Skip to content

Commit

Permalink
unike feltnavn
Browse files Browse the repository at this point in the history
  • Loading branch information
@skkrist
skkrist committed Jan 9, 2024
1 parent 57375b8 commit c27b0be
Show file tree
Hide file tree
Showing 2 changed files with 72 additions and 31 deletions.
53 changes: 46 additions & 7 deletions R/getKodebokData.R
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -22,26 +22,65 @@ getKodebokData <- function() {
# FRA GKV:
.data$fysisk_feltnavn %in% c("complete",
"incomplete_reason",
"status",
"usercomment") &
"status") &
.data$skjemanavn == "GKV spørreskjema somatikk, voksne, døgn" ~
paste0("gkv_", .data$fysisk_feltnavn),

# FRA RAND12
.data$fysisk_feltnavn %in% c("complete",
"incomplete_reason",
"status",
"usercomment") &
"status") &
.data$skjemanavn == "Livskvalitetsskjema" ~
paste0("rand_", .data$fysisk_feltnavn),

# FRA OPPFØLGING
.data$fysisk_feltnavn %in% c("complete",
"dato_followup",
"incomplete_reason",
"status",
"usercomment") &
"q1",
"q2",
"q3",
"q4",
"q5",
"q6",
"q7",
"status") &
.data$skjemanavn == "Oppfølging etter 1 år" ~
paste0("followup_", .data$fysisk_feltnavn),
paste0("followup1_", .data$fysisk_feltnavn),


# FRA OPPFØLGING
.data$fysisk_feltnavn %in% c("complete",
"dato_followup",
"incomplete_reason",
"q1",
"q2",
"q3",
"q4",
"q5",
"q6",
"q7",
"status") &
.data$skjemanavn == "Oppfølging etter 5 år" ~
paste0("followup5_", .data$fysisk_feltnavn),


# FRA OPPFØLGING
.data$fysisk_feltnavn %in% c("complete",
"dato_followup",
"incomplete_reason",
"q1",
"q2",
"q3",
"q4",
"q5",
"q6",
"q7",
"status") &
.data$skjemanavn == "Oppfølging etter behandling" ~
paste0("followupbasis_", .data$fysisk_feltnavn),



# FRA PROSEDYRE
.data$fysisk_feltnavn %in% c("status",
Expand Down
50 changes: 26 additions & 24 deletions R/getPrepData.R
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -602,10 +602,11 @@ getBaseregProsFollowup1Data <- function(registryName,


d_followup %<>%
dplyr::rename("FOLLOWUP_STATUS" = "STATUS",
"FOLLOWUP_TSCREATED" = "TSCREATED",
"MCEID_FOLLOWUP" = "MCEID",
dplyr::rename("MCEID_FOLLOWUP" = "MCEID",
"MCEID" = "PARENTMCEID") %>%
dplyr::rename_with(.data = .,
~ paste0("FOLLOWUP1_", .x),
.cols =c("TSCREATED":"STATUS")) %>%
dplyr::mutate(eprom_opprettet_1aar = "ja") %>%
dplyr::select(-MCETYPE)

Expand All @@ -626,7 +627,7 @@ getBaseregProsFollowup1Data <- function(registryName,
# Sjekk at bare en oppfølging per forløp
# (I starten ble flere skjema sendt ut da er det nyeste skjema som gjelder)
followup_data <- d_followup %>%
dplyr::filter(!is.na(followup_status)) %>%
dplyr::filter(!is.na(followup1_status)) %>%
dplyr::left_join(.,
d_proms,
by = "mceid_followup")
Expand All @@ -641,7 +642,7 @@ getBaseregProsFollowup1Data <- function(registryName,
# Nyeste prosedyredato som har eprom:
nyeste_eprom_bestilling <- lubridate::date(max(
d_ablanor %>%
dplyr::filter(!is.na(followup_status)) %>%
dplyr::filter(!is.na(followup1_status)) %>%
dplyr::pull(dato_pros)))


Expand Down Expand Up @@ -722,9 +723,9 @@ getBaseregProsFollowup1Data <- function(registryName,


# Tidsvariabler for besvart followup
aar_followup_1aar = as.ordered(lubridate::year(dato_followup)),
maaned_nr_followup_1aar = as.ordered(sprintf(fmt = "%02d",
lubridate::month(dato_followup))),
aar_followup_1aar = as.ordered(lubridate::year(followup1_dato_followup)),
maaned_nr_followup_1aar = as.ordered(
sprintf(fmt = "%02d", lubridate::month(followup1_dato_followup))),
maaned_followup_1aar = ifelse(
test = is.na(aar_followup_1aar) | is.na(maaned_nr_followup_1aar),
yes = NA,
Expand All @@ -734,9 +735,9 @@ getBaseregProsFollowup1Data <- function(registryName,


# Tidsvariabler for opprettet followup
aar_followup_tscreated_1aar = as.ordered(lubridate::year(followup_tscreated)),
aar_followup_tscreated_1aar = as.ordered(lubridate::year(followup1_tscreated)),
maaned_nr_followup_tscreated_1aar = as.ordered(sprintf(fmt = "%02d",
lubridate::month(followup_tscreated))),
lubridate::month(followup1_tscreated))),
maaned_followup_tscreated_1aar = ifelse(
test = is.na(aar_followup_tscreated_1aar) | is.na(maaned_nr_followup_tscreated_1aar),
yes = NA,
Expand All @@ -756,7 +757,7 @@ getBaseregProsFollowup1Data <- function(registryName,


dg_pros_opprettet = as.numeric(difftime(
followup_tscreated,
followup1_tscreated,
dato_pros,
units = "days"
))
Expand Down Expand Up @@ -806,7 +807,7 @@ getBaseregProsFollowup1Data <- function(registryName,
# EPROMS OPPRETTET OG SATT TIL AVDØD MED EN GANG
(has_followup %in% 1 &
eprom_opprettet_1aar %in% "ja" &
incomplete_reason %in% 3) ~
followup1_incomplete_reason %in% 3) ~
"nei, opprettet satt til død",

# EPROMS SENDT UT UTEN AT ALLE KRITERIER VAR OPPFYLT
Expand Down Expand Up @@ -843,7 +844,7 @@ getBaseregProsFollowup1Data <- function(registryName,
(kriterie_levende_1aar %in% "nei" |
kriterie_norsk %in% "nei" |
kriterie_alder %in% "nei") &
!incomplete_reason %in% 3 &
!followup1_incomplete_reason %in% 3 &
eprom_kjente_feil_1aar %in% "nei") ~
"nei, opprettet men ikke sendt etter sjekk kriterier",

Expand Down Expand Up @@ -954,10 +955,11 @@ getBaseregProsFollowup0Data <- function(registryName,


d_followup %<>%
dplyr::rename("FOLLOWUP_STATUS" = "STATUS",
"FOLLOWUP_TSCREATED" = "TSCREATED",
"MCEID_FOLLOWUP" = "MCEID",
dplyr::rename("MCEID_FOLLOWUP" = "MCEID",
"MCEID" = "PARENTMCEID") %>%
dplyr::rename_with(.data = .,
~ paste0("FOLLOWUPBASIS_", .x),
.cols =c("TSCREATED":"STATUS")) %>%
dplyr::mutate(eprom_opprettet_basis = "ja") %>%
dplyr::select(-MCETYPE)

Expand Down Expand Up @@ -1021,7 +1023,7 @@ getBaseregProsFollowup0Data <- function(registryName,
# Sjekk at bare en oppfølging per forløp
# (I starten ble flere skjema sendt ut da er det nyeste skjema som gjelder)
followup_data <- d_followup %>%
dplyr::filter(!is.na(followup_status)) %>%
dplyr::filter(!is.na(followupbasis_status)) %>%
dplyr::left_join(.,
d_proms,
by = "mceid_followup")
Expand All @@ -1036,7 +1038,7 @@ getBaseregProsFollowup0Data <- function(registryName,
# Nyeste prosedyredato som har eprom:
nyeste_eprom_bestilling <- lubridate::date(max(
d_ablanor %>%
dplyr::filter(!is.na(followup_status)) %>%
dplyr::filter(!is.na(followupbasis_status)) %>%
dplyr::pull(dato_pros)))


Expand Down Expand Up @@ -1100,9 +1102,9 @@ getBaseregProsFollowup0Data <- function(registryName,


# Tidsvariabler for besvart followup
aar_followup_basis = as.ordered(lubridate::year(dato_followup)),
aar_followup_basis = as.ordered(lubridate::year(followupbasis_dato_followup)),
maaned_nr_followup_basis = as.ordered(sprintf(fmt = "%02d",
lubridate::month(dato_followup))),
lubridate::month(followupbasis_dato_followup))),
maaned_followup_basis = ifelse(
test = is.na(aar_followup_basis) | is.na(maaned_nr_followup_basis),
yes = NA,
Expand All @@ -1112,9 +1114,9 @@ getBaseregProsFollowup0Data <- function(registryName,


# Tidsvariabler for opprettet followup
aar_followup_tscreated_basis = as.ordered(lubridate::year(followup_tscreated)),
aar_followup_tscreated_basis = as.ordered(lubridate::year(followupbasis_tscreated)),
maaned_nr_followup_tscreated_basis = as.ordered(sprintf(fmt = "%02d",
lubridate::month(followup_tscreated))),
lubridate::month(followupbasis_tscreated))),
maaned_followup_tscreated_basis = ifelse(
test = is.na(aar_followup_tscreated_basis) | is.na(maaned_nr_followup_tscreated_basis),
yes = NA,
Expand All @@ -1134,7 +1136,7 @@ getBaseregProsFollowup0Data <- function(registryName,


dg_pros_opprettet = as.numeric(difftime(
followup_tscreated,
followupbasis_tscreated,
dato_pros,
units = "days"
))
Expand All @@ -1160,7 +1162,7 @@ getBaseregProsFollowup0Data <- function(registryName,
# EPROMS OPPRETTET OG SATT TIL AVDØD MED EN GANG
(has_basisfollowup %in% 1 &
eprom_opprettet_basis %in% "ja" &
incomplete_reason %in% 3) ~
followupbasis_incomplete_reason %in% 3) ~
"nei, opprettet satt til død",

# EPROMS SENDT UT UTEN AT ALLE KRITERIER VAR OPPFYLT
Expand Down

0 comments on commit c27b0be

Please sign in to comment.