Merge pull request #31 from Rapporteket/kval_indik2022

Kval indik2022
Rapporteket · Jul 14, 2022 · 0edcee7 · 0edcee7
2 parents 5cacbc3 + 86fc28a
commit 0edcee7
Show file tree

Hide file tree

Showing 15 changed files with 1,728 additions and 12 deletions.
diff --git a/DESCRIPTION b/DESCRIPTION
@@ -1,6 +1,6 @@
 Package: ablanor
 Title: AblaNor- Rapporteket
-Version: 1.0.2
+Version: 1.1.0
 Authors@R: c(
   person(given = "Kristina",
            family = "Skaare",

diff --git a/NAMESPACE b/NAMESPACE
@@ -18,6 +18,13 @@ export(getProsPatient)
 export(getProsPatientData)
 export(getRand12)
 export(getRand12Data)
+export(indik_akuttsuksess)
+export(indik_avbrudd)
+export(indik_ferdig_komplik)
+export(indik_overlevelse30dg)
+export(indik_pacemaker)
+export(indik_prom_klineff)
+export(indik_tamponade)
 export(ki_akutt_suksess)
 export(ki_akutt_suksess_svt)
 export(ki_akutt_suksess_svt_avnrt)
@@ -45,6 +52,7 @@ export(utlede_alder_75)
 export(utlede_aldersklasse)
 export(utlede_bmi)
 export(utlede_bmi_klasse)
+export(utlede_dager_sensur)
 export(utlede_hjertesvikt_redusert_ef)
 export(utlede_kardiomyopati)
 export(utlede_kateg_afli_aryt_i48)

diff --git a/NEWS.md b/NEWS.md
@@ -1,3 +1,12 @@
+# ablanor 1.1.0
+## Nytt
+* Nye versjoner av kvalitetsindikatorene. 
+* Legge til indikatorene i utforsker 
+
+## Bugfix
+* Fjerne unødvendig bruk av _kodebok_fyll_ ved SINGLE-row-spørringer. Sparer
+mye tid ved innlasting av kodebok og navn til variabelliste i utforsker
+
 # ablanor 1.0.2
 Bugfix: Ikke abonnere på veiledning + Fikse header slik at html ser bra ut
 Ny parameter i legg_til_forlopstype_kortnavn

diff --git a/R/getKodebokData.R b/R/getKodebokData.R
@@ -12,7 +12,51 @@
 getKodebokData <- function() {
 
   ablanor::kbd %>%
-    dplyr::mutate(fysisk_feltnavn = tolower(.data$fysisk_feltnavn))
+    dplyr::mutate(
+
+      fysisk_feltnavn = tolower(.data$fysisk_feltnavn),
+
+      # Dersom identitiske "fysisk_feltnavn" gi samme prefix som i utforsker.
+      fysisk_feltnavn = dplyr::case_when(
+
+        # FRA GKV:
+        .data$fysisk_feltnavn %in% c("complete",
+                                     "incomplete_reason",
+                                     "status",
+                                     "usercomment") &
+          .data$skjemanavn == "GKV spørreskjema somatikk, voksne, døgn" ~
+          paste0("gkv_", .data$fysisk_feltnavn),
+
+        # FRA RAND12
+        .data$fysisk_feltnavn %in% c("complete",
+                                     "incomplete_reason",
+                                     "status",
+                                     "usercomment") &
+          .data$skjemanavn == "Livskvalitetsskjema" ~
+          paste0("rand_", .data$fysisk_feltnavn),
+
+        # FRA OPPFØLGING
+        .data$fysisk_feltnavn %in% c("complete",
+                                     "incomplete_reason",
+                                     "status",
+                                     "usercomment") &
+          .data$skjemanavn == "Oppfølging etter 1 år" ~
+          paste0("followup_", .data$fysisk_feltnavn),
+
+        # FRA PROSEDYRE
+        .data$fysisk_feltnavn %in% c("status",
+                                     "usercomment") &
+          .data$skjemanavn == "Prosedyre" ~
+          paste0("pros_", .data$fysisk_feltnavn),
+
+        # FRA BASISSKJEMAET
+        .data$fysisk_feltnavn %in% c("status",
+                                     "usercomment") &
+          .data$skjemanavn == "Basisskjema" ~
+          paste0("basereg_", .data$fysisk_feltnavn),
+
+
+        TRUE ~ .data$fysisk_feltnavn))
 }
 
 
@@ -34,15 +78,15 @@ getKodebokData <- function() {
 
 getKodebokMedUtledetedVar <- function() {
 
-  ablanor::kbd %>%
-    dplyr::mutate(fysisk_feltnavn = tolower(.data$fysisk_feltnavn)) %>%
+   ablanor::getKodebokData() %>%
     dplyr::select(.data$skjemanavn,
                   .data$fysisk_feltnavn,
                   .data$ledetekst,
                   .data$listeverdier,
                   .data$listetekst) %>%
     dplyr::mutate(listeverdier = as.character(.data$listeverdier)) %>%
-    dplyr::bind_rows(ablanor::def_utledete_var)
+    dplyr::bind_rows(ablanor::def_utledete_var %>%
+                       tidyr::replace_na(replace = list(listeverdier= "NA")))
 
 
 }
diff --git a/R/getPivotDataSet.R b/R/getPivotDataSet.R
@@ -52,7 +52,7 @@ getPivotDataSet <- function(setId = "",
                                          toDate = NULL)
     }
 
-
+    if(singleRow == FALSE){
     # Erstatte listeverdi med listetekst og ja/nei for avkrysningsboks
     kb <- ablanor::getKodebokData() %>%
       dplyr::select(.data$fysisk_feltnavn,
@@ -71,6 +71,7 @@ getPivotDataSet <- function(setId = "",
         kb = kb,
         suffiks = "_tekst",
         fjerne_suffiks_fra_navn = TRUE)
+    }
 
     dat %<>% ablanor::legg_til_sykehusnavn(df = ., short = FALSE)
 

diff --git a/R/getProsPatientData.R b/R/getProsPatientData.R
@@ -82,7 +82,8 @@ getProsPatientData <- function(registryName,
   # Forberede Followup-data
   followup_data <- d_followup %>%
     dplyr::rename("MCEID_FOLLOWUP" = .data$MCEID) %>%
-    dplyr::rename_at(dplyr::vars(.data$USERCOMMENT:.data$CREATEDBY),
+    dplyr::rename_at(dplyr::vars(.data$USERCOMMENT:.data$CREATEDBY,
+                                 .data$COMPLETE, .data$INCOMPLETE_REASON),
                      function(x) {
                        paste0("followup_", x)
                      }) %>%
@@ -146,5 +147,19 @@ getProsPatientData <- function(registryName,
   # HJERTESVIKT OG REDUSERT EF
   d_ablanor %<>% ablanor::utlede_hjertesvikt_redusert_ef(.)
 
-  d_ablanor %>% dplyr::arrange(.data$mceid)
+
+  # Indikator tamponade, indikator for avbrudd
+  d_ablanor %<>%
+    # ablanor::utlede_dager_sensur(df=., dager_sensur =?? ) %>%
+    # ablanor::indik_overlevelse30dg() %>%
+    ablanor::indik_tamponade(.) %>%
+    ablanor::indik_prom_klineff(.) %>%
+    ablanor::indik_ferdig_komplik(.) %>%
+    ablanor::indik_akuttsuksess(.) %>%
+    ablanor::indik_pacemaker(.) %>%
+    ablanor::indik_avbrudd(.)
+
+    d_ablanor %>% dplyr::arrange(.data$mceid)
+
+
 }
diff --git a/R/getRand12Data.R b/R/getRand12Data.R
@@ -40,7 +40,9 @@ getRand12Data <- function(registryName,
 
   d_rand12_ut <- d_pros %>%
     dplyr::select(.data$MCEID, .data$CENTREID) %>%
-    dplyr::left_join(., d_rand12, by = c("MCEID", "CENTREID"))
+    dplyr::left_join(., d_rand12, by = c("MCEID", "CENTREID")) %>%
+    dplyr::rename("RAND_COMPLETE" = .data$COMPLETE,
+                  "RAND_INCOMPLETE_REASON"= .data$INCOMPLETE_REASON)
 
   names(d_rand12_ut) <- tolower(names(d_rand12_ut))