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ahasverus authored Mar 9, 2020
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Data Toolbox Training - Session 2019

## Programme

#### Lundi 02/12 AM

**Introduction à la recherche reproductible** (François)

- [ ] Pourquoi la reproductibilité ?
- [ ] Bonnes pratiques (organisation des fichiers, pas touche aux données, fichiers non binaires)
- [ ] Pipeline et workflow
- [ ] Survol des outils disponibles


#### Lundi 02/12 PM

**Versioning du code** (Stéphane)

- [ ] Introduction basique à git (init, push/pull, merge, log)
- [ ] Services Web associés (GitHub, GitLab)
- [ ] Bonnes pratiques (responsable, rôles, bien nommer ses commits, etc.)
- [ ] Gestion des conflits
- [ ] Markdown (introduction au langage avec le README de git ?)


#### Mardi 03/12 AM

**Travail collaboratif (suite)** (Stéphane)

- [ ] Markdown sous R / RStudio
- [ ] Le YAML
- [ ] Présentations (ioslide, revealJS, xaringan, etc.)


#### Mardi 03/12 PM

**Les données en biodiversité** (Nico & Olivier)

- [ ] Acquisition (databases, api & ropensci, web scraping, regular expressions)
- [ ] Manipulation de données (dplyr & Tidyverse)
- [ ] Introduction à ggplot2


#### Mercredi 04/12 AM

**Les données spatiales en biodiversité** (Nico & Loreleï)

- [ ] Données spatiales
- [ ] Cartographie


#### Mercredi 04/12 PM

**Research Compendium** (Nina & François)

- [ ] Introduction au Research Compendium
- [ ] Makefile & Drake
- [ ] Containarisation (Docker vs VM)


#### Jeudi 05/12 AM

**Optimisation du code** (François & Nico)

- [ ] Formatage et optimisation du code (indentation, _code profiling_, commentaires, tests de performance)
- [ ] Création d'un package (roxygen, devtools)
- [ ] Déploiement d'un package (testthat, travis CI, appveyor, etc.)


#### Jeudi 05/12 PM

**Projet en sous-groupes** (Olivier, François, Nina & Nico)

- [ ] Travail en sous-groupes


#### Vendredi 06/12 AM

**Projet en sous-groupes (suite)** (Nico, Nina & Loreleï)

- [ ] Poursuite des projets en sous-groupes
- [ ] Préparation des présentations

#### Vendredi 06/12 PM

**Restitution des projets** (Nico, Nina & Loreleï)

- [ ] 2-3 slides de présentation par groupe
- [ ] 5 min de présentation + 5 min de discussion
[More information (in french)](https://www.fondationbiodiversite.fr/evenement/cesab-formation-bonnes-pratiques-pour-une-recherche-reproductible-en-ecologie-numerique-api-versioning-reproductibilite-et-partage/)

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