bugfiks valgtShus

Rapporteket · Feb 1, 2024 · 673dd9f · 673dd9f
2 parents 034e532 + 6ecab78
commit 673dd9f
Show file tree

Hide file tree

Showing 30 changed files with 2,458 additions and 582 deletions.
diff --git a/R/BrValgNorgastShiny.R b/R/BrValgNorgastShiny.R
@@ -9,11 +9,11 @@ BrValgNorgastShiny <- function(RegData) {
   varvalg <- c('Alder', 'BMI_kodet', 'Vektendring', 'Op_gr', 'AccordionGrad', 'Forbehandling',
                'WHOECOG', 'ASA', 'Hastegrad_tid', 'Hastegrad', 'erMann', 'MedDiabetes', 'PRSScore', 'Robotassistanse',
                'Tilgang', 'NyAnastomose', 'ModGlasgowScore', 'ReLapNarkose', 'Anastomoselekkasje',
-               'mortalitet90', 'Saarruptur')
+               'mortalitet90', 'Saarruptur', 'ViktigsteFunn')
   names(varvalg) <- c('Alder', 'BMI', 'Vektendring', 'Operasjonsgrupper', 'Komplikasjoner', 'Forbehandling',
                       'WHO-ECOG', 'ASA-grad', 'Tidspunkt for operasjonsstart', 'Hastegrad',  'Kjønn', 'Diabetes', 'mE-PASS', 'Robotassistanse',
                       'Tilgang i abdomen', 'Ny anastomose', 'Glasgow score', 'Relaparotomi', 'Anastomoselekkasje',
-                      '90-dagers mortalitet', 'Sårruptur')
+                      '90-dagers mortalitet', 'Sårruptur', 'Viktigste funn')
 
   aux<-c('Anastomoselekkasje', 'Anastomoselekkasje', '90-dagers mortalitet', 'mortalitet90',
          'Relaparotomi', 'ReLapNarkose', 'Robotassistanse', 'Robotassistanse', 'Sårruptur',

diff --git a/R/NorgastFigAndelStabelGrVar.R b/R/NorgastFigAndelStabelGrVar.R
@@ -11,14 +11,16 @@
 #' @export
 #'
 
-NorgastFigAndelStabelGrVar <- function(RegData=0, valgtVar='ModGlasgowScore', datoFra='2014-01-01', datoTil='2050-12-31',
-                                       minald=0, maxald=130, erMann=99, outfile='', hastegrad_hybrid=99,
-                                       preprosess=F, malign=99, Ngrense=30, lavDG='',
-                                       lavDGtekst='Dekningsgrad < 60 %', hastegrad = 99,
-                                       elektiv=99, BMI='', tilgang='', valgtShus=c(''), minPRS=0, modGlasgow='',
-                                       maxPRS=2.2, ASA='', whoEcog= '', forbehandling='', hentData=0, op_gruppe='',
-                                       ncsp='', robotassiastanse=99, kun_ferdigstilte=TRUE, skriftStr=1,
-                                       tilgang_utvidet='')
+NorgastFigAndelStabelGrVar <- function(
+    RegData=0, valgtVar='ModGlasgowScore',
+    datoFra='2014-01-01', datoTil='2050-12-31',
+    minald=0, maxald=130, erMann=99, outfile='', hastegrad_hybrid=99,
+    preprosess=F, malign=99, Ngrense=30, lavDG='',
+    lavDGtekst='Dekningsgrad < 60 %', hastegrad = 99,
+    elektiv=99, BMI='', tilgang='', valgtShus=c(''), minPRS=0, modGlasgow='',
+    maxPRS=2.2, ASA='', whoEcog= '', forbehandling='', hentData=0, op_gruppe='',
+    ncsp='', robotassiastanse=99, kun_ferdigstilte=TRUE, skriftStr=1,
+    tilgang_utvidet='', accordion='', snufarger = TRUE)
 
 {
 
@@ -53,7 +55,7 @@ NorgastFigAndelStabelGrVar <- function(RegData=0, valgtVar='ModGlasgowScore', da
                                  BMI=BMI, valgtShus=valgtShus, tilgang=tilgang, minPRS=minPRS, maxPRS=maxPRS, modGlasgow=modGlasgow,
                                  ASA=ASA, whoEcog=whoEcog, forbehandling=forbehandling, malign=malign, op_gruppe=op_gruppe, ncsp=ncsp,
                                  robotassiastanse=robotassiastanse, kun_ferdigstilte=kun_ferdigstilte,
-                                 tilgang_utvidet=tilgang_utvidet)
+                                 tilgang_utvidet=tilgang_utvidet, accordion=accordion)
   RegData <- NorgastUtvalg$RegData
   utvalgTxt <- NorgastUtvalg$utvalgTxt
 
@@ -64,6 +66,7 @@ NorgastFigAndelStabelGrVar <- function(RegData=0, valgtVar='ModGlasgowScore', da
   if 	( max(Ngr) < Ngrense)	{#Dvs. hvis ALLE er mindre enn grensa.
     FigTypUt <- rapFigurer::figtype(outfile, fargepalett = 'BlaaOffAlle')
     farger <- FigTypUt$farger
+
     plot.new()
     if (dim(RegData)[1]>0) {
       tekst <- paste('Færre enn ', Ngrense, ' registreringer ved hvert av sykehusene', sep='')
@@ -153,6 +156,7 @@ NorgastFigAndelStabelGrVar <- function(RegData=0, valgtVar='ModGlasgowScore', da
 
     FigTypUt <- rapFigurer::figtype(outfile, height=3*800, fargepalett=NorgastUtvalg$fargepalett)	#res=96,
     farger <- FigTypUt$farger
+    if (snufarger) {farger <- rev(farger)}
     if (length(legendTxt)==5) {farger <- c('#4D4D4D' ,farger)}
 
     landet <- AndelerGr
@@ -190,7 +194,7 @@ NorgastFigAndelStabelGrVar <- function(RegData=0, valgtVar='ModGlasgowScore', da
     # mtext('(Tall på søylene angir antall registreringer)', las=1, side=1, line=3)
 
     #Tekst som angir hvilket utvalg som er gjort
-    mtext(utvalgTxt, side=3, las=1, cex=0.7*skriftStr, adj=0, col=farger[1], line=c(3+0.8*((NutvTxt-1):0)))
+    mtext(utvalgTxt, side=3, las=1, cex=0.7*skriftStr, adj=0, col=farger[length(farger)], line=c(3+0.8*((NutvTxt-1):0)))
 
 
     par('fig'=c(0, 1, 0, 1))

diff --git a/R/NorgastFigAndelTid.R b/R/NorgastFigAndelTid.R
@@ -25,7 +25,7 @@ NorgastFigAndelTid <- function(RegData=0, valgtVar='ReLapNarkose', datoFra='2014
                                maxPRS=2.2, ASA='', whoEcog= '', forbehandling='', hentData=F,
                                tidsenhet='Aar', op_gruppe='', ncsp='', hastegrad = 99, hastegrad_hybrid = 99,
                                robotassiastanse=99, kun_ferdigstilte=TRUE,
-                               tilgang_utvidet='')
+                               tilgang_utvidet='', accordion='')
 {
 
   ## Hvis spørring skjer fra R på server. ######################
@@ -50,7 +50,7 @@ NorgastFigAndelTid <- function(RegData=0, valgtVar='ReLapNarkose', datoFra='2014
                                  ASA=ASA, whoEcog=whoEcog, forbehandling=forbehandling, malign=malign,
                                  op_gruppe=op_gruppe, ncsp=ncsp, hastegrad = hastegrad, hastegrad_hybrid = hastegrad_hybrid,
                                  robotassiastanse=robotassiastanse, kun_ferdigstilte=kun_ferdigstilte,
-                                 tilgang_utvidet=tilgang_utvidet)
+                                 tilgang_utvidet=tilgang_utvidet, accordion=accordion)
   RegData <- NorgastUtvalg$RegData
   utvalgTxt <- NorgastUtvalg$utvalgTxt
 

diff --git a/R/NorgastFigAndelTid_kvartalsrapp.R b/R/NorgastFigAndelTid_kvartalsrapp.R
@@ -24,7 +24,7 @@ NorgastFigAndelTid_kvartalsrapp <- function(RegData=0, valgtVar='ReLapNarkose',
                                             elektiv=99, BMI='', tilgang='', valgtShus=c(''), minPRS=0,
                                             maxPRS=2.2, ASA='', whoEcog= '', forbehandling='', hentData=F,
                                             tidsenhet='Aar', op_gruppe='', ncsp='', robotassiastanse=99,
-                                            kun_ferdigstilte=TRUE)
+                                            kun_ferdigstilte=TRUE, accordion='')
 {
 
   ## Hvis spørring skjer fra R på server. ######################
@@ -47,7 +47,8 @@ NorgastFigAndelTid_kvartalsrapp <- function(RegData=0, valgtVar='ReLapNarkose',
                                  maxald=maxald, erMann=erMann, elektiv=elektiv,
                                  BMI=BMI, valgtShus=valgtShus, tilgang=tilgang, minPRS=minPRS, maxPRS=maxPRS,
                                  ASA=ASA, whoEcog=whoEcog, forbehandling=forbehandling, malign=malign,
-                                 op_gruppe=op_gruppe, ncsp=ncsp, robotassiastanse=robotassiastanse, kun_ferdigstilte=kun_ferdigstilte)
+                                 op_gruppe=op_gruppe, ncsp=ncsp, robotassiastanse=robotassiastanse,
+                                 kun_ferdigstilte=kun_ferdigstilte, accordion=accordion)
   RegData <- NorgastUtvalg$RegData
   utvalgTxt <- NorgastUtvalg$utvalgTxt
 

diff --git a/R/NorgastFigAndelerGrVar.R b/R/NorgastFigAndelerGrVar.R
@@ -15,7 +15,8 @@ NorgastFigAndelerGrVar <- function(RegData=0, valgtVar='', datoFra='2014-01-01',
                                    preprosess=F, inkl_konf=F, malign=99, Ngrense=10, modGlasgow='',
                                    elektiv=99, BMI='', tilgang='', valgtShus=c(''), minPRS=0, hastegrad = 99,
                                    maxPRS=2.2, ASA='', whoEcog= '', forbehandling='', hentData=0, op_gruppe='',
-                                   ncsp='', robotassiastanse=99, kun_ferdigstilte=TRUE, tilgang_utvidet='')
+                                   ncsp='', robotassiastanse=99, kun_ferdigstilte=TRUE, tilgang_utvidet='',
+                                   accordion='')
 {
 
   ## Hvis spørring skjer fra R på server. ######################
@@ -43,7 +44,7 @@ NorgastFigAndelerGrVar <- function(RegData=0, valgtVar='', datoFra='2014-01-01',
                                  ASA=ASA, whoEcog=whoEcog, forbehandling=forbehandling, malign=malign,
                                  op_gruppe=op_gruppe, ncsp=ncsp, modGlasgow=modGlasgow, hastegrad_hybrid = hastegrad_hybrid,
                                  robotassiastanse=robotassiastanse, kun_ferdigstilte=kun_ferdigstilte,
-                                 tilgang_utvidet=tilgang_utvidet)
+                                 tilgang_utvidet=tilgang_utvidet, accordion=accordion)
   RegData <- NorgastUtvalg$RegData
   utvalgTxt <- NorgastUtvalg$utvalgTxt
 

diff --git a/R/NorgastFigGjsnGrVar.R b/R/NorgastFigGjsnGrVar.R
@@ -17,7 +17,7 @@ NorgastFigGjsnGrVar <- function(RegData=0, valgtVar='Alder', datoFra='2014-01-01
                                 elektiv=99, BMI='', tilgang='', valgtShus=c(''), minPRS=0,
                                 maxPRS=2.2, ASA='', whoEcog= '', forbehandling='', hentData=0,
                                 op_gruppe='', ncsp='', modGlasgow = '', robotassiastanse=99,
-                                kun_ferdigstilte=TRUE, tilgang_utvidet='')
+                                kun_ferdigstilte=TRUE, tilgang_utvidet='', accordion='')
 
 {
 
@@ -47,7 +47,7 @@ NorgastFigGjsnGrVar <- function(RegData=0, valgtVar='Alder', datoFra='2014-01-01
                                  ASA=ASA, whoEcog=whoEcog, forbehandling=forbehandling, malign=malign,
                                  op_gruppe=op_gruppe, ncsp=ncsp, modGlasgow = modGlasgow, hastegrad_hybrid = hastegrad_hybrid,
                                  robotassiastanse=robotassiastanse, kun_ferdigstilte=kun_ferdigstilte,
-                                 tilgang_utvidet=tilgang_utvidet)
+                                 tilgang_utvidet=tilgang_utvidet, accordion=accordion)
   RegData <- NorgastUtvalg$RegData
   utvalgTxt <- NorgastUtvalg$utvalgTxt
 

diff --git a/R/modul_admtab.R b/R/modul_admtab.R
@@ -34,7 +34,7 @@ admtab_UI <- function(id){
           inputId = ns("regstatus_tid"),
           label = "Skjemastatus",
           choices = c('Ferdige forløp'=1, 'Oppfølging i kladd'=2,
-                      'Ferdig basisreg. oppfølging mangler'=3,
+                      # 'Ferdig basisreg. oppfølging mangler'=3,
                       'Basisreg. i kladd'=4))),
       checkboxInput(inputId = ns("kun_oblig"),
                     label = "Inkluder kun obligatoriske reseksjoner",
@@ -53,9 +53,9 @@ admtab_UI <- function(id){
            basisregistrering og oppfølging.'),
         h4(tags$b('Oppfølging i kladd '), 'viser antall forløp med ferdigstilt
            basisregistrering og oppfølging i kladd.'),
-        h4(tags$b('Ferdig basisreg. oppfølging mangler '), 'viser antall forløp
-           med ferdigstilt basisregistrering og ikke påbegynt eller slettet
-           oppfølging'),
+        # h4(tags$b('Ferdig basisreg. oppfølging mangler '), 'viser antall forløp
+        #    med ferdigstilt basisregistrering og ikke påbegynt eller slettet
+        #    oppfølging'),
         h4(tags$b('Basisreg. i kladd '), 'viser antallet basisregistreringer
            i kladd.'),
         br(),
@@ -174,8 +174,12 @@ admtab <- function(input, output, session, reshID, RegData, userRole,
   antskjema <- function() {
     # req(input$admtabeller == "id_ant_skjema")
 
-    tmp <- merge(skjemaoversikt[skjemaoversikt$Skjemanavn=='Registrering', c("ForlopsID", "SkjemaStatus", "HovedDato", "OpprettetDato", "Sykehusnavn", "AvdRESH", "Op_gr", "Hovedoperasjon")],
-                 skjemaoversikt[skjemaoversikt$Skjemanavn=='Reinnleggelse/oppføl', c("ForlopsID", "SkjemaStatus")],
+    tmp <- merge(skjemaoversikt[skjemaoversikt$Skjemanavn=='Registrering',
+                                c("ForlopsID", "SkjemaStatus", "HovedDato",
+                                  "OpprettetDato", "Sykehusnavn", "AvdRESH",
+                                  "Op_gr", "Hovedoperasjon")],
+                 skjemaoversikt[skjemaoversikt$Skjemanavn=='Reinnleggelse/oppføl',
+                                c("ForlopsID", "SkjemaStatus")],
                  by = 'ForlopsID', all.x = T, suffixes = c('', '_oppf'))
 
     if (input$kun_oblig) {
@@ -197,20 +201,20 @@ admtab <- function(input, output, session, reshID, RegData, userRole,
       dplyr::group_by(Sykehusnavn) %>%
       dplyr::summarise(
         'Ferdige forløp' = sum(SkjemaStatus==1 &
-                                 SkjemaStatus_oppf==1, na.rm = T),
+                                 (SkjemaStatus_oppf==1 | is.na(SkjemaStatus_oppf)), na.rm = T),
         'Oppfølging i kladd' = sum(SkjemaStatus==1 &
                                      SkjemaStatus_oppf==0, na.rm = T),
-        'Ferdig basisreg. oppfølging mangler' = sum(SkjemaStatus==1 &
-                                                      is.na(SkjemaStatus_oppf), na.rm = T),
+        # 'Ferdig basisreg. oppfølging mangler' = sum(SkjemaStatus==1 &
+        #                                               is.na(SkjemaStatus_oppf), na.rm = T),
         'Basisreg i kladd' = sum(SkjemaStatus==0, na.rm = T),
         'N' = dplyr::n())
     aux2 <- tmp %>%
       dplyr::filter(HovedDato >= input$datovalg_adm[1] &
                       HovedDato <= input$datovalg_adm[2]) %>%
       dplyr::summarise(
-        'Ferdige forløp' = sum(SkjemaStatus==1 & SkjemaStatus_oppf==1, na.rm = T),
+        'Ferdige forløp' = sum(SkjemaStatus==1 & (SkjemaStatus_oppf==1 | is.na(SkjemaStatus_oppf)), na.rm = T),
         'Oppfølging i kladd' = sum(SkjemaStatus==1 & SkjemaStatus_oppf==0, na.rm = T),
-        'Ferdig basisreg. oppfølging mangler' = sum(SkjemaStatus==1 & is.na(SkjemaStatus_oppf), na.rm = T),
+        # 'Ferdig basisreg. oppfølging mangler' = sum(SkjemaStatus==1 & is.na(SkjemaStatus_oppf), na.rm = T),
         'Basisreg i kladd' = sum(SkjemaStatus==0, na.rm = T),
         'N' = dplyr::n())
 
@@ -275,11 +279,24 @@ admtab <- function(input, output, session, reshID, RegData, userRole,
       aux <- tmp
       aux$mnd <- factor(format(aux$HovedDato, format='%b-%y'), levels = format(seq(fraDato, tilDato, by="month"), "%b-%y"))
 
-      ant_skjema <- switch (req(input$regstatus_tid),
-                            '1' = as.data.frame.matrix(addmargins(table(aux[which(aux$SkjemaStatus==1 & aux$SkjemaStatus_oppf==1) , c('Sykehusnavn', 'mnd')]))),
-                            '2' = as.data.frame.matrix(addmargins(table(aux[which(aux$SkjemaStatus==1 & aux$SkjemaStatus_oppf==0) , c('Sykehusnavn', 'mnd')]))),
-                            '3' = as.data.frame.matrix(addmargins(table(aux[which(aux$SkjemaStatus==1 & is.na(aux$SkjemaStatus_oppf)) , c('Sykehusnavn', 'mnd')]))),
-                            '4' = as.data.frame.matrix(addmargins(table(aux[which(aux$SkjemaStatus==0) , c('Sykehusnavn', 'mnd')])))
+      ant_skjema <- switch (
+        req(input$regstatus_tid),
+        '1' = as.data.frame.matrix(
+          addmargins(
+            table(aux[which(aux$SkjemaStatus==1 & (aux$SkjemaStatus_oppf==1 |
+                                                     is.na(aux$SkjemaStatus_oppf))) ,
+                      c('Sykehusnavn', 'mnd')]))),
+        '2' = as.data.frame.matrix(
+          addmargins(
+            table(aux[which(aux$SkjemaStatus==1 & aux$SkjemaStatus_oppf==0) ,
+                      c('Sykehusnavn', 'mnd')]))),
+        '3' = as.data.frame.matrix(
+          addmargins(
+            table(aux[which(aux$SkjemaStatus==1 & is.na(aux$SkjemaStatus_oppf)) ,
+                      c('Sykehusnavn', 'mnd')]))),
+        '4' = as.data.frame.matrix(
+          addmargins(
+            table(aux[which(aux$SkjemaStatus==0) , c('Sykehusnavn', 'mnd')])))
       ) %>% dplyr::as_tibble(rownames = 'Sykehusnavn')
     }
 
@@ -308,11 +325,24 @@ admtab <- function(input, output, session, reshID, RegData, userRole,
       aux <- tmp
       aux$mnd <- factor(format(aux$HovedDato, format='%Y'), levels = format(seq(as.Date(fraDato),as.Date(input$datovalg_adm_tid_aar), by="year"), "%Y"))
 
-      ant_skjema <- switch (req(input$regstatus_tid),
-                            '1' = as.data.frame.matrix(addmargins(table(aux[which(aux$SkjemaStatus==1 & aux$SkjemaStatus_oppf==1) , c('Sykehusnavn', 'mnd')]))),
-                            '2' = as.data.frame.matrix(addmargins(table(aux[which(aux$SkjemaStatus==1 & aux$SkjemaStatus_oppf==0) , c('Sykehusnavn', 'mnd')]))),
-                            '3' = as.data.frame.matrix(addmargins(table(aux[which(aux$SkjemaStatus==1 & is.na(aux$SkjemaStatus_oppf)) , c('Sykehusnavn', 'mnd')]))),
-                            '4' = as.data.frame.matrix(addmargins(table(aux[which(aux$SkjemaStatus==0) , c('Sykehusnavn', 'mnd')])))
+      ant_skjema <- switch (
+        req(input$regstatus_tid),
+        '1' = as.data.frame.matrix(
+          addmargins(
+            table(aux[which(aux$SkjemaStatus==1 & (aux$SkjemaStatus_oppf==1 |
+                                                     is.na(aux$SkjemaStatus_oppf))) ,
+                      c('Sykehusnavn', 'mnd')]))),
+        '2' = as.data.frame.matrix(
+          addmargins(
+            table(aux[which(aux$SkjemaStatus==1 & aux$SkjemaStatus_oppf==0) ,
+                      c('Sykehusnavn', 'mnd')]))),
+        '3' = as.data.frame.matrix(
+          addmargins(
+            table(aux[which(aux$SkjemaStatus==1 & is.na(aux$SkjemaStatus_oppf)) ,
+                      c('Sykehusnavn', 'mnd')]))),
+        '4' = as.data.frame.matrix(
+          addmargins(
+            table(aux[which(aux$SkjemaStatus==0) , c('Sykehusnavn', 'mnd')])))
       ) %>% dplyr::as_tibble(rownames = 'Sykehusnavn')
     }
 

diff --git a/R/modul_fordelingsfig.R b/R/modul_fordelingsfig.R
@@ -105,10 +105,10 @@ fordelingsfig <- function(input, output, session, reshID, RegData, userRole, hvd
     shinyjs::reset("id_fordeling_panel")
   })
 
-  observe(
-    if (userRole != 'SC') {
-      shinyjs::hide(id = 'valgtShus')
-    })
+  # observe(
+  #   if (userRole != 'SC') {
+  #     shinyjs::hide(id = 'valgtShus')
+  #   })
 
   output$ncsp <- renderUI({
     ns <- session$ns
@@ -134,8 +134,10 @@ fordelingsfig <- function(input, output, session, reshID, RegData, userRole, hvd
 
   output$valgtShus_ui <- renderUI({
     ns <- session$ns
+    if (userRole == 'SC') {
     selectInput(inputId = ns("valgtShus"), label = "Velg sykehus",
                 choices = BrValg$sykehus, multiple = TRUE)
+    }
   })
 
   output$tilgang_utvidet_ui <- renderUI({

diff --git a/R/modul_indikatorer.R b/R/modul_indikatorer.R
@@ -1,4 +1,4 @@
-#' UI-modul for iindikatorfigurer i NORGAST sin shiny-app på Rapporteket
+#' UI-modul for indikatorfigurer i NORGAST sin shiny-app på Rapporteket
 #'
 #' Kun til bruk i Shiny
 #'
@@ -44,6 +44,7 @@ indikatorfig_UI <- function(id){
       sliderInput(ns("skriftStr"), "Skriftstørrelse sykehusnavn",
                   min = 0.5, max = 1.8,
                   value = 1.2, step = 0.05, ticks = F),
+      checkboxInput(ns("pst_kolonne"), "Prosenttall i kolonner", value = FALSE),
       selectInput(inputId = ns("bildeformat"), label = "Velg bildeformat",
                   choices = c('pdf', 'png', 'jpg', 'bmp', 'tif', 'svg')),
       tags$hr(),
@@ -121,7 +122,9 @@ indikatorfig <- function(input, output, session, reshID, RegData,
                          tittel = indikatordata()$tittel,
                          skriftStr = input$skriftStr,
                          lavDG = input$valgtShus,
-                         maalretn = indikatordata()$maalretn)
+                         maalretn = indikatordata()$maalretn,
+                         prikktall = !input$pst_kolonne,
+                         pst_kolonne = input$pst_kolonne)
   }, width = 600, height = 700)
 
 
@@ -201,6 +204,9 @@ indikatorfig <- function(input, output, session, reshID, RegData,
                            tittel = indikatordata()$tittel,
                            skriftStr = input$skriftStr,
                            lavDG = input$valgtShus,
+                           maalretn = indikatordata()$maalretn,
+                           prikktall = !input$pst_kolonne,
+                           pst_kolonne = input$pst_kolonne,
                            outfile = file)
     }
   )