Rel

DESCRIPTION

@@ -1,7 +1,7 @@
 Package: norgast
 Type: Package
 Title: Resultatrapporter for NORGAST
-Version: 2.3.2
+Version: 2.4.0
 Date: 2015-12-17
 Author: Kevin Thon
 Maintainer: Kevin Thon <kevin.thon@skde.no>
@@ -24,11 +24,12 @@ Imports:
   shinyWidgets,
   funnelR,
   tsibble,
-  latex2exp
+  latex2exp,
+  janitor
 Remotes:
   Rapporteket/rapbase@*release,
   Rapporteket/rapFigurer
-RoxygenNote: 7.2.3
+RoxygenNote: 7.3.1
 Suggests: knitr,
     rmarkdown
 VignetteBuilder: knitr

NAMESPACE

@@ -41,10 +41,16 @@ export(fordelingsfig)
 export(fordelingsfig_UI)
 export(indikatorfig)
 export(indikatorfig_UI)
+export(norgastAndelGruppert1Gr)
+export(norgastAndelGruppert2Gr)
+export(norgastAndelGruppert2Gr_ggplot)
 export(norgastApp)
 export(norgastBeregnIndikator)
 export(norgastFigAndelGrVarTid)
 export(norgastFigAntRegTid)
+export(norgastFordelingOpGruppert)
+export(norgastIndikator_gruppert)
+export(norgastIndikator_nasjonal)
 export(norgastIndikator_rapporteket)
 export(norgastMakeStagingData)
 export(norgastPlotIndikator)

R/NorgastFigAndelStabelGrVar.R

@@ -15,8 +15,8 @@ NorgastFigAndelStabelGrVar <- function(
     RegData=0, valgtVar='ModGlasgowScore',
     datoFra='2014-01-01', datoTil='2050-12-31',
     minald=0, maxald=130, erMann=99, outfile='', hastegrad_hybrid=99,
-    preprosess=F, malign=99, Ngrense=30, lavDG='',
-    lavDGtekst='Dekningsgrad < 60 %', hastegrad = 99,
+    preprosess=F, malign=99, Ngrense=30, lavDG='', ny_anastomose = 99,
+    lavDGtekst='Dekningsgrad < 60 %', hastegrad = 99, icd_kode='',
     elektiv=99, BMI='', tilgang='', valgtShus=c(''), minPRS=0, modGlasgow='',
     maxPRS=2.2, ASA='', whoEcog= '', forbehandling='', hentData=0, op_gruppe='',
     ncsp='', robotassiastanse=99, kun_ferdigstilte=TRUE, skriftStr=1,
@@ -50,12 +50,16 @@ NorgastFigAndelStabelGrVar <- function(
 
   if (valgtVar == 'Tilgang') {RegData <- RegData[which(RegData$Tilgang %in% 1:3), ]}
 
-  NorgastUtvalg <- NorgastUtvalg(RegData=RegData, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil, minald=minald,
-                                 maxald=maxald, erMann=erMann, elektiv=elektiv, hastegrad = hastegrad, hastegrad_hybrid=hastegrad_hybrid,
-                                 BMI=BMI, valgtShus=valgtShus, tilgang=tilgang, minPRS=minPRS, maxPRS=maxPRS, modGlasgow=modGlasgow,
-                                 ASA=ASA, whoEcog=whoEcog, forbehandling=forbehandling, malign=malign, op_gruppe=op_gruppe, ncsp=ncsp,
-                                 robotassiastanse=robotassiastanse, kun_ferdigstilte=kun_ferdigstilte,
-                                 tilgang_utvidet=tilgang_utvidet, accordion=accordion)
+  NorgastUtvalg <- NorgastUtvalg(
+    RegData=RegData, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil, minald=minald,
+    maxald=maxald, erMann=erMann, elektiv=elektiv, hastegrad = hastegrad,
+    hastegrad_hybrid=hastegrad_hybrid, ny_anastomose = ny_anastomose,
+    BMI=BMI, valgtShus=valgtShus, tilgang=tilgang, minPRS=minPRS,
+    maxPRS=maxPRS, modGlasgow=modGlasgow,
+    ASA=ASA, whoEcog=whoEcog, forbehandling=forbehandling, malign=malign,
+    op_gruppe=op_gruppe, ncsp=ncsp,
+    robotassiastanse=robotassiastanse, kun_ferdigstilte=kun_ferdigstilte,
+    tilgang_utvidet=tilgang_utvidet, accordion=accordion, icd_kode=icd_kode)
   RegData <- NorgastUtvalg$RegData
   utvalgTxt <- NorgastUtvalg$utvalgTxt
 

R/NorgastFigAndeler.R

@@ -103,7 +103,7 @@ FigAndeler  <- function(RegData=0, valgtVar='Alder', datoFra='2014-01-01', datoT
                         maxPRS=2.2, ASA='', whoEcog= '', forbehandling='', hentData=F,
                         op_gruppe='', ncsp='', modGlasgow = '', hastegrad_hybrid=99,
                         robotassiastanse=99, kun_ferdigstilte=TRUE, tilgang_utvidet='',
-                        ny_stomi=99, accordion = '')
+                        ny_stomi=99, accordion = '', icd_kode='')
 {
 
   # print(datoFra)
@@ -120,13 +120,15 @@ FigAndeler  <- function(RegData=0, valgtVar='Alder', datoFra='2014-01-01', datoT
 
 
   ## Gjør utvalg basert på brukervalg (LibUtvalg)
-  NorgastUtvalg <- NorgastUtvalg(RegData=RegData, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil, minald=minald,
-                                 maxald=maxald, erMann=erMann, elektiv=elektiv, hastegrad = hastegrad,
-                                 BMI=BMI, valgtShus=valgtShus, tilgang=tilgang, minPRS=minPRS, maxPRS=maxPRS,
-                                 ASA=ASA, whoEcog=whoEcog, forbehandling=forbehandling, malign=malign,
-                                 op_gruppe=op_gruppe, ncsp=ncsp, modGlasgow=modGlasgow, hastegrad_hybrid=hastegrad_hybrid,
-                                 robotassiastanse=robotassiastanse, kun_ferdigstilte=kun_ferdigstilte,
-                                 tilgang_utvidet=tilgang_utvidet, ny_stomi=ny_stomi, accordion=accordion)
+  NorgastUtvalg <- NorgastUtvalg(
+    RegData=RegData, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil, minald=minald,
+    maxald=maxald, erMann=erMann, elektiv=elektiv, hastegrad = hastegrad,
+    BMI=BMI, valgtShus=valgtShus, tilgang=tilgang, minPRS=minPRS, maxPRS=maxPRS,
+    ASA=ASA, whoEcog=whoEcog, forbehandling=forbehandling, malign=malign,
+    op_gruppe=op_gruppe, ncsp=ncsp, modGlasgow=modGlasgow, hastegrad_hybrid=hastegrad_hybrid,
+    robotassiastanse=robotassiastanse, kun_ferdigstilte=kun_ferdigstilte,
+    tilgang_utvidet=tilgang_utvidet, ny_stomi=ny_stomi, accordion=accordion,
+    icd_kode=icd_kode)
   RegData <- NorgastUtvalg$RegData
   utvalgTxt <- NorgastUtvalg$utvalgTxt
 
@@ -320,17 +322,19 @@ NorgastBeregnAndeler  <- function(
     maxPRS=2.2, ASA='', whoEcog= '', forbehandling='',
     op_gruppe='', ncsp='', modGlasgow = '', hastegrad_hybrid=99,
     robotassiastanse=99, kun_ferdigstilte=TRUE, tilgang_utvidet='',
-    ny_stomi=99, accordion = '')
+    ny_stomi=99, accordion = '', icd = '', kun_oblig = FALSE)
 
 {
   ## Gjør utvalg basert på brukervalg (LibUtvalg)
-  NorgastUtvalg <- NorgastUtvalg(RegData=RegData, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil, minald=minald,
-                                 maxald=maxald, erMann=erMann, elektiv=elektiv, hastegrad = hastegrad,
-                                 BMI=BMI, valgtShus=valgtShus, tilgang=tilgang, minPRS=minPRS, maxPRS=maxPRS,
-                                 ASA=ASA, whoEcog=whoEcog, forbehandling=forbehandling, malign=malign,
-                                 op_gruppe=op_gruppe, ncsp=ncsp, modGlasgow=modGlasgow, hastegrad_hybrid=hastegrad_hybrid,
-                                 robotassiastanse=robotassiastanse, kun_ferdigstilte=kun_ferdigstilte,
-                                 tilgang_utvidet=tilgang_utvidet, ny_stomi=ny_stomi, accordion=accordion)
+  NorgastUtvalg <- NorgastUtvalg(
+    RegData=RegData, datoFra=datoFra, datoTil=datoTil, minald=minald,
+    maxald=maxald, erMann=erMann, elektiv=elektiv, hastegrad = hastegrad,
+    BMI=BMI, valgtShus=valgtShus, tilgang=tilgang, minPRS=minPRS, maxPRS=maxPRS,
+    ASA=ASA, whoEcog=whoEcog, forbehandling=forbehandling, malign=malign,
+    op_gruppe=op_gruppe, ncsp=ncsp, modGlasgow=modGlasgow, hastegrad_hybrid=hastegrad_hybrid,
+    robotassiastanse=robotassiastanse, kun_ferdigstilte=kun_ferdigstilte,
+    tilgang_utvidet=tilgang_utvidet, ny_stomi=ny_stomi, accordion=accordion,
+    icd=icd, kun_oblig=kun_oblig)
   RegData <- NorgastUtvalg$RegData
   utvalgTxt <- NorgastUtvalg$utvalgTxt
 

R/NorgastHentSkjemaOversikt.R

@@ -10,10 +10,16 @@ NorgastHentSkjemaOversikt <- function() {
   registryName <- "norgast"
   dbType <- "mysql"
 
-  query <- paste0("SELECT *
-                  FROM SkjemaOversikt")
-
+  query <- paste0("SELECT * FROM SkjemaOversikt")
   SkjemaOversikt <- rapbase::loadRegData(registryName, query, dbType)
+  query <- "SELECT * FROM user"
+  brukerinfo <- rapbase::loadRegData(registryName, query, dbType) %>%
+    dplyr::mutate(fullname = paste0(FIRSTNAME, " ", LASTNAME))
+
+  SkjemaOversikt$OpprettetAv <-
+    brukerinfo$fullname[match(SkjemaOversikt$OpprettetAv, brukerinfo$ID)]
+  SkjemaOversikt$SistLagretAv <-
+    brukerinfo$fullname[match(SkjemaOversikt$SistLagretAv, brukerinfo$ID)]
 
   return(SkjemaOversikt)
 }

R/NorgastPrepVar.R

@@ -25,7 +25,7 @@ NorgastPrepVar <- function(RegData, valgtVar, enhetsUtvalg=1)
                       'erMann', 'PRSScore', 'NyAnastomose','Anastomoselekkasje',
                       'Avdod', 'OpDoedTid', 'LapTilgang', 'LapTilgang2', 'KumAcc2',
                       'KumAcc', 'MissingVekt', 'Sykehusnavn', 'Malign',
-                      'Saarruptur', 'Rekonstruksjon')) {
+                      'Saarruptur', 'Rekonstruksjon', 'NyStomi')) {
     RegData$Variabel <- RegData[ ,valgtVar]
   }
 
@@ -57,6 +57,18 @@ NorgastPrepVar <- function(RegData, valgtVar, enhetsUtvalg=1)
     if (enhetsUtvalg==1) {stabel=T}
   }
 
+  if (valgtVar=='Mort90') {
+    tittel <- 'Avdød innen 90 dager etter operasjon'
+    RegData$Variabel <- RegData$Mort90
+    RegData <- RegData[!is.na(RegData$Mort90), ]
+    grtxt <- c('Nei', 'Ja')
+    RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=0:1, labels = grtxt)
+    retn <- 'V'
+    VarTxt <- 'avdøde innen 90 dager etter operasjon'
+
+    if (enhetsUtvalg==1) {stabel=T}
+  }
+
   if (valgtVar=='laerebok') {
     tittel <- c('Lærebokforløp')
     # Referansepasient:
@@ -88,7 +100,7 @@ NorgastPrepVar <- function(RegData, valgtVar, enhetsUtvalg=1)
     grtxt <- c('Laparoskopisk', 'Konvertert')
     RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=0:1, labels = grtxt)
     retn <- 'V'
-    VarTxt <- 'laparoskopiske inngrep konvertert til åpen kirurgi'
+    VarTxt <- 'laparoskopiske inngrep konv. til åpen kirurgi'
     # incl_pst <- T
     if (enhetsUtvalg==1) {stabel=T}
   }
@@ -171,8 +183,8 @@ NorgastPrepVar <- function(RegData, valgtVar, enhetsUtvalg=1)
 
   if (valgtVar=='KumAcc') {
     # tittel <- c('Accordion score \u2265 3')
-    tittel <- c('Accordion score >= 3')
-    VarTxt <- 'med accordion score >= 3'
+    tittel <- c('Accordion score \u2265 3')
+    VarTxt <- 'med accordion score \u2265 3'
     grtxt <- c('Nei', 'Ja')
     RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% c(0,1)), ]
     RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=c(0,1), labels = grtxt)
@@ -181,8 +193,8 @@ NorgastPrepVar <- function(RegData, valgtVar, enhetsUtvalg=1)
 
   if (valgtVar=='KumAcc2') {
     # tittel <- c('Accordion score \u2265 3')
-    tittel <- c('Accordion score >= 4')
-    VarTxt <- 'med accordion score >= 4'
+    tittel <- c('Accordion score \u2265 4')
+    VarTxt <- 'med accordion score \u2265 4'
     grtxt <- c('Nei', 'Ja')
     RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% c(0,1)), ]
     RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=c(0,1), labels = grtxt)
@@ -212,13 +224,26 @@ NorgastPrepVar <- function(RegData, valgtVar, enhetsUtvalg=1)
     subtxt <- 'Tid i dager'
   }
 
+  if (valgtVar=='Aktualitet_oppf') {
+    RegData <- RegData[which(RegData$OppfStatus == 1), ]
+    tittel <- c('Tid fra operasjon til ferdigstilt oppfølging')
+    RegData$Variabel <- RegData$tid_op_lukk_oppf
+    gr <- c(0, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95,100,110,
+            120,130,160,210, 240, 10000)
+    RegData$VariabelGr <- cut(RegData$Variabel, breaks=gr, include.lowest=TRUE, right=FALSE)
+    grtxt <- levels(RegData$VariabelGr)
+    grtxt[length(grtxt)] <- paste0('>', as.character(gr[length(gr)-1])) # Større eller lik unicode symbol
+    subtxt <- 'Tid i dager'
+    retn <- "H"
+  }
+
   if (valgtVar=='Vektendring') {  # NA fikset
     RegData <- RegData[!is.na(RegData$Variabel), ]
     tittel <- 'Fra premorbid til preoperativ vektendring'
     RegData$Variabel <- as.numeric(RegData$Variabel)
     gr <- c(-100, -10, -5, -2, 2, 5, 10, 200)
     RegData$VariabelGr <- cut(RegData$Variabel, breaks=gr, include.lowest=TRUE, right=FALSE)
-    grtxt <- c('<-10','[-10,-5)', '[-5,-2)', '[-2,2)', '[2,5)', '[5,10)','>=10')
+    grtxt <- c('<-10','[-10,-5)', '[-5,-2)', '[-2,2)', '[2,5)', '[5,10)','\u2265 10')
     subtxt <- 'Vektendring %'
   }
 
@@ -497,8 +522,19 @@ NorgastPrepVar <- function(RegData, valgtVar, enhetsUtvalg=1)
     inkl_konf <- 0
   }
 
+  if (valgtVar=='NyStomi') {
+    tittel <- 'Ny stomi'
+    VarTxt <- 'nye stomier'
+    grtxt <- c('Nei','Ja')
+    RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% c(0, 1)), ]
+    RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=c(0, 1), labels = grtxt)
+    if (enhetsUtvalg==1) {stabel=T}
+    inkl_konf <- 0
+  }
+
   if (valgtVar=='AvlastendeStomiRektum') {
     tittel <- 'Stomi ved rektumreseksjon med ny anastomose'
+    VarTxt <- 'stomi ved rektumreseksjon med ny anastomose'
     grtxt <- c('Nei','Ja')
     RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% c(0, 1)), ]
     RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=c(0, 1), labels = grtxt)

R/NorgastPreprosesser.R

@@ -15,16 +15,14 @@ NorgastPreprosess <- function(RegData, behold_kladd = FALSE)
   RegData$Sykehusnavn <- trimws(RegData$SykehusNavn)
   RegData$AvdRESH <- as.numeric(RegData$AvdRESH)
   RegData$erMann <- as.numeric(RegData$erMann)
-  # names(RegData)[which(names(RegData)=='ErMann')]<-'erMann'
   names(RegData)[which(names(RegData)=='PasientAlder')]<-'Alder'
   if (!behold_kladd) {RegData <- RegData[which(RegData$RegistreringStatus==1),]}
-  # RegData <- RegData[which(RegData$RegistreringStatus==1),] # Inkluder kun lukkede registreringer
   RegData$OperasjonsDato <- as.Date(RegData$OpDato, format="%Y-%m-%d") # %H:%M:%S" )  #"%d.%m.%Y"	"%Y-%m-%d"
   RegData$HovedDato <- as.Date(RegData$HovedDato, format="%Y-%m-%d")
-  RegData$Mnd <- as.numeric(format(RegData$OperasjonsDato, '%m')) # RegData$OperasjonsDato$mon +1
+  RegData$Mnd <- as.numeric(format(RegData$OperasjonsDato, '%m'))
   RegData$Kvartal <- floor((RegData$Mnd - 1)/3)+1
   RegData$Halvaar <- floor((RegData$Mnd - 1)/6)+1
-  RegData$Aar <- as.numeric(format(RegData$OperasjonsDato, '%Y')) # RegData$OperasjonsDato$year + 1900
+  RegData$Aar <- as.numeric(format(RegData$OperasjonsDato, '%Y'))
   RegData$DoedsDato <- as.Date(RegData$AvdodDato, format="%Y-%m-%d")
   RegData$OpDoedTid <- difftime(RegData$DoedsDato, RegData$OperasjonsDato, units = 'days')
   RegData$Mort90 <- 0
@@ -162,7 +160,7 @@ NorgastPreprosess <- function(RegData, behold_kladd = FALSE)
   RegData$ReLapNarkose <- pmax(RegData$ReLapNarkose, RegData$OppfReLapNarkose, na.rm = TRUE)
   RegData$ViktigsteFunn <- pmin(RegData$ViktigsteFunn, RegData$OppfViktigsteFunn, na.rm = TRUE)
 
-  Helligdager <- norgast::Helligdager
+  # Helligdager <- norgast::Helligdager
 
   RegData$Dagtid <- NA
   RegData$Dagtid[as.numeric(RegData$AnestesiStartKl) %in% 7:15] <- 1
@@ -171,20 +169,23 @@ NorgastPreprosess <- function(RegData, behold_kladd = FALSE)
   RegData$Hastegrad_tid <- NA
   RegData$Hastegrad_tid[as.numeric(RegData$AnestesiStartKl) %in% 8:15] <- 1
   RegData$Hastegrad_tid[as.numeric(RegData$AnestesiStartKl) %in% c(1:7, 16:24)] <- 0
-  # RegData$Hastegrad_tid[RegData$OperasjonsDato$wday %in% c(0, 6)] <- 0 # gammel
   RegData$Hastegrad_tid[as.numeric(format(RegData$OperasjonsDato, '%w')) %in% c(0, 6)] <- 0
-  RegData$Hastegrad_tid[RegData$OperasjonsDato %in% Helligdager] <- 0
+  # RegData$Hastegrad_tid[RegData$OperasjonsDato %in% Helligdager] <- 0
 
-  RegData$Hastegrad_hybrid <- 2 - RegData$Hastegrad# Definerer en hybridhastegrad som bruker gammel tidsbasert definisjon før
-  # 2018-04-18 og den nye direkteregistrerte etter det.
-  RegData$Hastegrad_hybrid[RegData$HovedDato < '2018-04-18'] <- RegData$Hastegrad_tid[RegData$HovedDato < '2018-04-18']
+  RegData$Hastegrad_hybrid <- 2 - RegData$Hastegrad# Definerer en hybridhastegrad
+  # som bruker gammel tidsbasert definisjon før 2018-04-18 og den nye direkteregistrerte etter det.
+  RegData$Hastegrad_hybrid[RegData$HovedDato < '2018-04-18'] <-
+    RegData$Hastegrad_tid[RegData$HovedDato < '2018-04-18']
 
   RegData$AvlastendeStomiRektum <- NA
-  RegData$AvlastendeStomiRektum[intersect(intersect(which(as.numeric(RegData$NyAnastomose)==1), which(RegData$Op_gr==2)),
-                                          which(as.numeric(RegData$NyStomi)==0))] <- 0
-  RegData$AvlastendeStomiRektum[union(which(is.na(RegData$NyAnastomose)), which(is.na(RegData$NyStomi)))] <- NA
-  RegData$AvlastendeStomiRektum[intersect(intersect(which(as.numeric(RegData$NyAnastomose)==1),
-                                                    which(as.numeric(RegData$NyStomi)==1)),which(RegData$Op_gr==2))] <- 1
+  RegData$AvlastendeStomiRektum[
+    intersect(intersect(which(as.numeric(RegData$NyAnastomose)==1), which(RegData$Op_gr==2)),
+              which(as.numeric(RegData$NyStomi)==0))] <- 0
+  RegData$AvlastendeStomiRektum[
+    union(which(is.na(RegData$NyAnastomose)), which(is.na(RegData$NyStomi)))] <- NA
+  RegData$AvlastendeStomiRektum[
+    intersect(intersect(which(as.numeric(RegData$NyAnastomose)==1),
+                        which(as.numeric(RegData$NyStomi)==1)),which(RegData$Op_gr==2))] <- 1
 
   RegData$PermanentStomiColorektal <- NA
   RegData$PermanentStomiColorektal[intersect(union(which(as.numeric(RegData$NyAnastomose)==1), which(as.numeric(RegData$NyStomi)==0)),
@@ -245,6 +246,17 @@ NorgastPreprosess <- function(RegData, behold_kladd = FALSE)
   levels(RegData$AvstandAnalVerge_kat) <- c(levels(RegData$AvstandAnalVerge_kat), "Ikke målt")
   RegData$AvstandAnalVerge_kat[is.na(RegData$AvstandAnalVerge)] <- "Ikke målt"
 
+  RegData <- RegData %>%
+    dplyr::mutate(
+      ForstLukket = as.Date(ForstLukket),
+      OppfForstLukket = as.Date(OppfForstLukket),
+      tid_op_lukk = as.numeric(difftime(ForstLukket, OpDato, units = "days")),
+      # tid_op_lukk_kat = cut(tid_op_lukk, breaks = c(0, 15, 30, 60, 90, 180, 100000), right = F),
+      tid_op_lukk_oppf = as.numeric(difftime(OppfForstLukket, OpDato, units = "days"))
+      # tid_op_lukk_oppf_kat = cut(tid_op_lukk_oppf, breaks = c(0, 15, 30, 60, 90, 180, 100000), right = F)
+    )
+
+
   return(invisible(RegData))
 
 }