Baromètre Santé Inserm de la Science Ouverte

Présentation

Dans une démarche similaire à celle du Baromètre de la Science Ouverte des publications de l'Inserm et du Baromètre santé de la Science Ouverte publié par le ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche, l'Inserm souhaite évaluer le nombre de publications résultant des essais cliniques et des études observationnelles dont il est le promoteur.

En particulier, L'Inserm a pour objectifs :

• Repérer les études sans publication : Identifier les études qui n'ont donné lieu à aucune publication et tenter d'en comprendre les raisons.
• Encourager la publication des résultats négatifs : Promouvoir la publication des résultats d'études négatives ou peu concluantes, qui sont souvent sous-valorisés.
• Analyser le statut d'accès des publications : Évaluer si ces publications sont en accès ouvert ou fermé, afin de promouvoir une plus grande transparence et accessibilité.

Organisation

Ce dépôt est structuré en plusieurs notebooks Jupyter, chacun dédié à une étape spécifique du processus :

• 01_extraction_donnees_sante.ipynb
  Contient le code pour l'extraction automatique des données des études, en utilisant différentes API telles que ClinicalTrials, PubMed, Unpaywall, et OpenAlex.

• 02_traitement_donnees_sante.ipynb
  Permet d'analyser et d'interpréter les données des études extraites dans le notebook précédent, notamment en générant des visualisations.

• 03_traitement_manuel_donnees_sante.ipynb
  Intègre les données nécessitant un traitement manuel avec celles récupérées automatiquement dans les notebooks précédents.
  À partir de cet ensemble de données, génère des statistiques et des visualisations, qui peuvent ensuite être exportées sous forme d'iframes pour une intégration dans une page web HTML.

Installation

Cloner le repository localement :

git clone https://github.com/Inserm-IST/BSO-Inserm-Sante.git

Se déplacer dans le répertoire nouvellement créé :

cd BSO-Inserm-Sante/

Créer un environnement virtuel :

Pour plus de détails, voir Create and Use Virtual Environments

Créer un environnement virtuel .venv :

python -m venv .venv

Activer l'environnement virtuel :

# Unix/macOS
source .venv/bin/activate

# Windows
.venv\Scripts\activate

Installer les bibliothèques dans l'environnement virtuel :

python -m pip install -r requirements.txt

Lancer le notebook :

jupyter notebook