Rapporteket · kevinthon · Sep 19, 2024 · Sep 9, 2024 · Sep 19, 2024
diff --git a/DESCRIPTION b/DESCRIPTION
@@ -24,7 +24,8 @@ Imports:
   shinyWidgets,
   funnelR,
   tsibble,
-  latex2exp
+  latex2exp,
+  janitor
 Remotes:
   Rapporteket/rapbase@*release,
   Rapporteket/rapFigurer

diff --git a/R/NorgastPreprosesser.R b/R/NorgastPreprosesser.R
@@ -172,9 +172,10 @@ NorgastPreprosess <- function(RegData, behold_kladd = FALSE)
   RegData$Hastegrad_tid[as.numeric(format(RegData$OperasjonsDato, '%w')) %in% c(0, 6)] <- 0
   # RegData$Hastegrad_tid[RegData$OperasjonsDato %in% Helligdager] <- 0
 
-  RegData$Hastegrad_hybrid <- 2 - RegData$Hastegrad# Definerer en hybridhastegrad som bruker gammel tidsbasert definisjon før
-  # 2018-04-18 og den nye direkteregistrerte etter det.
-  RegData$Hastegrad_hybrid[RegData$HovedDato < '2018-04-18'] <- RegData$Hastegrad_tid[RegData$HovedDato < '2018-04-18']
+  RegData$Hastegrad_hybrid <- 2 - RegData$Hastegrad# Definerer en hybridhastegrad
+  # som bruker gammel tidsbasert definisjon før 2018-04-18 og den nye direkteregistrerte etter det.
+  RegData$Hastegrad_hybrid[RegData$HovedDato < '2018-04-18'] <-
+    RegData$Hastegrad_tid[RegData$HovedDato < '2018-04-18']
 
   RegData$AvlastendeStomiRektum <- NA
   RegData$AvlastendeStomiRektum[

diff --git a/R/NorgastTabeller.R b/R/NorgastTabeller.R
@@ -43,8 +43,6 @@ NorgastTabeller <- function(
                     Antall = n)
   }
 
-  N_opgr <- length(unique(RegData$Operasjonsgrupper))  # Ant opgr (inkludert Ukjent)
-
   ###  Lag tabell over reoperasjonsrater sammen med årsak til reoperasjon
   ###  splittet på operasjonsgrupper                               ######
 

diff --git a/R/appServer.R b/R/appServer.R
@@ -16,6 +16,13 @@ appServer <- function(input, output, session) {
     RegData <- rapbase::loadStagingData("norgast", "RegData") #Benyttes i appen
     skjemaoversikt <- rapbase::loadStagingData("norgast", "skjemaoversikt") #Benyttes i appen
   }
+  query <- "SELECT * FROM user"
+  brukerinfo <- rapbase::loadRegData("norgast", query, "mysql") %>%
+    dplyr::mutate(fullname = paste0(FIRSTNAME, " ", LASTNAME))
+  RegData$ForstLukketAv <-
+    brukerinfo$fullname[match(RegData$ForstLukketAv, brukerinfo$ID)]
+  RegData$OppfForstLukketAv <-
+    brukerinfo$fullname[match(RegData$OppfForstLukketAv, brukerinfo$ID)]
   BrValg <- norgast::BrValgNorgastShiny(RegData)
 
   if (rapbase::isRapContext()) {
@@ -99,7 +106,7 @@ appServer <- function(input, output, session) {
   ################ Datadump   ##################################################
 
   shiny::callModule(norgast::datadump, "datadump_id", reshID = reshID,
-                    RegData = RegData, userRole = userRole,
+                    RegData = RegData, userRole = userRole, brukerinfo=brukerinfo,
                     hvd_session = session, BrValg = BrValg)
 
   ##############################################################################

diff --git a/R/modul_datadump.R b/R/modul_datadump.R
@@ -73,8 +73,8 @@ datadump_UI <- function(id){
 #' @return Modulfunksjoner til datadump-fane
 #'
 #' @export
-datadump <- function(input, output, session, reshID, RegData, userRole,
-                     hvd_session, BrValg){
+datadump <- function(input, output, session, reshID, RegData,
+                     userRole, brukerinfo, hvd_session, BrValg){
 
 
   observe(
@@ -183,7 +183,14 @@ datadump <- function(input, output, session, reshID, RegData, userRole,
       if (userRole != 'SC') {
         dumpdata <- dumpdata[dumpdata$AvdRESH == reshID, ]
       } else {
-        if (!is.null(input$valgtShus)) {dumpdata <- dumpdata[dumpdata$AvdRESH %in% as.numeric(input$valgtShus), ]}
+        if (!is.null(input$valgtShus)) {
+          dumpdata <- dumpdata[dumpdata$AvdRESH %in% as.numeric(input$valgtShus), ]}
+      }
+      if (input$dumptype %in% c('SkjemaOversikt')) {
+        dumpdata$OpprettetAv <-
+          brukerinfo$fullname[match(dumpdata$OpprettetAv, brukerinfo$ID)]
+        dumpdata$SistLagretAv <-
+          brukerinfo$fullname[match(dumpdata$SistLagretAv, brukerinfo$ID)]
       }
 
       write.csv2(dumpdata, file, row.names = F, na = '', fileEncoding = 'Latin1')

diff --git a/inst/NorgastSamleDokLandetShiny.Rnw b/inst/NorgastSamleDokLandetShiny.Rnw
@@ -7,13 +7,7 @@
 \usepackage{caption}
 \usepackage{amssymb}
 \usepackage[a4paper]{geometry}
-
-% \newif\ifkolon
-% \newif\ifrektum
-% \newif\ifoesofagus
-% \newif\ifventrikkel
-% \newif\iflever
-% \newif\ifwhipple
+\usepackage[colorlinks=true, urlcolor=blue, linkcolor=black]{hyperref}
 
 \title{Resultater fra NORGAST}
 \author{NORGAST}
@@ -45,32 +39,6 @@ knitr::opts_knit$set(root.dir = './')
 \begin{document}
 
 <<LastData, include=FALSE, cache=FALSE>>=
-# hentData <- T
-# ## Hvis spørring skjer fra R på server. ######################
-# if(hentData){
-#   RegData <- NorgastHentRegData(datoFra = datoFra, datoTil = datoTil)
-# } else
-# {
-
-# Kommenter inn for offline bruk
-
-# library(norgast)
-#   RegData <- read.table('I:/norgast/AlleVariablerNum2018-11-14 14-30-58.txt', header=TRUE, sep=";",
-#                         encoding = 'UFT-8', stringsAsFactors = F)
-#   ForlopData <- read.table('I:/norgast/ForlopsOversikt2018-11-14 14-31-11.txt', header=TRUE, sep=";",
-#                            encoding = 'UFT-8', stringsAsFactors = F)
-#   RegData <- RegData[,c('ForlopsID','VekttapProsent','MedDiabetes','KunCytostatika','KunStraaleterapi',
-#                         'KjemoRadioKombo','WHOECOG','ModGlasgowScore','ASA','AnestesiStartKl','Hovedoperasjon','OpDato',
-#                         'NyAnastomose','NyStomi','Tilgang','Robotassistanse','ThoraxTilgang','ReLapNarkose','ViktigsteFunn',
-#                         'AccordionGrad', 'PRSScore','RegistreringStatus', 'OppfStatus', 'OppfAccordionGrad',
-#                         'OppfReLapNarkose', 'OppfViktigsteFunn', 'Avdod', 'AvdodDato', 'BMI', 'Hoveddiagnose')]
-#   # , "Hastegrad")]
-#   ForlopData <- ForlopData[,c('ErMann', 'AvdRESH', 'Sykehusnavn', 'PasientAlder', 'HovedDato', 'BasisRegStatus', 'ForlopsID', 'PasientID')]
-#   RegData <- merge(RegData, ForlopData, by.x = "ForlopsID", by.y = "ForlopsID")
-# datoFra <- '2016-01-01'
-# datoTil <- '2200-01-01'
-# reshID <- 0
-
 figstr <- 0.61
 tmp <- Sys.setlocale(category = "LC_ALL", locale = "nb_NO.UTF-8")
 @
@@ -164,15 +132,21 @@ Templatversjon II, 2016
 \clearpage
 
 \section{Bakgrunn}
-Norsk Register for Gastrokirurgi (NORGAST) er et nasjonalt kvalitetsregister utarbeidet av gastrokirurger fra universitetssykehusmiljøene i Norge. Arbeidet ble påbegynt i begynnelsen av 2010 og registeret ble satt i produksjon fra januar 2014. NORGAST er et register med svært få, men robuste og meningsfulle variabler.  Dette for å sikre optimalt datatilfang og størst mulig grad av dekning. Målet er full nasjonal dekning for de formaliserte gastrokirurgiske reseksjonene.
 
-Registeret har nødvendig konsesjon og er samtykkebasert. Databehandlings-ansvaret ligger hos UNN-HF ved direktøren.
+Norsk register for gastrokirurgi (NORGAST) er et nasjonalt kvalitetsregister utarbeidet av gastrokirurger fra universitetssykehusmiljøene i Norge. Arbeidet ble påbegynt i begynnelsen av 2010. Registeret ble satt i produksjon fra januar 2014 og oppnådde fra 2015 nasjonal status. NORGAST er et register med svært få, men robuste og meningsfulle variabler.  Dette for å sikre optimalt datatilfang og størst mulig grad av dekning. Målet er full nasjonal dekning for de formaliserte gastrokirurgiske reseksjonene.
+
+\noindent Opplysningene i registeret behandles med hjemmel i:
+\begin{itemize}
+\item Lov om medisinske kvalitetsregistre
+\item Personvernforordningen artikkel 6 nr.1 bokstav e og artikkel 9 nr.2 bokstav j
+\end{itemize}
+
+\noindent Det kreves ikke samtykke fra den registrerte men den registrerte har reservasjonsrett, jf. helseregisterloven § 10 og forskrift om medisinske kvalitetsregistre § 3-2.Databehandlings-ansvaret ligger hos UNN-HF ved direktøren. \\ \\
 
-En utvidet arbeidsgruppe er etter hvert strukturert i en Styringsgruppe (\mbox{Asgaut} Viste, Morten Tandberg Eriksen, Hans Wasmuth, Hartwig Kørner, Bjørn Atle Bjørnbeth og Stig Norderval).
+\noindent En utvidet arbeidsgruppe ble etter hvert strukturert i et fagråd. Fagrådet oppnevnes av registereier, og endres over tid i henhold til registerets vedtekter. For oppdatert sammensetning av Fagråd og registerledelse, se registerets hjemmeside \href{www.norgast.no}{NORGAST}. \\ \\
 
-Kristoffer Lassen har vært registerets fagleder og daglige leder. Fra 2015 er funksjonen som daglig leder delt med Linn Såve Nymo.
+\noindent Registerløsningen er utviklet av Torkil Grindstein ved HN-IKT, analysene er gjort av Kevin Thon (SKDE). Kevin Thon har laget den foreliggende rapporten.
 
-Registerløsningen er utviklet av Torkil Grindstein ved HN-IKT, analysene er gjort av Han Roger Moen ved HN-IKT og Kevin Thon (SKDE). Kevin Thon har laget den foreliggende rapporten. Valideringsverktøy er under utarbeidelse med hjelp av Frank Olsen og Bård Uleberg (begge SKDE). Anne Høie, Are Edvardsen, Lena Ringstad Olsen, Eva Stensland og Philip Skau (alle SKDE) har bidradd med viktige råd underveis.
 
 \newpage
 
@@ -237,20 +211,7 @@ print(xtable::xtable(Tabell, digits=0, align=c('l', 'l', rep('r', ncol(Tabell)-1
 \section{Innregistrerte operasjoner}
 
 <<'Tabell:InnregistrerteOpNasjon', results='asis', echo=FALSE, eval=T, warning=FALSE>>=
-# RegData <- NorgastPreprosess(RegData=RegData)
 RegData$Sykehusnavn <- as.character(RegData$Sykehusnavn)
-# if (length(valgtShus) > 1) {
-#   RegData$AvdRESH[RegData$AvdRESH %in% as.numeric(valgtShus)] <- 99
-#   RegData$Sykehusnavn[RegData$AvdRESH == 99] <- 'Ditt utvalg'
-#   reshID <- 99
-#   shtxt <- 'ditt utvalg'
-# }
-
-# Op_grupper <- table(as.factor(RegData$Op_gr)[RegData$Op_gr %in% 1:6 & RegData$AvdRESH == reshID])[1:6] # Bare inkluder kapittel der avdelingen
-# Fjern_kapittel <- as.numeric(names(Op_grupper[Op_grupper<5]))                                          # har 5 eller flere operasjoner
-# Inkl_i_rapp <- c('\\kolontrue', '\\rektumtrue', '\\oesofagustrue', '\\ventrikkeltrue', '\\levertrue', '\\whippletrue')
-# aux <-c('\\kolonfalse', '\\rektumfalse', '\\oesofagusfalse', '\\ventrikkelfalse', '\\leverfalse', '\\whipplefalse')
-# Inkl_i_rapp[Fjern_kapittel] <- aux[Fjern_kapittel]
 
 Terskel<-20
 TabellData_landet <- NorgastTabeller(RegData=RegData, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil,
@@ -260,29 +221,12 @@ colnames(Tabell) <- c('Operasjonsgruppe', 'Antall', 'Andel (%)')
 print(xtable::xtable(Tabell, digits=c(0,0,0,1), align=c('l', 'l', rep('r', ncol(Tabell)-1)),
                      caption=paste0('Antall innregistrerte operasjoner etter operasjonsgruppe. Gjelder \\textbf{hele landet}. Bare operasjonsgrupper/NCSP-koder med ', TabellData_landet$Terskel, ' eller flere operasjoner vises, resten faller under \\textit{Andre}'),
                      label='tab:OpgrLandet'), include.rownames=FALSE)
-# Terskel<-5
-# TabellData_egen <- NorgastTabeller(RegData=RegData, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil,
-#                                    minald=0, maxald=130, erMann=99, enhetsUtvalg=2, Terskel=Terskel, reshID=reshID)
-# Tabell <- TabellData_egen$Tabell
-# colnames(Tabell) <- c('Operasjonsgruppe', 'Antall', 'Andel (%)')
-# print(xtable::xtable(Tabell, digits=c(0,0,0,1), align=c('l', 'l', rep('r', ncol(Tabell)-1)),
-#                      caption=paste0('Antall innregistrerte operasjoner etter operasjonsgruppe. Gjelder \\textbf{', shtxt, '}. Bare operasjonsgrupper/NCSP-koder med ', TabellData_egen$Terskel, ' eller flere operasjoner vises, resten faller under \\textit{Andre}'),
-#                      label='tab:OpgrSh'), include.rownames=FALSE)
 @
 
-% \Sexpr{Inkl_i_rapp[1]}
-% \Sexpr{Inkl_i_rapp[2]}
-% \Sexpr{Inkl_i_rapp[3]}
-% \Sexpr{Inkl_i_rapp[4]}
-% \Sexpr{Inkl_i_rapp[5]}
-% \Sexpr{Inkl_i_rapp[6]}
-
 \clearpage
 
 \section{Kolonreseksjoner}
 
-% \ifkolon
-
 \subsection{Demografiske data og utvalgte risikovariabler}
 <<'Demografisk_kolon', include=FALSE, echo=FALSE, eval=T, cache=FALSE>>=
 varNavn <- c('erMann', 'MedDiabetes','ModGlasgowScore')
@@ -369,14 +313,27 @@ for (p in 1:length(varNavn)){
   FigAndeler(RegData, valgtVar=varNavn[p], datoFra=datoFra, datoTil=datoTil,
              minald=0, maxald=130, erMann='', outfile=outfile,
              reshID=reshID, enhetsUtvalg=0, stabel=T, preprosess=F, op_gruppe=1)}
+
+outfile=paste0("ohjelp_kveld", '_', gruppe, '.pdf')
+  FigAndeler(RegData, valgtVar="ohjelp_kveld", datoFra=datoFra, datoTil=datoTil,
+             minald=0, maxald=130, erMann='', outfile=outfile,
+             reshID=reshID, enhetsUtvalg=0, stabel=T, preprosess=F, op_gruppe=1)
+
 @
 
+\begin{figure}[ht]
+\centering
+\includegraphics[width=\Sexpr{figstr}\textwidth]{ohjelp_kveld_\Sexpr{gruppe}.pdf}
+\caption{\Sexpr{gruppe}reseksjoner med anestesistart mellom klokken 08-16. Differensierer ikke mellom virkedag og andre dager.}
+\end{figure}
+
 \begin{figure}[ht]
 \centering
 \includegraphics[width=\Sexpr{figstr}\textwidth]{Hastegrad_\Sexpr{gruppe}.pdf}
-\caption{\Sexpr{gruppe}reseksjoner med anestesistart mellom klokken 08-16 på virkedager regnes som elektive. Virkedager er her definert som  alle dager som ikke er offisielle \emph{røddager} eller helg.}
+\caption{\Sexpr{gruppe}reseksjoner. Variabelen akutt elektiv kirurgi ble innført i registeret i 18.04.2018. Dersom utvalget inkluderer data fra før denne dato vil N kunne bli lavere enn antall forløp i samme periode.}
 \end{figure}
 
+
 \begin{figure}[ht]
 \centering
 \includegraphics[width=\Sexpr{figstr}\textwidth]{Tilgang_\Sexpr{gruppe}.pdf}
@@ -534,14 +491,27 @@ for (p in 1:length(varNavn)){
   FigAndeler(RegData, valgtVar=varNavn[p], datoFra=datoFra, datoTil=datoTil,
              minald=0, maxald=130, erMann='', outfile=outfile,
              reshID=reshID, enhetsUtvalg=0, stabel=T, preprosess=F, op_gruppe=2)}
+
+outfile=paste0("ohjelp_kveld", '_', gruppe, '.pdf')
+  FigAndeler(RegData, valgtVar="ohjelp_kveld", datoFra=datoFra, datoTil=datoTil,
+             minald=0, maxald=130, erMann='', outfile=outfile,
+             reshID=reshID, enhetsUtvalg=0, stabel=T, preprosess=F, op_gruppe=2)
+
 @
 
+\begin{figure}[ht]
+\centering
+\includegraphics[width=\Sexpr{figstr}\textwidth]{ohjelp_kveld_\Sexpr{gruppe}.pdf}
+\caption{\Sexpr{gruppe}reseksjoner med anestesistart mellom klokken 08-16. Differensierer ikke mellom virkedag og andre dager.}
+\end{figure}
+
 \begin{figure}[ht]
 \centering
 \includegraphics[width=\Sexpr{figstr}\textwidth]{Hastegrad_\Sexpr{gruppe}.pdf}
-\caption{\Sexpr{gruppe}reseksjoner med anestesistart mellom klokken 08-16 på virkedager regnes som elektive. Virkedager er her definert som  alle dager som ikke er offisielle \emph{røddager} eller helg.}
+\caption{\Sexpr{gruppe}reseksjoner. Variabelen akutt elektiv kirurgi ble innført i registeret i 18.04.2018. Dersom utvalget inkluderer data fra før denne dato vil N kunne bli lavere enn antall forløp i samme periode.}
 \end{figure}
 
+
 \begin{figure}[ht]
 \centering
 \includegraphics[width=\Sexpr{figstr}\textwidth]{Tilgang_\Sexpr{gruppe}.pdf}
@@ -703,12 +673,24 @@ for (p in 1:length(varNavn)){
   FigAndeler(RegData, valgtVar=varNavn[p], datoFra=datoFra, datoTil=datoTil,
              minald=0, maxald=130, erMann='', outfile=outfile,
              reshID=reshID, enhetsUtvalg=0, stabel=T, preprosess=F, op_gruppe=4)}
+
+outfile=paste0("ohjelp_kveld", '_', gruppe, '.pdf')
+  FigAndeler(RegData, valgtVar="ohjelp_kveld", datoFra=datoFra, datoTil=datoTil,
+             minald=0, maxald=130, erMann='', outfile=outfile,
+             reshID=reshID, enhetsUtvalg=0, stabel=T, preprosess=F, op_gruppe=4)
+
 @
 
+\begin{figure}[ht]
+\centering
+\includegraphics[width=\Sexpr{figstr}\textwidth]{ohjelp_kveld_\Sexpr{gruppe}.pdf}
+\caption{\Sexpr{gruppe}reseksjoner med anestesistart mellom klokken 08-16. Differensierer ikke mellom virkedag og andre dager.}
+\end{figure}
+
 \begin{figure}[ht]
 \centering
 \includegraphics[width=\Sexpr{figstr}\textwidth]{Hastegrad_\Sexpr{gruppe}.pdf}
-\caption{\Sexpr{gruppe}reseksjoner med anestesistart mellom klokken 08-16 på virkedager regnes som elektive. Virkedager er her definert som  alle dager som ikke er offisielle \emph{røddager} eller helg.}
+\caption{\Sexpr{gruppe}reseksjoner. Variabelen akutt elektiv kirurgi ble innført i registeret i 18.04.2018. Dersom utvalget inkluderer data fra før denne dato vil N kunne bli lavere enn antall forløp i samme periode.}
 \end{figure}
 
 \begin{figure}[ht]
@@ -1382,7 +1364,7 @@ print(xtable::xtable(Tabell, digits=c(0,0,0,1,1,1,1,1,1,1)),
                                 'Operasjonsgruppe & $N$ & rate (\\%) & lekkasje\\footnote[2]{Dette er av alle opererte, ikke
 alle under risiko. Se Tabell \\ref{tab:Anastomose1} for korrekt rate av de under risiko.} & infeksjon & Blødning & Sårruptur & Annet & Ingen\\\\\n','\\midrule\n','\\bottomrule\n')), include.colnames=FALSE, include.rownames=FALSE)
 @
-\captionof{table}{Reoperasjoner for de ulike operasjonsgruppene inkudert fordeling på årsak til reoperasjon. Gjelder \textbf{hele landet}.}
+\captionof{table}{Reoperasjoner for de ulike operasjonsgruppene inkludert fordeling på årsak til reoperasjon. Gjelder \textbf{hele landet}.}
 \end{minipage}
 \end{table}