- Clonar el repositorio en el git bash:
git clone https://github.com/Astolfo2332/PISIII_FSL
- Crear las imágenes necesarias, abrir un terminal en la ruta donde se clono con ruta en la carpeta /Docker:
docker-compose -f compose-build.yml build
Esto creara las imágenes necesarias para correr los contenedores
- Estructurar los archivos DICOM base de la siguiente forma:
raw/
├── 01/
│ ├── S/
│ │ ├── DICOM files
│ └── ...
├── 02/
│ ├── S/
│ │ ├── DICOM files
│ └── ...
└── n/
├── S/
│ ├── DICOM files
└── ...
Donde 01, 02, ...n puede ser cualquier nombre que se le de al paciente, y S1, S2, ... n son las pruebas realizadas.
En esta carpeta se encuentran los archivos necesarios para un correcto funcionamiento del código, todas son personalizables pero no se les puede cambiar el nombre.
- Archivos JSON: Se pueden modificar los archivos json.
- parameters.json: Aquí se encuentran los parámetros del los estudios. Modificarlos de ser necesario para una mejor extracción u análisis
- config.json: En este archivo se especifica los nombres y características de los estudios realizados, en formato bids para mayor información consular: How to create a configuration file
- dataset_description.json: Información relevante de los datos
- participants.json y .tsv: En el json se especifica la información de las columnas presentes en el .tsv
- Un docker-compose adicional este archivo no se debe modificar debido a que se utiliza en la mejora del proceso
- Copiar el archivo que esta al exterior
- Cuando este creado las imágenes se copia el archivo docker-compose y la carpeta custom con las modificaciones pertinentes, en el directorio de interés con la estructura mencionada anteriormente en "Uso" y desde el terminal se ingresa:
docker-compose up
- Es necesario correr el docker-compose up dos veces ya que la primera hará la conversión a bids y la segunda hará el preprocesamiento, también funciona para validar la estructura de los datos y hacer las correcciones necesarias en el config del bids
├───custom
├───docker-compose.yml
└───raw
├───01
│ ├───S1
│ ├───S2
│ ├───S3
│ ├───S4
│ └───S5
└───02
├───S1
├───S2
├───S3
├───S4
└───S5
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