bugfix prod

Rapporteket · Nov 7, 2022 · 5b41528 · 5b41528
2 parents 6e2307c + 5ea8034
commit 5b41528
Show file tree

Hide file tree

Showing 6 changed files with 48 additions and 8 deletions.
diff --git a/DESCRIPTION b/DESCRIPTION
@@ -1,7 +1,7 @@
 Package: norgast
 Type: Package
 Title: Resultatrapporter for NoRGast
-Version: 2.2.0
+Version: 2.3.0
 Date: 2015-12-17
 Author: Kevin Thon
 Maintainer: Kevin Thon <kevin.thon@skde.no>

diff --git a/R/NorgastFigAndeler.R b/R/NorgastFigAndeler.R
@@ -102,7 +102,8 @@ FigAndeler  <- function(RegData=0, valgtVar='Alder', datoFra='2014-01-01', datoT
                         elektiv=99, BMI='', tilgang='', valgtShus='', minPRS=0,
                         maxPRS=2.2, ASA='', whoEcog= '', forbehandling='', hentData=F,
                         op_gruppe='', ncsp='', modGlasgow = '', hastegrad_hybrid=99,
-                        robotassiastanse=99, kun_ferdigstilte=TRUE, tilgang_utvidet='')
+                        robotassiastanse=99, kun_ferdigstilte=TRUE, tilgang_utvidet='',
+                        ny_stomi=99)
 {
 
   # print(datoFra)
@@ -125,7 +126,7 @@ FigAndeler  <- function(RegData=0, valgtVar='Alder', datoFra='2014-01-01', datoT
                                  ASA=ASA, whoEcog=whoEcog, forbehandling=forbehandling, malign=malign,
                                  op_gruppe=op_gruppe, ncsp=ncsp, modGlasgow=modGlasgow, hastegrad_hybrid=hastegrad_hybrid,
                                  robotassiastanse=robotassiastanse, kun_ferdigstilte=kun_ferdigstilte,
-                                 tilgang_utvidet=tilgang_utvidet)
+                                 tilgang_utvidet=tilgang_utvidet, ny_stomi=ny_stomi)
   RegData <- NorgastUtvalg$RegData
   utvalgTxt <- NorgastUtvalg$utvalgTxt
 

diff --git a/R/NorgastPrepVar.R b/R/NorgastPrepVar.R
@@ -234,9 +234,9 @@ NorgastPrepVar <- function(RegData, valgtVar, enhetsUtvalg=1)
 
   if (valgtVar=='Op_gr') {
     tittel <- 'Operasjonsgrupper'
-    gr <- c(1:12,99)
+    gr <- c(1:13,99)
     grtxt <- c('Kolonreseksjoner','Rektumreseksjoner','Øsofagusreseksjoner','Ventrikkelreseksjoner',
-               'Leverreseksjoner',"Whipples operasjon", "Andre pankreasreseksjoner", 'Cholecystektomi', 'Appendektomi', 'Tynntarmsreseksjon',
+               'Leverreseksjoner',"Whipples operasjon", "Distale pankreasreseksjoner", "Andre pankreasreseksjoner", 'Cholecystektomi', 'Appendektomi', 'Tynntarmsreseksjon',
                'Gastric bypass', 'Gastric sleeve', 'Annet')
     RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=gr, labels = grtxt)
     subtxt <- 'Operasjonsgrupper'

diff --git a/R/NorgastUtvalg.R b/R/NorgastUtvalg.R
@@ -14,7 +14,7 @@ NorgastUtvalg <- function(RegData, datoFra='2014-01-01', datoTil="2100-01-01",
                           forbehandling='', malign=99, fargepalett='BlaaRapp',
                           op_gruppe='', ncsp='', icd='', hastegrad_hybrid=99,
                           dagtid=99, robotassiastanse=99, kun_ferdigstilte=TRUE,
-                          tilgang_utvidet='')
+                          tilgang_utvidet='', ny_stomi=99)
 {
   # Definerer intersect-operator
   "%i%" <- intersect
@@ -42,10 +42,12 @@ NorgastUtvalg <- function(RegData, datoFra='2014-01-01', datoTil="2100-01-01",
   indICD <- if (icd[1] != '') {which(RegData$Hoveddiagnose2 %in% icd)} else {indICD <- 1:Ninn}
   indRobot <- if (robotassiastanse %in% c(0,1)){which(RegData$Robotassistanse == robotassiastanse)} else {indRobot <- 1:Ninn}
   indFerdig <- if (kun_ferdigstilte) {which(RegData$OppfStatus == 1)} else {indFerdig <- 1:Ninn}
+  indStomi <- if (ny_stomi %in% c(0,1)) {which(RegData$NyStomi == ny_stomi)} else {1:Ninn}
 
   indMed <- indAld %i% indDato %i% indKj %i% indVarMed %i% indOp_gr %i% indElekt %i% indBMI %i%
     indTilgang %i% indPRS %i% indASA %i% indWHO %i% indForb %i% indMalign %i% indNCSP %i% indHast %i%
-    indICD %i% indGlasgow %i% indHast2 %i% indDag %i% indRobot %i% indFerdig %i% indTilgangUtvidet
+    indICD %i% indGlasgow %i% indHast2 %i% indDag %i% indRobot %i% indFerdig %i% indTilgangUtvidet %i%
+    indStomi
   RegData <- RegData[indMed,]
   if (ncsp[1] != '') {ncsp <- sort(unique(substr(RegData$Hovedoperasjon, 1, 5)))}
 
@@ -81,6 +83,7 @@ NorgastUtvalg <- function(RegData, datoFra='2014-01-01', datoTil="2100-01-01",
                  if (malign %in% c(0,1)){paste0('Diagnose: ', c('Benign', 'Malign')[malign+1])},
                  if (icd[1] != '') {paste0('ICD-10-kode(r): ', paste(sub("(\\w+).*", "\\1", icd), collapse=', '))},
                  if (robotassiastanse %in% c(0,1)){paste0('Minimalinvasiv: ', c('Konv. laparoskopi', 'Robotassistert')[robotassiastanse+1])},
+                 if (ny_stomi %in% c(0,1)){paste0('Ny stomi: ', c('Nei', 'Ja')[ny_stomi+1])},
                  if (!kun_ferdigstilte){'Ikke-ferdigstilte oppfølginger inkludert: Ja'}
   )
 

diff --git a/doc/BestillingerOgUtleveringer.R b/doc/BestillingerOgUtleveringer.R
@@ -3,6 +3,39 @@ library(norgast)
 library(tidyverse)
 rm(list=ls())
 
+
+### Leveranse Lassen 2022-10-21 #####################################
+
+
+RegData <- rapbase::loadStagingData("norgast", "RegData")
+
+RegData <- RegData %>% filter(HovedDato >= "2017-01-01" &
+                                HovedDato < "2022-07-01") %>%
+  filter(Op_gr == 1) %>%
+  filter(NyAnastomose == 1) %>%
+  filter(NyStomi == 0) %>%
+  filter(Hastegrad_hybrid == 1) %>%
+  filter(Malign == 1) %>%
+  filter(WHOECOG %in% 0:1) %>%
+  filter(OppfStatus==1)
+
+RegData$Tilgang_utvidet[RegData$Tilgang_utvidet==5] <- 4
+RegData$Tilgang_utvidet <- factor(RegData$Tilgang_utvidet, levels = 1:4,
+                                  labels = c("Åpen", "Laparoskopisk", "Laparoskopi med robotassistanse", "Konvertert"))
+
+rater <- RegData %>% group_by(Tilgang_utvidet) %>%
+  summarise(n_lekkasje = sum(Anastomoselekkasje),
+            N = n()) %>%
+  janitor::adorn_totals() %>%
+  mutate(Andel = n_lekkasje/N*100)
+
+konf <- binomkonf(rater$n_lekkasje, rater$N)
+
+rater$konf95_lav <- konf[1, ]*100
+rater$konf95_hoy <- konf[2, ]*100
+
+write.csv2(rater, "~/.ssh/norgast/rater_norgast_oktober2022_kunferdige.csv", row.names = F, fileEncoding = "Latin1")
+
 ##### Stig Norderval, andel malign kolon med robotassistanse 19.04.2022 ########
 
 RegData <- norgast::NorgastHentRegData()

diff --git a/inst/shinyApps/norgast/R/modul_fordelingsfig.R b/inst/shinyApps/norgast/R/modul_fordelingsfig.R
@@ -58,6 +58,8 @@ fordelingsfig_UI <- function(id, BrValg){
       selectInput(inputId = ns("forbehandling"), label = "Onkologisk forbehandling", multiple = TRUE,
                   choices = c('Cytostatika'=1, 'Stråleterapi'=2, 'Komb. kjemo/radioterapi'=3, 'Ingen'=4)),
       selectInput(inputId = ns("malign"), label = "Diagnose", choices = c('Ikke valgt'=99, 'Malign'=1, 'Benign'=0)),
+      selectInput(inputId = ns("ny_stomi"), label = "Ny stomi",
+                  choices = c('--'=99, 'Nei'=0, 'Ja'=1)),
       #     )
       # ),
       selectInput(inputId = ns("bildeformat"), label = "Velg bildeformat",
@@ -131,7 +133,8 @@ fordelingsfig <- function(input, output, session, reshID, RegData, userRole, hvd
                         reshID = reshID, enhetsUtvalg = input$enhetsUtvalg, erMann = as.numeric(input$erMann),
                         elektiv = as.numeric(input$elektiv), hastegrad = as.numeric(input$hastegrad),
                         hastegrad_hybrid = as.numeric(input$hastegrad_hybrid),
-                        kun_ferdigstilte = input$kun_ferdigstilte)
+                        kun_ferdigstilte = input$kun_ferdigstilte,
+                        ny_stomi = as.numeric(input$ny_stomi))
   }, width = 700, height = 700)