Présentation

Taxobot est un programme qui permet de générer le squelette d'un article de biologie pour un taxon donné. Il extrait les données de diverses sources de référence utilisées par le projet Biologie.

Principe de fonctionnement

Pour générer le squelette d'un article, le programme utilise une source de classification qu'il sélectionne lui-même ou qu'on lui indique. Ensuite, il récupère les données externes de toutes les autres sources.

Ces sources sont designées au sein du projet en tant que modules nominatifs (adw, algaebase, etc.).

Données

Pour un taxon indiqué, il extrait la classification biologique : rangs y compris supérieurs et inférieurs, auteur(s), synonyme(s), basionyme, nom(s) vernaculaire(s), etc.

Il recense également l'ensemble des sources externes utilisées qu'il affiche lors du débogage ou dans le contenu du squelette.

Squelette

Le squelette généré suit les recommandations wikipédiennes et comprend les éléments suivants :

• Bandeau d'ébauche
• Taxobox
• Introduction minimale
• Informations de systématique (basionyme, nom(s) vernaculaire(s), synonyme(s), etc.)
• Taxons de rangs inférieurs
• Section "Voir aussi" (liens Bioref, liens interprojets : commons et species)
• Références
• Catégories
• Portail

Installation et utilisation

Installation

Quel que soit votre système d'exploitation, vous pouvez utiliser Taxobot. Référez-vous aux informations fournies dans INSTALL.md pour l'installation.

Utilisation

Deux méthodes d'utilisation sont disponibles :

• « ligne de commande » : les commandes possibles sont décrites ci-dessous dans Options
• « WEB » : le point d'accès est index.php

Exemples :

• root@xxxxx:~/taxobot# php taxobot.php -taxon "Uroplatus fimbriatus" -classification gbif
• https:~/taxobot.php?classification=gbif&taxon=Uroplatus+fimbriatus

Options

Taxobox a les options suivantes :

• -taxon "NOM TAXON" : obligatoire. Le nom scientifique du taxon à chercher
• -classification NOM : permet de forcer le choix d'une classification
• -domaine NOM : indique le domaine du vivant pour le taxon. Permet de restreindre les modules qui seront appelés (y compris les sources de classifications utilisables)
• -article (flag) : Ne générer que la sortie de l'article et rien d'autre
• -auteurs TEXTE (string) : Mode de traitement des auteurs. s→standard*, n→nouveau, n1→nouveau+ajout réponse unique
• -debug (flag) : Activer ou pas le mode debug
• force-rang TEXTE : Permet d'indiquer le rang. Utile uniquement avec l'option 'juste-ext' où la classification n'est pas utilisée
• force-regne TEXTE : Permet d'indiquer le règne (charte). Utile uniquement avec l'option 'juste-ext' où la classification n'est pas utilisée
• -help (flag) : Afficher ce message d'aide et rappelle les diverses options
• -inclure-invalides oui/*non : inclure dans les liens externes et autres les taxons non valides (synonymes, etc.)
• -juste-ext oui/*non : ne fournir que les liens externes (pas de classification). Note : sans classification, certaines informations peuvent être omises ou mal présentées
• -liens-inf-sp oui/*non : mettre des wikiliens sur les taxons inférieurs à l'espèce
• -liens-synonymes *oui/non : mettre des wikiliens sur les synonymes
• limite-listes : Nombre : Nombre maximum d'éléments dans les listes (sous-taxons, synonymes). Nombre <= 0 : pas de limite. Max : 256
• -liste (flag) : Afficher la liste des modules et leurs capacités
• -off TEXTE (string) : Liste de modules à désactiver (noms séparés par des virgules)
• -plan oui/*non : Générer un plan-type, même quand il n'y a pas d'information
• -selecteurs *oui/non (bool) : Autorise l'utilisation des fichiers de définition des ébauches/catégories/auteurs/…
• -seuil-colonnes NOMBRE : seuil (nombre d'éléments) avant mise en multi-colonnes de l'affichage (-2=défaut (25) ; -1=toujours ; 0=jamais)
• -suivre-synonymes *oui/non : si le taxon est un synonyme, traiter le nom valide
• -timeout NOMBRE (int) : Mode de traitement des auteurs. s→standard*, n→nouveau, n1→nouveau+ajout réponse unique
• trier-synonymes *oui/non : Trier les synonymes par ordre alphabétique, sinon garder l'ordre de la source
• -ua TEXTE (string) : Permet de définir un User Agent pour les requêtes HTTP
• -version (flag) : Afficher la version de Taxobot Note : * désigne une option choisie par défaut.

En mode WEB ces options sont passées en GET : l'option a le même nom (sans le tiret) et sa valeur est celle passée. Exemple : …&seuil-colonnes=30&…

Personnalisation

Plusieurs éléments sont personnalisables, référez-vous au dossier Documentation pour plus d'informations.

Licence et participation

Bien qu'intégralement dédié à Wikipédia en français, son code peut être réutilisé pour d'autres projets, tout ou partie, comme l'extraction des méta-données.

Il est placé sous licence GNU General Public License v3.0 (en savoir plus).

Si vous souhaitez participer à son amélioration, vous pouvez le télécharger, le tester, consulter le fichier à l'intention des développeurs et signaler les bugs rencontrés ou faire part de suggestions en ouvrant une pull request.