Skip to content

Commit

Permalink
Merge pull request #175 from Rapporteket/bug_tavi_rapport
Browse files Browse the repository at this point in the history 
2.15.2 Bug tavi rapport
  • Loading branch information
@skkrist
skkrist authored Dec 4, 2023
2 parents c8fe1fe + 33a1d8f commit 0cc4c62
Show file tree
Hide file tree
Showing 3 changed files with 132 additions and 99 deletions.
2 changes: 1 addition & 1 deletion DESCRIPTION
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -1,6 +1,6 @@
Package: noric
Title: Provide R Resources for NORIC at Rapporteket
Version: 2.15.1
Version: 2.15.2
Authors@R: c(
person("Kristina",
"Skaare",
Expand Down
3 changes: 3 additions & 0 deletions NEWS.md
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -1,3 +1,6 @@
# noric 2.15.2 Bugfix tavi rapport
3 trykkfeiler i rapporten. Og legge til paravalvulær insuffisiens.

# noric 2.15.1 Bugfix stemi indikator
Tar hensyn til manglende kopiering mellom BeslEKGDato og BesUtlEKGDato med
tilhørende tidspunkt. Bruker i 1.prioritet BeslEKGDato.
Expand Down
226 changes: 128 additions & 98 deletions inst/NORIC_tavi_report.Rmd
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -291,9 +291,11 @@ AK %<>%
"Ja",
NA_character_)),
ParavalvularLekkasje = factor(x = ParavalvularLekkasje,
levels = c("Nei",
"Ja",
ParavalvularInsuffisiens = factor(x = ParavalvularInsuffisiens,
levels = c("Ingen/trace",
"Liten",
"Moderat",
"Stor",
"Ukjent",
NA_character_)),
Expand Down Expand Up @@ -1065,93 +1067,107 @@ if (params$tableFormat == "html") {



<!-- ## Paravalvulær lekkasje -->


<!-- ```{r tabParaLekk, results='asis', eval=TRUE} -->
<!-- cap <- paste0("Antall prosedyrer med ParavalvularLekkasje registrert i NORIC ", -->
<!-- "ved ", params$hospitalName, -->
<!-- " for hele fjoråret og hittil i år (t.o.m ", -->
<!-- siste_dato_txt, -->
<!-- ").") -->

<!-- paraLekk_fjor <- merge( -->
<!-- x = timeTableMonth_fjor, -->
<!-- y = AK %>% -->
<!-- janitor::tabyl(maaned, ParavalvularLekkasje) %>% -->
<!-- janitor::adorn_totals("col", name= "Totalt"), -->
<!-- by.x = "maaned", -->
<!-- by.y = "maaned") %>% -->
<!-- janitor::adorn_totals("row", name = paste0("Totalt i ", periode_data$sisteHeleYear)) %>% -->
<!-- dplyr::mutate(aar = periode_data$sisteHeleYear) %>% -->
<!-- dplyr::relocate("aar", .before = "maaned") -->

<!-- paraLekk_aar <- merge( -->
<!-- x = timeTableMonth_aar, -->
<!-- y = AK %>% -->
<!-- janitor::tabyl(maaned, ParavalvularLekkasje) %>% -->
<!-- janitor::adorn_totals("col", name= "Totalt"), -->
<!-- by.x = "maaned", -->
<!-- by.y = "maaned") %>% -->
<!-- janitor::adorn_totals("row", name = paste0("Totalt hittil i ", -->
<!-- periode_data$nyesteRegYear)) %>% -->
<!-- dplyr::mutate(aar = periode_data$nyesteRegYear) %>% -->
<!-- dplyr::relocate("aar", .before = "maaned") -->


<!-- paraLekk <- rbind( -->
<!-- paraLekk_fjor, -->
<!-- paraLekk_aar -->
<!-- ) -->


<!-- paraLekk[paraLekk == 0] <- " - " -->
<!-- paraLekk[is.na(paraLekk)] <- " - " -->

<!-- align <- c("l", rep("c", dim(paraLekk)[2] - 1)) -->
<!-- digs <- rep(0, dim(paraLekk)[2] ) -->


<!-- if (params$tableFormat == "html") { -->
<!-- paraLekk %>% dplyr::select(-aar) %>% -->
<!-- knitr::kable(caption = cap, align = align) %>% -->
<!-- kableExtra::kable_styling(bootstrap_options = c("striped", -->
<!-- "hover", -->
<!-- "condensed"), -->
<!-- full_width = FALSE, -->
<!-- font_size = 8) %>% -->
<!-- kableExtra::column_spec(column = 1, width = "7em") %>% -->
<!-- kableExtra::row_spec(row=12, hline_after = TRUE) %>% -->
<!-- kableExtra::row_spec(row=13, hline_after = TRUE) %>% -->
<!-- kableExtra::row_spec(row=dim(paraLekk)[1]-1, hline_after = TRUE) %>% -->
<!-- kableExtra::pack_rows(group_label = as.character(periode_data$sisteHeleYear), -->
<!-- start_row = 1, -->
<!-- end_row = 13) %>% -->
<!-- kableExtra::pack_rows(group_label = as.character(periode_data$nyesteRegYear), -->
<!-- start_row = 14, -->
<!-- end_row = dim(paraLekk)[1]) -->

<!-- } else if (params$tableFormat == "latex") { -->
<!-- paraLekk %>% dplyr::select(-aar) %>% -->
<!-- knitr::kable(format = params$tableFormat, -->
<!-- caption = cap, -->
<!-- booktabs = TRUE, -->
<!-- align = "r") %>% -->
<!-- kableExtra::kable_styling(latex_options = "HOLD_position", -->
<!-- font_size = 8) %>% -->
<!-- kableExtra::row_spec(row=12, hline_after = TRUE) %>% -->
<!-- kableExtra::row_spec(row=13, hline_after = TRUE)%>% -->
<!-- kableExtra::row_spec(row=dim(paraLekk)[1]-1, hline_after = TRUE) %>% -->
<!-- kableExtra::pack_rows(group_label = as.character(periode_data$sisteHeleYear), -->
<!-- start_row = 1, -->
<!-- end_row = 13) %>% -->
<!-- kableExtra::pack_rows(group_label = as.character(periode_data$nyesteRegYear), -->
<!-- start_row = 14, -->
<!-- end_row = dim(paraLekk)[1]) -->


<!-- } -->
<!-- ``` -->
```{r}
if (params$rendered_by_shiny == TRUE && params$tableFormat == "latex")
shiny::setProgress(0.5)
```


`r if(params$tableFormat !="latex") {"<!--"}`
\newpage
`r if(params$tableFormat !="latex") {"-->"}`


## Postoperative EKKO-funn: Paravalvulær insuffisiens


```{r tabparaInsuff, results='asis', eval=TRUE}
cap <- paste0("Antall prosedyrer med paravalvular insuffisiens registrert ",
"i NORIC ",
"ved ", params$hospitalName,
" for hele fjoråret og hittil i år (t.o.m ",
siste_dato_txt,
").",
" Merk at variabelen var ny våren 2023 og at eldre prosedyrer ",
"har verdien NA (not available).")
paraInsuff_fjor <- merge(
x = timeTableMonth_fjor,
y = AK %>%
janitor::tabyl(maaned, ParavalvularInsuffisiens) %>%
janitor::adorn_totals("col", name= "Totalt"),
by.x = "maaned",
by.y = "maaned") %>%
janitor::adorn_totals("row", name = paste0("Totalt i ", periode_data$sisteHeleYear)) %>%
dplyr::mutate(aar = periode_data$sisteHeleYear) %>%
dplyr::relocate("aar", .before = "maaned")
paraInsuff_aar <- merge(
x = timeTableMonth_aar,
y = AK %>%
janitor::tabyl(maaned, ParavalvularInsuffisiens) %>%
janitor::adorn_totals("col", name= "Totalt"),
by.x = "maaned",
by.y = "maaned") %>%
janitor::adorn_totals("row", name = paste0("Totalt hittil i ",
periode_data$nyesteRegYear)) %>%
dplyr::mutate(aar = periode_data$nyesteRegYear) %>%
dplyr::relocate("aar", .before = "maaned")
paraInsuff <- rbind(
paraInsuff_fjor,
paraInsuff_aar
)
paraInsuff[paraInsuff == 0] <- " - "
paraInsuff[is.na(paraInsuff)] <- " - "
align <- c("l", rep("c", dim(paraInsuff)[2] - 1))
digs <- rep(0, dim(paraInsuff)[2] )
if (params$tableFormat == "html") {
paraInsuff %>% dplyr::select(-aar) %>%
knitr::kable(caption = cap, align = align) %>%
kableExtra::kable_styling(bootstrap_options = c("striped",
"hover",
"condensed"),
full_width = FALSE,
font_size = 8) %>%
kableExtra::column_spec(column = 1, width = "7em") %>%
kableExtra::row_spec(row=12, hline_after = TRUE) %>%
kableExtra::row_spec(row=13, hline_after = TRUE) %>%
kableExtra::row_spec(row=dim(paraInsuff)[1]-1, hline_after = TRUE) %>%
kableExtra::pack_rows(group_label = as.character(periode_data$sisteHeleYear),
start_row = 1,
end_row = 13) %>%
kableExtra::pack_rows(group_label = as.character(periode_data$nyesteRegYear),
start_row = 14,
end_row = dim(paraInsuff)[1])
} else if (params$tableFormat == "latex") {
paraInsuff %>% dplyr::select(-aar) %>%
knitr::kable(format = params$tableFormat,
caption = cap,
booktabs = TRUE,
align = "r") %>%
kableExtra::kable_styling(latex_options = "HOLD_position",
font_size = 8) %>%
kableExtra::row_spec(row=12, hline_after = TRUE) %>%
kableExtra::row_spec(row=13, hline_after = TRUE)%>%
kableExtra::row_spec(row=dim(paraInsuff)[1]-1, hline_after = TRUE) %>%
kableExtra::pack_rows(group_label = as.character(periode_data$sisteHeleYear),
start_row = 1,
end_row = 13) %>%
kableExtra::pack_rows(group_label = as.character(periode_data$nyesteRegYear),
start_row = 14,
end_row = dim(paraInsuff)[1])
}
```



Expand All @@ -1161,6 +1177,9 @@ if (params$tableFormat == "html") {

<br/>




# Komplikasjoner
Eventuelle komplikasjoner forbundet med prosedyrer på aortaklaffen
blir i NORIC delt i to kategorier, avhengig av om komplikasjonene
Expand Down Expand Up @@ -1638,9 +1657,8 @@ samme pasient er disse talt opp hver for seg. Behov for innsetting av
permanent pacemaker er en av kvalitetsindikatorene i NORIC, for detaljer se
[***Pacemakerbehov***](#pacemaker)

Vi viser opptellingene for både ferdigstilte og
ikke ferdigstilte komplikasjonsskjema. [***Klikk her***](#komplSkjema)
for å se oversikten over antall (andel) ferdigstilte komplikasjonsskjemaer.
Vi viser opptellingen for alle prosedyrer, uavhengig av status av
ferdigstillelse.



Expand Down Expand Up @@ -2061,8 +2079,8 @@ avdKomp_aar <- merge(
dplyr::rename("Annen alvorlig komplikasjon" = n),
by.x = "maaned",
by.y = "maaned") %>%
janitor::adorn_totals("row", name = paste0("Totalt i ", periode_data$sisteHeleYear)) %>%
dplyr::mutate(aar = periode_data$sisteHeleYear) %>%
janitor::adorn_totals("row", name = paste0("Totalt i ", periode_data$nyesteRegYear)) %>%
dplyr::mutate(aar = periode_data$nyesteRegYear) %>%
dplyr::relocate("aar", .before = "maaned")
```

Expand Down Expand Up @@ -2148,7 +2166,7 @@ if (params$tableFormat == "html") {

# Utledete variabler

## Ventetid TAVI, planlagt prosedyrer
## Ventetid TAVI, planlagte prosedyrer

**Forklaring boxplot:**
Boxplotet viser fordelingen av ventetiden.
Expand Down Expand Up @@ -2617,15 +2635,27 @@ if (params$tableFormat == "html") {
```

## Aldersfordeling
**Forklaring boxplot:**
Boxplotet viser fordeling av pasientens alder på prosedyretidspunktet, for
kvinner og menn de siste årene.
Medianverdien er markert av den tykke linjen midt i boksen.
De blå boksene inneholder halvparten av registreringene og
er avgrenset av nedre (25%) og øvre (75%) kvartil.
Bredden på boksen kalles interkvartil bredde (IQR).
De vertikale greinene viser minste og største verdi i datasettet innenfor
henholdsvis 1,5 x IQR under nedre kvartil og
1.5 x IQR over øvre kvartil.
Punktene utenfor greinene viser uteliggere,
det vil si forløp med usedvanlig lav eller høy alder.

```{r figalderkjonn, fig.cap = paste0("Pasientens alder ved prosedyren per i år fra ", fromDate," til ", toDate, "."), fig.width = 8, fig.height = 5, fig.pos = "H", fig.align = "center", out.width = "\\textwidth"}
```{r figalderkjonn, fig.cap = paste0("Pasientens alder ved prosedyren, for kvinner og menn, per i år fra ", fromDate," til ", toDate, "."), fig.width = 8, fig.height = 5, fig.pos = "H", fig.align = "center", out.width = "\\textwidth"}
AK_alderKjonn %>%
dplyr::filter(!is.na(PasientKjonn),
!is.na(PasientAlder),
PasientAlder >= 18,
PasientAlder < 100) %>%
PasientAlder <= 100) %>%
dplyr::select(PasientAlder, PasientKjonn, aar) %>%
ggplot2::ggplot(mapping= ggplot2::aes(x = aar,
y = PasientAlder)) +
Expand Down

0 comments on commit 0cc4c62

Please sign in to comment.