This repository contains the necessary code to process the output from MutateX and ClinVar information into the principal component biplots.
The contents are structured as follows:
├── 00_datasets │ ├── processed │ │ ├── clinvar.txt │ │ ├── data.csv │ │ ├── metadata.csv │ │ └── pca_data.csv │ └── raw │ ├── E_Sequence.netsurfp.txt │ ├── F_Sequence.netsurfp.txt │ ├── clinvar_result_hba1.txt │ ├── clinvar_result_hba2.txt │ ├── clinvar_result_hbb.txt │ ├── energies_alpha.csv │ └── energies_beta.csv ├── 01_scripts │ ├── 00_run.R │ ├── 01_processing_clinvar.R │ ├── 02_processing_energies.R │ ├── 03_PCA.R │ └── 04_Extra_plots_exploratory.R ├── 02_figures │ ├── expo_full.png │ ├── expo_zoom.png │ ├── res_clin_full.png │ ├── res_clin_zoom.png │ ├── res_mut_full.png │ ├── res_mut_zoom.png │ ├── res_wt_full.png │ ├── res_wt_zoom.png │ ├── residues.png │ └── residues_pca.png ├── LICENSE └── README.md