbx_struct_sheet_hbondCategory">
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      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:pdbx_struct_special_symmetryCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:pdbx_unobs_or_zero_occ_atomsCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:pdbx_unobs_or_zero_occ_residuesCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:pdbx_validate_chiralCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:pdbx_validate_close_contactCategory">
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      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
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  <xsl:template match="PDBx:pdbx_validate_main_chain_planeCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:pdbx_validate_nmr_chem_shiftCategory">
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      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:pdbx_validate_peptide_omegaCategory">
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      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
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      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
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  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:pdbx_validate_planes_atomCategory">
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      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:pdbx_validate_polymer_linkageCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:pdbx_validate_rmsd_angleCategory">
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      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:pdbx_validate_rmsd_bondCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:pdbx_validate_rmsd_ringCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:pdbx_validate_rmsd_rings_atomCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:pdbx_validate_rmsd_torsionCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:pdbx_validate_rmsd_torsions_atomCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:pdbx_validate_symm_contactCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:pdbx_validate_torsionCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:pdbx_validation_softwareCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:phasingCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:phasing_MADCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:phasing_MAD_clustCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:phasing_MAD_exptCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:phasing_MAD_ratioCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:phasing_MAD_setCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:phasing_MIRCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:phasing_MIR_derCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:phasing_MIR_der_reflnCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:phasing_MIR_der_shellCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:phasing_MIR_der_siteCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:phasing_MIR_shellCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:phasing_averagingCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:phasing_isomorphousCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:phasing_setCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:phasing_set_reflnCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:refineCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:refine_B_isoCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:refine_analyzeCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:refine_funct_minimizedCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:refine_histCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:refine_ls_classCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:refine_ls_restrCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:refine_ls_restr_ncsCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:refine_ls_restr_typeCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:refine_ls_shellCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:refine_occupancyCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:reflnCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:refln_sys_absCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:reflnsCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:reflns_classCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:reflns_scaleCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:reflns_shellCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:space_groupCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:space_group_symopCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:structCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:struct_asymCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:struct_biolCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:struct_biol_viewCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:struct_confCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:struct_conf_typeCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:struct_connCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:struct_conn_typeCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:struct_mon_detailsCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:struct_mon_nuclCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:struct_mon_protCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:struct_mon_prot_cisCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:struct_ncs_domCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:struct_ncs_dom_limCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:struct_ncs_ensCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:struct_ncs_ens_genCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:struct_ncs_operCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:struct_refCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:struct_ref_seqCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:struct_ref_seq_difCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:struct_sheetCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:struct_sheet_hbondCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:struct_sheet_orderCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:struct_sheet_rangeCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:struct_sheet_topologyCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:struct_siteCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:struct_site_genCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:struct_site_viewCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:symmetryCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:symmetry_equivCategory">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates mode="category-element"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:*" mode="category-element">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates select="@*|node()" mode="data-item"/>
      <xsl:choose>
	<xsl:when test="local-name()='pdbx_database_status'">
	  <xsl:element name="VRPTx:validation_created_date"><xsl:value-of select="$validation_created_date"/></xsl:element>
	</xsl:when>
	<xsl:when test="local-name()='pdbx_nmr_ensemble'">
	  <xsl:element name="VRPTx:atom_consistency_flag">
	    <xsl:choose>
	      <xsl:when test="$nmr_models_consistency_flag='True'">Y</xsl:when>
	      <xsl:otherwise>N</xsl:otherwise>
	    </xsl:choose>
	  </xsl:element>
	</xsl:when>
      </xsl:choose>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="@*" mode="category-element">
    <xsl:copy/>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="PDBx:*" mode="data-item">
    <xsl:element name="VRPTx:{local-name()}">
      <xsl:apply-templates select="@*|node()" mode="data-item"/>
    </xsl:element>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="node()" mode="data-item">
    <xsl:copy/>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="@*" mode="data-item">
    <xsl:copy/>
  </xsl:template>

  <xsl:template match="*[@xsi:nil='true']"/>
  <xsl:template match="*|text()|@*"/>

  <xsl:template name="error_handler">
    <xsl:param name="error_message"/>
    <xsl:param name="terminate">no</xsl:param>
    <xsl:choose>
      <xsl:when test="$terminate='yes'">
	<xsl:message terminate="yes">
	  <xsl:text>ERROR in extract_pdbml.xsl: </xsl:text>
	  <xsl:value-of select="$error_message"/>
	</xsl:message>
      </xsl:when>
      <xsl:otherwise>
	<span style="font-weight: bold; color: red">
	  <xsl:text>ERROR: </xsl:text>
	  <xsl:value-of select="$error_message"/>
	</span>
      </xsl:otherwise>
    </xsl:choose>
  </xsl:template>

</xsl:stylesheet>