Atlantic Innovation Week

14-17 MARCH 2022 AZORES, PORTUGAL

Workshop - Introduction to Marine Debris Detection with Sentinel-2 using Python

[PT]

Este workshop oferece uma breve introdução sobre a detecção de detritos marinhos utilizando dados Level-2A de Sentinel-2. Irás aprender como baixar automaticamente os produtos Sentinel-2 usando Python (sentinelsat), usar bibliotecas de análise de dados geoespaciais (Rasterio, GeoPandas e GDAL) e calcular índices (Floating Algae Index-FAI e Floating Debris Index-FDI) para identificar aglomerações de vegetação flutuante (como sargassum) e possíveis aglomerados de lixo marinho.

Como rodar este workshop?

1. Instale ANACONDA ou MINICONDA (este notebook utiliza Python 3.8);
2. Prepare o ambiente:

• Não sabe como importar um ambiente? Veja como fazer utilizando GUI ou TERMINAL;
• Primeiro método: utilize o arquivo environment_macOS.yml ou environment_Win.yml para criar o ambiente (testado no macOS Catalina e Windows 10). Se surgir o erro ResolvePackageNotFound tente o segundo método;
• Segundo Método: Crie um ambiente chamado AIW-Workshop-Env e instale manualmente os seguintes pacotes: jupyter, gdal=3.4.1, geopandas=0.10.2, rasterio=1.2.10 (todos com conda-forge), sentinelsat==1.1.1, python-dotenv==0.19.2 e zipfile36==0.1.3 (todos com pip). Instale os pacotes conda-forge primeiro. No Windows, não use conda install -c conda-forge jupyter, mas sim pip install notebook. No Windows, para resolver o erro geopandas relacionado com spatialindex_c.dll, use pip uninstall rtree.

4. Para testar a biblioteca sentinelsat, crie uma conta gratuita no Copernicus Open Access Hub e adicione as credenciais ao arquivo env.txt, alterando o arquivo para oculto e removendo a extensão .txt (.env);
5. Se não quiseres criar uma conta COAH, ou se a tua conta for recente, podes baixar um exemplo de produto AQUI e salvar na pasta Sentinel2-Downloaded-Products.

Resultados (sul da Ilha da Madeira, Portugal - 2021/03/29):

[EN]

This workshop gives you a brief introduction on marine debris detection using Sentinel-2 Level-2A data. You will learn how to automatically download Sentinel-2 products using Python (sentinelsat), use geospatial data analysis libraries (Rasterio, GeoPandas and GDAL) and calculate band indices (Floating Algae Index-FAI and Floating Debris Index-FDI) to identify agglomerations of floating vegetation (such as sargassum) and possible clusters of marine litter.

How to run this workshop?

1. Install ANACONDA or MINICONDA (this notebook uses Python 3.8);
2. Prepare the Environment:

• Don't know how to import an environment? See how to do it using GUI or TERMINAL;
• First Method: Use environment_macOS.yml or environment_Win.yml file to create your environment (tested on macOS Catalina and Windows 10). If you get ResolvePackageNotFound error try the second method;
• Second Method: Create an environment called AIW-Workshop-Env and manually install the following packages: jupyter, gdal=3.4.1, geopandas=0.10.2, rasterio=1.2.10 (all with conda-forge), sentinelsat==1.1.1, python-dotenv==0.19.2 and zipfile36==0.1.3 (all with pip). Install conda-forge packages first. On Windows, do not use conda install -c conda-forge jupyter, but pip install notebook. On Windows, to solve geopandas error related to spatialindex_c.dll, use pip uninstall rtree.

4. To test the sentinelsat library, create a Copernicus Open Access Hub free account and add the credentials to the env.txt file, changing the file to hidden and removing the .txt extension (.env);
5. If you don't want to create a COAH account, or if your account is recent, you can download an example product HERE and save to Sentinel2-Downloaded-Products folder.

Results (south of Madeira Island, Portugal - 2021/03/29):